genome.fa.s7776.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007776.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2207776

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  4  of  11  ( 1243 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716115--716192	25	3.0	25	79	15	88	15	2	2	79	0.95
720117--720309	96	2.0	95	91	1	314	34	15	18	32	1.92
721593--721721	36	3.6	34	81	11	141	27	20	13	38	1.90
721648--721710	21	3.3	21	70	25	75	25	22	9	42	1.83
721618--721934	36	9.2	36	74	17	289	28	18	12	41	1.86
721648--722107	201	2.2	201	87	6	663	26	18	13	41	1.87
721949--722107	37	4.4	36	84	3	221	23	19	15	40	1.90
721949--722107	73	2.2	73	89	1	239	23	19	15	40	1.90
721760--722172	138	3.0	136	72	17	368	25	18	13	41	1.88
723552--723787	38	6.5	36	81	11	243	45	5	5	43	1.50
723723--723828	30	3.7	30	72	18	116	45	6	3	44	1.48
723723--723844	55	2.2	55	98	0	235	44	6	4	44	1.51
723820--723893	32	2.3	32	84	6	89	45	1	6	45	1.38
723819--723904	32	2.6	31	80	10	82	45	1	5	47	1.34
723905--723948	20	2.2	20	84	8	54	25	2	2	70	1.10
723912--723958	14	3.3	14	90	3	67	19	4	2	74	1.09
724713--724738	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
727190--727232	22	2.0	21	86	8	61	25	0	0	74	0.82
730680--730710	16	1.9	16	93	0	53	19	9	16	54	1.68
731805--731904	33	3.1	33	85	2	132	36	23	14	27	1.93
736530--736629	33	3.1	33	86	2	141	37	23	13	27	1.91
744067--744107	20	2.0	21	86	13	59	31	9	24	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751907--751961	28	2.0	28	100	0	110	36	18	14	30	1.91
753356--753428	21	3.6	21	78	7	80	54	0	2	42	1.14
768229--768301	25	2.9	25	100	0	146	47	10	12	28	1.75
768303--768341	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
768526--768944	209	2.0	209	98	0	802	30	10	16	41	1.82
771424--771464	18	2.3	18	95	0	73	14	21	46	17	1.84
771737--771832	3	32.7	3	74	19	78	65	0	2	32	1.04
771753--771817	26	2.5	26	100	0	130	72	0	3	24	0.99
772069--772500	122	3.6	121	84	5	467	25	19	13	40	1.89
772308--772643	113	3.0	113	82	6	421	29	18	12	38	1.88
773759--773801	21	2.2	19	84	15	61	60	6	9	23	1.51
784733--784792	28	2.1	28	81	6	68	60	1	5	33	1.29
785276--785321	19	2.4	19	82	10	58	43	2	2	52	1.25
787005--787080	3	25.7	3	73	17	52	60	0	1	38	1.05
791389--791439	21	2.4	21	90	3	75	66	3	0	29	1.09
793920--793959	21	1.9	21	89	0	62	20	17	22	40	1.92
793921--793966	21	2.2	21	84	0	56	21	19	23	34	1.96
796476--796523	25	1.9	25	100	0	96	39	8	14	37	1.76
797072--797121	23	2.2	22	85	3	64	50	0	2	48	1.12
797267--797303	20	1.9	19	89	10	58	21	21	10	45	1.82
797752--797778	14	1.9	14	100	0	54	55	14	7	22	1.64
800128--800196	31	2.2	31	89	0	111	27	7	10	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801299--801333	18	1.9	18	94	0	61	54	0	2	42	1.15
808964--809023	20	2.8	20	87	7	75	20	33	23	23	1.97
811279--811326	25	2.0	24	91	4	78	39	0	33	27	1.57
813979--814054	21	3.6	21	65	10	57	55	6	2	35	1.40
814071--814148	41	1.9	41	94	0	138	50	10	2	37	1.50
813973--814228	104	2.4	105	88	2	390	51	8	4	35	1.52
816508--816538	16	1.9	16	93	0	53	19	16	38	25	1.92
817266--817347	16	5.1	16	77	0	65	13	7	26	52	1.66
826508--826553	24	2.0	24	83	12	60	19	8	13	58	1.60
826916--826950	4	8.5	4	87	6	52	48	2	0	48	1.16
831031--831092	31	2.0	31	90	0	97	41	9	8	40	1.67
831679--831724	18	2.5	18	85	3	56	2	28	23	45	1.65
833309--833367	23	2.7	22	87	10	86	22	25	28	23	1.99
848668--848883	55	3.9	54	85	3	281	29	20	23	27	1.99
850499--850688	33	5.8	33	72	15	142	16	8	31	42	1.79
