genome.fa.s7886.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007886.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110266_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1254954

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745220--745272	27	2.0	27	100	0	106	7	15	26	50	1.70
745261--745325	19	3.5	19	82	4	87	15	23	23	38	1.92
745273--745325	18	2.8	19	88	5	81	16	24	22	35	1.95
747275--747444	19	9.5	19	84	11	225	47	16	21	14	1.83
747275--747444	52	3.2	52	89	4	250	47	16	21	14	1.83
747463--747520	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
748552--748598	24	2.0	24	91	0	76	29	19	17	34	1.94
748552--748610	24	2.5	24	85	0	73	28	16	18	35	1.93
748785--748809	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
751077--751174	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
751077--751170	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
751170--751212	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
751198--751231	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
751354--751390	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
752747--752813	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
752747--752869	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
754872--754998	39	3.4	37	73	12	118	46	22	19	11	1.82
754872--755003	19	7.1	19	78	11	130	45	21	20	12	1.83
754999--755084	19	4.5	19	88	5	111	10	16	24	48	1.77
754999--755084	38	2.2	39	89	2	129	10	16	24	48	1.77
755622--755699	41	1.9	41	89	0	120	23	15	23	38	1.92
755603--755696	20	4.7	20	80	7	91	24	17	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755622--755739	41	2.9	41	81	5	114	21	18	21	38	1.93
755685--755797	20	5.6	20	82	3	136	17	23	17	40	1.91
755665--755797	61	2.2	61	93	2	223	19	22	18	39	1.93
756978--757025	12	4.0	12	88	0	78	22	22	12	41	1.88
757241--757310	11	6.5	11	71	1	52	57	21	7	14	1.61
757241--757315	22	3.5	22	88	1	107	57	21	8	13	1.61
757257--757314	11	5.3	11	73	6	55	51	24	10	13	1.72
764466--764594	21	6.2	21	81	10	158	31	24	21	22	1.99
764475--764633	21	7.7	21	82	12	147	33	22	21	23	1.97
764458--764594	42	3.3	42	84	7	181	31	25	21	21	1.98
765403--765539	21	6.6	21	80	9	138	30	24	21	24	1.99
765400--765519	62	1.9	62	89	3	188	33	24	20	21	1.97
765527--765581	20	2.8	20	94	2	94	27	18	16	38	1.92
772330--772434	38	2.8	38	97	0	192	20	8	19	51	1.73
772723--772776	26	2.1	26	82	6	65	38	0	1	59	1.08
773027--773096	31	2.3	31	87	0	95	48	8	5	37	1.58
775943--776026	25	3.3	24	70	21	64	42	3	2	51	1.32
775988--776070	26	3.1	27	77	8	73	38	3	1	56	1.24
776172--776239	31	2.2	31	86	0	91	48	10	11	29	1.73
776323--776443	43	2.8	43	100	0	242	36	25	9	28	1.87
779679--779723	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
780151--780207	20	2.7	22	78	15	66	43	5	14	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781271--781329	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
781982--782021	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
782075--782103	5	5.8	5	100	0	58	20	20	0	58	1.39
783047--783091	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
783933--784074	31	4.6	31	98	0	266	18	19	22	40	1.92
786149--786209	31	2.0	31	86	0	86	39	9	8	42	1.68
786324--786371	17	2.7	18	90	3	71	37	8	22	31	1.84
786900--787013	32	3.4	32	83	15	149	39	38	10	11	1.76
786900--787007	37	3.1	36	87	10	152	38	38	10	12	1.76
788347--788393	22	2.1	23	88	4	69	23	8	25	42	1.82
789622--789684	23	3.0	20	67	15	54	52	14	6	26	1.65
789779--789832	29	1.9	27	92	3	81	53	11	12	22	1.70
794173--794224	27	1.9	27	84	7	70	36	3	30	28	1.75
