genome.fa.s7936.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110346_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2869312

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1376--1405	8	3.8	8	95	0	51	6	13	0	80	0.91
6894--7489	250	2.4	249	89	5	893	23	12	28	35	1.91
7361--7438	37	2.1	37	88	2	113	12	11	39	35	1.80
13552--13584	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
13652--13701	15	3.3	15	81	10	50	68	2	2	28	1.12
14903--14961	3	19.0	3	82	6	55	57	0	0	42	0.98
14926--14973	24	2.0	24	84	8	62	58	0	0	41	0.98
15185--16192	113	9.0	113	93	1	1523	29	17	16	36	1.92
15185--16192	451	2.2	451	89	2	1539	29	17	16	36	1.92
16599--16640	21	2.0	21	95	0	75	40	14	11	33	1.82
16997--17198	50	3.9	52	78	9	189	25	21	14	38	1.92
18285--18351	35	1.9	35	87	6	100	34	25	10	29	1.89
19302--19639	114	3.0	114	92	2	547	30	20	15	32	1.94
21889--21932	11	4.4	10	83	16	56	0	18	0	81	0.68
25203--25256	14	3.8	14	85	2	63	51	9	14	24	1.71
27366--27664	138	2.2	132	75	14	289	43	7	9	39	1.64
27705--27737	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
27801--27849	24	2.1	24	85	11	66	71	2	2	24	1.07
29028--29098	3	23.0	3	88	5	106	63	0	0	36	0.95
35645--35683	19	2.1	19	100	0	78	25	15	15	43	1.86
35989--36020	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
39095--39153	30	2.0	30	83	6	75	40	16	6	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49526--49568	21	2.0	21	90	0	68	30	16	16	37	1.91
49531--49578	21	2.3	20	79	10	51	33	18	20	27	1.96
55658--55687	13	2.2	14	94	5	53	20	23	13	43	1.86
55840--55887	20	2.4	20	100	0	96	47	12	18	20	1.81
64322--64361	19	2.1	19	100	0	80	55	5	15	25	1.60
67623--67651	14	2.0	15	93	6	51	37	0	13	48	1.43
77011--77116	17	6.4	17	71	21	57	75	3	16	3	1.10
77028--77080	12	4.3	13	83	9	67	77	1	15	5	1.04
77005--77080	19	4.1	18	76	10	57	75	2	18	3	1.08
77050--77117	21	3.5	19	80	15	77	75	4	17	2	1.10
77005--77115	31	3.4	32	74	21	88	74	3	18	3	1.10
77053--77120	17	3.6	18	80	13	75	73	4	17	4	1.17
82840--82899	26	2.3	26	97	0	111	56	15	11	16	1.67
99725--99763	17	2.3	17	81	0	51	56	15	12	15	1.68
101167--101476	55	5.6	53	85	4	309	29	22	16	31	1.96
101167--101476	110	2.8	110	82	3	349	29	22	16	31	1.96
101494--101600	36	2.9	36	84	5	144	21	20	18	39	1.93
101495--101603	37	3.0	36	89	1	146	22	20	19	38	1.93
102888--102927	14	2.9	14	81	3	55	5	17	2	75	1.10
102885--102952	27	2.6	25	77	13	64	5	17	1	75	1.08
102887--103009	42	2.9	43	75	17	105	5	19	1	73	1.12
102964--103072	32	3.4	32	74	20	86	8	17	0	74	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102884--103079	8	23.4	8	65	17	69	7	17	1	73	1.10
102885--103013	53	2.4	53	81	11	131	5	18	1	74	1.09
102886--103067	48	3.6	50	75	20	121	7	17	1	74	1.10
112714--112818	45	2.3	46	90	3	167	40	19	8	32	1.82
114629--114667	17	2.3	17	81	0	51	56	15	12	15	1.68
118990--119024	17	2.1	17	88	0	52	48	5	5	40	1.51
120743--120787	20	2.3	20	84	3	56	31	17	28	22	1.97
120761--120800	20	2.0	20	85	5	53	35	20	22	22	1.96
123798--123850	20	2.6	21	79	8	65	28	24	18	28	1.98
132158--132211	23	2.3	24	83	3	74	62	9	0	27	1.25
137600--137658	23	2.5	24	78	15	68	57	5	0	37	1.21
137994--138278	145	2.0	142	82	4	340	37	10	15	36	1.83
139116--139291	96	1.9	95	83	7	232	38	9	10	42	1.72
139649--139684	14	2.6	14	90	0	54	25	38	25	11	1.88
139863--139919	29	2.0	29	89	6	89	21	29	35	14	1.92
145938--145988	19	2.6	19	78	3	57	31	13	29	25	1.94
146011--146051	19	2.2	19	95	0	73	36	14	19	29	1.92
