genome.fa.s7805.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2708727

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149320--2149379	20	3.0	20	80	2	77	28	26	15	30	1.96
2149617--2149656	20	1.9	21	85	10	55	37	32	10	20	1.85
2149869--2149936	34	2.0	33	82	2	82	30	17	25	26	1.97
2151763--2151801	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
2159754--2160060	153	2.0	156	96	3	568	49	13	14	22	1.78
2160691--2160734	18	2.4	18	96	0	79	11	2	43	43	1.53
2161000--2161043	3	14.7	3	95	0	52	65	9	0	25	1.21
2163081--2163136	3	18.7	3	78	7	60	41	0	0	58	0.98
2163081--2163136	18	3.3	18	85	12	82	41	0	0	58	0.98
2163146--2163197	26	2.0	26	84	0	68	44	28	15	11	1.81
2167589--2167620	14	2.1	16	88	11	50	12	15	9	62	1.54
2169728--2169778	2	26.0	2	92	4	86	49	1	0	49	1.12
2172299--2172529	115	2.0	115	91	1	376	32	16	20	30	1.94
2174978--2175032	22	2.5	22	90	0	92	36	9	14	40	1.78
2175748--2176115	181	2.0	183	93	3	625	31	14	14	39	1.87
2176055--2176692	76	8.4	76	97	0	1170	22	18	23	35	1.96
2176853--2176917	3	21.7	3	81	6	78	40	0	0	60	0.97
2176924--2176978	26	2.1	26	93	0	92	41	30	18	9	1.81
2182941--2183015	27	2.8	27	97	0	141	29	12	25	33	1.92
2184806--2184841	17	2.1	18	89	5	56	58	0	2	38	1.13
2184831--2184870	15	2.7	14	85	11	53	62	0	5	32	1.17
2184967--2185015	27	1.9	25	84	12	64	26	2	20	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185964--2186029	30	2.3	28	78	14	71	54	6	1	37	1.34
2185966--2186024	30	1.9	31	86	3	84	54	6	1	37	1.37
2186989--2187315	112	2.9	110	74	12	270	39	8	0	50	1.40
2186986--2187348	30	12.6	29	76	9	257	39	8	1	50	1.40
2187241--2187298	24	2.5	23	80	5	64	37	6	1	53	1.38
2186999--2187308	172	1.8	172	82	4	401	38	9	0	51	1.40
2187280--2187345	31	2.1	31	88	0	96	46	4	1	46	1.32
2187405--2187451	18	2.6	18	96	0	85	51	4	0	44	1.21
2187427--2187494	27	2.4	29	85	4	86	52	2	7	36	1.44
2187478--2187537	24	2.3	26	80	11	70	51	0	11	36	1.38
2194842--2194893	20	2.6	20	96	0	95	17	26	26	28	1.97
2194885--2194981	44	2.2	43	81	7	115	26	19	24	28	1.99
2199464--2199559	49	2.0	49	89	4	149	26	21	26	26	2.00
2201167--2201225	29	2.0	29	100	0	118	33	3	20	42	1.69
2207088--2207115	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2208122--2208167	21	2.2	21	84	0	56	50	6	19	23	1.71
2210821--2210846	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2214776--2214830	21	2.6	21	88	0	92	34	20	16	29	1.94
2222765--2222826	20	3.1	20	92	0	97	37	1	29	32	1.67
2226924--2226964	21	2.0	21	85	9	57	56	4	0	39	1.21
2227878--2227953	3	27.7	3	70	17	58	59	0	3	36	1.16
2227878--2227954	8	9.8	8	78	18	81	58	0	3	37	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227878--2227953	11	7.2	11	69	19	63	59	0	3	36	1.16
2228224--2228263	20	2.0	20	90	0	62	27	20	25	27	1.99
2228229--2228272	20	2.2	20	83	0	52	31	18	20	29	1.96
2228108--2228377	119	2.3	119	91	1	443	34	18	15	32	1.92
2228962--2229038	22	3.5	22	90	0	127	37	14	14	33	1.86
2230243--2230322	40	2.1	39	83	9	101	36	12	17	33	1.87
2230338--2230400	24	2.6	24	89	0	81	12	7	23	55	1.63
2230344--2230391	14	3.7	14	76	21	59	10	10	27	52	1.68
2230346--2230416	24	3.0	24	89	0	97	15	11	18	54	1.69
2230389--2230416	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
2231264--2231305	12	3.6	12	87	6	68	23	23	30	21	1.99
2231273--2231311	11	3.5	11	86	6	60	28	20	28	23	1.99
2231264--2231311	23	2.1	23	100	0	96	25	22	29	22	1.99
2231512--2231576	16	4.1	16	89	0	103	7	12	23	56	1.61
2231646--2231676	16	1.9	16	93	0	53	6	9	22	61	1.50
2237053--2237093	21	2.0	21	85	9	57	56	4	0	39	1.21
