genome.fa.s7936.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110346_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2869312

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1292 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006257--2006304	22	2.2	22	81	7	53	33	12	29	25	1.92
2009280--2009315	3	12.3	3	88	5	56	33	0	2	63	1.08
2010528--2010593	20	3.3	20	91	4	107	22	30	15	31	1.95
2017983--2018015	16	1.9	17	88	11	50	36	15	3	45	1.61
2022023--2022066	22	2.0	22	90	0	70	36	2	11	50	1.51
2022216--2022354	61	2.2	61	84	5	170	28	16	27	27	1.97
2038627--2038672	22	2.1	22	83	0	56	36	2	13	47	1.54
2038864--2038978	61	1.9	60	84	10	153	26	14	25	33	1.95
2042048--2042099	21	2.2	24	74	22	65	25	19	19	36	1.95
2042055--2042102	21	2.3	21	96	0	87	25	20	22	31	1.98
2046313--2046374	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
2046725--2046843	39	3.0	40	75	10	102	33	21	23	21	1.97
2058674--2058742	28	2.4	28	83	9	95	39	1	17	42	1.58
2058719--2058878	29	5.5	29	75	10	139	36	6	8	48	1.61
2058746--2058878	58	2.3	58	85	2	187	36	8	8	47	1.64
2058725--2058911	58	3.2	58	80	7	159	38	8	7	45	1.62
2060165--2060284	32	3.8	32	80	1	125	27	30	24	18	1.98
2065306--2065390	32	2.7	32	83	1	100	28	30	22	18	1.97
2068910--2069092	60	3.1	60	78	8	203	15	23	25	34	1.95
2070161--2070204	21	2.1	21	95	0	79	43	15	11	29	1.82
2073137--2073181	19	2.4	19	96	0	81	42	26	8	22	1.83
2080701--2080744	2	21.5	2	86	4	61	45	2	4	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084316--2084347	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2086015--2086078	14	4.5	14	80	3	74	64	7	4	23	1.40
2100470--2100576	18	5.6	18	69	20	83	30	14	25	29	1.94
2100451--2100576	39	3.2	39	94	0	207	31	15	23	29	1.95
2100488--2100556	21	3.4	21	73	18	83	31	11	24	31	1.91
2101010--2101614	54	11.3	54	90	1	887	33	11	16	38	1.85
2101010--2101606	265	2.2	265	88	4	881	33	11	16	38	1.85
2101010--2101614	319	1.9	319	90	0	967	33	11	16	38	1.85
2108151--2108855	54	13.1	54	90	1	1024	33	11	16	38	1.85
2111994--2112387	46	8.5	46	90	0	608	22	23	10	43	1.84
2112022--2112086	12	5.6	12	67	26	50	21	27	10	40	1.87
2112372--2112489	46	2.6	46	87	0	173	20	25	11	43	1.84
2112648--2112811	81	2.0	81	86	0	229	27	22	12	37	1.90
2112761--2113148	68	5.7	68	92	0	623	29	23	14	32	1.94
2113363--2113503	53	2.6	54	86	1	194	33	21	11	34	1.89
2113848--2114070	95	2.3	95	88	0	311	25	25	14	34	1.94
2118560--2118601	3	13.3	3	85	9	57	33	2	2	61	1.21
2131352--2131392	12	3.4	12	89	0	64	24	17	53	4	1.63
2131349--2131385	18	2.1	18	89	0	56	24	16	51	8	1.71
2131358--2131391	6	5.7	6	85	0	50	20	17	58	2	1.51
2134016--2134209	43	4.5	43	83	2	230	33	18	23	24	1.97
2134016--2134209	85	2.3	85	85	4	248	33	18	23	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138489--2138549	23	2.7	23	80	10	79	32	24	26	16	1.96
2145250--2145300	23	2.2	23	83	13	61	21	17	31	29	1.96
2147611--2147648	19	2.0	19	85	10	51	73	0	7	18	1.06
2156455--2156492	3	12.7	3	88	0	58	0	39	0	60	0.97
2161546--2161710	81	2.0	81	92	0	276	28	12	33	26	1.92
2168653--2168702	20	2.5	19	78	9	55	34	16	18	32	1.92
2171259--2171318	16	3.8	17	72	20	58	81	3	13	1	0.89
2171264--2171318	21	2.7	20	86	5	74	81	1	14	1	0.85
2172598--2172651	24	2.2	25	81	15	69	37	12	18	31	1.89
2174996--2175036	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
2175499--2175555	21	2.7	21	91	0	87	12	21	40	26	1.88
2176157--2176277	40	3.0	40	93	0	215	33	27	15	23	1.95
2183499--2183699	40	5.0	40	93	0	321	34	25	15	24	1.95
2190370--2190547	90	2.0	90	90	4	279	38	11	5	44	1.62
2191204--2191271	28	2.4	28	97	0	127	35	25	17	22	1.95
2194506--2194538	17	1.9	17	93	0	57	18	42	24	15	1.88
