genome.fa.s7805.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2708727

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1197164--1197597	113	3.9	113	89	3	646	37	15	17	29	1.92
1197158--1197679	226	2.3	221	87	3	703	38	15	18	27	1.91
1196780--1197558	382	2.1	376	90	3	1206	37	14	19	28	1.91
1197160--1197681	113	4.7	112	85	4	623	37	15	18	28	1.91
1197916--1197994	3	26.0	3	87	2	113	37	0	0	62	0.96
1200804--1200927	4	29.0	4	73	12	86	65	2	0	32	1.06
1200809--1200908	30	3.5	30	83	8	136	65	2	0	33	1.04
1200813--1200927	26	4.6	26	78	8	130	65	2	0	32	1.07
1202581--1202655	9	8.7	9	70	16	52	40	0	0	60	0.97
1216130--1216162	16	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
1222365--1222449	24	3.7	23	83	6	111	22	31	20	25	1.98
1223860--1223942	3	28.7	3	81	11	102	33	1	0	65	1.01
1224000--1224045	19	2.4	20	92	7	78	52	36	4	6	1.47
1224916--1225010	41	2.3	41	78	8	95	30	1	4	64	1.19
1224991--1225017	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1232771--1232795	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
1236852--1236891	13	3.0	13	89	10	55	77	0	20	2	0.88
1237315--1237421	44	2.4	44	84	3	126	37	14	14	34	1.86
1237317--1237421	22	4.8	22	81	6	106	38	13	14	34	1.85
1237911--1237974	20	3.2	20	65	12	60	43	9	21	25	1.82
1237769--1238224	122	3.7	123	90	1	693	40	14	18	26	1.89
1237769--1238224	245	1.9	245	88	1	700	40	14	18	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1238576--1238693	3	40.0	3	84	6	161	32	0	1	65	1.09
1259328--1259389	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
1264538--1264589	27	1.9	27	84	0	68	21	1	9	67	1.29
1264603--1264632	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1264671--1264703	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
1266281--1266313	14	2.3	15	89	5	50	36	0	3	60	1.12
1268390--1268484	29	3.2	29	82	8	120	35	15	8	40	1.78
1268391--1268484	31	3.2	30	85	5	120	36	15	8	39	1.79
1269720--1269786	31	2.1	32	88	2	100	34	10	20	34	1.87
1269771--1269851	35	2.3	35	89	4	119	38	16	19	25	1.92
1271247--1271331	39	2.2	39	91	0	134	17	25	27	29	1.98
1275899--1275977	23	3.5	23	89	1	106	10	49	22	17	1.77
1275924--1275975	10	5.2	10	80	15	54	9	51	21	17	1.73
1275899--1275994	22	4.3	22	86	1	102	10	47	22	18	1.79
1275969--1276010	16	2.5	17	84	3	59	11	47	23	16	1.80
1276808--1276899	39	2.4	39	86	0	121	17	28	23	30	1.97
1281072--1281117	21	2.2	21	88	0	65	17	10	6	65	1.45
1285090--1285194	38	2.8	38	76	5	106	34	17	11	37	1.85
1291317--1291371	26	2.1	27	89	3	85	36	0	27	36	1.57
1298573--1298627	20	2.7	19	80	8	56	72	1	1	23	1.04
1298951--1299006	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
1305243--1305858	6	102.7	6	99	0	881	33	19	19	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1305372--1305489	3	39.3	3	100	0	236	33	33	33	0	1.58
1309460--1309954	44	11.2	44	88	0	686	41	12	22	24	1.88
1318123--1318460	168	2.0	169	98	1	660	28	15	18	36	1.92
1318746--1318776	15	2.1	15	93	0	53	38	9	19	32	1.84
1323401--1323469	17	4.0	17	80	1	84	39	13	8	39	1.75
1330318--1330395	27	3.1	25	75	10	79	48	10	14	26	1.75
1336165--1336247	24	3.5	24	90	3	132	37	20	25	16	1.93
1338452--1338642	95	2.0	95	100	0	382	31	23	16	28	1.96
1344251--1344284	17	2.0	17	100	0	68	5	23	52	17	1.66
1345581--1345632	20	2.6	20	87	0	68	25	21	19	34	1.96
1346286--1346337	20	2.6	19	75	16	52	30	30	13	25	1.94
1347785--1347841	25	2.2	25	87	3	78	33	24	15	26	1.95
1349652--1349747	28	3.4	30	77	12	96	43	6	6	43	1.54
1349876--1349955	29	2.7	30	81	11	94	50	6	2	41	1.41
