genome.fa.s7746.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3674400

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187979--2188022	19	2.3	19	92	0	70	20	25	31	22	1.98
2189571--2189630	12	5.0	12	76	8	59	13	20	13	53	1.72
2191842--2191866	10	2.5	10	100	0	50	28	40	32	0	1.57
2194981--2195022	22	1.9	22	85	9	59	54	0	2	42	1.13
2198401--2198435	16	2.1	17	89	5	54	48	5	8	37	1.58
2198849--2198904	26	2.1	28	83	12	73	50	1	1	46	1.22
2198992--2199047	26	2.1	28	83	12	73	48	0	0	51	1.00
2199230--2199256	14	1.9	14	100	0	54	66	0	3	29	1.09
2199338--2199401	26	2.5	26	78	0	65	51	1	1	45	1.20
2200585--2200625	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
2200749--2200951	110	1.8	111	92	1	345	34	9	9	46	1.68
2205998--2206120	49	2.5	51	88	5	171	28	23	23	24	2.00
2206132--2206243	51	2.2	51	85	4	147	23	31	28	16	1.96
2206132--2206259	51	2.5	50	82	6	134	21	30	31	17	1.96
2207214--2207247	16	2.1	16	100	0	68	29	11	11	47	1.76
2207615--2207639	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2207841--2208051	115	1.8	115	85	2	298	31	15	23	30	1.95
2208233--2208637	151	2.7	148	89	4	589	35	14	13	36	1.85
2215756--2215790	16	2.1	17	94	5	63	51	5	5	37	1.50
2217996--2218066	32	2.2	30	79	16	72	22	7	5	64	1.39
2221976--2222027	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2222172--2222228	29	2.0	29	82	0	69	28	22	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222426--2223096	55	12.3	55	83	2	764	26	19	18	34	1.95
2222425--2223096	109	6.2	110	84	2	809	26	19	18	34	1.95
2222426--2223096	164	4.1	164	84	2	839	26	19	18	34	1.95
2223623--2223679	21	2.7	21	88	0	78	36	14	12	36	1.83
2226060--2226179	51	2.3	54	85	4	174	51	10	10	27	1.68
2231217--2231374	81	2.0	81	85	0	217	25	20	13	39	1.89
2231511--2232125	55	11.3	55	82	3	701	27	20	18	34	1.95
2231511--2232125	109	5.6	109	84	2	761	27	20	18	34	1.95
2232469--2232667	94	2.1	95	88	2	294	23	22	17	36	1.95
2235134--2235180	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
2241500--2241529	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
2241380--2241573	99	2.0	98	80	5	221	31	20	16	30	1.95
2241601--2241640	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2249587--2249650	19	3.0	21	80	11	78	15	28	29	26	1.96
2253463--2253502	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
2258193--2258326	65	2.1	65	83	5	164	32	22	14	30	1.94
2264398--2264444	25	1.9	25	86	4	69	72	4	6	17	1.22
2271333--2271386	14	4.0	14	83	11	60	48	1	0	50	1.11
2271346--2271385	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
2271540--2271597	27	2.1	29	87	6	84	55	6	10	27	1.59
2278108--2278149	21	2.0	21	95	4	77	64	0	19	16	1.30
2282419--2282443	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298221--2298265	21	2.1	22	91	4	74	28	15	4	51	1.63
2298742--2298799	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
2303530--2303587	20	2.7	20	81	10	62	29	22	17	31	1.96
2303575--2303712	65	2.2	63	80	7	145	26	23	16	34	1.95
2305773--2305908	68	2.0	68	95	0	245	44	13	17	23	1.85
2306765--2306798	8	4.2	8	92	0	50	29	0	11	58	1.33
2312998--2313170	90	1.9	89	94	1	301	43	6	10	38	1.67
2317032--2317117	38	2.3	38	95	0	154	38	23	10	27	1.87
2320138--2320397	41	6.4	41	80	1	272	27	18	17	36	1.93
2320104--2320383	122	2.3	123	81	3	332	28	18	16	36	1.93
2320138--2320406	81	3.3	80	81	2	261	26	18	17	37	1.92
2325455--2325601	55	2.7	55	85	0	213	30	21	17	29	1.96
2333769--2333806	20	1.9	20	88	0	58	34	21	18	26	1.96
2333855--2333900	22	2.0	22	87	4	65	30	30	26	13	1.93
