genome.fa.s7807.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007807.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110126_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2195110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165864--166018	19	8.3	19	72	18	94	14	7	3	75	1.14
167599--167652	29	1.9	28	85	7	74	14	33	25	25	1.95
168222--168263	16	2.6	17	82	17	54	35	2	16	45	1.61
168982--169056	38	2.0	37	84	5	98	49	4	0	46	1.20
183142--183322	69	2.6	69	85	4	240	23	22	19	34	1.96
183142--183437	69	4.3	69	76	8	228	26	20	19	34	1.96
183517--183702	19	9.6	19	74	8	126	38	21	4	35	1.75
183517--183723	39	5.3	38	76	11	163	39	20	4	35	1.74
183575--183720	79	1.8	79	86	5	215	41	19	4	34	1.72
185058--185096	3	13.0	3	84	10	53	33	0	2	64	1.08
187030--187290	131	2.0	131	87	1	380	33	11	16	39	1.84
193367--193409	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
195085--195188	42	2.5	41	82	6	111	28	19	20	31	1.97
195102--195188	41	2.1	43	84	4	115	29	20	18	31	1.96
195076--195779	246	2.9	244	87	4	968	33	16	16	32	1.92
195754--195804	25	2.0	25	92	0	84	33	23	7	35	1.84
196578--196609	11	2.9	11	95	0	55	56	0	34	9	1.32
196642--196680	12	3.3	12	86	13	55	69	0	28	2	1.02
198157--198412	131	2.0	131	84	1	343	35	11	15	37	1.84
203079--203143	19	3.2	21	87	6	64	41	23	12	23	1.87
203091--203182	19	4.7	20	81	5	98	35	22	9	31	1.87
203339--203376	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204118--204171	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
206665--206732	20	3.4	20	87	0	100	36	23	17	22	1.94
206808--206876	20	3.5	20	85	0	102	23	15	20	40	1.91
206978--207135	64	2.5	64	96	1	289	50	17	1	29	1.57
208500--208597	21	4.7	21	85	3	126	23	20	34	21	1.96
210732--210784	20	2.7	20	96	0	97	47	20	20	11	1.81
210790--210820	14	2.2	14	94	0	53	6	19	25	48	1.72
210803--210847	20	2.2	20	84	0	54	17	13	17	51	1.77
211172--211218	22	2.1	22	92	0	76	23	14	40	21	1.90
211345--211447	20	5.2	20	92	0	170	16	11	23	48	1.79
220156--220276	51	2.4	51	77	0	134	54	13	15	16	1.71
222577--222787	101	2.1	103	82	5	250	36	12	18	32	1.88
222682--222720	20	1.9	21	89	5	62	33	10	17	38	1.84
222597--222959	168	2.2	167	86	4	509	36	12	19	31	1.89
230391--230420	6	5.0	6	95	0	51	16	3	0	80	0.85
247933--248176	4	60.8	4	68	18	53	70	0	6	22	1.12
248019--248106	16	5.2	16	74	12	70	78	0	4	17	0.91
248020--248235	36	5.9	35	74	19	149	69	0	3	26	1.10
248024--248153	44	2.9	42	78	15	111	74	0	3	21	0.97
248081--248229	77	1.9	78	85	10	205	65	1	2	30	1.12
248344--248389	15	3.1	14	81	9	56	67	0	2	30	1.03
249328--249418	39	2.4	36	89	5	128	27	8	23	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249404--249637	36	6.6	36	77	10	205	40	12	19	27	1.88
249438--249624	102	1.8	102	84	6	254	39	11	19	29	1.87
249702--249775	37	2.0	38	89	2	114	41	12	18	27	1.86
249704--249789	37	2.3	37	84	4	102	45	11	17	25	1.82
249675--249915	103	2.3	103	87	1	340	37	12	17	32	1.87
249824--250002	87	2.0	88	90	1	279	37	11	16	34	1.85
250259--250581	106	3.0	106	85	0	421	22	19	23	34	1.96
251176--251269	31	2.9	32	84	4	136	38	21	10	29	1.87
252358--252415	13	4.5	13	76	8	64	1	15	3	79	0.95
252354--252414	19	3.2	19	77	11	61	3	14	3	78	1.00
252389--252427	10	3.8	10	86	13	53	0	17	2	79	0.84
253679--253805	65	2.1	59	89	8	191	40	10	12	37	1.77
254574--254626	20	2.6	19	82	17	63	77	1	1	18	0.96
255468--255551	35	2.4	36	82	9	102	3	20	1	75	1.03
255470--255536	9	7.4	9	76	6	64	2	19	1	76	1.00
