genome.fa.s7746.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3674400

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696832--2697584	93	8.1	93	71	6	332	35	11	17	35	1.86
2714850--2715316	60	7.8	59	85	2	610	36	13	23	25	1.92
2714850--2715315	239	1.9	242	87	3	690	36	13	23	25	1.92
2715278--2715371	44	2.1	46	86	4	129	42	13	21	22	1.88
2715306--2715400	46	2.1	44	80	7	102	44	12	22	21	1.85
2720734--2720998	60	4.4	60	85	0	343	36	13	23	27	1.92
2724748--2725274	93	5.7	91	74	7	415	35	15	11	38	1.83
2724789--2725274	180	2.7	179	78	8	439	34	15	11	38	1.84
2725388--2725415	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2736805--2737030	52	4.2	52	81	8	254	39	13	23	24	1.90
2736894--2736971	26	3.0	26	65	20	63	42	14	21	21	1.88
2736805--2737030	111	2.1	105	84	6	283	39	13	23	24	1.90
2738821--2739445	93	6.9	93	77	7	602	34	15	11	38	1.83
2738960--2739445	179	2.7	177	80	6	516	34	15	11	38	1.84
2739713--2740056	185	1.9	185	82	3	433	36	10	18	34	1.85
2739616--2740139	92	5.7	92	77	4	448	36	10	17	36	1.84
2740604--2740801	94	2.1	95	82	11	241	36	11	14	37	1.82
2740881--2741061	92	2.0	92	84	2	238	37	12	16	34	1.85
2743954--2744016	23	3.0	21	81	6	74	23	34	25	15	1.95
2748629--2748680	19	2.6	20	84	6	70	42	13	19	25	1.87
2748732--2748787	22	2.6	22	86	10	73	37	12	25	25	1.91
2749094--2749252	54	2.9	54	81	7	187	33	20	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765935--2765990	27	2.1	27	100	0	112	26	30	17	25	1.97
2766892--2766946	18	3.0	20	82	17	66	70	0	10	18	1.15
2772097--2772131	13	2.6	13	86	4	52	2	20	0	77	0.90
2772094--2772146	21	2.5	21	81	9	63	3	20	1	73	1.08
2774200--2774226	13	2.1	13	100	0	54	77	7	7	7	1.12
2787226--2787383	26	6.5	26	72	19	153	20	23	10	44	1.83
2787252--2787407	46	3.4	46	89	3	242	21	23	9	44	1.82
2787194--2787336	72	2.0	72	91	2	234	22	21	10	45	1.82
2787278--2787401	20	5.6	20	67	20	77	21	25	9	43	1.83
2790511--2790719	76	2.8	75	82	6	242	20	24	30	24	1.99
2793289--2793350	20	2.9	21	83	7	72	17	24	37	20	1.94
2797116--2797155	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2799078--2799274	75	2.6	76	85	3	254	20	24	31	22	1.98
2803865--2803942	20	3.6	20	69	24	68	17	26	10	44	1.81
2803854--2803953	46	2.2	46	89	3	148	19	23	11	47	1.81
2805629--2805689	29	2.1	30	87	3	88	49	16	16	18	1.80
2805729--2805899	93	1.8	93	82	5	220	35	14	11	38	1.83
2805874--2806056	97	1.9	93	80	6	206	35	14	9	39	1.80
2807215--2807248	9	3.8	9	88	0	50	14	2	0	82	0.79
2807340--2807745	93	4.4	93	83	2	422	37	16	8	37	1.80
2807576--2807892	165	1.9	165	82	2	395	36	15	9	38	1.80
2808621--2808800	93	1.9	93	83	0	234	42	18	5	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832353--2832392	16	2.5	16	91	0	62	40	15	12	32	1.84
2832353--2832399	16	2.9	16	90	0	58	38	17	10	34	1.84
2850508--2850547	21	1.9	21	100	0	80	32	15	20	32	1.93
2879019--2879070	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2882715--2882761	19	2.4	20	85	3	60	48	6	12	31	1.66
2887008--2887038	16	1.9	16	100	0	62	35	0	25	38	1.56
2892982--2893113	60	2.2	59	89	2	192	31	16	16	35	1.92
2893336--2893448	60	1.9	60	83	3	147	38	18	10	31	1.85
2893724--2893801	30	2.6	30	89	0	111	16	7	17	57	1.62
2893791--2893870	23	3.4	23	84	5	90	25	12	17	45	1.83
2893883--2893937	11	5.0	11	88	0	56	20	12	14	52	1.73
2893885--2893948	22	2.9	22	74	4	58	17	14	15	53	1.74
2893885--2893948	33	1.9	33	83	0	83	17	14	15	53	1.74
2893896--2893949	11	4.9	11	86	0	63	16	14	14	53	1.73
2893896--2893949	22	2.5	22	84	0	72	16	14	14	53	1.73
2895788--2895919	59	2.2	59	82	2	149	31	17	18	32	1.94
