genome.fa.s7807.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007807.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110126_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2195110

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795059--795096	19	2.0	19	89	0	58	52	15	0	31	1.43
795050--795198	76	2.0	76	93	0	253	57	11	2	29	1.45
797082--797118	14	2.5	15	91	4	58	75	2	2	18	1.04
797127--797176	20	2.4	21	90	3	75	78	8	4	10	1.09
797127--797178	21	2.5	21	87	6	61	76	7	3	11	1.12
803468--803496	14	2.0	15	93	6	51	62	17	0	20	1.33
812048--812248	21	9.6	21	66	17	114	20	19	25	34	1.96
812095--812260	42	4.0	42	98	0	314	20	18	23	37	1.94
813158--813475	63	5.1	64	79	11	297	36	24	18	20	1.95
813242--813404	42	3.9	42	92	1	274	35	25	19	20	1.95
813230--813425	83	2.4	82	85	4	277	34	25	19	21	1.96
813109--813459	21	16.8	21	71	15	246	35	24	18	21	1.95
813121--813475	188	1.9	185	89	3	550	36	24	18	20	1.94
813471--813523	21	2.5	21	87	0	79	20	20	28	30	1.98
814527--814630	42	2.4	43	86	13	144	46	7	0	45	1.38
815830--815884	27	2.0	28	89	6	87	56	3	1	38	1.28
816572--816657	43	2.0	43	93	0	145	44	10	5	39	1.63
817110--817168	30	2.0	28	87	6	82	64	6	6	22	1.42
817580--817631	26	2.0	26	81	7	61	46	1	3	48	1.31
819638--819708	34	2.1	33	84	7	90	21	29	14	35	1.92
820117--820171	21	2.8	19	83	5	65	23	21	32	21	1.98
820379--820434	21	2.9	19	85	12	78	51	8	8	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827971--828009	17	2.2	19	86	9	55	53	10	23	12	1.69
830428--830481	19	2.8	20	88	2	83	22	22	33	22	1.97
832081--832112	16	2.0	17	88	11	50	21	40	12	25	1.88
832646--832690	16	2.8	16	79	0	54	33	15	24	26	1.95
832893--833112	112	2.0	111	84	6	293	30	18	14	36	1.90
833308--833358	22	2.3	22	96	0	93	35	13	15	35	1.87
833979--834022	18	2.4	19	81	14	56	54	4	11	29	1.56
834385--834431	21	2.4	18	78	18	58	10	14	0	74	1.07
834397--834433	20	1.9	20	94	5	67	8	13	0	78	0.96
834411--834446	15	2.3	15	90	4	54	8	19	0	72	1.10
834392--834435	19	2.5	17	77	22	54	9	13	0	77	0.99
845668--845701	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
845694--845737	23	1.9	23	85	0	61	45	2	4	47	1.35
845934--845996	22	2.9	21	79	13	74	68	3	1	26	1.14
845943--846040	37	2.7	33	73	18	88	65	2	3	29	1.19
847252--847364	3	37.7	3	84	10	151	67	0	0	30	1.03
847570--847608	20	1.9	21	94	5	71	38	33	15	12	1.85
854220--854288	35	2.0	35	94	5	122	47	17	2	31	1.62
858783--858843	21	3.2	21	65	26	62	47	16	4	31	1.68
858774--858843	36	2.0	35	97	2	131	47	17	4	31	1.67
859864--859920	20	2.8	20	84	7	71	43	17	17	21	1.88
862032--862081	20	2.5	20	80	3	55	54	2	14	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862605--862699	45	2.1	45	84	0	118	26	5	12	55	1.58
869088--869223	51	2.7	51	82	5	186	38	19	23	19	1.93
870394--870475	42	2.0	42	92	0	137	21	21	21	34	1.97
870643--870724	42	2.0	42	85	4	112	25	20	18	35	1.95
870308--871333	249	4.1	249	93	0	1730	30	17	17	34	1.93
870892--870973	42	2.0	42	90	0	128	21	20	20	36	1.95
871355--871544	47	4.0	47	88	2	292	28	22	20	29	1.98
871361--871540	95	1.9	95	93	2	308	26	21	21	31	1.98
872843--872887	19	2.2	21	77	18	51	15	11	2	71	1.24
875265--875299	17	2.1	17	94	0	61	40	8	20	31	1.82
881554--881601	19	2.5	19	82	0	60	16	27	33	22	1.96
881654--881849	29	6.8	29	82	5	195	33	1	16	49	1.52
881656--881871	115	1.9	114	88	3	326	33	1	16	48	1.55
884007--884197	29	6.5	29	78	8	172	34	0	15	49	1.49
888123--888205	6	13.8	6	85	0	67	31	6	6	56	1.48
