genome.fa.s7930.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2280901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672587--672691	35	3.0	35	95	0	192	44	24	0	30	1.54
673205--673278	35	2.1	35	85	5	96	29	0	24	45	1.53
676547--676653	51	2.1	51	96	3	198	41	6	11	41	1.67
684394--684475	42	2.0	42	92	0	137	18	19	21	40	1.92
684292--685242	239	3.9	244	86	7	1179	31	15	17	35	1.92
684876--684957	42	2.0	42	87	0	119	20	18	21	39	1.93
685131--685212	42	2.0	42	90	0	128	23	19	21	35	1.96
688408--688492	42	2.0	43	86	4	118	41	4	25	28	1.75
688369--688537	93	1.8	93	89	2	268	43	7	21	27	1.78
688317--688590	92	2.9	92	80	5	257	45	6	21	27	1.76
688572--688701	39	3.2	38	76	10	125	59	5	7	27	1.47
693823--693859	14	2.7	14	91	4	58	21	5	32	40	1.76
698584--698616	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
698773--698818	3	16.0	3	80	8	51	69	0	2	28	1.00
700752--700951	103	2.0	102	84	3	267	42	12	18	28	1.85
700913--701269	36	10.2	36	72	15	259	42	11	17	28	1.84
700823--701269	138	3.2	138	89	2	648	42	12	17	27	1.85
702636--702816	95	1.9	95	89	4	285	30	19	17	32	1.95
706803--706865	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
706915--706970	13	4.5	13	73	24	57	67	0	1	30	1.01
706919--706970	23	2.3	23	86	6	70	67	0	1	30	1.02
706890--707039	66	2.2	69	80	9	166	69	2	5	23	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712821--712873	3	17.7	3	96	0	97	64	0	0	35	0.94
713190--713759	253	2.2	256	88	1	833	32	16	16	34	1.91
713528--713895	197	1.9	197	87	1	540	32	17	17	31	1.94
714475--714607	29	4.6	29	83	1	169	49	11	0	38	1.44
717499--717536	11	3.5	11	86	13	60	73	0	2	23	0.95
717500--717558	19	2.9	20	82	14	59	74	1	3	20	1.05
717795--717854	30	2.0	30	96	0	111	26	21	28	23	1.99
718765--718817	28	1.9	27	88	3	79	49	3	0	47	1.19
718820--718872	26	2.0	26	96	0	97	45	5	0	49	1.26
718843--719095	40	6.7	40	76	16	215	45	8	1	45	1.43
718910--718979	30	2.3	31	87	7	106	48	10	0	41	1.36
718871--719068	70	2.8	69	84	10	229	45	8	1	44	1.42
718941--719095	40	4.1	39	88	8	237	43	8	1	45	1.45
722446--722512	23	3.0	23	86	6	84	16	22	26	34	1.95
722721--722756	6	6.0	6	100	0	72	50	0	16	33	1.46
727857--727902	21	2.1	21	84	8	56	17	19	26	36	1.94
734567--734615	22	2.2	23	82	10	57	22	2	26	48	1.61
760025--760306	59	4.8	59	91	3	437	34	10	23	31	1.89
762801--762838	19	2.1	18	90	5	58	78	0	2	18	0.86
764037--764083	10	4.6	10	76	12	51	65	2	0	31	1.04
764037--764109	27	2.6	27	82	10	76	61	4	0	34	1.15
764111--764250	37	4.1	37	73	19	149	46	5	2	45	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764153--764213	26	2.3	26	88	0	95	45	6	1	45	1.39
764103--764440	63	5.4	63	84	10	406	45	7	1	44	1.42
764201--764292	26	3.3	26	70	21	78	44	7	2	45	1.44
764295--764347	11	5.1	11	73	13	58	47	9	0	43	1.36
764336--764391	26	2.2	26	90	6	87	48	7	0	44	1.30
764253--764462	67	3.2	67	84	5	259	43	8	1	46	1.42
764255--764462	65	3.2	65	83	8	251	43	8	1	46	1.42
774308--774523	36	6.0	36	89	2	308	44	8	21	25	1.80
776400--776437	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
787172--787238	31	2.2	31	88	0	98	41	10	20	26	1.85
788050--788105	26	2.2	25	81	9	60	32	19	5	42	1.74
792477--792560	31	2.7	32	87	3	109	38	21	20	20	1.94
793166--793241	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
794842--794938	31	3.1	31	84	0	113	41	11	9	38	1.73
797249--797273	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
797519--797565	21	2.2	21	92	0	76	36	29	19	14	1.92
