genome.fa.s7746.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3674400

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  10  of  15  ( 1700 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456991--2457042	23	2.3	23	96	0	95	19	38	23	19	1.93
2464367--2464400	17	2.0	17	94	0	59	23	5	8	61	1.47
2466250--2466387	44	3.1	44	86	2	170	32	22	13	31	1.93
2466432--2466657	118	1.9	118	91	0	371	30	15	20	34	1.93
2466670--2466784	43	2.7	43	80	2	142	36	26	13	23	1.92
2471094--2471150	28	2.0	28	93	0	96	31	19	19	29	1.96
2472561--2472647	41	2.1	41	80	2	95	31	16	13	39	1.87
2472717--2472757	16	2.6	16	82	17	50	43	0	0	56	0.99
2473729--2473769	20	2.1	19	86	4	55	39	2	0	58	1.11
2473830--2473873	15	2.6	17	79	13	56	36	0	2	61	1.09
2473830--2473872	3	13.3	3	90	4	50	34	0	2	62	1.08
2473788--2473898	46	2.2	51	81	12	124	33	3	7	55	1.44
2485142--2485166	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2485904--2486713	105	7.8	105	97	1	1496	32	25	19	22	1.97
2485904--2486713	313	2.6	314	96	1	1517	32	25	19	22	1.97
2486794--2486835	20	2.1	20	86	0	57	23	23	19	33	1.97
2488045--2488087	12	3.6	12	87	9	61	41	2	0	55	1.12
2488145--2488199	5	10.4	5	80	18	58	36	1	1	60	1.18
2488153--2488209	29	2.0	29	89	0	87	33	5	1	59	1.30
2488145--2488191	16	3.1	15	85	11	51	38	2	2	57	1.23
2488191--2488252	19	3.2	19	71	13	54	24	9	0	66	1.22
2488234--2488285	21	2.4	24	75	21	60	23	15	0	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488587--2488630	20	2.1	22	87	8	65	15	18	0	65	1.27
2488629--2488683	17	3.1	18	71	26	53	29	3	1	65	1.20
2488634--2488686	21	2.6	19	81	18	63	30	1	1	66	1.13
2489025--2489366	170	2.0	171	98	1	670	26	17	9	45	1.80
2492393--2492451	21	2.8	21	92	0	91	20	8	22	49	1.75
2492673--2492760	44	2.0	44	81	0	104	29	17	21	31	1.96
2496040--2496065	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
2496098--2496251	43	3.5	44	80	7	152	28	17	7	46	1.74
2505498--2505594	3	32.7	3	91	6	162	68	0	1	30	0.97
2508648--2508692	23	2.0	23	86	0	63	28	37	15	17	1.91
2515721--2515765	22	2.0	23	91	8	74	37	13	11	37	1.80
2520310--2520336	11	2.5	11	100	0	54	48	14	11	25	1.77
2528892--2529195	93	3.3	91	82	5	331	36	10	14	38	1.80
2529198--2529622	92	4.6	91	71	13	260	35	16	10	36	1.84
2531692--2532073	93	4.1	93	75	9	332	36	16	11	35	1.85
2531909--2532221	172	1.8	172	84	5	409	35	18	10	35	1.86
2533314--2533419	17	6.1	17	70	16	65	42	9	11	36	1.73
2536962--2537221	138	1.9	138	85	3	362	30	13	16	40	1.87
2544087--2544370	138	2.1	137	85	3	383	29	13	15	42	1.84
2550845--2550916	24	3.0	25	67	18	62	33	22	11	33	1.89
2551115--2551236	40	3.0	40	98	0	235	33	27	16	22	1.95
2557403--2557444	22	1.9	22	90	0	66	19	19	35	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557838--2558016	53	3.8	47	78	14	172	31	22	6	39	1.80
2558121--2558202	40	2.0	40	100	0	164	32	26	17	23	1.96
2559372--2559435	29	2.2	30	80	5	76	34	23	4	37	1.76
2568576--2568618	22	2.0	22	85	0	59	39	6	13	39	1.72
2568767--2568863	39	2.5	39	81	5	115	27	17	22	31	1.97
2575932--2576113	101	1.8	101	83	4	242	26	28	20	24	1.99
2576506--2576605	37	2.7	37	84	0	119	42	14	14	30	1.84
2577009--2577033	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
2577094--2577141	21	2.3	20	80	19	55	33	4	0	62	1.14
2577109--2577152	18	2.5	17	85	14	54	31	2	2	63	1.19
2577088--2577139	24	2.2	23	86	13	70	32	3	0	63	1.12
2577301--2577370	25	2.7	25	82	8	70	32	4	1	61	1.24
2578638--2578674	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
2582036--2582116	7	11.6	7	78	10	76	80	4	13	1	0.94
2582042--2582086	24	1.9	24	90	4	74	80	4	15	0	0.87
2582031--2582114	20	4.1	20	76	14	80	78	5	14	1	0.99
