genome.fa.s7930.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2280901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175221--175755	84	6.4	83	85	1	676	33	23	17	25	1.96
175205--175755	167	3.3	165	84	3	694	33	22	18	25	1.97
175226--175755	251	2.1	251	87	1	740	33	23	17	25	1.97
176998--177060	30	2.1	30	84	0	81	23	11	4	60	1.49
177184--177218	18	2.0	17	88	5	52	17	5	0	77	0.96
181515--181552	20	1.9	20	84	10	51	42	0	7	50	1.31
182778--182869	40	2.4	38	83	10	107	54	0	2	43	1.12
187998--188053	28	2.0	28	96	0	103	44	21	5	28	1.74
194141--194208	27	2.6	27	93	4	113	42	16	10	30	1.81
197782--197813	16	2.0	16	100	0	64	25	18	6	50	1.70
204167--204368	101	2.0	101	99	0	395	42	12	15	29	1.84
208069--208111	20	2.2	20	100	0	86	9	23	0	67	1.19
209958--210033	37	2.1	37	92	2	127	35	7	9	47	1.65
211813--211861	24	2.0	24	92	0	80	14	26	10	48	1.75
215045--215103	26	2.4	25	83	8	75	33	5	23	37	1.77
215055--215108	26	2.1	26	89	3	83	37	3	24	35	1.73
220432--220456	10	2.5	10	100	0	50	12	0	0	88	0.53
221030--221055	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
221182--221523	82	4.2	82	82	2	357	32	17	17	32	1.93
221232--221440	41	5.1	41	67	12	131	32	15	19	32	1.93
230353--231141	84	9.5	84	80	5	800	31	25	19	24	1.98
230353--231140	85	9.5	82	79	5	744	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230356--231104	165	4.5	164	80	5	738	30	25	19	24	1.98
230349--231104	334	2.3	334	88	1	1126	30	25	19	24	1.98
230353--231141	250	3.2	245	83	6	924	31	25	19	24	1.98
231159--231220	21	3.2	21	70	25	73	27	19	9	43	1.82
231154--231456	36	8.4	36	87	0	428	25	21	12	40	1.88
233638--233675	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
237485--237526	19	2.2	20	86	4	59	52	4	2	40	1.35
241394--241446	21	2.5	21	81	0	61	20	24	18	35	1.95
241436--241550	20	5.7	20	78	4	131	39	18	20	21	1.93
241438--241550	41	2.8	41	91	0	181	39	17	21	21	1.92
242080--242118	20	2.0	20	94	0	69	58	17	10	12	1.61
242180--242243	33	1.9	33	100	0	128	12	17	21	48	1.80
242222--242292	20	3.6	19	78	10	65	15	21	16	46	1.84
243319--243422	20	5.2	20	91	1	165	35	21	20	23	1.96
243319--243505	40	4.6	41	82	5	186	32	19	21	26	1.97
243319--243505	60	3.1	60	78	8	191	32	19	21	26	1.97
243318--243466	20	7.5	20	90	1	137	31	19	19	29	1.96
243462--243504	21	2.0	21	86	4	59	37	16	25	20	1.93
260768--260808	16	2.6	16	96	0	73	14	19	24	41	1.89
260845--260900	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
260848--260898	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
261296--261350	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261336--261434	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
261429--261468	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
269937--269971	15	2.3	15	95	0	61	51	0	5	42	1.25
272643--272693	18	3.0	16	81	18	59	64	1	0	33	1.05
272643--272681	17	2.4	15	84	16	51	66	2	0	30	1.05
274557--274623	21	3.2	21	82	2	73	26	25	16	31	1.96
274493--274638	20	7.2	20	73	11	75	32	25	15	26	1.95
277280--277317	21	2.0	20	85	15	53	23	34	18	23	1.96
277270--277362	42	2.2	42	82	3	107	25	36	15	22	1.93
278795--278834	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
278744--278884	66	2.2	66	83	8	177	31	1	17	50	1.54
278982--279053	34	2.1	34	85	10	94	18	19	22	40	1.92
279341--279394	18	3.0	18	94	0	90	16	7	24	51	1.69
281655--281714	24	2.5	24	83	0	84	38	18	18	25	1.93
281834--281867	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
282674--282717	21	2.1	21	91	0	70	36	15	25	22	1.94