2335198--2335410	103	2.1	103	93	1	365	25	14	23	36	1.93
2335427--2335494	23	3.0	23	88	0	91	22	27	25	25	1.99
2338223--2338265	17	2.6	16	78	7	50	34	0	25	39	1.56
2339101--2339160	20	2.9	21	90	7	95	30	25	26	18	1.98
2339193--2339238	22	2.0	22	87	4	65	30	28	28	13	1.94
2340359--2340410	23	2.3	23	86	6	70	28	1	25	44	1.65
2340527--2340725	96	2.1	94	86	9	269	26	14	24	35	1.93
2340742--2340804	23	2.7	23	82	4	74	20	26	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2344781--2345269	38	12.4	38	79	9	480	39	16	16	26	1.91
2344781--2345269	80	6.2	79	81	6	507	39	16	16	26	1.91
2344781--2345269	118	4.1	114	79	8	482	39	16	16	26	1.91
2345219--2345320	51	2.0	51	82	0	123	33	17	12	36	1.88
2347136--2347224	36	2.4	37	83	9	110	3	26	1	68	1.12
2347144--2347196	15	3.6	14	76	14	54	1	26	0	71	0.96
2348715--2348769	28	2.0	28	82	7	67	50	10	14	23	1.74
2351028--2351098	30	2.4	30	92	0	115	36	21	14	28	1.92
2351790--2351856	24	2.8	24	88	0	98	14	5	37	41	1.71
2352067--2352116	3	16.3	3	80	12	57	66	0	2	32	1.03
2355290--2355326	20	1.9	19	89	10	58	18	18	10	51	1.75
2355674--2355724	26	2.0	26	88	7	77	43	1	3	50	1.31
2355868--2355912	18	2.7	16	77	12	54	24	8	11	55	1.63
2370283--2370350	22	3.2	23	87	8	74	22	32	16	29	1.95
2370294--2370355	20	3.0	20	90	4	88	22	33	14	29	1.94
2371020--2371055	3	12.0	3	87	0	54	72	0	0	27	0.85
2373317--2373355	16	2.4	17	83	8	55	33	0	0	66	0.92
2373341--2373382	14	2.9	14	80	16	50	40	0	2	57	1.12
2375315--2375348	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
2386911--2386963	18	2.8	19	85	5	63	35	24	18	20	1.95
2391128--2391173	19	2.3	19	88	7	65	67	2	19	10	1.31
2392412--2392500	20	4.8	19	71	18	71	24	31	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2392434--2392501	36	1.9	34	88	5	100	25	29	19	26	1.98
2395830--2395899	19	3.8	19	79	9	74	24	30	21	24	1.99
2395879--2396020	23	6.2	23	95	0	230	23	27	24	24	2.00
2395999--2396142	54	2.7	54	95	0	252	30	28	18	22	1.97
2396108--2396146	20	2.0	20	94	0	69	20	35	23	20	1.96
2397596--2397667	36	2.0	35	92	7	119	34	19	23	22	1.96
2398250--2398287	19	2.0	19	85	10	51	52	5	13	28	1.61
2398561--2398598	20	1.9	20	100	0	76	28	21	26	23	1.99
2398837--2398892	17	3.2	16	77	20	58	50	0	21	28	1.49
2398837--2398892	20	3.2	17	79	16	60	50	0	21	28	1.49
2403053--2403107	20	2.8	20	91	0	74	25	23	27	23	2.00
2403349--2403399	16	2.9	16	78	18	57	50	0	23	25	1.49
2404459--2404704	132	1.9	132	80	6	293	37	9	11	40	1.75
2408441--2408474	11	3.1	11	100	0	68	26	20	8	44	1.81
2414647--2415240	134	4.4	134	83	2	699	32	21	14	30	1.94
2415186--2415265	41	2.0	41	92	0	133	27	23	21	27	1.99
2415221--2415694	134	3.5	133	81	6	562	32	20	15	31	1.94
2415922--2415988	11	5.8	11	77	16	73	23	2	1	71	1.08
2415898--2415954	17	3.2	18	76	14	55	24	3	0	71	1.01
2424045--2424107	21	3.0	21	88	4	90	25	22	26	25	2.00
2425916--2426171	129	2.0	129	84	3	334	36	10	12	39	1.79
2430903--2430950	4	12.0	4	86	0	51	50	8	2	39	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430903--2430950	6	8.0	6	80	0	51	50	8	2	39	1.44
2434582--2434653	23	3.2	23	84	2	65	50	9	25	15	1.74
2434594--2434653	23	2.6	23	86	0	84	46	8	28	16	1.76
2440865--2441476	258	2.4	253	87	7	868	26	11	20	41	1.86
2441844--2441890	18	2.7	17	80	3	58	27	29	6	36	1.82
2446836--2446942	44	2.4	44	90	4	162	31	25	5	37	1.79
2447025--2447151	59	2.2	59	83	0	155	29	23	18	28	1.98
2449203--2449234	12	2.7	12	95	0	55	6	21	31	40	1.78
2450100--2450152	22	2.4	21	84	6	70	41	5	18	33	1.74
2451504--2451560	22	2.5	23	94	5	107	17	45	22	14	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15