genome.fa.s7776.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007776.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2207776

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1355293--1355352	22	2.7	22	92	2	93	56	3	1	38	1.26
1356394--1356491	42	2.3	43	89	1	144	22	13	29	34	1.92
1357462--1357508	7	6.7	7	83	11	53	0	12	2	85	0.70
1357468--1357619	78	1.9	78	85	5	209	9	20	9	60	1.55
1357545--1357586	11	3.7	11	87	6	57	0	16	0	83	0.65
1357545--1357585	12	3.4	12	93	6	66	0	14	0	85	0.60
1357551--1357584	17	2.1	16	94	5	59	0	14	0	85	0.60
1366774--1366898	17	8.1	15	70	16	78	73	0	7	18	1.10
1366774--1366904	9	14.6	9	69	21	71	73	0	6	19	1.10
1366865--1366919	18	3.1	18	75	17	53	70	0	10	18	1.15
1367059--1367086	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
1367138--1367193	26	2.2	25	81	9	67	57	1	1	39	1.20
1368203--1368256	2	29.5	2	77	17	55	53	1	0	44	1.11
1368203--1368256	7	8.0	7	76	19	53	53	1	0	44	1.11
1369096--1369183	30	2.9	30	89	0	131	53	14	10	21	1.70
1373478--1373507	8	3.6	8	91	8	51	33	0	0	66	0.92
1373478--1373506	9	3.3	9	95	4	51	31	0	0	68	0.89
1375051--1375145	48	2.0	48	95	0	172	30	13	6	49	1.67
1376828--1376903	38	2.0	38	89	5	118	23	19	28	27	1.98
1376822--1376941	38	2.9	40	75	18	113	24	21	26	27	1.99
1377083--1377183	43	2.3	43	85	8	125	27	18	17	35	1.94
1383855--1383900	22	2.1	22	91	0	74	32	15	8	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1385236--1385312	30	2.6	30	79	8	77	38	6	20	33	1.79
1386963--1386998	18	2.0	18	88	0	54	25	2	16	55	1.55
1388028--1388123	38	2.5	38	86	3	131	27	21	27	23	1.99
1389196--1389429	41	5.8	40	73	16	173	30	15	22	30	1.95
1389200--1389503	81	3.8	81	84	6	345	30	16	22	30	1.96
1389353--1389502	41	3.7	40	68	18	112	28	18	24	29	1.98
1391016--1391235	43	5.1	42	79	4	192	30	22	20	27	1.98
1391023--1391235	86	2.5	84	78	7	221	30	23	19	26	1.98
1391218--1391267	27	1.9	25	88	8	73	8	18	26	48	1.75
1397943--1398002	30	2.0	31	93	6	106	30	6	16	46	1.73
1400170--1400211	21	2.0	21	90	0	66	21	26	21	30	1.98
1402934--1403034	44	2.3	44	88	6	143	28	17	26	26	1.98
1402934--1403039	23	4.8	22	83	13	128	28	17	25	28	1.98
1407432--1407489	19	3.0	20	82	7	66	25	12	10	51	1.70
1407765--1407828	33	1.9	34	87	3	94	21	37	17	23	1.94
1407762--1407832	18	4.1	18	78	12	76	19	35	22	22	1.96
1407860--1407901	21	2.0	21	90	0	66	30	21	26	21	1.98
1410411--1410539	34	3.9	34	88	3	174	34	22	14	27	1.93
1410411--1410539	67	1.9	66	84	4	170	34	22	14	27	1.93
1415040--1415140	33	3.1	33	85	5	134	36	20	14	27	1.92
1416833--1416893	17	3.8	16	85	6	79	3	13	29	54	1.55
1421127--1421159	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422065--1422203	37	3.8	37	79	9	142	42	13	12	30	1.82
1422895--1423039	4	34.2	4	71	25	56	20	1	4	73	1.07
1422911--1423035	5	25.4	5	75	13	91	20	1	4	73	1.10
1422898--1423034	51	2.7	51	95	1	247	21	1	4	72	1.09
1426044--1426086	16	2.6	16	82	13	52	81	4	13	0	0.84
1426051--1426109	15	3.7	15	76	17	57	77	6	15	0	0.96
1426051--1426111	8	7.9	7	75	24	52	78	6	14	0	0.94
1426070--1426128	19	3.2	18	77	18	59	76	8	13	1	1.09
1426761--1426815	22	2.5	22	96	0	101	36	25	12	25	1.91
1427620--1427871	37	7.2	36	77	11	247	27	19	14	38	1.91
1427672--1427727	17	3.4	16	71	20	53	23	23	17	35	1.95
1428576--1428991	105	4.0	105	85	6	551	34	24	18	23	1.96
1428571--1428990	205	2.0	212	85	5	581	34	24	18	22	1.96
1429538--1429639	34	2.8	37	89	10	167	43	14	14	27	1.85
1429535--1429665	37	3.6	37	83	10	171	41	15	12	29	1.84
1430298--1430350	22	2.3	23	78	18	58	28	5	0	66	1.15
