genome.fa.s7776.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007776.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2207776

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3624--3668	23	2.0	22	86	4	63	57	13	2	26	1.48
6964--7006	20	2.2	20	87	4	61	67	0	13	18	1.23
6958--7011	20	2.9	18	76	15	56	66	0	14	18	1.25
13865--13910	23	2.0	23	83	8	58	56	13	2	28	1.48
16637--16681	11	4.1	11	79	0	54	28	33	13	24	1.93
16637--16678	22	1.9	22	95	0	75	28	33	11	26	1.92
17366--17426	31	2.0	31	84	12	81	39	22	14	22	1.91
17397--17498	37	2.8	37	92	0	168	37	20	15	26	1.93
22375--22496	61	2.0	61	93	0	208	25	18	21	35	1.95
23959--24547	55	10.7	55	81	5	526	32	18	21	28	1.96
23959--24542	166	3.5	167	82	6	625	31	18	21	28	1.97
23959--24547	111	5.3	110	78	8	556	32	18	21	28	1.96
23959--24507	221	2.5	220	83	5	691	31	18	21	28	1.97
24738--24791	3	17.0	3	85	11	72	33	0	0	66	0.92
24739--24791	16	3.3	16	94	0	88	33	0	0	66	0.92
24746--24791	13	3.5	13	91	5	67	34	0	0	65	0.93
28847--28893	18	2.7	18	93	3	78	27	31	8	31	1.87
38733--38771	19	2.1	19	100	0	78	25	10	25	38	1.87
40265--40310	24	1.9	24	86	0	65	52	0	4	43	1.21
42875--42944	35	2.0	35	85	0	95	24	12	14	48	1.78
49402--49474	32	2.3	32	82	0	92	38	19	16	26	1.92
51593--51656	3	21.3	3	96	0	119	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58614--58641	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
60737--60803	35	1.9	35	96	0	125	22	5	37	34	1.79
62839--62909	35	2.0	35	97	0	133	36	15	2	45	1.61
63977--64021	22	2.0	23	91	4	74	48	0	0	51	1.00
65478--65534	27	2.1	27	100	0	114	22	26	28	22	1.99
65843--65928	31	2.8	31	92	0	127	25	19	17	37	1.94
66631--66666	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
67614--67652	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
68981--69019	19	2.1	19	85	9	53	74	0	5	20	1.01
69519--69767	36	7.1	37	76	8	236	43	9	14	32	1.78
69951--70086	59	2.3	59	87	6	195	36	10	25	28	1.89
70072--70190	64	1.9	63	85	5	168	45	6	15	31	1.73
70243--70278	19	1.9	19	94	5	65	47	0	11	41	1.39
70881--70947	26	2.6	26	78	2	73	47	1	14	35	1.54
71501--71553	17	3.1	16	79	12	61	9	9	1	79	1.02
71501--71551	18	2.9	18	81	16	54	9	9	1	78	1.04
74471--74498	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
77688--78058	153	2.4	155	81	6	396	48	6	18	26	1.73
80096--80130	5	6.8	5	96	3	61	2	17	0	80	0.84
80128--80169	4	10.2	4	82	14	50	19	4	0	76	0.96
80082--80167	25	3.6	25	72	13	92	12	9	0	77	0.98
80197--80257	27	2.3	27	75	8	63	19	11	3	65	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81052--81099	19	2.5	19	96	0	87	27	20	29	22	1.99
81129--81168	19	2.2	18	86	8	55	20	20	32	27	1.97
81156--81220	18	3.7	18	97	2	123	35	18	18	27	1.94
81919--81984	25	2.6	25	97	0	123	50	27	0	22	1.50
87720--87759	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
90634--90670	13	2.8	13	100	0	74	29	40	13	16	1.86
93932--94194	95	2.7	95	84	4	305	33	18	16	31	1.93
95528--95631	34	2.9	35	90	5	156	29	20	10	39	1.86
95644--96011	36	10.3	36	77	9	335	23	20	13	42	1.87
95528--96011	210	2.3	210	89	3	735	25	20	12	41	1.87
95933--95995	21	3.2	21	66	27	57	26	20	12	39	1.89
95855--96011	73	2.1	74	81	9	196	22	20	14	42	1.88
96000--96084	34	2.7	31	79	12	100	36	20	10	32	1.87
97428--97470	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
97493--97560	21	3.3	21	80	10	77	22	2	1	73	1.05
97493--97560	4	16.5	4	80	11	75	22	2	1	73	1.05