282725--282778	20	2.7	20	77	11	74	25	14	31	27	1.95
287018--287093	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
287491--287738	130	1.9	130	91	0	406	36	14	13	35	1.86
287500--287769	130	2.1	129	79	5	301	38	13	13	33	1.84
288066--288128	28	2.3	27	78	8	63	46	1	1	50	1.20
288204--288242	16	2.4	17	87	12	55	61	5	2	30	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289939--289971	17	1.9	17	88	11	50	72	6	0	21	1.05
301883--301953	31	2.3	31	83	11	92	39	25	7	28	1.82
303311--303355	15	3.0	15	90	0	72	28	8	17	44	1.79
305047--305197	25	5.3	25	74	24	131	51	3	13	31	1.57
305014--305197	59	3.2	57	80	7	174	52	2	13	31	1.55
305069--305200	59	2.1	59	87	10	183	50	3	14	32	1.58
304988--305200	92	2.3	91	89	4	324	52	2	13	31	1.54
304988--305171	33	5.8	33	78	12	208	52	2	13	31	1.55
305047--305215	59	2.8	59	77	11	168	51	2	13	32	1.55
306725--307035	134	2.3	133	88	3	462	28	17	22	32	1.96
307345--308038	233	3.0	231	83	3	856	34	18	14	32	1.91
309618--309666	19	2.6	19	87	9	66	32	18	24	24	1.97
309678--309769	45	2.0	46	93	2	159	27	19	26	27	1.99
310360--310384	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
313961--314037	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
313905--314037	63	2.1	62	82	8	153	27	28	27	16	1.97
314912--314954	22	2.0	22	95	0	77	11	23	46	18	1.82
314964--315021	20	2.9	21	82	10	77	32	24	24	18	1.97
314957--315018	29	2.1	28	85	11	81	32	27	24	16	1.96
314957--315021	9	6.8	9	76	10	58	30	26	24	18	1.98
314964--315021	9	5.9	10	76	15	59	32	24	24	18	1.97
321220--321343	63	2.0	63	80	6	144	26	28	27	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322233--322285	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
322228--322286	17	3.2	17	78	21	73	11	23	45	18	1.83
322233--322285	22	2.4	22	100	0	106	7	22	50	18	1.72
322282--322359	19	4.2	18	88	4	111	28	30	26	14	1.95
322282--322359	9	8.3	9	80	8	84	28	30	26	14	1.95
327879--327921	19	2.3	19	92	4	70	25	9	30	34	1.87
328049--328095	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
328067--328209	64	2.2	63	83	10	175	29	13	25	32	1.93
328172--328209	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
332405--332447	20	2.2	20	86	0	59	37	18	11	32	1.87
335867--335930	30	2.1	30	91	0	101	31	21	20	26	1.98
335874--335964	30	3.0	30	82	4	85	31	24	17	26	1.97
335917--336041	31	4.0	31	77	7	101	32	18	19	30	1.95
340721--340792	30	2.4	30	90	0	108	31	23	18	26	1.97
340786--340903	31	3.8	32	70	18	95	31	16	19	32	1.94
344543--344581	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
344480--344688	65	3.2	64	82	8	203	29	25	17	27	1.97
344529--344691	65	2.5	65	83	3	213	30	26	15	27	1.96
346749--346788	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
346748--346792	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
351625--351751	64	2.0	65	87	4	186	30	24	16	28	1.96
353718--353760	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
354567--354957	57	6.8	57	95	1	685	36	18	9	36	1.83
354537--354957	172	2.5	171	93	2	704	36	18	9	36	1.82
356163--356310	76	2.0	75	90	4	235	29	2	10	58	1.45
356275--356410	65	2.1	65	86	6	188	29	0	14	55	1.45
357479--357518	8	4.6	8	82	17	53	12	2	2	82	0.87
357470--357515	19	2.3	20	88	7	76	10	2	6	80	0.98
359359--359523	76	2.2	75	86	3	233	30	2	10	56	1.46
359473--359607	64	2.1	66	85	9	181	28	0	14	55	1.45
360170--360210	21	1.9	22	90	5	66	19	4	0	75	0.98
364201--364231	11	2.7	12	90	10	55	19	9	9	61	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12