1349906--1349965	28	2.1	29	84	3	77	56	5	5	33	1.42
1353363--1353396	12	2.8	12	100	0	68	26	23	17	32	1.97
1353428--1353471	17	2.6	17	92	7	72	25	31	18	25	1.97
1353457--1353563	45	2.4	45	92	6	173	28	20	17	33	1.96
1359169--1359225	24	2.6	21	74	15	60	29	22	19	28	1.98
1359169--1359266	45	2.2	44	82	15	114	28	21	21	28	1.99
1359442--1359479	19	2.0	20	84	5	51	42	23	7	26	1.81
1361390--1361427	20	1.9	20	88	0	58	26	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1361011--1361846	420	2.0	415	96	3	1531	38	10	15	35	1.82
1366962--1366999	20	1.9	20	94	0	67	26	23	21	28	1.99
1367006--1367155	63	2.4	63	82	5	180	31	22	16	30	1.96
1376163--1376211	5	9.8	5	82	12	57	4	22	53	20	1.63
1380141--1380192	14	3.7	14	87	7	70	23	9	26	40	1.85
1385054--1385105	21	2.4	21	96	3	95	5	0	40	53	1.25
1389121--1389188	25	2.9	23	77	10	66	50	0	5	44	1.26
1389426--1389489	28	2.2	29	86	10	96	45	9	3	42	1.52
1389590--1389702	60	1.9	60	83	0	145	38	14	8	38	1.77
1394137--1394179	19	2.4	18	85	11	61	62	9	6	20	1.48
1395365--1395412	23	2.1	23	92	0	78	47	0	4	47	1.21
1395416--1395462	18	2.6	19	90	6	71	38	0	0	61	0.96
1395691--1395845	75	2.1	76	91	1	249	41	13	12	31	1.82
1396912--1396944	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
1397013--1397056	18	2.5	17	77	7	52	43	4	0	52	1.22
1397063--1397116	8	6.8	8	82	14	58	68	0	0	31	0.90
1397064--1397111	25	1.9	25	87	8	71	66	0	0	33	0.92
1399035--1399378	59	5.8	59	94	0	571	33	10	19	36	1.86
1399600--1399892	81	3.6	81	82	2	329	38	10	22	29	1.87
1399946--1400061	49	2.4	49	81	9	134	46	6	21	25	1.74
1400897--1400956	27	2.2	27	90	0	93	33	5	11	50	1.61
1404491--1404826	59	5.7	59	94	0	559	34	11	19	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1405024--1405329	81	3.8	81	82	6	361	37	10	24	26	1.89
1405407--1405498	46	1.9	49	82	6	118	46	7	18	27	1.76
1407723--1407788	27	2.4	27	82	2	69	15	16	21	46	1.83
1412781--1412842	27	2.3	27	85	0	79	17	14	20	46	1.83
1424397--1427361	4	759.0	4	91	6	4740	48	25	0	24	1.57
1433897--1433998	48	2.1	47	82	8	118	33	16	22	27	1.96
1434031--1434555	48	10.9	48	84	4	619	33	15	21	28	1.95
1434686--1435219	224	2.4	213	80	9	551	36	16	15	31	1.90
1438612--1438663	13	4.0	13	82	9	70	25	19	21	34	1.96
1438805--1438902	2	49.0	2	97	0	187	50	1	0	48	1.07
1445698--1445804	55	1.9	55	94	0	187	25	19	10	44	1.82
1447099--1447138	18	2.2	19	86	4	55	55	0	2	42	1.13
1448876--1448905	2	15.5	2	93	6	53	50	0	50	0	1.00
1449848--1449886	6	6.7	6	94	2	62	56	0	0	43	0.99
1457897--1457975	27	3.0	25	71	23	65	29	1	3	65	1.17
1457919--1457974	27	2.0	28	82	3	69	28	1	3	66	1.19
1461581--1461627	19	2.5	18	86	6	58	25	10	27	36	1.89
1474036--1474077	18	2.3	19	84	12	61	40	0	2	57	1.12
1475923--1475956	15	2.3	15	100	0	68	23	8	5	61	1.47
1479010--1479056	17	2.8	16	83	6	58	36	21	10	31	1.88
1479370--1479412	17	2.5	17	92	0	77	27	23	4	44	1.73
1480956--1481347	137	2.8	137	84	6	447	42	12	14	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483209--1483271	3	21.3	3	80	3	74	58	0	0	41	0.98
1483209--1483272	6	10.8	6	96	3	85	57	0	0	42	0.98
1483540--1483779	42	5.8	42	84	6	278	30	17	22	30	1.97
1483759--1484097	117	2.9	117	88	1	502	25	23	14	36	1.93
1483759--1484137	117	3.2	117	86	0	499	26	22	15	36	1.93
1485100--1485193	23	4.1	23	78	0	107	34	22	23	20	1.97
1485105--1485201	46	2.1	46	86	3	133	35	20	24	19	1.96
1485278--1485340	14	4.4	14	73	11	65	42	22	4	30	1.74
1485278--1485383	43	2.4	43	88	3	149	38	22	7	31	1.82
1485278--1485409	45	3.0	43	88	2	174	38	20	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11