genome.fa.s6710.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006710.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2941931

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1858265--1858371	43	2.5	42	86	4	144	28	15	19	36	1.93
1858292--1858381	43	2.1	43	89	0	135	28	12	18	40	1.87
1872683--1872738	20	2.6	22	83	11	80	32	12	10	44	1.77
1873187--1873230	20	2.2	20	95	0	79	34	20	0	45	1.51
1873287--1873326	15	2.7	16	85	11	50	25	10	7	57	1.57
1879725--1879761	20	2.0	20	89	10	60	18	27	5	48	1.70
1881131--1881155	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
1882313--1882352	14	2.9	14	96	3	73	35	5	7	52	1.51
1882772--1882811	20	2.1	19	90	9	64	60	12	2	25	1.45
1886465--1886533	23	3.0	24	70	23	58	63	0	2	33	1.09
1888171--1888827	73	9.0	73	95	0	1152	32	19	20	27	1.97
1889624--1889681	22	2.6	22	88	0	80	37	15	8	37	1.78
1893817--1893882	18	3.7	18	67	30	52	4	18	0	77	0.94
1893825--1893886	16	3.7	15	78	16	52	4	19	0	75	0.97
1898593--1898683	46	1.9	49	84	10	127	28	19	14	37	1.91
1900019--1900087	23	3.0	24	70	23	58	63	0	2	33	1.09
1900832--1900886	29	1.9	29	85	3	76	3	27	18	50	1.63
1901373--1901408	3	12.0	3	93	0	63	63	0	0	36	0.94
1901968--1902017	26	2.0	26	92	4	84	40	10	12	38	1.76
1908837--1908953	56	2.1	56	98	1	227	24	11	13	49	1.76
1908905--1909263	194	1.9	194	81	1	441	37	11	12	38	1.79
1910554--1910610	30	1.9	30	96	0	105	43	14	29	12	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1910554--1910623	30	2.3	30	87	4	97	45	15	27	11	1.80
1911068--1911103	15	2.4	15	100	0	72	47	13	22	16	1.82
1914637--1915025	196	2.0	193	94	1	679	26	18	23	31	1.97
1929152--1929376	81	2.8	80	90	1	342	28	20	13	37	1.91
1929796--1929971	94	1.9	95	82	1	228	27	22	11	39	1.88
1934690--1935164	81	5.9	81	88	0	682	32	19	11	37	1.88
1935796--1935841	21	2.2	21	92	0	74	34	13	17	34	1.88
1935808--1935848	21	2.0	21	90	0	64	36	7	21	34	1.82
1938669--1938770	53	1.9	53	91	0	168	28	26	17	27	1.98
1941931--1941975	23	1.9	24	82	13	58	44	4	8	42	1.56
1943818--1943870	21	2.6	21	83	13	67	1	20	1	75	0.99
1951795--1951834	20	2.1	19	90	4	62	82	2	15	0	0.77
1952122--1952157	17	2.1	17	94	0	63	33	30	0	36	1.58
1956535--1956579	19	2.3	20	78	17	51	64	4	11	20	1.42
1957648--1957676	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1959620--1959675	20	2.9	19	81	5	60	35	5	3	55	1.40
1970684--1970819	69	2.0	69	82	5	168	25	22	18	34	1.96
1977704--1977754	20	2.5	21	83	6	68	25	19	17	37	1.94
1977719--1977774	20	2.8	20	81	2	51	23	28	14	33	1.94
1978247--1978299	20	2.7	20	90	0	70	16	18	26	37	1.93
1979672--1979708	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
1988684--1988717	17	2.0	17	100	0	68	35	0	41	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1989230--1989268	20	2.0	20	84	0	51	23	5	23	48	1.70
1996340--1996438	35	2.8	35	78	0	117	33	16	25	25	1.96
1997532--1997617	9	9.9	9	76	16	65	79	0	16	4	0.90
1997519--1997612	23	4.1	22	77	20	77	78	0	18	3	0.88
1997519--1997612	46	2.0	46	82	11	113	78	0	18	3	0.88
2000408--2000532	43	2.9	43	85	0	178	25	12	29	32	1.93
2000540--2000855	90	3.5	90	91	1	490	26	17	20	35	1.95
2000846--2000927	42	2.0	42	87	0	119	24	14	23	37	1.92
2001159--2001192	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
2003834--2003964	69	1.9	69	82	0	163	25	25	19	30	1.98
2005078--2005106	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2005224--2005274	22	2.3	22	80	13	59	70	1	5	21	1.18
2006652--2006700	13	3.9	12	78	7	53	75	2	2	20	1.00
2006799--2006853	28	2.0	28	92	0	92	43	3	5	47	1.44