2895924--2895998	25	3.0	24	82	7	87	37	18	2	41	1.65
2899289--2899378	47	1.9	47	83	0	117	20	15	15	48	1.80
2900535--2900618	44	1.9	44	95	0	150	26	13	0	60	1.33
2902053--2902140	35	2.5	35	100	0	176	47	10	3	38	1.54
2902079--2902134	17	3.2	17	66	14	51	46	10	3	39	1.56
2902061--2902117	18	3.2	18	66	14	55	45	14	1	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902235--2902268	17	2.0	17	88	0	50	58	5	2	32	1.37
2902620--2902652	16	1.9	18	88	11	52	33	18	6	42	1.75
2903195--2903364	21	7.9	21	70	9	92	34	24	17	23	1.96
2903195--2903283	44	2.0	44	84	0	115	32	25	19	22	1.97
2918967--2919014	22	2.2	23	82	14	57	52	6	12	29	1.63
2922851--2922900	23	2.2	23	89	3	75	18	36	24	22	1.95
2923600--2924121	272	1.9	272	97	0	990	30	18	15	36	1.92
2923950--2924288	173	2.0	173	95	0	615	31	19	13	35	1.91
2927668--2927697	13	2.2	14	94	5	53	0	16	3	80	0.85
2931622--2931668	18	2.6	18	93	6	78	14	19	17	48	1.81
2933124--2933230	46	2.3	47	82	6	128	35	18	16	28	1.93
2933786--2933871	41	2.1	42	86	6	122	52	12	8	26	1.67
2935021--2935078	24	2.4	24	97	0	107	72	10	0	17	1.11
2935089--2935113	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
2935599--2935627	14	2.0	15	93	6	51	6	13	3	75	1.13
2935865--2935891	4	6.8	4	100	0	54	77	22	0	0	0.76
2936548--2936675	63	2.0	63	95	0	229	35	16	17	29	1.92
2937031--2937157	47	2.7	46	83	8	150	33	14	18	33	1.91
2937200--2937292	44	2.1	44	100	0	186	18	20	12	48	1.80
2938330--2938464	51	2.8	46	77	10	126	30	21	17	30	1.96
2938330--2938556	98	2.4	94	79	6	215	31	18	16	33	1.93
2938599--2938886	102	2.8	101	82	6	287	29	19	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2938588--2939031	104	4.3	102	79	7	398	29	19	19	32	1.96
2938591--2938993	206	2.0	206	81	4	474	30	19	19	31	1.96
2943386--2943664	98	2.8	96	79	7	251	29	18	14	37	1.91
2944438--2944968	39	13.8	39	78	3	522	41	12	22	23	1.87
2947048--2947281	64	3.6	64	78	9	208	30	23	18	27	1.97
2947048--2947255	65	3.2	64	79	9	217	31	23	17	27	1.97
2947096--2947275	65	2.8	64	79	13	190	30	22	17	30	1.97
2947827--2947981	74	2.1	74	87	1	231	43	12	19	23	1.85
2948074--2948111	9	4.2	9	100	0	76	65	34	0	0	0.93
2948604--2948660	28	2.0	28	96	0	105	22	29	14	33	1.93
2953554--2953596	15	2.9	15	82	0	59	48	30	4	16	1.66
2958572--2958626	28	2.0	28	92	0	92	34	16	27	21	1.95
2959119--2959147	9	3.2	9	100	0	58	0	0	34	65	0.93
2959244--2959396	75	2.1	74	91	3	245	24	21	11	42	1.85
2960470--2960494	7	3.6	7	100	0	50	56	0	12	32	1.36
2960464--2960503	14	2.8	14	84	3	53	60	2	7	30	1.38
2963066--2963129	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19
2963075--2963124	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
2963038--2963128	31	2.9	30	80	9	103	41	1	3	53	1.24
2963977--2964011	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
2964616--2964685	35	2.0	35	91	5	115	18	31	32	17	1.94
2972605--2972691	31	2.8	30	81	6	93	52	3	1	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2973112--2973178	33	2.0	33	97	0	125	29	13	14	41	1.85
2973184--2973357	60	2.9	60	83	10	180	33	19	4	42	1.70
2973481--2973645	60	2.8	60	81	5	190	40	2	24	33	1.68
2973733--2973815	41	2.0	41	100	0	166	27	28	21	21	1.99
2976789--2977229	223	2.0	217	92	4	742	37	17	14	29	1.90
2980046--2980150	37	2.8	37	86	0	147	40	15	12	32	1.84
2980753--2980814	25	2.5	26	79	12	76	29	1	3	66	1.17
2980753--2980813	28	2.1	30	82	11	74	27	1	3	67	1.16
2980766--2980803	18	2.1	18	90	9	60	21	2	2	73	1.07
2980820--2980887	28	2.4	28	79	18	70	30	2	0	66	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15