genome.fa.s7805.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2708727

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305375--2305591	46	4.8	45	88	5	305	47	8	22	21	1.78
2309823--2310410	163	3.6	164	88	2	848	32	17	18	32	1.94
2309823--2310410	109	5.4	110	87	3	809	32	17	18	32	1.94
2309823--2310410	55	10.8	55	87	3	809	32	17	18	32	1.94
2309823--2310486	109	6.1	109	83	7	603	31	17	18	31	1.94
2309823--2310486	55	12.2	54	82	6	360	31	17	18	31	1.94
2309823--2310486	163	4.1	164	85	4	580	31	17	18	31	1.94
2310680--2311019	68	5.0	68	87	1	450	30	14	25	30	1.94
2311039--2311276	46	5.2	45	88	5	293	46	10	22	21	1.80
2311062--2311272	46	4.6	46	91	1	309	45	9	23	20	1.81
2316277--2316308	11	2.9	11	90	0	55	43	0	3	53	1.16
2316687--2316734	22	2.2	22	96	0	87	25	35	14	25	1.94
2317078--2317122	22	2.0	22	86	0	63	22	20	20	37	1.94
2317929--2318002	32	2.3	32	92	0	121	20	33	24	21	1.97
2323226--2323387	80	2.0	80	92	0	270	38	16	22	22	1.93
2324190--2324242	26	2.0	26	82	13	65	15	15	7	62	1.53
2324944--2325056	2	56.5	2	100	0	226	49	0	0	50	1.00
2325324--2325349	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2326580--2326620	19	2.1	20	86	4	57	26	24	19	29	1.98
2326916--2327177	138	1.9	138	88	1	391	31	23	13	31	1.93
2328177--2328256	27	2.8	30	76	18	80	46	2	0	51	1.14
2328210--2328313	42	2.6	39	74	10	93	39	2	3	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328289--2328348	27	2.2	27	81	0	75	38	1	3	56	1.26
2328875--2328941	18	3.5	20	75	17	70	34	2	2	59	1.28
2329059--2329127	25	2.8	25	75	14	70	37	4	0	57	1.18
2330420--2330524	44	2.3	44	91	6	167	34	5	19	40	1.75
2331245--2331298	21	2.6	21	75	0	54	46	9	29	14	1.76
2333189--2333246	30	1.9	30	85	0	80	12	25	22	39	1.89
2334295--2334325	16	2.0	16	93	6	55	22	6	0	70	1.09
2334421--2334500	42	1.9	42	82	2	99	33	21	20	25	1.97
2334371--2334836	258	1.8	258	85	5	665	33	16	15	34	1.90
2334893--2334973	42	2.0	42	82	7	103	35	20	17	25	1.95
2342981--2343239	138	1.9	138	84	7	348	40	13	16	29	1.87
2343755--2344157	202	2.0	201	98	1	781	36	1	26	35	1.68
2365334--2365959	203	3.1	203	88	1	871	35	16	13	34	1.88
2371860--2371962	11	9.5	11	69	17	54	39	1	8	49	1.45
2371860--2371934	33	2.2	34	88	2	107	41	2	9	46	1.50
2371882--2371985	53	1.9	54	88	1	156	35	1	11	50	1.50
2371878--2371993	53	2.2	52	83	4	151	37	2	10	50	1.51
2377904--2378015	32	3.6	32	92	2	174	33	30	24	12	1.92
2379639--2379722	32	2.9	28	78	13	96	38	3	13	45	1.60
2379652--2379749	32	3.1	32	81	7	101	37	5	11	45	1.62
2379898--2379944	22	2.1	22	92	7	78	44	12	4	38	1.62
2381656--2381688	15	2.1	17	88	11	52	69	0	9	21	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381760--2381789	7	4.4	7	91	8	53	86	0	0	13	0.57
2381760--2381789	13	2.2	14	94	5	53	86	0	0	13	0.57
2383391--2383497	55	1.9	55	92	1	178	37	11	23	28	1.89
2383449--2383638	35	5.5	35	67	10	113	38	10	21	30	1.87
2383446--2383701	72	3.7	69	77	10	222	38	12	20	28	1.89
2383451--2383788	72	4.8	69	74	10	211	38	12	19	30	1.88
2388638--2388693	22	2.5	22	91	0	85	58	5	14	21	1.55
2388991--2389043	20	2.7	20	100	0	106	39	18	15	26	1.90
2393458--2393503	23	2.0	23	87	4	67	45	6	21	26	1.76
2395849--2395988	39	3.6	38	73	10	131	30	21	25	22	1.99
2396961--2397010	26	2.0	26	84	4	66	32	12	18	38	1.87
2402325--2402374	21	2.5	20	90	9	75	28	12	28	32	1.92
2402867--2402967	53	1.9	53	81	4	123	44	5	15	33	1.71
2403248--2403324	23	3.3	23	75	14	77	23	24	22	29	1.99
2404971--2405014	15	2.9	15	79	0	52	36	18	13	31	1.90
2407731--2407772	22	1.9	22	90	0	66	61	19	7	11	1.52
