genome.fa.s7805.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007805.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2708727

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734362--734404	22	2.0	22	100	0	86	27	18	23	30	1.98
737526--737587	28	2.2	28	88	5	90	40	11	22	25	1.87
738731--738783	17	3.1	17	83	0	70	33	7	18	39	1.79
738731--738819	34	2.6	33	78	5	90	37	6	19	37	1.78
743002--743071	17	4.1	17	80	5	79	38	7	14	40	1.73
747233--747302	34	2.1	34	86	10	99	40	8	11	40	1.72
747236--747303	17	3.9	18	79	11	72	41	8	10	39	1.70
753084--753126	18	2.4	18	84	7	61	72	0	4	23	1.04
754797--754821	6	4.2	6	100	0	50	68	16	0	16	1.22
773454--773500	25	1.9	24	87	12	69	70	4	8	17	1.29
776761--776826	12	5.9	11	75	12	55	19	12	1	66	1.31
776761--776806	24	1.9	24	86	8	67	21	13	0	65	1.26
776814--776852	19	2.1	19	85	9	53	12	17	0	69	1.19
782970--783013	21	2.1	21	95	0	79	13	15	27	43	1.85
791393--791826	55	8.0	55	86	6	426	30	24	16	28	1.97
791397--791813	164	2.5	164	82	3	464	30	24	16	28	1.97
791834--791911	37	2.1	37	85	4	104	23	17	16	42	1.89
791809--792423	307	2.0	307	97	0	1149	32	19	13	34	1.90
793493--793643	8	18.4	8	77	20	120	8	14	0	76	1.00
793492--793630	9	15.7	9	75	20	100	8	14	0	76	1.00
793493--793646	53	2.9	53	79	18	169	8	14	0	76	1.01
793495--793606	11	10.5	11	69	18	53	8	15	0	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793493--793651	54	2.9	53	80	17	177	8	15	0	76	1.02
807393--807515	54	2.3	54	90	2	203	32	12	22	32	1.91
816790--816819	12	2.4	13	94	5	53	26	20	23	30	1.98
817916--818124	43	4.9	42	79	2	220	19	20	15	44	1.87
817907--818124	86	2.6	85	81	0	247	19	20	16	43	1.88
820691--820735	23	2.0	23	86	0	63	53	6	2	37	1.40
820676--821098	197	2.1	199	84	4	552	48	9	4	37	1.57
821214--821254	20	2.1	20	86	4	57	34	2	9	53	1.47
821659--821717	23	2.6	23	97	0	109	32	25	18	23	1.97
821932--821960	15	1.9	15	100	0	58	34	0	10	55	1.34
821916--822055	21	6.9	21	69	23	77	42	1	7	47	1.41
822013--822039	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
822127--822166	16	2.5	16	91	0	62	42	5	10	42	1.60
823258--823320	11	5.4	11	83	14	72	47	4	1	46	1.33
823253--823320	24	2.8	24	90	0	109	47	5	1	45	1.36
823253--823370	48	2.5	48	83	8	134	42	6	3	47	1.46
823253--823443	24	7.8	24	75	12	106	45	7	2	45	1.44
823400--823441	16	2.8	15	89	10	52	45	11	0	42	1.41
823410--823441	16	2.0	16	100	0	64	43	12	0	43	1.42
823435--823463	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
824125--824149	12	2.1	12	100	0	50	28	32	40	0	1.57
825039--825082	23	2.0	23	81	4	54	50	11	2	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845204--845279	36	2.1	35	80	9	82	25	3	7	63	1.39
846688--846726	20	2.0	20	94	0	69	28	17	10	43	1.82
846686--846742	20	2.8	20	84	5	62	26	24	8	40	1.84
846806--847141	170	2.0	170	97	0	636	34	11	19	34	1.89
847184--847253	20	3.5	20	76	18	65	35	21	10	32	1.87
847172--847253	41	2.0	41	83	9	105	37	19	12	30	1.88
848097--848136	21	2.0	20	85	9	55	75	2	7	15	1.14
849306--849371	28	2.4	28	94	0	114	16	15	10	57	1.65
854023--854297	133	2.1	134	90	3	430	36	21	15	26	1.93
864331--864362	16	1.9	16	93	6	55	81	0	0	18	0.70
864527--864731	53	3.9	53	87	0	302	20	25	21	32	1.97
865110--865233	42	3.0	41	91	1	185	33	24	16	25	1.96
865281--865367	43	2.0	43	88	0	129	34	18	17	29	1.94
865324--865542	93	2.3	92	89	1	330	32	22	15	29	1.94
865656--865754	42	2.4	43	81	5	123	29	23	22	25	1.99
872008--872048	21	2.0	21	85	0	55	9	17	21	51	1.74
