genome.fa.s7776.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007776.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2207776

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229032--229251	105	2.1	103	93	1	368	25	13	23	37	1.91
229261--229335	23	3.3	23	83	3	91	25	20	22	32	1.98
232352--233247	5	183.4	5	91	8	1485	59	0	0	40	0.97
233484--233916	136	3.2	134	90	4	646	26	22	17	34	1.96
233892--233933	17	2.5	17	100	0	84	19	26	4	50	1.67
234920--235018	15	6.5	15	78	16	73	9	15	0	75	1.03
234935--235026	7	11.5	8	77	13	57	7	13	0	79	0.93
234962--235009	7	6.7	7	92	2	78	12	10	0	77	1.00
234942--235029	8	11.9	7	78	14	63	7	13	0	78	0.96
245345--245440	49	2.0	47	82	13	115	35	19	8	36	1.82
249186--249234	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
250745--251065	103	3.1	103	95	0	563	26	12	23	37	1.91
251082--251164	23	3.6	23	95	0	139	20	26	27	25	1.99
254415--254456	22	2.0	22	85	4	59	28	35	28	7	1.84
255972--256292	103	3.1	103	94	0	561	26	13	23	36	1.92
256312--256368	23	2.5	23	88	0	78	22	24	26	26	2.00
257185--257233	12	4.2	12	84	12	66	61	0	0	38	0.96
257194--257245	19	2.8	19	80	11	63	57	0	0	42	0.98
257194--257240	2	26.0	2	76	20	50	57	0	0	42	0.98
257194--257240	10	4.4	11	89	10	62	57	0	0	42	0.98
257194--257240	9	5.2	10	80	14	50	57	0	0	42	0.98
259655--259698	18	2.6	18	85	7	56	59	0	20	20	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262859--262900	20	2.1	20	100	0	84	14	38	28	19	1.90
269765--269803	20	2.0	20	100	0	78	10	30	33	25	1.89
275367--275467	36	2.8	37	79	8	116	39	12	14	32	1.85
275909--275993	11	7.3	11	71	17	55	34	3	2	60	1.27
275942--275984	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
279522--279583	23	2.7	22	80	9	72	79	4	14	1	0.98
281080--281182	36	2.9	36	92	1	163	25	23	13	37	1.91
281301--281387	37	2.4	37	86	5	115	25	21	13	39	1.90
281402--281488	36	2.4	36	88	0	120	26	20	12	40	1.88
281098--281488	102	3.9	102	93	1	662	29	20	12	37	1.89
281097--281553	205	2.2	202	87	3	675	28	20	12	37	1.90
281430--281588	67	2.4	67	85	4	214	32	21	11	35	1.89
282168--282795	219	2.9	213	79	7	591	32	25	19	21	1.97
282168--282798	109	5.9	107	81	8	569	32	25	19	22	1.97
283256--283356	36	2.8	37	80	8	116	40	11	13	33	1.82
284243--284288	23	1.9	25	82	8	60	30	10	0	58	1.32
287326--287396	20	3.3	20	82	9	70	78	5	14	1	0.99
288857--289137	36	7.9	36	75	10	274	26	21	13	38	1.91
288860--289035	73	2.4	74	90	0	282	25	22	13	39	1.90
288939--289235	103	2.9	101	92	3	483	28	19	13	37	1.90
289051--289137	37	2.4	37	86	5	115	25	21	13	39	1.90
288939--289302	101	3.6	102	85	4	457	28	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289190--289335	67	2.2	67	88	4	224	32	23	10	33	1.89
289912--290541	109	5.9	107	83	6	590	32	25	20	21	1.98
290998--291073	36	2.1	37	87	7	111	40	14	14	30	1.86
291537--291616	11	7.3	11	70	20	51	33	3	2	60	1.28
292978--293242	80	3.3	79	87	3	361	32	25	19	22	1.97
297859--297899	2	20.5	2	94	0	73	0	48	0	51	1.00
298304--298494	29	6.7	29	74	12	153	46	8	7	37	1.62
298304--298493	58	3.3	58	78	12	185	46	8	7	37	1.62
298475--298549	28	2.6	28	83	8	98	40	20	2	37	1.66
299975--300206	114	2.0	114	86	4	324	37	14	12	34	1.84
303550--303600	14	3.6	14	75	15	59	33	0	0	66	0.92
303524--303598	28	2.6	29	89	6	109	33	2	1	62	1.17
303536--303601	29	2.3	29	94	5	116	37	1	0	60	1.06
308711--308755	21	2.1	21	100	0	90	33	20	26	20	1.97
311444--311513	19	3.9	19	72	24	62	17	28	32	21	1.96
312463--312742	31	9.0	31	94	0	481	19	18	23	38	1.93