2212844--2213010	90	1.9	90	91	2	273	37	10	5	46	1.62
2213990--2214027	16	2.5	15	91	8	60	68	0	0	31	0.90
2213988--2214032	19	2.6	16	82	10	54	71	0	0	28	0.87
2214056--2214095	21	1.9	21	94	0	71	52	15	5	27	1.63
2216211--2216237	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2219778--2220033	2	137.5	2	67	26	129	52	5	0	41	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219834--2219971	9	15.0	9	72	16	63	55	3	0	41	1.17
2219792--2220021	21	11.4	20	68	20	79	53	4	0	41	1.26
2219832--2220031	5	41.0	5	71	18	138	53	4	0	42	1.21
2219807--2220036	103	2.4	96	76	18	193	53	4	0	42	1.24
2222449--2222477	13	2.2	13	100	0	58	86	0	13	0	0.58
2225522--2225568	23	2.0	24	83	4	60	25	8	21	44	1.80
2225570--2225630	23	2.7	23	86	0	86	16	26	22	34	1.95
2232413--2232485	21	3.6	21	73	10	62	21	16	26	35	1.94
2232494--2232540	23	2.0	24	83	4	60	23	8	23	44	1.80
2252182--2252218	17	2.2	17	86	13	51	37	8	0	54	1.30
2253441--2253471	15	2.1	15	100	0	62	12	12	25	48	1.77
2259357--2259388	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2260411--2260440	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2261399--2261479	25	3.2	25	77	6	92	25	37	9	27	1.88
2261895--2261967	33	2.2	34	95	2	130	58	1	0	39	1.06
2262315--2262471	85	1.9	84	84	5	210	35	15	15	33	1.90
2262295--2262500	83	2.5	81	80	8	209	32	14	17	35	1.90
2264962--2265024	18	3.5	18	88	0	99	31	28	22	17	1.96
2267105--2267132	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
2270477--2270519	22	1.9	23	85	4	61	25	9	13	51	1.71
2272072--2272134	21	3.0	21	78	0	63	47	7	34	9	1.65
2274501--2274532	16	2.0	16	93	0	55	34	6	25	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281687--2281854	84	2.0	85	91	1	275	35	12	14	37	1.84
2282303--2282331	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
2283707--2283756	27	2.0	26	84	11	68	36	0	6	58	1.23
2295019--2295070	18	2.9	17	76	23	54	40	3	0	55	1.18
2295541--2296054	58	8.9	58	82	5	459	37	7	11	43	1.69
2295849--2295942	25	3.2	31	63	27	76	36	5	9	48	1.58
2295880--2295968	25	3.1	27	63	27	67	39	6	10	43	1.65
2296084--2296373	97	2.9	98	83	4	327	36	7	11	45	1.68
2296299--2296415	39	3.0	38	90	3	173	36	5	13	44	1.66
2296479--2296526	23	2.0	23	84	11	62	52	2	22	22	1.58
2300865--2300976	31	3.6	31	91	3	172	42	3	17	35	1.67
2302957--2303026	5	14.0	5	90	0	68	28	20	8	42	1.81
2303494--2303518	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
2307862--2307899	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
2307927--2307980	19	2.8	19	83	10	74	22	31	14	31	1.94
2307950--2308084	64	2.1	65	84	1	173	31	21	15	31	1.94
2313329--2313354	12	2.2	12	100	0	52	34	34	23	7	1.83
2315941--2315978	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
2315989--2316150	65	2.5	65	88	1	227	30	22	17	29	1.97
2315989--2316168	64	2.8	64	83	4	218	29	23	18	28	1.98
2325382--2325461	40	2.0	40	87	0	115	23	25	26	25	2.00
2326050--2326107	29	2.0	29	100	0	116	44	10	3	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326953--2327006	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2327275--2327327	21	2.5	21	90	0	88	30	11	20	37	1.88
2329427--2329468	9	5.0	8	91	5	57	23	2	0	73	0.94
2329427--2329462	9	4.1	9	96	3	65	22	0	0	77	0.76
2329529--2329602	29	2.5	30	77	14	82	45	4	4	45	1.41
2329773--2329800	10	2.8	10	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2331528--2331675	66	2.2	66	89	0	215	31	27	14	25	1.95
2334788--2334832	21	2.1	22	83	4	56	35	17	2	44	1.62
2335370--2335568	20	9.6	20	73	5	119	20	22	19	37	1.94
2335356--2335590	41	5.7	41	78	5	195	22	22	19	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11