genome.fa.s7930.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2280901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1932193--1932290	30	3.3	29	77	7	99	16	13	11	59	1.62
1939391--1939552	86	1.9	86	94	0	288	41	11	12	33	1.80
1939584--1940072	198	2.5	196	83	5	601	32	16	13	38	1.87
1939901--1940244	177	1.9	176	83	2	440	33	13	13	39	1.84
1942710--1942758	19	2.6	19	86	0	80	53	8	2	36	1.43
1944366--1945167	199	4.0	199	85	3	965	31	17	13	38	1.88
1944359--1945499	199	5.9	197	75	11	935	31	16	13	38	1.87
1944986--1945346	179	2.0	179	88	1	535	31	16	14	37	1.88
1945812--1945857	24	1.9	24	86	0	65	50	17	2	30	1.58
1947102--1947142	3	13.7	3	84	0	55	31	29	0	39	1.57
1947103--1947142	12	3.3	12	92	0	62	30	30	0	40	1.57
1948621--1949771	198	5.8	199	83	5	1371	32	15	14	37	1.88
1948621--1949771	397	2.9	398	85	4	1511	32	15	14	37	1.88
1949787--1949825	15	2.6	15	91	0	60	23	12	23	41	1.88
1950139--1950187	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
1952176--1952230	20	2.8	20	94	0	101	23	14	34	27	1.94
1957905--1957941	19	1.9	19	100	0	74	27	16	16	40	1.89
1957907--1957950	19	2.3	19	92	0	70	29	18	11	40	1.85
1958451--1958507	18	3.2	18	94	0	96	3	36	0	59	1.14
1958759--1958802	21	2.1	21	95	0	79	13	36	11	38	1.81
1961205--1961731	182	2.9	181	87	2	727	28	16	14	40	1.87
1961532--1961910	211	1.8	210	86	4	557	29	17	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964754--1964794	19	2.2	19	90	0	64	48	4	12	34	1.62
1978434--1978458	7	3.6	7	100	0	50	12	0	24	64	1.27
1982291--1982368	23	3.3	23	78	8	86	34	21	17	25	1.96
1982375--1982695	103	3.1	103	94	0	570	36	23	13	26	1.92
1983547--1983594	19	2.5	19	89	0	69	27	29	14	29	1.95
1987819--1987896	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
1987903--1988222	103	3.1	102	95	1	577	36	23	13	26	1.92
1990766--1990925	65	2.5	65	84	7	193	28	17	22	31	1.96
1990766--1990967	65	3.1	63	79	14	191	27	17	23	32	1.97
1993547--1993626	22	3.6	22	75	8	74	25	23	26	25	2.00
1993574--1993645	21	3.5	20	76	12	65	23	19	26	30	1.98
1993590--1993645	22	2.7	21	81	13	71	25	16	28	30	1.96
1997462--1997501	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
1999424--1999472	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2005964--2006054	45	2.0	45	97	0	173	38	18	16	26	1.92
2006638--2006970	36	9.2	36	87	2	463	18	23	23	34	1.96
2011127--2011163	18	2.0	19	85	15	51	56	0	2	40	1.13
2011206--2011243	17	2.2	18	90	4	60	55	5	0	39	1.23
2012084--2012119	11	3.3	11	92	0	63	44	5	11	38	1.63
2012261--2012720	112	4.1	112	93	0	769	45	13	15	25	1.83
2012261--2012720	225	2.1	223	94	0	803	45	13	15	25	1.83
2012597--2013046	182	2.5	182	92	0	711	42	12	16	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013477--2013524	23	2.1	23	96	0	87	37	16	8	37	1.79
2014844--2014956	60	1.9	60	83	7	149	31	16	17	33	1.93
2016534--2016586	21	2.5	21	96	0	97	26	16	32	24	1.97
2016608--2016646	18	2.1	18	85	4	51	28	25	25	20	1.99
2017251--2017306	18	3.1	18	78	0	76	26	17	30	25	1.97
2019016--2019082	28	2.4	30	78	14	81	44	2	2	49	1.32
2029342--2029451	21	5.2	21	68	13	73	45	32	1	20	1.61
2033305--2033359	15	3.7	16	77	17	57	25	0	1	72	0.94
2039522--2039720	108	1.8	108	81	0	245	47	17	16	19	1.83
2042213--2042251	3	13.0	3	88	0	60	35	2	0	61	1.10
2048355--2048390	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
2049452--2049509	20	2.7	20	78	10	62	29	20	17	32	1.95
2049497--2049658	64	2.5	62	79	8	164	25	24	19	31	1.98
2051127--2051178	23	2.3	23	93	0	86	34	19	0	46	1.50
2059401--2059440	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2060212--2060256	23	2.0	23	90	0	72	15	31	26	26	1.96
2061345--2061402	20	2.7	20	78	10	62	29	20	17	32	1.95
