genome.fa.s7936.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110346_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2869312

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679076--679131	2	29.0	2	76	7	53	50	3	3	42	1.37
679076--679124	19	2.8	17	78	9	62	48	4	4	42	1.40
679074--679117	11	3.9	11	82	5	52	47	4	4	43	1.44
679467--680344	105	8.4	105	94	1	1471	23	19	25	32	1.97
681183--681212	4	7.8	4	92	7	53	0	0	20	80	0.72
691848--691902	20	3.1	17	76	19	58	56	0	5	38	1.23
693272--693360	2	45.5	2	87	4	128	49	2	2	46	1.26
694034--694141	45	2.4	45	90	3	164	30	6	20	42	1.77
694272--694424	58	2.6	58	94	0	270	36	9	14	39	1.78
694444--694625	58	3.1	57	84	3	220	34	5	15	45	1.69
694591--694744	39	4.1	39	77	5	147	30	7	15	46	1.74
698069--698185	53	2.2	53	86	3	155	26	23	11	39	1.88
698466--698502	8	4.4	8	87	12	56	43	0	10	45	1.39
698472--698508	18	2.0	19	94	5	67	43	0	10	45	1.39
703016--703465	6	75.3	6	90	4	588	15	0	45	38	1.47
703986--704023	20	2.0	19	90	10	60	50	10	18	21	1.76
703985--704029	20	2.5	17	80	19	56	46	11	17	24	1.81
705562--705596	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
715383--715434	19	2.7	19	96	0	95	21	17	30	30	1.96
715402--715580	65	2.8	64	83	0	223	29	16	23	31	1.96
723945--724090	64	2.3	65	82	1	186	30	15	23	31	1.95
724056--724106	19	2.7	19	93	0	93	25	13	33	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724888--724947	31	2.0	31	83	3	77	33	8	23	35	1.85
726550--726590	20	2.0	21	86	13	59	43	4	7	43	1.53
731532--731557	13	2.0	13	100	0	52	61	0	23	15	1.33
732878--732903	10	2.6	10	100	0	52	19	11	7	61	1.53
733916--733958	18	2.4	18	92	0	68	20	6	0	72	1.08
736325--736358	16	2.2	16	90	10	54	8	8	5	76	1.15
738198--738257	21	2.8	21	92	2	102	30	3	23	43	1.70
740671--740729	25	2.4	25	97	0	109	61	6	15	16	1.55
740824--740862	18	2.2	18	86	4	53	53	2	15	28	1.55
744700--744764	27	2.4	27	86	0	94	27	32	7	32	1.85
750582--750643	19	3.3	19	81	0	70	30	20	6	41	1.78
753741--753771	15	2.0	16	93	6	55	70	3	6	19	1.22
763792--763851	21	2.8	20	82	9	75	28	8	23	40	1.83
766820--766902	10	7.5	11	77	11	55	2	31	0	66	1.05
766822--766878	26	2.2	26	84	6	71	3	28	0	68	1.06
767469--767496	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
769274--769323	26	1.9	26	83	0	64	68	0	26	6	1.13
772830--772883	23	2.3	23	83	0	63	51	3	3	40	1.37
773172--773206	17	2.0	18	88	5	54	45	5	0	48	1.26
775920--775993	37	2.0	37	100	0	148	29	24	13	32	1.93
776495--776552	25	2.3	25	100	0	116	44	20	3	31	1.68
776565--777319	54	14.0	54	92	1	1205	38	19	11	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778972--779099	63	2.0	63	92	0	211	33	14	17	34	1.90
780832--780922	25	3.6	25	77	18	89	58	0	3	38	1.15
780819--780946	55	2.3	55	75	21	124	57	0	2	39	1.11
781122--781150	13	2.1	14	93	6	51	82	3	0	13	0.79
781295--781340	24	2.0	24	86	4	67	45	2	0	52	1.13
781306--781352	24	1.9	25	91	4	78	40	4	2	53	1.32
783466--785119	865	1.9	848	90	2	2612	33	14	16	34	1.90
788855--789022	90	1.9	87	86	7	243	42	7	11	38	1.70
796851--796885	13	2.9	12	91	8	54	31	17	14	37	1.89
796843--796892	13	4.0	13	74	10	50	28	18	18	36	1.94
802148--802191	8	5.5	8	88	0	70	70	0	29	0	0.88
802148--802193	16	2.9	16	100	0	92	67	0	32	0	0.91
803331--803401	35	2.0	35	94	0	124	40	12	15	30	1.85
817561--817625	5	13.4	5	75	22	59	15	0	4	80	0.88
817564--817624	19	3.2	19	84	11	81	14	0	4	80	0.87
