genome.fa.s7930.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2280901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1252--1325	11	6.5	11	75	20	62	24	24	24	27	2.00
1251--1318	23	2.9	23	88	2	91	23	22	26	27	1.99
1307--1348	17	2.5	17	88	0	57	33	28	14	23	1.94
1623--1744	21	5.8	21	73	7	104	45	30	0	24	1.54
1658--1733	14	5.5	13	69	12	53	43	31	0	25	1.55
1637--1744	42	2.6	42	80	5	137	44	29	0	25	1.54
1700--1733	7	4.9	7	96	0	50	44	35	0	20	1.52
2729--2753	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
4197--4245	24	2.0	24	88	0	71	28	2	14	55	1.51
4930--5022	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
4930--5022	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
4949--5083	41	3.3	41	83	4	139	37	21	21	19	1.94
5011--5104	20	4.7	20	81	7	91	32	25	18	23	1.97
5620--5687	20	3.5	19	82	6	82	47	25	16	11	1.80
5683--5847	20	9.1	19	73	16	127	12	21	22	43	1.85
5688--5764	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
5736--5823	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
7848--7970	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
7904--7970	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
9323--9358	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
9538--9655	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
9542--9635	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12123--12176	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
13210--13267	20	2.9	20	89	0	89	37	20	22	18	1.94
13286--13387	19	5.6	19	87	7	142	13	21	18	46	1.84
15269--15335	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
15324--15381	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
15308--15386	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
15403--15526	19	7.1	19	70	17	63	12	18	23	45	1.84
15415--15472	14	3.9	14	79	16	71	8	15	25	50	1.73
15403--15488	32	2.6	33	88	3	138	11	16	22	50	1.77
15474--15526	20	2.7	19	85	5	70	16	22	24	35	1.95
15999--16043	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
17558--17601	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
17769--17882	20	5.7	20	75	10	81	26	15	24	33	1.95
17871--17963	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
17810--17944	41	3.3	41	83	4	139	20	20	21	37	1.94
17871--17963	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
19404--19438	15	2.3	15	95	0	61	48	5	0	45	1.26
19386--19486	38	2.6	40	81	6	118	46	5	4	42	1.49
19482--19506	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
19386--19488	40	2.6	41	78	9	115	45	5	5	42	1.52
19512--19779	37	7.1	37	82	7	283	41	10	5	42	1.61
19512--19778	74	3.6	74	83	9	319	41	10	5	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27481--27524	22	2.0	22	100	0	88	22	18	4	54	1.61
32846--32896	26	2.0	26	88	0	75	13	17	23	45	1.84
32924--32979	16	3.4	15	75	24	51	73	0	0	26	0.84
32933--32976	12	3.5	13	87	12	65	70	0	0	29	0.88
32937--32987	19	2.7	18	82	8	66	70	0	0	29	0.87
32932--32993	22	2.7	22	80	5	61	69	1	0	29	0.98
32932--32987	15	3.6	16	83	7	62	71	0	0	28	0.86
32924--32987	26	2.5	26	80	14	73	71	0	0	28	0.86
33077--33121	23	2.0	23	90	0	72	42	8	4	44	1.56
32989--33369	37	10.1	37	75	13	239	43	9	4	42	1.57
34660--34944	121	2.3	124	82	8	346	40	14	9	35	1.78
36882--36933	3	17.7	3	76	11	54	65	3	0	30	1.10
37485--37540	27	2.1	26	83	9	69	50	28	0	21	1.49
37666--37716	26	2.0	26	84	7	68	23	1	33	41	1.66
52358--52411	27	2.0	27	100	0	108	25	29	25	18	1.98
