genome.fa.s7805.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2708727

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5369--5436	11	6.3	11	70	14	52	57	2	1	38	1.23
6356--6404	24	2.0	25	96	4	91	30	4	20	44	1.70
7158--7223	12	5.7	12	77	18	61	36	21	18	24	1.95
7544--7587	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
11642--11678	18	2.1	19	85	10	51	29	0	2	67	1.04
12998--13046	16	3.1	17	77	14	59	59	0	0	40	0.98
18358--18414	17	3.4	17	92	0	96	28	28	19	24	1.98
19353--19387	18	1.9	18	94	0	61	40	8	14	37	1.76
19919--19968	3	17.3	3	76	15	52	38	0	0	62	0.96
19919--19968	17	3.1	17	72	18	52	38	0	0	62	0.96
20209--20257	23	2.1	23	84	0	62	40	4	20	34	1.71
20172--20334	87	1.9	87	92	2	274	41	9	15	33	1.80
20352--21061	200	3.5	198	83	6	806	30	16	13	38	1.88
23594--23957	200	1.8	199	86	2	516	32	14	14	39	1.86
23719--24189	250	1.9	251	84	4	621	32	15	14	37	1.87
32780--32821	21	1.9	23	85	9	61	73	2	19	4	1.12
34811--34845	18	1.9	18	94	0	61	51	0	5	42	1.25
36345--36381	18	2.1	18	89	0	56	62	0	2	35	1.10
42201--42327	31	4.1	31	93	0	209	28	15	19	36	1.93
45436--45469	13	2.6	13	90	0	50	11	11	0	76	1.02
46476--46532	23	2.4	23	77	13	62	14	19	22	43	1.86
49878--49982	32	3.3	32	83	1	131	37	17	16	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53680--53704	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
54013--54079	30	2.2	31	83	2	82	32	25	20	20	1.97
54038--54131	31	3.0	31	80	6	93	34	20	18	27	1.95
54091--54195	32	3.3	31	84	6	140	37	16	16	30	1.90
67320--67356	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
67524--67579	27	2.1	27	96	0	103	32	5	3	58	1.37
68819--68865	4	12.0	4	86	8	62	74	0	0	25	0.82
68819--68865	19	2.4	20	89	7	78	74	0	0	25	0.82
69735--69806	31	2.3	31	97	0	135	30	36	12	20	1.90
71287--71326	2	19.5	2	94	5	71	50	0	2	47	1.14
76608--76658	20	2.4	21	87	6	68	84	3	9	1	0.83
76607--76666	21	2.9	22	78	9	72	78	8	11	1	1.03
83737--83785	3	16.0	3	82	4	53	28	2	4	65	1.22
89111--89158	6	7.2	6	78	21	51	79	0	20	0	0.74
89107--89158	14	3.8	14	87	7	72	78	0	21	0	0.74
89111--89187	28	2.7	29	85	4	93	75	0	24	0	0.81
89107--89167	14	4.2	14	81	12	70	78	0	21	0	0.75
89116--89180	16	4.2	16	80	13	75	75	0	24	0	0.81
95413--95475	31	2.0	31	87	6	92	19	19	23	38	1.93
98673--98811	64	2.2	64	88	2	199	33	22	17	26	1.96
99468--99530	31	2.0	31	87	6	92	19	19	23	38	1.93
99508--99563	22	2.5	22	97	0	103	12	19	33	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107385--107468	23	3.7	23	73	13	75	40	16	16	26	1.90
108914--109016	30	3.4	30	78	0	98	62	1	13	22	1.41
113912--114117	102	2.0	102	98	0	394	24	10	18	46	1.80
117734--117774	19	2.2	20	86	8	59	17	17	7	58	1.60
123106--123146	22	1.9	22	85	5	57	46	2	4	46	1.37
124353--124393	20	2.0	20	100	0	82	29	9	14	46	1.77
125389--125431	23	1.9	22	85	4	59	46	0	4	48	1.22
125423--125469	8	6.0	8	75	5	51	34	4	2	59	1.29
125453--125517	20	3.3	20	75	14	64	32	0	0	67	0.91
125491--125547	8	7.0	8	79	18	55	35	1	0	63	1.05
128156--128485	60	5.5	60	86	2	439	28	21	12	36	1.91
128156--128485	180	1.8	180	88	0	507	28	21	12	36	1.91
133630--133667	17	2.2	18	90	4	60	18	0	34	47	1.49
135732--136344	60	10.2	60	90	0	884	28	22	13	36	1.92
139121--139149	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
143640--144292	54	12.1	54	84	4	777	31	18	16	33	1.93
145962--146043	40	2.0	40	100	0	164	23	17	26	32	1.96