872468--872557	47	1.9	46	86	8	128	36	22	12	28	1.90
875779--875818	10	3.8	11	78	21	50	80	0	0	20	0.72
875779--875818	16	2.6	16	84	15	57	80	0	0	20	0.72
876606--877039	221	2.0	220	96	2	809	30	16	25	27	1.97
890994--891104	55	2.0	55	100	0	222	22	18	30	28	1.97
895652--896612	133	7.3	133	85	3	1230	29	20	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895653--896612	263	3.6	262	86	3	1270	29	20	20	29	1.98
895660--896560	44	20.5	44	65	10	207	29	20	20	29	1.98
897064--897159	38	2.5	38	84	5	131	36	15	19	28	1.93
897013--897200	36	5.1	37	74	10	134	36	17	20	26	1.94
897089--897192	38	2.8	38	86	2	113	38	20	20	21	1.94
897384--897479	42	2.3	41	82	8	106	27	20	23	28	1.99
897531--897696	43	4.0	43	84	6	218	27	31	13	27	1.94
897536--897658	44	2.8	43	87	2	174	28	32	13	26	1.93
899659--899683	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
899713--899792	25	3.0	25	76	10	72	6	17	1	75	1.08
899713--899773	16	3.9	15	82	8	59	3	16	1	78	0.96
899721--899776	8	6.6	8	82	10	67	3	16	1	78	0.97
899716--899776	17	3.6	17	82	10	72	3	18	1	77	0.99
904957--905082	47	2.8	45	85	5	164	29	23	7	39	1.83
911892--912017	47	2.8	45	85	5	164	29	23	7	39	1.83
915316--915452	62	2.2	62	83	7	172	34	12	16	37	1.86
920457--920488	14	2.3	14	100	0	64	46	0	15	37	1.46
924330--924491	82	2.0	80	95	4	290	33	18	22	24	1.96
925958--926063	56	1.9	55	94	3	187	33	13	12	40	1.81
926176--926222	20	2.3	20	75	7	51	14	19	14	51	1.77
926183--926783	179	3.4	177	85	6	747	27	15	13	44	1.83
931588--931648	14	4.4	14	74	14	54	77	3	9	9	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931595--931662	20	3.4	19	83	8	73	79	1	10	8	1.00
931620--931662	15	2.9	15	83	10	52	83	0	11	4	0.78
931699--931741	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
931763--931787	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
931775--931833	23	2.6	23	79	17	70	67	0	3	28	1.06
931892--931934	9	4.8	9	82	5	52	79	0	4	16	0.90
931894--931934	20	2.1	20	90	4	66	78	0	4	17	0.93
935375--935458	17	4.8	18	73	7	75	51	1	0	47	1.08
942587--942619	13	2.4	14	90	5	50	36	0	0	63	0.95
951119--951163	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
951173--951480	85	3.7	80	81	11	293	31	15	20	32	1.94
956182--956235	28	1.9	28	92	7	92	20	3	14	61	1.49
956422--956531	3	36.7	3	94	0	193	65	0	0	33	0.99
956965--957176	79	2.7	79	88	1	309	28	20	16	33	1.95
957815--957863	23	2.1	23	85	7	64	46	0	16	36	1.47
958834--958915	27	3.0	27	79	13	78	7	12	2	78	1.06
958874--958915	14	3.1	14	77	19	52	7	7	4	80	1.00
959487--959567	33	2.5	34	90	6	123	37	12	27	23	1.90
959747--959828	33	2.5	32	84	2	101	31	9	31	26	1.89
959460--959985	261	2.0	261	89	2	806	37	8	21	32	1.84
961174--961238	31	2.1	31	97	0	121	36	10	12	40	1.78
963320--963346	14	1.9	14	100	0	54	51	11	0	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966666--966710	23	2.0	23	86	0	63	31	26	24	17	1.97
973532--973609	23	3.4	23	75	1	86	38	24	19	17	1.93
973532--973621	23	3.9	23	73	2	83	37	24	18	18	1.94
975281--975333	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
980466--980532	19	3.4	20	76	14	68	74	0	5	19	1.02
980466--980541	21	3.8	20	75	16	68	72	1	6	19	1.14
981518--981605	24	3.7	24	87	0	122	50	18	11	20	1.77
981587--981643	24	2.4	24	77	14	64	49	14	15	21	1.80
986966--987053	24	3.7	23	77	11	88	51	14	12	21	1.75
986959--987055	48	2.0	48	84	6	124	51	14	13	20	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11