1430368--1430462	4	22.2	4	76	19	54	20	1	3	75	0.99
1430384--1430457	5	15.4	5	80	10	75	18	1	4	75	1.03
1431586--1431736	24	6.4	24	79	3	135	38	16	17	27	1.91
1431609--1431674	12	5.5	12	66	0	51	37	15	18	28	1.91
1431779--1431890	30	3.7	30	74	11	113	56	19	8	15	1.65
1433317--1433360	18	2.4	18	92	0	70	25	22	9	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1433610--1433704	21	4.8	20	81	12	92	28	31	18	21	1.97
1437065--1437305	83	2.9	84	85	3	301	27	17	21	34	1.95
1440518--1440827	43	7.2	42	82	4	325	25	21	20	32	1.98
1440518--1440827	129	2.4	129	84	3	385	25	21	20	32	1.98
1444083--1444126	14	3.1	14	83	9	54	65	0	0	34	0.93
1448553--1448606	26	2.1	26	96	0	99	37	22	12	27	1.91
1456975--1457021	21	2.2	21	96	0	85	46	21	19	12	1.82
1458808--1458863	2	28.5	2	90	3	87	50	1	0	48	1.11
1464025--1464831	150	5.4	147	73	10	534	35	12	15	36	1.86
1472741--1472832	48	1.9	49	82	6	118	47	4	3	44	1.39
1472914--1472965	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
1472822--1473058	120	2.0	119	80	7	266	46	7	7	38	1.60
1473193--1473234	13	2.9	15	80	20	54	69	0	0	30	0.89
1473166--1473242	26	3.0	26	75	19	72	64	1	2	31	1.15
1474407--1474478	3	24.0	3	78	10	76	58	0	0	41	0.98
1474408--1474490	21	4.3	19	73	14	64	61	0	0	38	0.96
1474754--1475428	113	6.0	113	92	1	1050	28	17	14	39	1.89
1474645--1475391	339	2.2	346	88	3	1096	27	18	13	40	1.88
1475826--1475880	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
1476247--1476402	54	2.9	54	90	1	233	23	23	16	37	1.93
1480844--1480911	10	6.4	10	75	9	55	2	14	1	80	0.89
1480845--1480927	29	2.7	30	75	12	71	2	16	1	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1480889--1480921	17	1.9	17	100	0	66	0	21	0	78	0.75
1480907--1480960	26	2.0	26	96	3	99	3	16	11	68	1.33
1484251--1484307	14	4.0	14	86	2	69	50	8	15	24	1.72
1486468--1486559	48	1.9	49	82	6	118	47	4	3	44	1.39
1486641--1486692	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
1486922--1486963	13	2.9	15	80	20	54	69	0	0	30	0.89
1486895--1486971	26	3.0	26	75	19	72	64	1	2	31	1.15
1488153--1488222	3	23.0	3	82	8	88	60	0	0	40	0.97
1492998--1493556	83	6.6	85	81	6	219	24	18	22	34	1.96
1493076--1494206	167	6.7	168	86	1	1313	24	18	22	34	1.96
1493076--1494206	84	13.5	84	84	2	1349	24	18	22	34	1.96
1493076--1494206	419	2.7	419	87	1	1527	24	18	22	34	1.96
1495003--1495265	95	2.7	95	81	5	296	31	17	16	34	1.93
1502411--1502506	37	2.6	37	88	0	138	41	15	11	31	1.83
1503092--1503174	12	6.5	13	70	19	50	26	7	2	63	1.32
1503150--1503199	24	2.0	27	88	11	79	30	0	2	68	1.01
1503462--1503492	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1503646--1503726	2	40.5	2	100	0	162	49	0	0	50	1.00
1503807--1503926	11	10.1	11	67	16	53	19	4	4	72	1.18
1503850--1503928	24	3.6	21	73	15	63	15	2	5	77	1.05
1503876--1503927	24	2.1	25	85	3	70	13	3	1	80	0.93
1508406--1508461	13	4.1	14	80	17	57	83	5	8	1	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1508401--1508454	15	3.7	14	79	20	58	83	7	7	1	0.88
1508401--1508462	25	2.5	24	81	5	70	82	6	9	1	0.91
1509071--1509137	22	3.0	22	97	0	125	38	26	13	20	1.90
1510028--1511433	106	13.3	106	89	1	2069	34	24	17	23	1.96
1512858--1512904	23	2.0	24	88	12	71	29	0	0	70	0.88
1512920--1512958	11	3.6	11	86	3	53	25	5	5	64	1.35
1513426--1513480	26	2.1	27	86	6	78	36	1	0	61	1.06
1513486--1513547	22	2.8	22	82	7	63	14	3	4	77	1.06
1513512--1513561	23	2.2	23	81	0	55	18	4	0	78	0.91
1515200--1515261	31	2.0	31	87	3	90	38	24	17	19	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11