817569--817624	13	4.3	13	84	6	78	14	0	5	80	0.88
817569--817624	25	2.1	27	87	6	80	14	0	5	80	0.88
820009--820042	13	2.5	14	85	9	52	20	29	11	38	1.88
820925--821045	40	3.0	40	90	0	179	32	24	15	27	1.96
823785--823821	20	1.9	20	88	5	58	43	16	18	21	1.88
824262--824481	58	3.8	58	91	0	341	33	10	22	34	1.88
829795--829866	19	3.6	19	73	12	63	29	15	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830191--830433	58	4.2	58	90	0	353	34	10	22	32	1.88
836649--836720	20	3.5	20	74	9	74	26	15	30	27	1.96
837062--837442	58	6.6	58	91	1	595	33	10	20	35	1.87
837062--837442	172	2.2	174	90	1	604	33	10	20	35	1.87
838545--838577	16	2.1	16	100	0	66	24	27	12	36	1.91
839042--839372	39	8.5	39	87	3	407	34	16	15	34	1.90
839042--839372	117	2.8	117	86	2	459	34	16	15	34	1.90
839424--839660	93	2.6	92	78	4	244	30	23	17	27	1.97
841057--841096	20	1.9	20	90	10	62	15	2	5	77	1.04
841070--841111	14	2.8	16	85	10	61	16	0	4	78	0.91
841070--841114	16	3.0	15	81	12	56	17	0	4	77	0.92
845542--845602	23	2.7	23	92	5	99	14	31	32	21	1.93
857537--857597	25	2.4	26	89	8	99	21	24	3	50	1.63
865413--865445	14	2.4	14	100	0	66	45	0	6	48	1.27
865503--865548	22	2.1	22	95	0	83	47	6	17	28	1.72
867068--867112	3	15.0	3	81	9	56	64	2	0	33	1.06
867307--867779	55	8.8	55	79	8	404	29	23	14	32	1.95
867282--867779	106	4.6	109	78	10	397	28	23	15	32	1.95
868923--868993	9	7.6	9	78	9	79	2	12	1	83	0.83
868923--868993	10	7.4	10	78	7	67	2	12	1	83	0.83
871104--871137	17	2.0	17	100	0	68	5	52	5	35	1.50
880265--880300	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880359--880404	22	2.1	22	95	0	83	47	6	17	28	1.72
881923--881969	3	15.3	3	78	12	51	63	2	0	34	1.06
883775--883799	13	1.9	13	100	0	50	4	8	8	80	1.03
887275--887318	19	2.2	21	84	8	56	38	4	25	31	1.76
888434--888586	65	2.4	64	88	3	227	30	22	16	30	1.96
890512--890551	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
894377--894456	23	3.6	23	73	21	80	27	25	22	25	2.00
897079--897241	65	2.5	65	93	2	274	30	23	18	27	1.98
897079--897261	65	2.8	63	89	4	251	28	25	18	27	1.98
897992--899062	6	180.5	6	95	3	1751	48	15	1	34	1.53
905568--905598	13	2.4	13	88	0	53	41	16	19	22	1.89
905561--905598	19	2.0	20	89	5	60	39	13	21	26	1.89
912406--912461	22	2.5	22	82	0	58	33	26	26	12	1.92
913626--913682	4	13.8	4	78	14	53	70	3	0	26	1.03
913624--913682	12	4.7	13	74	14	61	67	5	0	27	1.11
916042--916110	4	16.8	4	79	11	77	71	2	0	26	1.00
916039--916109	24	3.0	24	89	6	110	67	4	0	28	1.09
918551--918653	4	24.2	4	74	11	71	65	2	0	31	1.14
918551--918651	18	6.1	17	74	11	86	65	2	0	30	1.14
920889--920930	21	2.0	21	85	4	57	59	19	7	14	1.57
921801--921837	17	2.2	17	95	0	65	32	24	13	29	1.93
926935--928038	550	2.0	550	92	0	1816	30	20	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932121--932164	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
945465--945508	19	2.3	19	100	0	88	13	20	6	59	1.57
948765--948808	17	2.4	19	77	14	56	47	29	0	22	1.51
948773--948816	17	2.6	17	88	0	61	52	25	0	22	1.48
949375--949420	21	2.0	23	84	12	60	58	0	6	34	1.24
949810--950078	131	2.1	131	97	0	502	34	12	26	27	1.92
961827--961861	17	2.1	17	100	0	70	60	5	17	17	1.55
966928--966972	17	2.6	17	76	13	56	6	13	2	77	1.05
966940--966990	20	2.7	18	85	11	59	3	13	3	78	1.03
968534--968575	20	2.2	18	84	16	50	50	0	4	45	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11