genome.fa.s6710.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006710.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1236 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1279232--1279302	3	24.0	3	78	13	76	64	0	2	32	1.08
1279245--1279302	11	5.3	11	78	14	66	67	0	3	29	1.07
1279232--1279304	20	3.7	20	82	7	87	65	0	2	31	1.06
1279246--1279310	32	2.1	32	83	11	82	69	1	3	26	1.12
1280530--1280675	48	3.0	48	89	1	202	27	19	15	37	1.92
1281682--1281718	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
1286671--1286722	18	2.9	18	79	0	68	15	23	28	32	1.95
1287487--1287580	39	2.4	40	83	5	129	20	25	24	29	1.99
1291988--1292050	30	2.1	30	84	0	81	42	6	12	38	1.68
1293407--1293584	39	4.6	39	86	2	225	16	26	24	31	1.97
1296893--1296931	18	2.1	19	85	4	53	56	5	7	30	1.49
1296981--1297035	18	3.3	17	76	16	53	54	1	0	43	1.10
1298910--1298947	20	2.0	20	89	5	60	50	21	5	23	1.69
1303428--1303465	20	2.0	20	89	5	60	50	21	5	23	1.69
1304237--1304320	11	7.3	11	71	19	55	34	3	2	59	1.28
1304269--1304311	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
1307860--1307921	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
1307860--1307929	20	3.3	20	82	9	68	78	5	14	1	1.00
1308538--1308588	22	2.3	22	93	0	84	37	27	9	25	1.87
1309449--1309558	37	3.0	37	91	2	177	26	23	13	36	1.92
1309467--1309924	102	4.5	102	94	0	799	29	20	13	36	1.90
1309585--1309864	37	8.0	37	67	22	160	29	20	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1309824--1309993	65	2.6	65	92	0	288	31	19	12	36	1.89
1309707--1310024	167	1.9	169	92	1	532	29	20	12	37	1.90
1310097--1310168	37	1.9	37	82	0	90	26	22	11	40	1.87
1310519--1310990	109	4.4	109	87	2	623	32	26	19	21	1.97
1310519--1311148	109	5.9	107	83	7	619	32	25	19	21	1.97
1310519--1311148	218	3.0	212	83	7	694	32	25	19	21	1.97
1311609--1311709	36	2.8	37	79	8	116	39	12	14	32	1.85
1312152--1312235	11	7.3	11	71	19	55	34	3	2	59	1.28
1312184--1312226	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
1316036--1316403	131	2.8	131	85	2	445	41	15	10	32	1.82
1325797--1325882	42	2.0	42	100	0	172	54	16	6	22	1.65
1327093--1327171	6	13.2	6	95	0	77	54	0	12	32	1.38
1327093--1327133	3	13.7	3	84	0	55	41	0	24	34	1.55
1327126--1327171	3	15.3	3	95	0	83	65	0	2	32	1.05
1327336--1327912	134	4.3	134	84	3	691	31	14	20	32	1.93
1327356--1327860	263	1.9	263	84	2	683	31	15	21	31	1.94
1328412--1328505	42	2.3	41	81	9	111	32	21	20	25	1.97
1328533--1328557	12	2.1	12	100	0	50	48	8	24	20	1.76
1328639--1329091	233	1.9	233	86	1	649	33	16	15	33	1.91
1330874--1330906	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
1335153--1335191	17	2.2	17	86	9	51	33	20	15	30	1.94
1357452--1357732	54	5.2	54	81	3	305	34	19	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1363100--1363381	54	5.2	54	79	4	282	34	17	19	28	1.95
1373223--1373276	19	2.6	21	85	8	76	31	16	25	25	1.97
1373164--1373352	95	2.0	96	85	7	260	32	16	23	26	1.96
1373182--1373388	95	2.2	95	78	11	210	32	16	24	26	1.96
1373801--1374107	45	6.9	45	86	4	390	40	7	18	33	1.78
1380208--1380260	22	2.4	23	81	9	65	33	11	28	26	1.91
1380311--1380363	20	2.5	20	78	6	52	30	15	24	30	1.95
1380157--1380337	95	1.9	96	82	5	233	33	17	22	27	1.96
1380775--1380993	45	4.9	45	89	2	289	39	9	18	32	1.83
1380775--1380978	89	2.3	90	86	3	286	38	9	19	32	1.84
1380819--1381008	89	2.1	87	87	2	209	41	9	17	31	1.82
1383864--1384184	29	11.1	29	73	4	243	21	20	14	42	1.88
1383868--1384156	87	3.3	87	79	2	269	21	21	15	42	1.89
1383940--1384184	116	2.1	116	89	1	375	21	19	15	43	1.88
