genome.fa.s7746.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110009_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3674400

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936606--1936664	6	9.8	6	79	20	70	81	1	15	1	0.86
1936606--1936664	19	3.3	18	77	22	70	81	1	15	1	0.86
1936610--1936661	23	2.2	23	86	10	70	82	1	13	1	0.84
1937671--1938113	135	3.3	134	86	1	618	34	15	20	28	1.94
1938334--1938392	24	2.5	24	88	2	84	37	40	20	1	1.63
1939573--1941625	957	2.1	957	90	1	3204	37	13	14	35	1.84
1942990--1943065	30	2.6	29	78	12	75	30	10	5	53	1.57
1943323--1943377	28	2.0	28	82	7	67	23	9	3	63	1.40
1943375--1943418	14	3.2	14	81	15	56	9	9	6	75	1.20
1943375--1943417	13	3.2	13	84	12	52	9	9	6	74	1.22
1946895--1946952	13	4.5	13	82	0	62	39	18	20	20	1.92
1967878--1967912	18	1.9	18	94	0	61	51	8	11	28	1.67
1970300--1970360	29	2.2	27	82	8	70	29	4	14	50	1.64
1970723--1970861	69	2.0	69	84	2	181	28	14	28	28	1.95
1972605--1972634	9	3.4	9	95	4	53	36	13	10	40	1.78
1975646--1975701	14	3.9	14	76	17	53	33	1	7	57	1.37
1975849--1975903	2	28.0	2	96	3	103	50	0	0	49	1.00
1978821--1978852	14	2.3	14	94	0	55	25	6	37	31	1.81
1981561--1981613	19	2.7	19	80	11	63	20	16	9	52	1.71
1988674--1988726	22	2.4	22	90	3	79	83	0	15	1	0.74
1988676--1988722	13	3.3	14	85	8	60	80	0	17	2	0.80
1988674--1988727	16	3.4	16	80	12	58	83	0	14	1	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015455--2015500	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
2025085--2025198	8	13.1	9	76	17	84	48	3	0	47	1.25
2025085--2025197	17	6.9	17	75	17	75	48	3	0	46	1.25
2025131--2025198	2	35.0	2	94	5	122	50	0	0	50	1.00
2026893--2026970	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
2031162--2031207	19	2.3	20	78	14	60	17	13	10	58	1.62
2032582--2032880	45	6.7	45	86	4	295	28	23	10	37	1.88
2032728--2032959	44	5.4	45	77	13	213	28	26	10	34	1.89
2039678--2039851	45	3.9	45	93	1	278	26	22	10	40	1.86
2039675--2039888	90	2.4	89	86	3	295	26	23	10	38	1.88
2039688--2039967	45	6.5	45	79	10	185	28	23	11	36	1.89
2039826--2039976	79	1.9	79	93	0	257	29	25	10	34	1.90
2040382--2040436	22	2.7	20	83	10	74	21	30	16	30	1.95
2043029--2043064	18	2.0	18	88	0	54	27	2	0	69	1.02
2056166--2056221	21	2.7	21	100	0	112	33	19	14	32	1.92
2071631--2071812	29	6.2	28	77	17	165	75	1	19	3	1.02
2071633--2071809	7	24.6	7	71	19	71	75	1	19	3	1.04
2071631--2071816	58	3.2	57	79	15	195	75	1	18	3	1.03
2071696--2071796	37	2.7	36	80	9	112	76	1	18	2	1.01
2074133--2074460	42	7.8	42	75	8	272	25	17	16	40	1.91
2074299--2074415	38	3.0	37	74	18	110	26	17	16	40	1.90
2074260--2074415	80	2.0	80	88	2	233	26	19	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074398--2074734	45	7.5	44	77	7	193	24	15	18	40	1.90
2074496--2074750	135	1.9	135	78	4	282	24	16	17	41	1.90
2075520--2076079	134	4.2	134	82	3	669	30	19	19	31	1.96
2076218--2076272	3	17.7	3	80	14	58	30	1	0	67	1.01
2076238--2076273	7	5.3	7	93	6	65	27	0	0	72	0.85
2076217--2076273	14	4.2	13	81	14	71	29	1	0	68	1.00
2077378--2077421	17	2.6	17	100	0	88	79	0	11	9	0.93
2079257--2079300	21	2.1	21	91	0	70	38	11	13	36	1.81
2079437--2079473	15	2.3	17	81	13	51	64	2	0	32	1.07
2080785--2080820	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
2083381--2083867	82	5.9	82	85	3	609	34	10	18	36	1.86
2083381--2083865	167	2.9	163	82	5	614	34	10	18	36	1.86
2083380--2083867	249	2.0	249	90	0	762	34	11	18	36	1.86
2085631--2085676	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2090677--2090755	40	2.0	40	87	0	113	17	20	37	24	1.93