61050--61097	19	2.5	19	72	0	51	25	45	16	12	1.82
62060--62125	34	1.9	35	82	14	84	24	12	7	56	1.61
62417--62473	30	1.9	30	85	0	78	22	8	5	63	1.44
67978--68012	5	7.0	5	86	0	52	74	2	2	20	1.08
67978--68020	20	2.1	21	91	4	70	69	2	6	20	1.23
69114--69169	20	2.7	22	84	13	75	60	1	3	33	1.24
69751--69919	91	1.9	90	91	3	277	23	20	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69836--70223	117	3.3	117	91	2	611	26	21	13	38	1.91
70271--70325	18	3.0	18	73	21	60	20	20	10	49	1.78
70199--70584	105	3.5	106	81	9	481	22	20	17	38	1.93
71917--72065	51	2.9	52	83	6	196	24	20	16	37	1.93
77896--77936	18	2.3	18	91	4	66	65	4	4	24	1.32
78222--78257	5	7.2	5	87	0	54	75	2	2	19	1.06
79365--79414	3	17.0	3	76	19	52	62	2	2	34	1.18
79367--79414	20	2.3	21	86	10	64	62	2	2	33	1.18
79943--80115	91	1.9	91	93	2	303	23	19	15	41	1.89
80033--80454	117	3.6	117	90	0	657	25	21	13	39	1.90
80314--80894	187	3.1	187	95	1	1056	26	21	16	36	1.94
80581--80642	19	3.2	19	69	26	58	19	24	8	48	1.75
80761--80964	105	1.9	108	88	7	310	22	21	17	39	1.92
82306--82455	52	2.9	52	81	4	187	26	20	18	35	1.95
86743--86783	21	1.9	22	90	5	66	48	17	9	24	1.76
86977--87149	58	2.9	57	84	4	211	39	19	13	27	1.90
87397--87703	124	2.5	124	85	5	403	37	25	12	25	1.90
87750--87832	32	2.6	32	94	0	148	32	27	18	21	1.96
88541--88587	19	2.5	19	85	0	76	27	44	14	12	1.82
94529--94591	33	1.9	33	90	0	99	31	11	9	47	1.71
96810--96836	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
103034--103058	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104460--104601	36	3.9	36	86	0	176	22	20	18	38	1.93
104613--104693	42	1.9	42	94	0	144	33	20	18	27	1.96
111671--111695	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
112821--112851	16	1.9	16	93	0	53	83	3	0	12	0.75
116228--116297	35	2.0	35	100	0	140	34	14	14	37	1.86
121888--121937	18	2.9	18	77	19	61	48	10	6	36	1.61
126970--127023	18	3.0	18	86	0	81	22	5	29	42	1.76
135430--135454	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
135472--135525	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
135476--135526	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
135505--135587	29	2.6	33	74	18	84	67	7	2	22	1.27
136311--136404	37	2.5	37	84	0	125	32	12	17	37	1.87
137135--138827	106	16.0	106	89	1	2468	23	18	24	34	1.96
139629--139749	22	5.5	22	92	0	206	21	12	27	38	1.89
140144--140490	172	2.0	173	92	3	583	24	17	20	36	1.94
140537--140594	16	3.7	15	74	21	57	1	13	6	77	1.05
145098--145170	12	5.9	12	71	16	60	73	0	8	17	1.06
145176--145206	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
145229--145279	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
145252--145340	29	2.8	33	72	22	89	65	6	3	24	1.33
145475--145512	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
146036--146140	37	2.8	36	82	5	129	31	14	15	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152894--152931	18	2.1	19	95	5	69	42	0	0	57	0.98
155247--155279	17	1.9	17	93	0	57	36	12	6	45	1.66
160895--160952	29	2.0	30	83	12	77	44	5	5	44	1.48
170002--170066	30	2.2	30	82	0	76	23	6	4	66	1.33
173034--173059	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
174267--174340	32	2.3	32	90	0	112	33	9	24	32	1.87
174280--174341	32	1.9	32	96	0	115	30	9	25	33	1.88
174598--174722	65	1.9	65	90	1	198	38	21	8	31	1.84
174934--175143	43	4.9	43	80	1	233	31	29	17	20	1.96
174941--175129	86	2.2	86	87	0	279	31	30	17	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12