97493--97561	25	2.8	25	80	8	86	21	2	1	73	1.04
97500--97563	33	1.9	33	90	6	103	20	4	0	75	0.99
97509--97583	33	2.3	33	86	9	100	20	6	0	73	1.05
100841--100900	23	2.6	23	83	0	75	41	10	16	31	1.81
100999--101048	23	2.2	23	92	0	82	38	12	18	32	1.87
100799--101192	158	2.5	157	92	1	637	40	13	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101307--102050	240	3.0	248	95	3	1360	34	10	16	38	1.84
103972--104342	200	1.9	200	90	2	602	32	14	13	39	1.85
104209--104443	128	1.8	129	90	2	384	30	14	11	43	1.81
104851--104921	19	3.7	19	74	10	72	36	18	0	45	1.50
104862--104919	20	3.0	20	73	12	66	36	15	0	48	1.45
105490--106084	183	3.3	182	91	1	967	28	16	14	40	1.87
105907--106246	162	2.1	163	89	1	522	26	17	13	42	1.86
107766--107808	21	2.0	23	86	9	63	48	6	13	30	1.69
108932--108993	32	1.9	32	83	6	81	32	22	19	25	1.97
116714--116746	13	2.5	13	100	0	66	90	0	9	0	0.44
117991--118100	39	2.8	38	79	15	116	35	16	21	26	1.94
119095--119280	56	3.3	57	95	2	340	29	6	12	51	1.65
119538--119632	43	2.3	39	87	7	136	17	23	24	34	1.96
120856--120974	60	2.0	60	89	0	184	39	14	21	25	1.90
122244--122463	37	5.8	38	84	6	259	34	16	13	35	1.88
122242--122463	73	2.9	75	85	5	295	33	16	13	36	1.88
125345--125396	21	2.6	19	88	11	86	36	21	42	0	1.53
125406--125459	20	2.7	20	97	0	99	38	22	38	0	1.54
125978--126107	43	3.2	41	85	8	176	25	25	17	31	1.97
125809--126125	42	7.6	42	74	15	171	29	24	18	27	1.98
131064--131177	44	2.6	44	91	5	178	31	9	11	47	1.72
131167--131249	41	2.0	41	100	0	166	31	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137364--137411	21	2.3	21	96	0	87	27	18	12	41	1.86
137891--137932	21	2.0	21	90	4	66	23	0	11	64	1.27
137934--137973	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
137962--138256	37	8.4	38	74	17	246	47	3	6	43	1.45
138035--138170	26	5.3	26	71	18	90	47	1	6	44	1.38
137997--138144	76	1.9	76	85	5	201	46	3	5	44	1.43
138070--138195	63	2.0	61	93	3	216	47	2	6	43	1.41
138095--138155	26	2.3	26	94	0	104	47	1	6	44	1.39
138274--138309	3	12.0	3	87	0	54	33	5	0	61	1.19
138274--138309	12	3.0	12	95	0	63	33	5	0	61	1.19
143190--143255	33	2.0	33	96	0	123	28	18	22	30	1.97
147998--148044	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
158112--158210	39	2.5	39	75	3	110	19	35	2	43	1.62
163294--163392	39	2.5	39	80	6	121	18	39	3	39	1.66
166912--166953	18	2.3	19	80	12	52	28	19	16	35	1.93
169857--169893	17	2.1	18	90	5	58	40	2	13	43	1.58
176102--176159	21	2.8	21	79	10	82	22	17	25	34	1.96
178059--178110	17	3.1	17	85	0	77	73	3	19	3	1.15
184876--184908	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
187895--187932	14	2.7	14	91	0	67	47	23	21	7	1.77
189073--189120	2	24.0	2	95	0	78	45	4	0	50	1.21
190524--190562	19	2.1	19	95	0	69	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195211--195387	88	2.0	88	92	2	293	36	18	16	28	1.93
201311--201384	31	2.4	31	86	0	103	33	13	25	27	1.93
202210--206465	4	1074.5	4	82	6	4636	26	4	24	44	1.72
212557--212809	80	3.1	80	90	1	389	32	26	20	20	1.97
216715--216760	22	2.0	24	83	12	60	45	6	19	28	1.75
220277--220314	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
222464--222512	16	3.1	16	100	0	98	32	0	24	42	1.55
224853--224878	13	2.0	13	100	0	52	7	30	0	61	1.24
226606--226645	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
227601--227660	20	2.9	21	87	7	86	30	25	26	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11