2407851--2407922	23	3.1	23	79	2	63	45	16	15	22	1.84
2413040--2413064	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2413153--2413198	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2415874--2416240	182	2.0	184	97	2	704	35	4	19	40	1.72
2425326--2425396	21	3.4	21	88	0	97	30	15	21	32	1.94
2427617--2427644	14	2.0	14	100	0	56	78	0	14	7	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435065--2435098	18	1.9	17	88	5	50	67	2	0	29	1.05
2435063--2435093	12	2.7	11	90	9	53	67	0	0	32	0.91
2435809--2435854	13	3.6	13	77	14	51	67	0	4	28	1.10
2437566--2437637	27	2.7	27	83	10	87	40	2	1	55	1.23
2440031--2440072	16	2.6	16	78	14	50	57	4	2	35	1.33
2440079--2440133	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
2440621--2440777	43	3.7	43	89	1	226	30	18	22	28	1.97
2440608--2440819	86	2.5	86	82	2	248	33	19	21	25	1.97
2440767--2440924	42	3.7	42	86	2	201	33	19	20	26	1.96
2442965--2443063	52	1.9	52	97	0	189	41	13	23	22	1.88
2447566--2447668	52	2.0	52	98	0	197	41	13	23	21	1.88
2459077--2459128	19	2.7	19	96	0	95	19	25	34	21	1.96
2461801--2461900	23	4.3	23	97	0	182	29	21	28	22	1.99
2467620--2467754	73	1.9	72	84	7	184	19	23	26	30	1.98
2472489--2472630	37	3.9	37	91	4	227	45	17	18	19	1.86
2472489--2472630	73	1.9	73	90	5	225	45	17	18	19	1.86
2483799--2483829	15	2.1	15	100	0	62	38	16	12	32	1.86
2487096--2487145	20	2.5	20	80	0	55	26	24	18	32	1.97
2490679--2490751	3	24.7	3	94	2	130	65	0	1	32	1.01
2496836--2496996	20	8.0	20	72	15	77	21	15	22	39	1.91
2499651--2499690	18	2.2	18	86	8	55	47	0	5	47	1.24
2501918--2501962	14	3.5	13	75	24	51	55	2	4	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502722--2502765	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
2510491--2510526	15	2.3	15	90	4	54	61	5	5	27	1.41
2512687--2512727	19	2.2	19	86	0	55	43	0	0	56	0.99
2528381--2528439	15	3.7	15	77	20	66	32	0	45	22	1.52
2528394--2528436	6	6.7	6	85	15	59	32	0	48	18	1.48
2528381--2528436	27	2.1	27	87	12	80	32	0	46	21	1.52
2530338--2530362	12	2.1	12	100	0	50	40	0	36	24	1.55
2538980--2539055	24	3.2	24	61	17	59	26	9	17	47	1.77
2538972--2539069	47	2.1	47	100	0	196	25	10	16	47	1.77
2540384--2540411	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2542073--2542381	39	7.8	39	81	11	337	44	3	8	43	1.50
2542139--2542192	28	1.9	28	84	0	72	48	7	7	37	1.59
2542280--2542381	37	2.9	35	88	5	159	42	1	9	46	1.48
2542376--2542440	12	5.6	12	79	17	66	40	0	3	56	1.15
2542394--2542436	17	2.5	18	85	11	63	41	0	2	55	1.12
2542446--2542486	21	1.9	22	90	5	66	17	9	0	73	1.09
2544556--2544946	186	2.1	185	90	2	608	45	6	3	43	1.48
2551190--2551449	123	2.1	122	87	0	367	38	23	11	26	1.89
2552050--2552125	31	2.4	32	85	10	104	48	0	3	47	1.20
2552069--2552248	26	6.7	27	70	16	99	45	2	7	45	1.43
2552100--2552213	39	2.9	39	96	1	203	47	3	7	42	1.47
2552282--2552312	16	2.0	16	93	6	55	9	6	0	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552279--2552318	19	2.0	20	95	4	73	10	7	0	82	0.84
2552283--2552327	20	2.3	19	85	11	56	8	6	4	80	1.03
2552451--2552622	85	2.0	86	98	1	337	30	17	19	31	1.95
2557427--2557461	18	1.9	18	88	0	52	22	37	2	37	1.69
2559985--2560041	21	2.7	21	75	0	60	26	15	21	36	1.93
2561340--2561410	10	6.5	11	75	18	60	47	1	9	40	1.45
2561341--2561410	12	6.2	12	75	18	69	48	1	8	41	1.42
2561361--2561418	19	3.3	18	79	18	68	48	1	10	39	1.48
2561352--2561418	34	2.0	34	88	5	100	49	1	8	40	1.43
2561342--2561424	19	4.1	19	75	18	51	49	2	9	38	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11