850628--850705	33	2.3	33	86	2	102	14	7	33	44	1.73
851261--851291	16	1.9	16	93	0	53	32	29	0	38	1.57
853041--853137	29	3.2	30	87	8	135	45	5	11	38	1.62
853404--853446	19	2.3	19	84	8	52	53	2	0	44	1.13
854162--854236	38	2.0	37	82	5	89	49	4	1	45	1.29
858531--858678	74	2.0	74	81	3	174	30	16	17	35	1.92
859172--859198	13	2.1	13	100	0	54	14	14	25	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863919--864023	2	55.0	2	80	12	87	47	4	1	45	1.34
865631--866019	183	2.1	183	88	4	570	46	9	2	41	1.49
867882--867939	2	29.5	2	96	3	109	48	0	0	51	1.00
868012--868064	24	2.2	25	83	10	65	33	1	3	60	1.26
868059--868121	25	2.5	25	80	14	67	25	4	0	69	1.07
868136--868196	2	31.0	2	96	3	115	49	0	0	50	1.00
868307--868377	30	2.3	31	79	13	76	18	7	5	69	1.32
871731--871782	26	1.9	28	84	7	72	17	5	7	69	1.33
872637--872692	3	18.3	3	81	3	67	32	1	1	64	1.14
874686--874710	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
874853--874877	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
879344--879484	35	4.0	35	92	0	237	28	19	26	26	1.99
882417--882474	30	1.9	30	93	6	100	32	6	17	43	1.75
882558--882609	21	2.5	21	93	0	86	21	38	17	23	1.93
882556--882654	42	2.4	42	80	11	114	22	35	19	23	1.96
882674--882747	20	3.7	20	81	3	94	22	24	24	28	2.00
882674--882729	21	2.8	20	86	2	76	25	23	25	26	2.00
882796--882857	13	5.5	13	66	33	54	30	29	20	19	1.97
882795--882867	21	3.5	21	98	0	137	31	28	20	19	1.97
884177--884214	16	2.4	16	100	0	76	39	0	42	18	1.50
886034--886102	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
886043--886102	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886182--886280	21	4.8	20	83	10	119	23	35	20	21	1.96
886213--886280	13	4.9	14	73	18	54	22	35	20	22	1.96
886352--886450	21	4.8	20	83	10	119	23	35	20	21	1.96
886383--886450	13	4.9	14	73	18	54	22	35	20	22	1.96
886152--886492	170	2.0	170	100	0	682	25	28	21	24	1.99
886470--886544	20	3.7	20	85	3	105	21	25	24	29	1.99
887738--887888	43	3.6	43	84	5	191	27	13	28	30	1.94
887964--888444	90	5.3	90	90	1	687	26	18	19	35	1.95
896153--896225	32	2.3	32	95	0	128	21	12	1	64	1.35
896169--896224	16	3.5	15	71	20	51	19	14	1	64	1.38
899798--899836	13	3.1	13	85	3	53	84	10	5	0	0.76
899872--899928	7	8.0	7	84	7	53	77	1	19	1	0.95
899877--899909	17	1.9	17	93	0	57	75	3	21	0	0.93
901019--901262	106	2.3	107	88	4	359	34	26	17	22	1.95
902894--902942	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
902956--903008	24	2.2	25	83	10	65	33	1	3	60	1.26
903002--903040	17	2.3	17	86	0	51	23	2	0	74	0.94
903003--903065	25	2.5	25	80	10	65	23	4	0	71	1.05
903068--903103	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
903420--903444	13	1.9	13	100	0	50	8	0	4	88	0.64
906314--906368	10	5.5	10	75	14	51	23	0	10	65	1.24
906321--906368	20	2.4	20	96	0	87	22	0	12	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915482--915586	47	2.1	48	83	10	124	45	13	3	37	1.61
915652--915731	16	5.0	16	82	0	106	46	20	18	15	1.84
915653--915731	32	2.5	32	100	0	158	46	18	18	15	1.84
915741--915772	16	2.0	16	93	0	55	53	18	9	18	1.71
916161--916320	83	1.9	83	80	9	184	42	8	3	45	1.51
916483--916549	29	2.3	29	80	10	75	46	0	4	49	1.22
916667--916727	32	1.9	32	82	0	77	50	0	1	47	1.10
917497--917537	22	1.9	21	85	5	55	43	0	4	51	1.23
934430--934480	16	2.9	19	75	18	58	70	5	1	21	1.18
934430--934493	34	1.9	34	90	9	105	71	4	1	21	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11