2061410--2061513	45	2.3	45	83	6	113	24	18	21	36	1.95
2064790--2064902	38	2.9	38	84	3	111	33	15	23	27	1.95
2064806--2064902	39	2.5	38	84	1	113	34	15	22	27	1.94
2066264--2066675	202	2.0	202	91	1	666	29	16	17	36	1.93
2066863--2066938	35	2.2	35	97	0	143	21	3	31	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067507--2068000	219	2.3	219	91	1	785	31	16	17	34	1.92
2067945--2068045	42	2.4	41	85	1	130	24	20	20	33	1.97
2068236--2068265	3	10.0	3	92	0	51	36	0	0	63	0.95
2071787--2071833	16	2.7	18	87	6	71	29	29	6	34	1.82
2082886--2082943	31	1.9	31	85	3	82	48	5	8	37	1.56
2089680--2089704	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2089991--2090065	38	2.0	37	87	5	107	49	2	2	45	1.30
2091637--2091700	31	2.0	32	87	3	94	50	4	6	39	1.49
2091919--2092034	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
2092022--2092214	20	9.6	20	83	5	237	34	26	19	19	1.95
2092595--2092665	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2092751--2092857	21	5.6	20	70	17	84	47	17	20	14	1.82
2092805--2092884	33	2.4	33	91	0	124	47	20	21	11	1.80
2092880--2093007	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
2092902--2092958	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2092885--2093007	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
2092943--2093007	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2094682--2094995	93	3.4	93	96	1	596	22	13	18	44	1.85
2095110--2095166	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
2095124--2095215	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
2095092--2095215	33	3.7	33	91	1	185	45	27	17	8	1.78
2095141--2095199	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2095211--2095366	19	8.6	19	79	10	148	10	19	24	45	1.82
2095211--2095350	37	3.9	37	80	11	148	10	20	23	46	1.80
2095233--2095294	32	2.0	31	93	3	106	11	19	24	45	1.83
2095216--2095349	50	2.5	53	88	7	184	9	19	23	47	1.79
2097262--2097298	14	2.6	14	95	0	65	35	0	21	43	1.53
2097388--2097477	19	4.9	19	82	14	127	46	15	22	15	1.83
2097388--2097494	53	2.0	52	96	1	196	45	15	23	14	1.84
2097484--2097724	19	13.7	19	76	20	240	14	21	17	45	1.85
2097561--2097737	33	5.2	33	69	21	141	14	22	18	45	1.84
2097490--2097724	52	4.5	53	93	3	397	14	21	17	46	1.84
2097561--2097737	85	2.1	83	84	14	229	14	22	18	45	1.84
2100009--2100033	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2100208--2100254	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2100943--2101131	20	9.4	20	83	4	202	19	17	26	36	1.94
2101099--2101255	20	7.8	20	71	7	84	19	17	24	38	1.93
2101750--2101789	8	4.8	8	85	11	53	35	0	0	65	0.93
2101749--2101783	18	1.9	18	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2108546--2108649	50	2.1	50	85	5	140	20	31	27	20	1.97
2108566--2108698	50	2.7	49	82	8	137	20	29	27	22	1.98
2108792--2108831	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
2108957--2109178	111	2.0	111	97	0	417	35	7	11	45	1.69
2114618--2114668	24	2.1	24	85	7	68	58	5	0	35	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115049--2115099	26	2.0	26	88	0	75	43	7	21	27	1.80
2116517--2116554	2	19.5	2	89	5	60	47	0	0	52	1.00
2117412--2117461	24	2.1	24	84	0	64	42	24	8	26	1.82
2117872--2117927	24	2.3	24	90	0	85	35	12	19	32	1.89
2118621--2118673	26	2.0	26	100	0	106	45	0	7	47	1.31
2118672--2118711	15	2.5	15	84	8	53	22	32	27	17	1.96
2119236--2119310	22	3.4	22	92	0	123	36	8	22	33	1.84
2119608--2119877	82	3.3	81	75	11	244	33	16	17	32	1.92
2124048--2124101	21	2.6	21	87	0	72	20	5	24	50	1.69
2129148--2129172	12	2.1	12	100	0	50	76	24	0	0	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12