genome.fa.s7936.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110346_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2869312

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1315413--1315464	20	2.6	20	90	0	77	11	28	30	28	1.92
1315399--1315483	10	7.6	11	70	21	54	11	27	35	25	1.91
1316066--1316091	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
1318639--1318712	31	2.4	31	83	0	94	17	13	16	52	1.74
1319456--1319591	62	2.2	62	85	6	186	52	12	14	20	1.74
1319969--1320023	26	2.1	26	100	0	110	21	30	0	47	1.51
1319978--1320033	26	2.2	26	83	6	69	23	32	1	42	1.64
1324107--1324286	28	6.2	28	71	15	118	51	6	5	37	1.50
1325396--1325421	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1326612--1326708	45	2.2	44	80	12	110	43	0	4	52	1.20
1326651--1326720	36	2.0	35	83	8	88	45	0	2	51	1.16
1329852--1338158	4	2110.0	4	86	6	11029	25	4	25	45	1.72
1338282--1338344	4	16.2	4	83	6	58	25	15	25	33	1.95
1338114--1338450	168	2.0	169	99	0	667	28	16	19	35	1.94
1338288--1338330	12	3.6	12	100	0	86	25	9	25	39	1.85
1339114--1339162	24	2.0	24	84	7	64	26	0	44	28	1.54
1350439--1351179	367	2.0	368	97	1	1412	28	17	19	34	1.94
1350465--1351182	373	1.9	366	96	2	1285	28	17	19	34	1.95
1363359--1363409	23	2.3	22	83	6	68	19	39	19	21	1.93
1363348--1363431	21	4.0	21	76	11	73	23	35	22	17	1.95
1366654--1366687	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1367359--1367383	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367889--1368002	37	3.1	37	88	2	149	43	2	7	45	1.47
1367973--1368029	29	2.0	29	86	6	82	43	3	7	45	1.48
1368128--1368172	4	12.2	4	86	9	53	28	0	0	71	0.87
1368118--1368172	18	3.3	17	80	16	62	29	1	0	69	0.99
1368131--1368171	21	2.0	21	95	0	73	29	0	0	70	0.87
1368131--1368172	8	5.9	7	86	13	59	28	0	0	71	0.86
1369272--1369334	24	2.8	22	76	9	63	23	11	3	61	1.43
1375629--1375692	18	3.6	18	95	0	110	31	6	51	10	1.62
1381363--1381545	39	4.7	39	88	6	273	45	4	7	43	1.51
1383862--1383898	16	2.1	18	85	14	51	62	5	0	32	1.18
1384477--1384584	57	1.9	57	94	0	189	33	16	9	40	1.80
1385747--1385813	21	3.2	21	78	4	73	22	22	16	38	1.92
1385809--1385880	20	3.5	20	81	7	74	36	22	22	19	1.95
1385671--1385839	41	4.1	41	68	11	121	30	20	19	30	1.97
1385809--1385862	21	2.6	21	88	2	74	38	20	22	18	1.93
1386088--1386140	27	2.0	27	85	3	72	33	37	9	18	1.83
1386493--1386581	14	5.6	14	69	23	61	12	22	23	41	1.87
1386476--1386602	33	3.8	33	92	1	200	12	22	22	42	1.87
1386573--1386630	20	2.9	20	77	10	55	15	24	15	44	1.85
1387871--1387916	3	15.7	3	95	4	85	34	0	0	65	0.93
1389803--1389836	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
1389968--1390013	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1397395--1397924	111	4.8	111	90	1	785	30	23	16	29	1.96
1398173--1398227	3	18.7	3	92	3	94	36	0	0	63	0.95
1405462--1405508	20	2.3	20	78	10	51	19	4	0	76	0.95
1410502--1410734	76	3.1	76	81	9	294	30	15	12	40	1.85
1410418--1410693	36	7.4	36	69	9	133	29	15	14	40	1.87
1410577--1410702	40	3.4	37	72	8	119	30	15	12	40	1.85
1410425--1410799	152	2.5	150	80	9	433	29	16	14	39	1.88
1410737--1410845	39	2.8	39	83	6	141	28	19	16	35	1.93
1410737--1410891	39	4.0	38	81	9	127	29	19	14	36	1.92
1410907--1410993	36	2.4	36	86	0	111	25	20	14	39	1.91
1411067--1411179	30	3.8	30	96	0	199	29	24	14	31	1.94
1410858--1411147	96	3.0	96	79	8	273	28	21	13	36	1.92
1411510--1411584	34	2.2	34	92	4	125	37	18	20	24	1.94
1411550--1411709	44	3.6	44	67	10	119	31	18	18	30	1.95
1411558--1411749	88	2.2	89	88	0	278	31	18	19	30	1.96
1414534--1414567	15	2.3	15	94	0	59	32	14	0	52	1.42