2582732--2582787	22	2.5	22	97	0	103	35	25	12	26	1.91
2583487--2583704	119	1.8	119	79	9	257	32	24	17	25	1.97
2583703--2584766	106	10.0	106	90	0	1583	34	24	17	23	1.96
2585515--2585619	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	30	1.85
2586241--2586302	17	3.5	17	76	20	56	30	1	3	64	1.19
2586263--2586349	20	4.1	20	75	10	75	31	2	1	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2591934--2592296	55	6.6	56	83	4	274	36	17	10	34	1.85
2592037--2592299	55	4.8	55	85	3	316	35	18	11	33	1.87
2592585--2592622	19	2.0	19	94	0	67	31	28	15	23	1.96
2592648--2592686	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2592604--2592812	64	3.2	64	80	7	203	31	25	15	27	1.95
2598608--2598687	24	3.5	22	77	14	83	22	27	23	26	2.00
2601238--2601277	21	1.9	21	94	0	71	32	27	15	25	1.95
2601291--2601339	19	2.7	18	87	9	64	26	32	14	26	1.94
2601313--2601430	56	2.1	55	81	6	130	33	24	11	29	1.91
2606170--2606229	31	1.9	31	93	0	102	40	8	8	43	1.65
2607941--2608037	39	2.5	39	86	0	122	24	18	27	28	1.98
2621904--2621961	29	2.0	29	93	0	98	24	12	15	48	1.79
2623158--2623255	39	2.5	39	86	3	135	26	18	24	30	1.98
2629398--2629483	39	2.2	39	87	0	118	26	16	26	30	1.97
2636100--2636140	20	2.1	19	86	13	57	78	4	4	12	1.07
2642705--2642731	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2642896--2642939	13	3.4	13	87	0	70	31	18	20	29	1.96
2649976--2650190	58	3.7	58	91	1	335	35	19	11	34	1.87
2652693--2652732	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2652953--2652995	22	1.9	23	90	4	70	20	20	32	25	1.97
2652982--2653024	21	2.0	21	86	0	59	25	16	37	20	1.93
2653147--2653216	34	2.1	34	84	5	90	24	30	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2653432--2653471	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2653683--2653734	21	2.5	21	96	0	95	21	19	38	21	1.94
2653882--2654178	147	2.0	146	91	2	481	40	13	8	37	1.76
2655295--2655342	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
2656628--2656701	20	3.7	20	76	3	76	29	22	24	22	1.99
2656859--2656915	30	2.0	29	86	6	80	45	15	8	29	1.77
2657225--2657270	21	2.2	21	88	0	65	36	17	8	36	1.81
2657718--2657999	54	5.2	54	83	0	357	28	17	18	35	1.93
2657717--2657999	108	2.6	108	87	3	417	28	17	18	35	1.94
2657717--2658054	108	3.1	108	84	0	336	28	17	20	34	1.95
2663842--2663933	20	4.5	20	80	8	96	32	15	26	26	1.95
2664292--2664378	27	3.1	29	63	21	69	26	16	24	33	1.95
2664259--2664850	54	11.0	54	86	1	810	29	18	19	33	1.95
2668309--2668548	92	2.6	93	78	4	225	40	13	10	35	1.79
2669055--2669254	93	2.1	95	79	1	206	37	17	11	35	1.85
2670415--2670711	93	3.2	93	76	2	285	36	14	11	37	1.82
2671304--2671339	18	2.0	18	89	10	56	16	5	0	77	0.94
2671393--2672029	93	6.8	93	76	5	547	35	17	11	35	1.86
2671447--2671966	279	1.9	279	83	3	679	34	16	12	36	1.86
2671440--2672028	279	2.1	279	81	4	670	35	16	11	36	1.86
2671564--2672332	186	4.2	184	74	11	516	35	18	10	35	1.85
2671705--2672383	354	1.9	355	80	4	798	35	18	10	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2672060--2672415	186	1.9	185	81	4	421	35	17	10	35	1.85
2672514--2672734	93	2.4	94	77	2	239	33	19	13	33	1.90
2672744--2673696	93	10.2	93	76	4	704	36	17	9	36	1.83
2674636--2674681	18	2.5	18	85	3	56	58	4	13	23	1.52
2674641--2674681	18	2.2	19	86	4	57	60	4	14	19	1.51
2674739--2674966	93	2.4	92	84	4	296	36	8	17	37	1.81
2679205--2679249	19	2.4	19	92	0	72	40	33	8	17	1.81
2690136--2690434	101	2.9	102	85	6	367	35	14	10	39	1.81
2690161--2690449	104	2.8	102	85	3	375	35	15	10	38	1.82
2691875--2691915	21	2.0	21	86	13	59	53	17	9	19	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15