797933--797979	22	2.1	23	88	4	69	38	25	12	23	1.90
801027--801061	17	2.1	17	100	0	70	20	45	5	28	1.73
809398--809436	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
812420--812453	18	1.9	18	88	5	52	8	17	0	73	1.08
814477--814549	2	39.0	2	71	22	52	46	2	1	49	1.24
814547--814648	27	4.0	26	75	12	86	33	0	4	60	1.24
814480--814648	7	24.1	7	70	18	104	38	1	3	56	1.27
814624--814682	22	2.5	25	74	25	65	32	3	0	64	1.10
814491--814669	13	12.1	14	71	21	86	36	1	3	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814630--814679	24	2.2	25	86	13	72	32	4	0	64	1.12
814779--814837	28	2.1	28	93	0	100	35	37	16	10	1.83
816895--816937	21	2.0	21	86	8	61	34	18	23	23	1.96
819968--820002	18	1.9	18	88	0	52	25	25	22	25	2.00
821181--821223	21	2.0	21	86	8	61	34	18	23	23	1.96
824253--824287	18	1.9	18	88	0	52	25	25	22	25	2.00
825464--825507	21	2.1	21	87	8	63	34	18	22	25	1.96
829578--829626	19	2.6	19	100	0	98	22	32	16	28	1.95
829650--829692	21	2.0	21	86	8	61	34	18	23	23	1.96
846167--846330	64	2.6	64	80	5	172	29	21	17	31	1.97
847802--847861	28	2.1	28	81	0	66	48	0	8	43	1.33
848057--848167	57	2.0	56	83	1	141	32	15	4	47	1.65
848505--848545	7	5.6	7	83	11	55	12	2	2	82	0.86
848505--848545	16	2.8	14	79	13	55	12	2	2	82	0.86
849015--849048	16	2.1	16	88	0	50	44	2	0	52	1.16
849045--849110	24	2.6	26	75	20	68	46	0	0	53	1.00
856094--856248	31	5.1	30	75	6	132	13	23	31	31	1.93
856116--856242	62	2.1	61	85	4	166	14	20	32	32	1.93
857359--857458	19	4.8	19	70	25	78	27	25	18	30	1.98
857342--857504	65	2.5	65	97	2	310	29	22	18	30	1.97
857439--857549	45	2.4	45	86	7	163	28	23	18	29	1.97
857519--857567	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860818--860858	20	2.0	20	100	0	82	29	36	9	24	1.87
861358--861525	65	2.6	66	80	8	193	25	17	24	32	1.97
861487--861524	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
866539--866607	23	3.0	23	79	8	86	33	26	23	17	1.96
866616--866840	103	2.2	103	91	0	360	37	24	11	26	1.89
873284--873324	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
874826--875140	149	2.1	149	95	2	571	26	18	21	33	1.96
875108--875152	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
878406--878446	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
879946--880260	149	2.1	149	94	2	553	26	18	21	34	1.96
880228--880272	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
881900--881968	23	3.0	23	82	0	93	31	26	24	17	1.97
881977--882201	103	2.2	103	95	0	396	37	25	11	25	1.89
884130--884167	17	2.3	17	86	4	51	23	15	23	36	1.94
887174--887198	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
888864--889220	119	3.0	119	78	8	467	25	12	14	47	1.79
888821--889170	115	3.0	115	79	7	454	24	14	14	46	1.81
904552--904616	27	2.4	27	94	0	121	30	12	18	38	1.88
913033--913061	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
914177--914218	13	3.2	13	87	9	59	76	0	4	19	0.96
914197--914236	10	4.0	10	84	9	55	80	0	2	17	0.83
914184--914252	23	3.1	22	77	12	70	78	1	4	15	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915955--917262	106	12.4	106	90	1	1950	23	17	24	34	1.96
921164--921203	10	4.0	10	84	12	55	77	0	2	20	0.88
928661--928741	28	2.9	28	90	3	119	39	25	16	18	1.91
935904--935937	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
937830--937876	21	2.2	21	100	0	94	34	19	10	36	1.86
939080--939153	38	2.0	38	91	2	123	41	36	9	12	1.75
939087--939165	37	2.1	38	88	2	115	46	32	7	12	1.70
946654--947013	182	2.0	175	87	3	513	24	14	18	42	1.88
951050--951097	23	2.1	23	88	0	69	39	8	14	37	1.76
951565--951609	20	2.2	20	88	7	65	46	24	13	15	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7