313223--313265	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
313685--313797	60	1.9	60	86	0	163	31	15	14	38	1.87
314851--315258	152	2.7	153	95	0	737	32	15	18	33	1.92
315430--315468	10	3.9	10	93	0	60	12	12	20	53	1.71
315421--315471	20	2.3	22	74	19	52	15	15	19	49	1.80
316555--316612	16	3.6	16	90	0	71	10	8	20	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318297--318436	41	3.4	41	81	3	165	27	21	19	31	1.97
324500--324908	191	2.1	190	86	2	568	40	6	9	44	1.61
328726--328861	59	2.3	59	83	3	166	36	12	14	36	1.84
330468--330524	19	2.7	22	78	15	75	31	5	28	35	1.79
330473--330539	19	3.2	19	76	17	62	34	5	28	31	1.81
330583--330705	65	1.9	64	96	1	228	37	9	21	31	1.86
330834--330872	5	7.6	5	85	2	51	0	20	51	28	1.48
331029--331121	20	4.6	20	76	7	89	23	21	24	30	1.99
331012--331203	61	3.2	62	75	12	150	22	18	25	33	1.97
331147--331202	19	2.9	19	97	0	103	21	16	30	32	1.95
332459--332483	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
332459--332496	14	2.8	14	88	4	51	63	0	5	31	1.17
336949--336987	19	2.0	20	95	5	71	15	10	20	53	1.70
338158--338235	41	2.0	41	82	10	99	56	5	6	32	1.47
338840--338899	13	4.8	13	76	15	72	26	0	1	71	0.95
338840--338904	21	3.3	20	73	20	66	26	0	1	72	0.94
338842--338904	29	2.2	29	83	11	76	25	0	1	73	0.93
338844--338886	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
339151--339194	21	2.1	21	91	4	72	75	0	0	25	0.81
339151--339202	20	2.5	21	87	3	70	73	1	0	25	0.94
339169--339210	15	2.7	15	88	3	57	71	2	0	26	0.98
339676--339737	3	21.7	3	77	12	51	30	3	0	66	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339664--339704	19	2.0	21	86	9	59	36	2	0	60	1.10
339668--339724	16	3.3	18	76	16	66	31	1	0	66	1.02
339692--339747	28	2.0	28	82	6	69	28	1	0	69	0.98
339670--339747	34	2.3	35	78	12	92	30	2	0	66	1.05
341458--341503	23	2.0	23	82	0	56	15	2	13	69	1.28
346833--346865	16	2.1	16	94	0	57	54	30	9	6	1.56
360743--360960	30	7.4	29	72	11	138	15	16	10	58	1.63
360794--360969	60	3.0	57	77	8	167	15	15	10	59	1.61
362132--362274	30	4.9	29	73	14	96	13	15	11	59	1.61
362167--362304	30	4.7	28	73	15	91	12	15	13	58	1.63
362238--362310	30	2.4	31	84	6	96	12	16	15	56	1.68
383119--383161	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
383119--383225	20	5.2	20	68	26	62	14	20	0	65	1.27
383131--383263	64	2.1	64	100	0	266	14	22	0	63	1.30
386511--386560	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
390129--390174	24	1.9	24	86	0	65	30	34	21	13	1.91
394072--394158	31	2.8	31	91	5	133	24	18	20	36	1.95
394142--394196	22	2.5	21	77	8	56	25	18	25	30	1.98
403895--403979	43	2.0	43	93	4	145	32	21	2	43	1.65
409958--410109	80	1.9	80	80	2	180	39	11	13	35	1.81
410152--410965	176	4.9	171	82	9	865	43	15	13	28	1.84
410405--410965	161	3.5	160	81	9	648	42	16	12	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
418202--418240	14	2.8	14	88	0	60	28	12	5	53	1.60
426272--426348	22	3.5	22	96	0	145	33	11	14	40	1.82
427005--427176	76	2.3	76	91	0	281	25	20	20	33	1.97
427198--427692	112	4.4	113	90	3	745	37	14	19	28	1.91
427662--427710	17	2.9	17	69	25	50	42	12	22	22	1.86
427472--428033	301	1.8	302	89	4	878	37	15	18	28	1.92
427771--428131	113	3.2	113	94	1	618	38	15	19	26	1.92
428087--428152	20	3.3	20	65	23	57	50	10	24	15	1.75
428077--428251	40	4.4	40	91	5	277	48	10	21	20	1.78
429807--430081	149	1.9	146	87	6	412	38	5	6	48	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11