146660--147381	81	8.9	81	87	0	1023	36	11	21	30	1.89
149483--149507	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
152422--152895	81	5.9	81	91	1	761	34	10	22	32	1.89
152422--153186	162	4.6	162	80	11	829	35	10	23	31	1.89
152422--153186	243	3.0	241	80	11	891	35	10	23	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152862--152922	27	2.3	27	97	0	113	34	8	27	29	1.86
152781--153000	108	2.0	108	88	1	325	35	10	23	30	1.89
152705--153084	189	2.0	189	89	2	584	33	10	23	31	1.89
152889--153186	81	3.7	81	86	0	407	36	10	23	29	1.88
152538--153186	351	1.8	351	89	1	1014	34	10	23	30	1.89
153267--153352	45	1.9	45	80	0	100	46	12	20	19	1.83
155480--155523	21	2.2	20	83	4	52	54	0	0	45	0.99
155476--155845	184	2.0	183	93	0	623	40	3	9	45	1.54
155851--155884	9	3.7	9	92	4	50	23	8	14	52	1.69
158561--158661	29	3.4	29	90	1	148	36	4	5	52	1.48
158621--158702	41	2.0	42	88	7	123	34	3	4	57	1.38
158658--158772	29	4.0	29	75	10	112	36	2	6	53	1.42
158785--158840	28	2.0	29	85	3	78	26	14	10	48	1.76
167763--167834	29	2.4	30	81	2	92	40	5	18	36	1.74
181607--182609	503	2.0	501	82	4	1225	36	11	17	34	1.86
183041--183103	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
188940--188990	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
189781--189912	70	1.9	70	85	4	185	36	23	12	27	1.91
198991--199015	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
202044--203201	576	2.0	572	82	4	1384	34	16	12	36	1.87
209648--209697	20	2.5	20	83	3	66	30	24	20	26	1.98
209879--210139	130	2.0	129	93	2	445	32	19	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212054--212081	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
213540--213602	30	2.1	30	88	2	92	33	15	7	42	1.76
214362--214391	12	2.5	12	94	0	51	13	30	10	46	1.75
220567--220629	31	2.1	30	82	5	74	33	23	9	33	1.87
222268--223306	524	2.0	519	82	6	1270	35	15	13	35	1.86
222800--225641	589	4.9	585	75	10	2386	35	15	13	35	1.87
223792--223821	15	2.0	15	93	0	51	63	20	3	13	1.43
225080--226562	538	2.8	533	78	8	1546	36	14	12	36	1.84
228603--228654	26	2.0	27	85	11	72	46	9	13	30	1.75
229765--229841	32	2.4	33	80	8	88	12	25	28	32	1.93
235281--235305	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
236095--236122	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
239859--239917	28	2.2	27	82	11	68	28	0	10	61	1.29
242365--242455	45	2.0	45	89	0	137	34	18	9	37	1.84
243366--243597	114	2.0	113	90	2	367	29	21	4	44	1.71
243604--243706	46	2.3	45	83	6	127	21	19	10	48	1.79
243734--244706	81	12.1	81	87	1	1287	31	23	10	34	1.89
243734--244705	242	4.0	242	87	1	1281	31	23	10	34	1.89
243734--244706	323	3.0	323	86	2	1332	31	23	10	34	1.89
247339--247412	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
249627--249860	114	2.1	114	89	1	353	32	20	4	42	1.73
249868--249969	46	2.2	46	87	5	145	22	22	9	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249898--249969	23	3.1	23	66	20	60	23	22	11	43	1.85
249995--250894	81	11.1	81	86	0	1210	31	23	10	34	1.88
251300--251348	20	2.5	20	96	0	89	30	28	12	28	1.93
266204--266237	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
268839--268892	22	2.5	22	82	5	67	25	14	29	29	1.95
269234--269589	56	6.4	56	89	0	509	37	10	19	32	1.87
275636--275688	20	2.7	20	79	8	63	33	15	32	18	1.92
275708--275751	19	2.3	19	80	0	52	31	11	25	31	1.91
275717--275780	22	3.2	20	76	10	58	34	14	23	28	1.93
276123--276429	56	5.7	56	82	9	348	37	11	17	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11