1414524--1414605	42	2.0	39	81	15	94	32	12	1	53	1.46
1415067--1415128	3	20.7	3	100	0	124	0	32	0	67	0.91
1418144--1418269	58	2.1	60	89	2	193	35	8	1	53	1.41
1418126--1418435	30	10.4	29	75	4	163	36	8	1	53	1.41
1418144--1418289	29	4.9	30	81	5	154	34	8	1	55	1.40
1418421--1418534	61	1.9	58	82	5	138	42	5	1	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418581--1418669	29	3.1	28	83	6	106	50	1	8	39	1.41
1425986--1426028	22	2.0	22	90	0	68	41	6	2	48	1.43
1426073--1426117	23	2.0	23	86	0	63	60	4	4	31	1.37
1426096--1426183	45	2.0	45	93	0	149	50	4	5	39	1.47
1430500--1430537	19	2.0	19	100	0	76	36	26	15	21	1.93
1430519--1430797	57	4.9	57	94	1	472	37	19	9	33	1.84
1437275--1437312	20	1.9	20	100	0	76	31	39	5	23	1.77
1438035--1438079	23	2.0	23	86	0	63	37	42	0	20	1.52
1438653--1438707	27	1.9	27	85	10	74	14	25	1	58	1.47
1442214--1442258	23	2.0	23	86	0	63	37	42	0	20	1.52
1442330--1442372	12	3.6	12	84	6	52	20	25	0	53	1.46
1443087--1443493	57	7.1	57	91	0	591	36	18	10	34	1.85
1448523--1448582	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
1449034--1449093	17	3.1	20	75	20	56	63	1	0	35	1.05
1449052--1449134	21	4.4	18	75	13	62	60	1	1	37	1.12
1449052--1449089	17	2.2	17	90	4	58	65	0	0	34	0.93
1449059--1449132	21	3.9	19	78	16	66	58	1	1	39	1.15
1449047--1449132	20	4.4	20	75	18	74	60	1	1	37	1.12
1449103--1449254	64	2.4	63	92	3	243	57	1	0	40	1.10
1449123--1449208	40	2.2	37	86	12	111	58	1	0	40	1.06
1449161--1449233	24	2.9	27	80	13	84	56	1	0	42	1.08
1457200--1457224	8	3.1	8	100	0	50	36	0	24	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1460460--1460496	20	1.9	18	89	10	56	21	21	32	24	1.98
1460461--1460646	74	2.5	74	85	5	205	23	19	28	28	1.98
1462786--1462819	13	2.6	13	90	9	52	41	8	14	35	1.77
1463357--1463395	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1463294--1463502	65	3.2	64	82	8	205	30	24	16	28	1.97
1463343--1463505	65	2.5	64	83	4	213	30	25	15	28	1.96
1463294--1463526	64	3.6	64	78	7	213	29	24	17	27	1.97
1465603--1465642	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
1465602--1465646	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
1470537--1470580	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
1471320--1471359	21	1.9	21	85	10	55	42	5	7	45	1.54
1471590--1471628	19	2.1	19	85	0	51	25	33	15	25	1.95
1471576--1471725	65	2.3	64	81	3	167	31	25	15	28	1.96
1475159--1475411	44	5.8	44	88	0	373	32	22	5	39	1.78
1475159--1475411	88	2.9	88	94	1	427	32	22	5	39	1.78
1475492--1475620	59	2.2	59	84	2	161	27	23	18	30	1.98
1479401--1479440	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
1481411--1481591	74	2.4	75	86	6	233	25	20	25	28	1.99
1482150--1482209	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
1482722--1482839	24	4.5	27	80	14	140	55	0	0	42	1.11
1482722--1482837	52	2.2	52	95	1	205	56	0	0	42	1.11
1482827--1482877	17	2.9	18	85	8	70	66	1	0	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485172--1485217	23	1.9	23	91	8	74	43	0	8	47	1.34
1485190--1485366	35	4.9	35	79	5	176	43	4	9	42	1.57
1485190--1485361	71	2.4	73	85	4	224	41	4	9	43	1.58
1485385--1485448	29	2.2	29	88	2	92	37	0	9	53	1.34
1492560--1492971	81	5.1	81	90	0	608	33	11	22	32	1.90
1499425--1499830	81	5.1	81	84	2	493	34	11	22	32	1.89
1506164--1506260	49	2.0	50	84	10	128	44	14	21	19	1.86
1507925--1507970	23	1.9	24	86	8	67	43	2	8	45	1.47
1507942--1508139	38	5.3	36	75	11	141	41	4	9	43	1.57
1507980--1508140	75	2.1	75	84	4	200	42	4	9	42	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11