888124--888205	12	6.8	12	82	0	83	31	4	6	57	1.44
888125--888194	18	3.9	18	88	0	86	30	4	5	60	1.39
888124--888205	18	4.6	18	87	0	83	31	4	6	57	1.44
889639--890172	200	2.7	199	86	2	716	39	12	12	35	1.82
890613--890643	15	2.1	15	93	0	53	41	35	0	22	1.54
890975--891040	2	33.5	2	93	3	116	51	0	1	46	1.10
892546--892575	15	2.0	15	93	0	51	30	6	13	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894442--894481	21	2.0	21	90	9	66	42	10	12	35	1.76
894280--894980	376	1.9	376	81	7	861	38	13	12	34	1.83
895134--895567	197	2.2	198	76	6	495	42	13	15	28	1.86
897416--897467	22	2.4	22	100	0	104	42	7	23	26	1.81
897978--898284	130	2.4	130	97	0	578	40	13	12	33	1.82
898301--898787	226	2.2	226	87	2	701	33	14	13	38	1.85
917741--917773	15	2.1	16	88	5	50	21	3	0	75	0.93
921118--921151	6	5.5	6	86	6	50	79	0	5	14	0.91
921930--922079	49	3.1	49	82	3	178	25	16	20	38	1.92
926162--926219	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
926442--926484	17	2.5	17	88	0	59	27	9	0	62	1.25
926456--926515	17	3.5	17	86	0	75	20	11	3	65	1.39
927736--927801	30	2.2	30	100	0	132	27	15	9	48	1.74
928168--928348	89	2.0	89	96	0	335	38	14	4	42	1.67
929601--929698	47	2.1	47	94	3	171	41	8	23	26	1.82
930011--930191	74	2.4	74	84	5	222	30	25	18	24	1.98
934328--934403	20	3.8	20	77	16	84	26	30	18	25	1.98
940151--940274	21	5.7	22	72	11	80	29	25	15	29	1.96
940151--940210	23	2.7	23	76	10	70	30	25	16	28	1.97
940151--940265	44	2.6	44	77	14	114	30	23	15	30	1.95
941441--941479	20	2.0	20	94	0	69	20	17	10	51	1.74
944103--944179	23	3.6	22	84	8	97	27	29	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944635--944677	13	3.3	13	83	6	52	34	6	9	48	1.62
946088--946155	27	2.5	27	97	0	127	23	0	25	51	1.48
946793--946914	53	2.3	54	86	1	174	31	24	19	24	1.98
949382--949422	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
953020--953057	12	3.2	12	81	3	51	47	0	0	52	1.00
953001--953059	23	2.5	23	83	5	73	49	1	0	49	1.11
953461--953514	22	2.5	20	80	16	63	46	0	1	51	1.11
961352--961384	13	2.4	14	90	5	50	24	6	3	66	1.28
963964--964143	64	2.8	63	83	4	200	28	18	25	28	1.98
963984--964143	65	2.5	64	87	3	214	28	17	23	30	1.97
964154--964191	20	1.9	20	88	0	58	21	13	28	36	1.91
964489--964521	12	2.7	12	95	4	57	48	0	9	42	1.35
972062--972221	65	2.5	64	86	3	205	30	17	22	30	1.97
974964--975012	17	2.9	17	79	14	57	10	32	0	57	1.32
977231--977337	49	2.2	48	79	15	114	28	15	1	53	1.53
980961--981541	225	2.6	226	80	1	585	33	20	18	27	1.96
982959--983067	30	3.9	29	74	11	77	31	6	0	62	1.20
982986--983172	10	19.7	9	66	20	51	32	10	1	56	1.40
983211--983261	25	2.0	25	81	7	59	35	1	0	62	1.06
984835--984860	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
985556--985594	19	2.1	18	85	4	51	82	0	5	12	0.83
986863--986992	20	6.5	20	70	7	66	21	10	12	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988416--988443	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
996884--996974	28	3.1	30	70	22	77	65	2	2	29	1.16
996880--996972	3	32.0	3	73	18	72	64	2	2	31	1.17
997224--997616	123	3.2	122	90	3	614	26	18	15	39	1.90
997545--997757	113	1.9	111	92	1	354	27	20	14	37	1.92
1006014--1006043	13	2.3	13	94	0	51	53	10	6	30	1.60
1007274--1007366	8	11.4	8	74	19	52	63	1	3	32	1.17
1007254--1007366	14	8.2	14	68	20	51	61	0	3	33	1.19
1007274--1007366	3	32.0	3	71	16	63	63	1	3	32	1.17
1009629--1009665	19	1.9	19	94	0	65	32	8	21	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9