2090862--2090953	29	3.1	30	78	7	91	39	35	4	20	1.73
2096953--2097004	13	3.8	13	71	14	50	69	1	0	28	0.99
2096949--2097022	29	2.5	29	91	4	112	68	4	0	27	1.07
2096951--2097004	21	2.6	19	76	23	56	70	1	0	27	0.98
2098454--2098484	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2098759--2098797	18	2.2	18	85	0	51	48	0	0	51	1.00
2098752--2098804	23	2.5	20	80	17	54	50	1	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103970--2104034	22	3.0	22	95	0	112	10	21	47	20	1.80
2104033--2104110	19	4.1	19	88	8	113	28	29	24	17	1.98
2104031--2104109	9	8.3	9	79	10	86	27	29	26	16	1.97
2110604--2110661	10	5.4	10	78	15	62	8	24	48	18	1.76
2110597--2110661	22	3.0	22	95	0	112	10	24	46	18	1.81
2110597--2110656	12	5.3	12	84	15	92	11	25	45	18	1.83
2110658--2110746	9	9.3	9	70	11	61	28	28	24	19	1.98
2110664--2110747	10	8.7	10	70	11	68	28	28	22	20	1.98
2110683--2110747	19	3.4	19	86	2	85	29	27	23	20	1.98
2110664--2110747	29	2.9	29	73	8	73	28	28	22	20	1.98
2112416--2112575	65	2.5	65	86	5	209	26	19	23	30	1.98
2112416--2112616	65	3.1	63	80	13	187	26	18	23	30	1.98
2113075--2113113	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2115228--2115406	90	2.0	91	91	1	288	36	11	7	44	1.68
2121929--2121984	21	2.7	21	97	0	103	21	26	26	25	1.99
2122042--2122194	65	2.5	59	85	10	184	25	20	24	30	1.99
2122042--2122246	65	3.3	61	76	15	179	25	19	23	30	1.98
2124011--2124062	26	2.0	26	88	3	79	34	28	1	34	1.69
2127675--2127747	30	2.4	30	97	0	137	49	30	8	12	1.69
2131451--2131531	17	4.8	17	71	13	51	74	0	8	17	1.06
2131883--2131930	18	2.6	19	77	12	64	68	4	6	20	1.28
2131984--2132048	23	2.8	24	79	13	64	67	1	1	29	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132001--2132045	19	2.4	18	81	3	54	66	2	0	31	1.04
2142924--2143472	136	4.1	136	83	2	647	34	17	20	28	1.95
2147519--2147557	18	2.2	18	85	0	51	5	28	25	41	1.77
2157130--2157167	20	1.9	20	89	10	60	21	21	23	34	1.97
2157151--2157221	19	3.8	19	81	9	74	19	28	28	23	1.99
2157131--2157218	9	9.3	9	73	9	59	19	27	26	27	1.99
2157215--2157255	5	7.8	5	84	10	55	19	53	21	4	1.63
2157214--2157262	22	2.2	22	100	0	98	18	48	22	10	1.77
2157252--2157282	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2164449--2164506	10	5.9	10	80	15	68	20	27	22	29	1.99
2164449--2164506	20	3.0	20	89	2	91	20	27	22	29	1.99
2164450--2164513	29	2.2	29	89	10	96	18	28	25	28	1.98
2164515--2164553	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
2164543--2164573	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2167160--2167424	137	1.9	137	86	3	381	41	12	14	30	1.83
2169502--2169557	19	2.8	21	72	22	57	23	21	8	46	1.79
2169777--2171030	117	10.7	117	80	6	1256	26	22	14	36	1.92
2169777--2171016	235	5.3	233	82	4	1349	26	23	14	36	1.92
2169777--2171009	352	3.5	346	83	5	1442	26	22	14	36	1.92
2172534--2172706	54	3.2	54	79	9	165	39	19	10	29	1.86
2174797--2174861	20	2.9	23	82	13	66	1	18	1	78	0.91
2174823--2174877	20	2.7	20	84	15	69	1	18	1	78	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174792--2174877	21	4.2	21	74	10	63	2	18	1	77	0.93
2174824--2174896	19	3.7	19	81	15	62	4	17	2	75	1.08
2174835--2174896	19	3.3	18	82	14	65	4	17	1	75	1.05
2178390--2178650	137	1.9	136	89	2	407	39	13	15	31	1.86
2180884--2181232	111	3.1	111	92	2	583	43	14	15	26	1.85
2181110--2181558	182	2.5	182	91	0	729	43	13	15	27	1.84
2182396--2182490	43	2.2	43	98	0	181	37	5	12	44	1.65
2182464--2182497	17	2.0	17	88	0	50	32	8	14	44	1.76
2184036--2184095	2	30.0	2	93	0	102	46	3	0	50	1.18
2185923--2185979	30	1.9	30	92	0	96	40	22	28	8	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15