255508--255555	11	4.5	11	82	12	64	0	18	2	79	0.84
266868--266976	18	6.1	18	90	0	137	35	21	31	11	1.89
266868--266976	36	3.0	36	86	0	155	35	21	31	11	1.89
270973--271023	22	2.3	22	96	0	93	37	15	9	37	1.81
271074--271231	79	2.0	79	100	0	316	39	20	10	30	1.85
273186--273215	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
274022--274048	13	2.1	13	100	0	54	29	0	25	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276446--276510	2	32.5	2	96	0	121	49	1	0	49	1.10
277667--277986	54	5.9	54	88	0	426	39	19	10	30	1.86
279184--279241	16	3.6	16	92	2	98	36	22	0	41	1.54
284140--284460	54	5.9	54	91	0	507	39	19	11	30	1.86
287421--287507	40	2.1	42	81	12	101	43	1	0	55	1.07
287451--287512	5	13.0	5	73	21	53	41	0	0	58	0.98
287638--287690	24	2.2	24	86	3	72	54	1	0	43	1.11
287682--287735	28	1.9	28	85	7	74	46	1	0	51	1.11
287820--287865	22	2.1	22	84	4	58	50	0	2	47	1.13
287830--287878	22	2.2	22	81	0	62	46	0	2	51	1.12
288357--288390	12	2.8	12	90	4	50	61	2	0	35	1.11
287903--288666	386	2.0	378	96	3	1408	40	17	11	30	1.86
299261--299427	82	2.0	82	92	0	280	30	20	34	14	1.92
300110--300169	30	2.0	30	87	6	86	35	8	13	43	1.74
300251--300306	21	2.7	21	91	0	94	19	42	16	21	1.89
300249--300347	42	2.4	40	85	10	119	22	38	19	20	1.94
300372--300440	20	3.5	20	89	0	102	20	28	21	28	1.98
300553--300592	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
301649--301696	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
302958--303026	30	2.2	30	85	15	95	34	4	18	42	1.71
302968--303026	30	2.0	30	93	6	102	33	3	18	44	1.67
303106--303158	21	2.5	21	90	6	81	26	35	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303106--303205	21	4.8	19	77	11	74	26	34	16	24	1.95
303225--303358	20	6.7	20	88	5	189	17	27	23	32	1.96
303244--303358	61	1.9	61	94	0	203	17	27	23	31	1.97
307417--307488	35	2.1	35	91	0	117	41	15	11	31	1.82
309822--309864	19	2.3	19	87	0	59	20	18	13	46	1.83
312238--312283	21	2.1	22	88	4	67	28	4	19	47	1.68
312342--312410	35	2.0	35	91	0	111	36	11	10	42	1.75
322614--322664	3	16.7	3	79	4	57	33	1	1	62	1.17
322604--322671	28	2.4	30	80	16	90	35	1	1	61	1.14
323213--323251	16	2.4	16	83	8	53	51	35	12	0	1.40
330296--330332	17	2.1	19	90	10	60	67	16	10	5	1.38
330324--330392	8	8.2	8	73	12	59	76	0	20	2	0.91
330324--330393	9	8.5	8	75	21	56	75	0	21	2	0.93
330324--330393	17	4.3	15	74	16	59	75	0	21	2	0.93
330327--330393	27	2.7	24	74	17	64	74	0	22	2	0.95
332505--332728	114	2.0	114	94	0	394	33	16	20	29	1.95
335067--335153	42	2.1	41	83	10	108	64	2	8	25	1.33
335330--335362	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
346035--346071	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
346512--346551	20	2.1	19	85	4	53	12	45	30	12	1.79
348066--348113	22	2.2	22	84	0	60	37	14	12	35	1.84
348505--349344	113	7.5	113	94	2	1471	38	15	17	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348505--349344	331	2.5	334	93	3	1443	38	15	17	28	1.90
348505--349338	444	1.9	445	96	0	1535	38	15	17	28	1.90
349132--349526	186	2.1	187	84	4	503	38	14	17	29	1.90
349319--349808	113	4.3	114	90	3	670	38	14	18	28	1.90
350072--350113	7	5.7	7	79	20	50	30	2	0	66	1.04
353529--353585	30	1.9	30	89	7	89	42	7	3	47	1.47
353600--353646	22	2.1	22	88	7	69	57	4	0	38	1.18
353599--354804	54	21.8	54	72	15	781	53	12	0	33	1.41
353667--353991	32	11.6	27	73	18	126	53	15	0	31	1.42
353614--354681	80	12.8	80	74	17	449	53	13	0	32	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9