1388975--1389090	45	2.6	45	83	2	135	21	18	11	49	1.78
1389141--1389716	81	7.1	81	87	0	803	31	19	10	38	1.86
1395397--1395514	45	2.6	46	82	2	141	25	21	8	44	1.80
1395606--1396040	81	5.4	81	87	1	595	32	18	10	38	1.85
1399604--1399685	25	3.2	25	70	21	80	40	15	15	28	1.89
1399680--1399762	26	3.2	26	69	16	82	48	14	9	27	1.75
1399674--1399762	25	3.5	26	69	15	78	48	13	11	26	1.76
1399322--1399895	51	11.3	51	78	7	426	43	16	11	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1399322--1399874	153	3.6	153	74	8	491	43	16	11	28	1.82
1399276--1399895	102	6.1	102	77	7	489	42	17	11	28	1.83
1400804--1400954	77	1.9	79	81	7	184	39	8	5	46	1.57
1406284--1406351	34	2.0	34	97	0	127	35	19	11	33	1.88
1408496--1408535	21	1.9	20	85	10	53	52	10	2	35	1.48
1409220--1409287	35	1.9	35	88	5	102	32	17	20	29	1.96
1410947--1410981	12	2.9	12	100	0	70	42	0	42	14	1.45
1411505--1411554	16	3.2	16	82	17	61	32	0	0	68	0.90
1411559--1411607	18	2.8	17	81	9	62	48	2	6	42	1.39
1412373--1412429	29	2.0	27	83	12	71	43	8	3	43	1.52
1413882--1413954	38	1.9	38	94	0	128	49	13	13	23	1.78
1415056--1415081	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1417377--1417427	20	2.4	21	78	12	52	33	1	0	64	1.05
1417400--1417430	14	2.1	15	94	5	55	35	0	0	64	0.94
1417897--1417938	22	1.9	22	95	0	75	59	0	0	40	0.97
1419810--1420193	55	7.1	55	88	4	593	34	11	19	35	1.87
1426730--1426821	5	18.8	5	71	8	64	21	4	3	70	1.19
1436356--1436400	21	2.2	21	84	4	56	40	4	2	53	1.33
1438953--1439011	24	2.5	24	97	0	109	25	3	22	49	1.65
1443187--1443298	27	5.0	20	77	18	66	44	4	8	42	1.54
1443207--1443344	27	5.3	26	76	21	123	41	5	7	45	1.56
1443223--1443283	25	2.6	21	74	20	59	40	3	8	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443188--1443300	22	4.9	22	77	17	97	44	4	7	43	1.53
1443350--1443403	3	18.3	3	79	11	58	31	3	0	64	1.11
1448556--1448599	12	3.7	12	78	0	52	59	0	2	38	1.10
1456055--1456093	20	2.0	21	90	10	64	30	5	10	53	1.56
1457018--1457159	30	4.8	30	83	0	169	55	11	13	19	1.68
1465343--1465419	40	1.9	40	82	10	95	28	6	5	59	1.44
1466685--1466743	30	1.9	30	86	3	82	52	11	10	25	1.69
1467722--1467761	20	2.0	21	90	9	66	22	10	10	57	1.61
1472004--1472033	15	1.9	16	93	6	53	60	0	3	36	1.14
1484186--1484258	8	10.4	7	78	19	57	28	0	1	69	0.96
1484186--1484223	4	9.5	4	83	11	51	28	0	0	71	0.87
1484190--1484258	12	6.2	11	77	17	56	28	0	1	69	0.97
1484183--1484257	3	24.3	3	80	15	50	29	0	1	69	0.97
1488500--1488807	110	2.8	110	89	5	434	33	23	18	24	1.97
1488932--1489571	84	7.7	83	77	5	601	30	25	19	25	1.98
1488933--1489627	165	4.2	163	83	3	626	30	24	19	25	1.98
1488932--1489546	249	2.5	249	85	3	835	29	25	19	25	1.99
1490074--1490157	33	2.5	33	98	0	159	44	14	13	28	1.82
1490460--1490490	12	2.5	12	94	5	53	16	3	0	80	0.83
1492623--1492699	13	5.9	13	98	0	145	36	31	15	16	1.91
1495605--1495659	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
1497247--1497415	81	2.1	81	90	1	266	33	11	18	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1504065--1504092	9	3.1	9	100	0	56	25	0	32	42	1.55
1504334--1504576	54	4.5	54	93	0	416	31	20	18	30	1.96
1504895--1504952	22	2.8	20	75	10	53	31	27	12	29	1.92
1522529--1522567	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
1522587--1522674	45	1.9	46	88	2	133	23	25	19	31	1.98
1531223--1531261	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
1531333--1531386	20	2.7	20	97	0	99	33	25	20	20	1.97
1531419--1531489	19	3.7	19	98	0	133	21	30	21	26	1.98
1532190--1532730	54	10.0	54	87	0	690	32	17	17	32	1.93
1536415--1536453	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11