genome.fa.s7930.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110338_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2280901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  12  of  12  ( 1413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137976--2138022	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
2143351--2143391	12	3.6	12	80	12	50	43	17	21	17	1.87
2145465--2145619	64	2.4	64	90	4	233	29	18	23	29	1.97
2148397--2148460	24	2.9	20	72	17	56	26	18	20	34	1.96
2148337--2148460	45	2.8	42	77	12	124	24	20	25	29	1.99
2149180--2149224	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
2149249--2149297	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
2150763--2151080	103	3.1	102	94	1	555	27	13	22	36	1.92
2156064--2156129	23	2.9	23	86	0	96	33	22	24	19	1.97
2156361--2156419	30	2.0	29	83	3	73	33	22	8	35	1.84
2157236--2157287	21	2.5	21	90	0	77	28	17	25	28	1.97
2160972--2161054	23	3.7	23	71	10	73	37	24	19	19	1.94
2161254--2161312	30	2.0	29	83	3	73	33	22	8	35	1.84
2165099--2165148	21	2.4	21	100	0	100	26	20	30	24	1.98
2165213--2165371	64	2.5	63	88	5	230	28	18	22	30	1.97
2165213--2165419	64	3.2	63	83	8	208	28	17	22	31	1.97
2165384--2165438	20	2.8	20	94	0	101	21	16	32	29	1.95
2168234--2168289	16	3.5	16	90	0	85	50	23	0	26	1.50
2168943--2169265	67	4.9	66	84	6	359	31	17	13	36	1.89
2169268--2169616	133	2.6	133	84	3	434	29	28	16	25	1.97
2169295--2169668	134	2.8	133	84	2	403	28	28	16	26	1.97
2169858--2169916	3	18.7	3	86	6	73	35	1	1	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170268--2170320	21	2.5	21	96	0	97	16	35	30	16	1.92
2172889--2172913	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2174549--2174606	28	2.1	28	87	6	82	50	8	6	34	1.60
2176823--2176858	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2195246--2195278	17	2.0	17	94	5	59	18	3	6	72	1.18
2196507--2196548	11	3.3	13	80	12	52	50	2	0	47	1.14
2198320--2198344	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2201459--2201518	23	2.6	23	94	0	102	46	1	0	51	1.10
2208950--2209002	20	2.6	21	76	8	65	28	32	15	24	1.95
2208990--2209090	40	2.5	41	85	9	138	41	20	16	20	1.90
2209021--2209090	20	3.5	19	84	9	95	42	18	17	21	1.89
2213239--2213379	66	2.2	63	88	6	205	30	0	17	51	1.51
2213482--2213524	20	2.2	20	95	0	77	13	16	25	44	1.85
2214478--2214577	20	5.3	20	69	13	77	20	20	19	41	1.91
2214532--2214580	20	2.5	20	89	0	80	14	18	22	44	1.85
2214860--2214895	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2216957--2216984	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
2217163--2217214	24	2.2	23	86	6	77	42	17	19	21	1.89
2217417--2217466	23	2.2	23	100	0	100	36	10	22	32	1.87
2217948--2217987	16	2.5	16	83	0	53	67	0	5	27	1.11
2218159--2218212	20	2.7	20	79	0	72	20	16	22	40	1.91
2219956--2220039	20	4.2	20	92	6	143	25	16	11	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223740--2223798	24	2.5	24	88	0	82	18	23	15	42	1.88
2224479--2224691	100	2.1	100	94	0	372	31	8	15	45	1.76
2224848--2224891	18	2.5	17	82	10	52	70	0	2	27	0.99
2225352--2225379	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2226220--2226264	23	2.0	23	82	8	56	44	8	0	46	1.34
2227632--2227673	19	2.3	19	91	4	68	61	4	0	33	1.17
2228907--2228955	2	25.5	2	91	8	84	46	0	0	53	1.00
2229662--2229720	3	19.0	3	82	6	73	66	1	0	32	1.02
2229921--2230357	129	3.4	127	78	9	395	29	17	26	25	1.98
2230568--2230779	117	1.8	115	89	2	334	23	22	16	38	1.92
2230809--2231142	136	2.5	135	89	4	500	25	22	17	34	1.96
2230928--2231361	227	1.9	227	88	1	656	24	22	17	35	1.95
2231742--2231898	74	2.1	73	86	1	215	40	14	18	26	1.88
2231766--2231898	37	3.6	37	70	8	108	40	13	18	27	1.88
2231860--2232029	66	2.6	65	84	5	207	40	13	18	28	1.88
2231961--2232089	39	3.4	37	83	10	143	36	12	18	32	1.88
2231962--2232563	40	15.2	39	88	4	599	40	11	16	31	1.84
2232071--2232567	40	12.4	40	94	0	843	40	11	16	31	1.84
2232276--2232339	20	3.2	20	62	16	51	42	10	15	31	1.82
2235452--2235494	1	43.0	1	95	0	77	0	2	0	97	0.16
2235481--2235544	4	17.2	4	74	20	59	0	20	0	79	0.73
2239032--2239086	20	2.8	19	84	13	67	54	16	14	14	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239029--2239086	26	2.2	26	93	0	98	53	15	15	15	1.73
2240681--2240722	19	2.3	19	91	4	68	61	4	0	33	1.17
2241956--2241998	2	22.5	2	90	9	72	46	0	0	53	1.00
2242712--2242766	3	17.7	3	81	7	65	65	1	0	32	1.03
2244538--2244591	5	11.2	5	94	2	67	57	0	5	37	1.22
2244714--2244767	22	2.5	21	84	3	63	44	5	3	46	1.44
2244757--2244807	11	4.5	11	78	11	50	41	1	1	54	1.22
2258697--2258741	16	2.9	15	81	12	56	71	6	8	13	1.31
2258923--2258984	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
2259223--2259281	15	3.5	17	72	13	50	62	1	10	25	1.36
2259572--2259753	99	1.8	98	86	1	265	37	15	20	25	1.93
2260847--2260891	16	2.8	17	80	12	60	73	0	6	20	1.05
2260847--2260896	24	2.1	23	88	7	73	70	0	8	22	1.13
2262016--2262048	17	2.1	17	88	11	52	66	6	0	27	1.15
2262042--2262251	37	5.8	35	81	13	191	42	8	3	45	1.53
2262087--2262246	35	4.5	36	81	16	165	40	8	3	48	1.49
2263819--2263891	22	3.5	21	80	14	73	21	16	31	30	1.95
2263987--2264040	20	2.6	21	79	8	65	18	24	33	24	1.97
2264351--2264400	21	2.4	21	83	6	57	42	12	20	26	1.86
2270462--2270511	21	2.4	22	80	10	59	40	14	20	26	1.90
2270691--2270761	23	3.1	23	85	2	99	19	22	26	30	1.98
2270683--2270801	23	5.4	22	76	12	84	24	19	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271422--2272078	201	3.3	201	85	1	886	29	21	18	31	1.97
2276919--2276954	15	2.3	16	90	4	56	66	2	8	22	1.31
2277792--2278181	54	7.3	54	85	3	520	31	20	18	29	1.96
2277813--2278181	107	3.4	108	88	3	548	31	20	18	29	1.96
2278508--2278553	22	2.1	22	87	0	65	30	26	13	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12

The End!