153215--153376	40	4.1	40	95	0	288	23	16	26	33	1.95
159583--159844	134	2.0	134	90	0	416	38	18	14	29	1.90
165947--165974	7	4.0	7	100	0	56	57	0	42	0	0.99
166237--166273	16	2.3	16	85	0	56	43	8	2	45	1.47
166697--166738	22	1.9	22	85	9	59	45	7	0	47	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166716--166755	19	2.1	19	90	0	62	50	2	0	47	1.14
167173--167202	11	2.7	11	94	0	51	50	3	20	26	1.64
167945--168101	49	3.2	48	81	7	167	33	13	21	31	1.92
171552--171576	12	2.1	12	100	0	50	40	28	0	32	1.57
184715--185033	157	2.0	156	96	2	494	28	27	16	27	1.97
190571--190642	30	2.4	31	85	4	101	29	23	5	41	1.77
193576--193621	21	2.2	21	96	0	83	23	26	23	26	2.00
202774--202821	24	2.0	24	84	8	62	27	22	14	35	1.93
204056--204088	12	2.7	12	95	4	57	42	9	0	48	1.35
206374--206415	2	22.0	2	83	9	52	45	0	2	52	1.13
206611--206658	20	2.3	22	79	17	66	54	0	10	35	1.35
207306--207358	25	2.1	25	100	0	106	11	37	11	39	1.77
208423--208480	20	2.8	21	86	2	82	37	18	12	31	1.88
208403--208480	41	1.9	41	84	2	104	33	19	16	30	1.94
208427--208480	21	2.7	20	85	2	72	40	20	9	29	1.83
208419--208491	20	3.6	20	79	3	74	34	19	16	30	1.94
213377--213423	3	15.7	3	95	0	85	34	2	0	63	1.06
213422--213456	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
213868--213915	22	2.0	23	84	11	62	68	8	22	0	1.16
213987--214035	9	5.1	9	79	13	53	77	0	22	0	0.77
213987--214035	5	10.0	5	75	20	50	77	0	22	0	0.77
213989--214035	15	3.1	15	96	0	85	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226266--226300	15	2.2	16	90	5	54	82	2	14	0	0.77
227478--227686	83	2.5	83	95	3	368	26	14	22	36	1.92
228398--228798	113	3.6	113	96	0	750	37	14	19	28	1.91
228700--228890	93	2.1	92	92	1	319	36	15	17	30	1.91
229243--229316	3	24.7	3	97	0	139	33	1	0	64	1.02
229315--229349	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
229872--229913	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
229872--229913	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
240247--240272	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
247421--247496	40	1.9	40	91	5	127	36	2	36	23	1.69
256781--256833	21	2.5	21	93	0	88	20	15	26	37	1.92
258643--258704	30	2.1	30	96	0	115	32	14	25	27	1.95
259405--259742	169	2.0	169	100	0	676	36	14	14	34	1.87
260083--260419	55	6.2	55	90	1	525	31	21	19	27	1.97
259956--260419	163	2.9	163	86	5	630	30	20	19	28	1.97
259953--260419	218	2.2	208	84	5	589	30	20	19	28	1.97
260793--260846	22	2.5	22	82	5	67	29	20	16	33	1.95
260718--260923	95	2.2	95	84	3	272	27	22	16	33	1.96
266861--267188	55	6.0	55	83	2	374	30	20	20	28	1.98
267524--267742	94	2.4	92	82	4	253	29	21	15	34	1.93
281232--281262	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
281332--281396	16	4.1	16	91	0	103	53	24	13	7	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282486--282516	14	2.2	14	100	0	62	51	29	12	6	1.65
282479--282527	24	2.0	24	92	0	80	51	24	14	10	1.73
286034--286172	45	3.3	43	74	19	139	23	22	11	43	1.85
286062--286136	36	2.1	36	94	0	132	22	22	12	42	1.86
286530--286729	95	2.1	95	83	3	242	24	22	13	40	1.90
290297--290325	7	4.3	7	91	8	51	17	27	0	55	1.42
290517--291381	431	2.0	431	85	2	1184	36	19	16	26	1.93
293359--293463	30	3.5	30	76	12	97	22	12	2	61	1.43
293378--293474	30	3.2	29	73	7	86	22	13	2	61	1.42
294898--294979	23	3.6	23	78	6	78	25	14	17	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11