2006756--2006889	66	2.1	64	83	9	166	44	3	4	47	1.41
2006889--2006955	28	2.3	28	89	5	107	44	4	4	46	1.43
2006863--2007070	65	3.0	65	76	17	213	45	5	3	45	1.45
2006741--2007029	101	2.8	101	81	6	307	46	4	4	45	1.42
2006921--2007090	37	4.4	39	82	11	210	46	5	2	45	1.41
2007699--2008865	81	14.2	81	78	5	979	26	20	23	30	1.98
2007699--2008867	164	7.1	161	80	5	1107	26	20	23	30	1.98
2007671--2008867	328	3.7	326	83	3	1291	25	19	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007738--2008867	245	4.6	242	78	6	926	26	20	22	30	1.98
2013929--2013964	6	5.7	6	93	6	54	66	0	0	33	0.92
2013929--2013964	12	2.8	13	91	8	65	66	0	0	33	0.92
2014086--2014131	22	2.1	22	84	8	58	73	2	6	17	1.14
2014151--2014206	26	2.2	25	83	3	67	73	0	7	19	1.06
2015053--2015113	25	2.4	25	100	0	122	6	22	26	44	1.77
2015597--2015774	36	5.1	35	70	21	110	44	3	4	47	1.40
2015645--2015700	29	1.9	29	88	0	85	44	3	5	46	1.43
2015590--2015861	102	2.7	102	81	9	281	45	5	4	44	1.45
2015738--2015802	29	2.2	30	88	2	96	43	6	4	46	1.49
2015700--2015843	68	2.2	66	83	9	177	43	6	4	44	1.52
2015775--2015861	39	2.2	38	84	6	111	44	9	3	42	1.53
2015793--2015887	39	2.4	39	83	0	118	46	10	3	40	1.54
2017400--2017433	12	2.9	12	91	4	52	70	0	0	29	0.87
2017967--2018093	42	3.1	41	77	8	125	50	1	2	45	1.24
2018144--2018268	46	2.7	46	87	0	169	44	12	22	20	1.85
2018138--2018293	46	3.4	46	81	6	165	42	14	22	20	1.88
2022574--2022606	15	2.1	16	88	5	50	39	3	3	54	1.31
2027986--2028096	45	2.5	45	88	7	158	33	20	8	37	1.82
2030726--2030758	17	1.9	17	93	0	57	18	30	21	30	1.97
2031617--2031678	27	2.3	26	76	15	63	43	17	14	24	1.86
2032488--2032535	20	2.4	20	92	0	87	12	33	31	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034649--2034697	22	2.2	22	85	7	64	18	18	26	36	1.94
2037855--2037920	31	2.1	31	100	0	132	27	12	15	45	1.81
2038169--2038201	14	2.4	14	89	0	57	45	0	0	54	0.99
2039316--2039365	21	2.4	21	100	0	100	34	14	16	36	1.88
2047139--2047174	19	1.9	18	88	5	54	13	22	5	58	1.56
2054692--2054768	31	2.5	31	80	2	82	15	24	29	29	1.96
2058765--2059202	45	9.7	45	94	0	750	25	23	9	40	1.85
2058712--2059202	135	3.6	134	91	3	745	24	23	10	41	1.85
2060393--2060494	21	4.8	21	87	4	134	32	28	21	17	1.96
2060439--2060550	56	2.0	56	82	3	136	33	28	17	19	1.95
2062330--2062378	22	2.4	20	75	15	55	30	18	14	36	1.90
2066829--2067188	179	2.0	180	91	2	582	24	23	10	42	1.84
2066815--2067188	45	8.3	45	91	2	583	24	22	10	42	1.84
2067617--2067668	19	2.5	21	84	9	63	28	21	17	32	1.96
2069221--2069310	37	2.3	38	88	7	137	40	3	10	46	1.54
2069236--2069516	35	8.1	35	79	14	239	45	3	6	44	1.46
2069272--2069334	26	2.5	26	82	5	76	46	3	6	44	1.45
2069298--2069529	36	6.5	36	88	7	312	46	3	5	44	1.43
2069527--2069566	3	13.7	3	85	15	57	32	0	0	67	0.91
2069529--2069566	20	1.9	20	89	10	60	31	0	0	68	0.90
2069527--2069580	12	4.7	12	86	11	53	29	1	0	68	1.00
2070723--2070773	17	3.3	15	79	15	59	13	5	5	74	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070845--2070957	6	17.8	6	68	21	54	15	4	2	76	1.05
2070948--2070987	17	2.3	18	95	4	73	12	12	5	70	1.33
2076189--2076499	86	3.6	86	89	0	469	28	23	24	23	1.99
2076555--2076952	85	4.7	84	82	4	471	33	20	18	26	1.96
2077865--2078281	37	11.5	36	84	10	435	45	3	7	43	1.48
2079466--2079528	23	2.7	23	80	11	74	14	6	6	73	1.24
2079484--2079535	23	2.2	24	86	3	70	11	3	9	75	1.18
2079483--2079528	23	2.0	24	91	4	76	13	4	6	76	1.14
2079531--2079572	13	3.2	13	87	12	59	16	0	0	83	0.65
2079483--2079613	61	2.2	58	80	10	131	16	4	4	74	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11