2237113--2237171	30	2.0	29	83	12	75	54	5	3	37	1.39
2238098--2238180	3	28.7	3	72	16	68	57	0	4	37	1.20
2238100--2238181	8	11.3	7	79	16	71	57	0	4	37	1.20
2238098--2238180	19	4.7	18	79	17	95	57	0	4	37	1.20
2239796--2239820	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2240309--2240432	60	2.1	59	89	4	187	34	19	8	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241102--2241324	43	5.2	43	73	12	154	51	6	17	24	1.68
2242710--2242764	28	2.0	28	86	13	78	43	0	3	52	1.18
2243129--2243218	20	4.5	20	91	5	128	42	20	16	21	1.89
2243129--2243218	40	2.2	40	92	0	144	42	20	16	21	1.89
2243129--2243237	40	2.7	39	83	8	121	43	20	15	21	1.88
2243398--2243435	20	1.9	20	94	0	67	21	18	15	44	1.86
2243288--2243584	146	2.0	146	93	0	504	26	20	17	35	1.95
2243551--2243615	20	3.2	20	74	8	78	27	15	12	44	1.82
2243539--2243634	40	2.4	40	92	0	156	23	16	15	43	1.86
2243558--2243635	20	3.8	20	70	14	61	24	16	15	43	1.86
2245580--2245617	20	1.9	20	88	0	58	15	15	21	47	1.82
2245606--2245662	21	2.8	19	72	12	60	26	28	14	31	1.94
2245695--2245766	21	3.4	21	88	3	99	23	19	22	34	1.96
2245749--2245832	41	2.0	41	84	4	107	26	23	17	32	1.97
2245782--2245982	104	1.9	104	87	2	296	32	19	18	29	1.96
2246050--2246103	20	2.7	20	88	0	72	24	22	16	37	1.94
2246171--2246248	20	3.9	20	74	9	70	20	19	19	41	1.91
2254721--2255079	132	2.7	132	84	1	461	40	16	10	32	1.82
2262634--2262907	40	6.8	40	74	4	167	38	16	19	25	1.92
2262675--2262866	80	2.4	81	82	8	225	38	17	18	26	1.92
2262622--2262948	120	2.7	119	78	6	322	40	16	18	24	1.91
2265637--2265732	49	2.0	48	83	6	122	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265972--2266742	55	14.1	55	88	2	1095	34	18	11	36	1.86
2266818--2266930	48	2.4	48	93	0	181	24	29	12	33	1.92
2268345--2268402	11	5.4	11	81	4	73	17	1	22	58	1.47
2270139--2270196	11	5.4	11	81	4	73	17	1	22	58	1.47
2270374--2270428	20	2.8	19	81	8	65	32	16	27	23	1.96
2270841--2271410	59	9.7	59	89	2	860	34	14	17	33	1.91
2271836--2271913	29	2.7	29	80	9	97	44	3	24	26	1.71
2272262--2272306	19	2.4	19	96	3	83	60	4	22	13	1.51
2272393--2272481	42	2.1	42	95	0	160	35	7	13	42	1.73
2275108--2275693	55	10.7	55	90	1	892	35	19	10	34	1.87
2276040--2276112	19	3.7	19	87	5	92	28	19	15	36	1.92
2277743--2278252	59	8.7	59	89	0	754	32	13	19	33	1.91
2278536--2278735	81	2.5	81	84	4	278	38	12	22	28	1.89
2278742--2278800	27	2.1	28	84	6	75	44	3	28	23	1.70
2278939--2278971	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
2280453--2280547	44	2.2	44	83	7	117	23	11	16	48	1.79
2282367--2282570	105	1.9	106	86	3	286	40	11	10	36	1.77
2282373--2282599	105	2.1	106	82	3	269	40	11	11	35	1.79
2283697--2283749	20	2.7	19	76	18	54	66	1	1	30	1.13
2283698--2283751	23	2.5	20	81	18	65	66	1	1	29	1.12
2283996--2284052	8	7.6	7	76	18	53	59	1	0	38	1.08
2283995--2284053	30	1.9	29	90	10	91	61	1	0	37	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285578--2286401	98	8.4	98	96	0	1504	21	20	23	34	1.97
2286134--2286391	43	5.4	43	65	21	140	20	19	24	34	1.96
2287170--2287261	46	2.0	48	86	4	134	14	27	15	43	1.85
2297693--2297771	31	2.4	33	81	10	83	67	3	3	25	1.25
2297943--2297992	18	2.8	18	78	0	55	68	0	8	24	1.16
2299717--2299752	18	2.0	18	88	0	54	2	72	0	25	0.98
2301148--2301189	22	1.9	22	85	0	57	26	2	16	54	1.54
2304098--2304799	55	12.9	55	87	4	908	33	17	17	31	1.93
2304096--2304867	109	7.1	108	83	5	846	33	17	17	31	1.94
2305138--2305342	68	3.0	68	90	0	311	29	14	25	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11