797749--797814	12	5.6	12	83	3	80	12	15	46	25	1.80
797749--797814	23	2.8	24	81	4	80	12	15	46	25	1.80
798111--798192	21	3.9	21	69	6	58	40	19	13	26	1.89
798108--798188	42	1.9	42	84	0	108	40	18	12	28	1.87
798647--798687	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
802835--802889	20	2.8	20	94	0	101	29	29	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805262--805308	23	2.0	23	95	0	85	31	23	27	17	1.96
805275--805322	23	2.1	23	84	0	60	39	20	20	18	1.92
809519--809611	29	3.2	29	100	0	186	37	7	16	38	1.77
809697--809755	21	2.8	21	92	0	91	32	32	20	15	1.93
810303--810329	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
820203--820329	32	4.0	33	77	9	122	25	18	23	32	1.97
824690--824814	32	3.9	32	77	7	121	28	19	19	33	1.96
828939--828987	25	2.0	25	83	0	62	28	30	10	30	1.90
833050--833084	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
834374--834416	17	2.5	17	92	0	77	16	46	23	13	1.83
837426--837455	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
847603--847638	9	3.6	10	88	11	56	88	0	2	8	0.59
847603--847638	10	3.7	10	88	7	56	88	0	2	8	0.59
848650--849265	53	11.7	55	72	15	188	30	17	26	25	1.97
848809--849060	51	4.9	50	80	6	227	32	19	25	22	1.97
848764--849014	103	2.4	101	76	14	244	32	19	25	21	1.97
848765--849060	54	5.7	51	77	10	244	32	19	25	22	1.97
849036--849265	108	2.1	108	90	0	361	28	14	28	28	1.96
849036--849265	53	4.3	53	86	3	307	28	14	28	28	1.96
849839--849879	17	2.5	16	92	7	73	17	43	24	14	1.86
851342--851366	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
852250--852298	24	2.0	26	84	15	68	42	2	4	51	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852832--852873	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
855776--855842	28	2.5	27	83	7	84	47	4	4	43	1.43
855784--855966	37	5.5	34	79	15	181	46	3	7	42	1.48
855789--855842	28	1.9	28	92	0	90	46	5	5	42	1.50
855896--855962	30	2.2	29	92	5	107	43	2	10	43	1.54
855927--856011	43	2.1	39	85	12	109	41	1	5	51	1.33
856034--856069	13	2.8	13	91	4	56	13	5	0	80	0.88
856210--856254	13	3.4	13	81	6	63	8	6	0	84	0.78
856210--856248	19	2.1	19	90	9	62	7	7	0	84	0.77
856015--856352	174	2.0	169	88	2	505	26	22	14	36	1.92
857111--857289	65	2.8	63	82	8	209	26	18	25	30	1.98
857130--857289	65	2.5	65	87	5	218	26	18	24	31	1.97
857130--857339	65	3.2	64	77	13	216	26	17	24	31	1.97
859601--859720	20	6.0	20	89	0	168	29	25	17	27	1.98
859573--859712	60	2.3	60	82	4	158	30	23	17	27	1.97
859601--859720	60	2.0	60	91	0	195	29	25	17	27	1.98
860549--860602	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
862956--863225	140	1.9	140	98	0	522	28	12	15	42	1.84
863196--863452	20	13.8	20	70	14	181	36	20	17	26	1.94
863204--863361	54	2.9	54	86	0	226	35	24	16	24	1.95
863298--863324	14	1.9	14	100	0	54	48	29	14	7	1.71
863261--863452	94	2.0	94	84	2	251	35	20	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863332--863514	74	2.5	74	87	0	267	36	19	18	25	1.94
863323--863478	40	4.1	40	77	9	153	35	17	18	28	1.94
863372--863508	34	3.9	34	72	14	96	38	18	18	24	1.93
863517--863570	20	2.7	20	82	5	65	11	16	27	44	1.82
863674--863728	29	1.9	28	85	3	74	47	14	0	38	1.45
863692--863730	14	2.8	14	88	0	60	46	12	0	41	1.42
865725--865793	20	3.5	20	95	0	120	33	26	20	20	1.97
866031--866080	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
867516--867558	22	2.0	22	95	0	77	27	16	32	23	1.96
867739--867845	20	5.3	20	83	0	133	27	19	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12