genome.fa.s7936.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110346_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2869312

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335356--2335652	21	14.3	21	67	9	99	23	21	19	36	1.95
2335356--2335548	105	1.8	104	91	1	314	22	22	18	35	1.95
2335391--2335652	63	4.2	62	81	4	285	23	21	19	35	1.96
2335412--2335669	124	2.1	125	91	0	419	21	21	18	37	1.94
2335454--2335679	41	5.5	41	77	3	220	22	21	18	37	1.94
2335605--2335669	20	3.2	20	76	4	67	20	23	16	40	1.92
2335760--2335843	6	14.3	6	88	3	127	33	48	15	2	1.58
2336012--2336232	41	5.4	41	97	0	397	34	21	22	21	1.97
2336953--2336991	19	2.1	19	85	9	53	17	12	17	51	1.76
2338561--2339742	590	2.0	591	94	0	2082	38	20	12	28	1.90
2344564--2344607	21	2.1	21	91	4	72	38	29	15	15	1.89
2345569--2345738	83	2.0	83	88	2	252	40	11	21	27	1.87
2347256--2347367	30	3.5	30	71	19	100	28	18	14	38	1.90
2347221--2347373	67	2.3	67	93	1	254	28	17	13	39	1.88
2353496--2353553	21	2.8	20	78	2	62	36	25	13	24	1.92
2353576--2353623	21	2.3	21	86	10	64	31	29	10	29	1.90
2355397--2355460	29	2.2	30	88	2	94	25	21	15	37	1.93
2356608--2356651	13	3.4	13	96	0	79	31	20	11	36	1.88
2356631--2356796	85	2.0	84	84	4	217	30	19	18	31	1.96
2364001--2364041	22	1.9	21	90	5	64	24	0	2	73	0.96
2364109--2364163	27	2.0	27	100	0	110	21	30	32	14	1.93
2364792--2364995	112	1.8	112	90	2	329	44	9	8	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365150--2365191	23	2.0	20	95	5	57	61	0	9	28	1.27
2366957--2367005	23	2.1	23	96	0	89	20	16	14	48	1.80
2377870--2377949	26	3.1	26	81	13	101	21	11	28	38	1.88
2385756--2385800	19	2.4	20	82	14	60	31	20	24	24	1.98
2392063--2392129	35	1.9	35	90	0	107	56	7	17	17	1.63
2396970--2397006	14	2.6	15	83	8	51	81	0	8	10	0.89
2398267--2398406	37	3.7	37	83	3	181	45	6	2	46	1.41
2398267--2398406	76	1.9	74	89	3	217	45	6	2	46	1.41
2398267--2398443	37	4.6	38	80	10	157	45	6	2	45	1.42
2404718--2405036	164	2.0	150	83	8	370	22	25	10	41	1.85
2410589--2410652	33	2.0	32	82	14	78	64	0	20	15	1.30
2410623--2410662	21	1.9	21	85	10	55	60	0	25	15	1.35
2410803--2410870	35	1.9	36	93	3	120	29	2	36	30	1.72
2415965--2416003	16	2.5	15	80	8	51	5	7	7	79	1.05
2422183--2422231	20	2.4	21	86	3	64	34	6	26	32	1.81
2422713--2422770	15	3.9	15	79	4	64	34	0	18	46	1.50
2422713--2422807	30	3.2	30	77	3	102	32	2	21	44	1.64
2424905--2424941	15	2.4	16	90	4	58	48	0	13	37	1.43
2426660--2426730	20	3.6	20	78	1	72	32	19	21	26	1.97
2436680--2436883	65	3.2	63	79	11	193	26	18	24	30	1.98
2438702--2438726	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
2442092--2442169	15	5.2	15	100	0	156	14	25	33	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442154--2442206	18	2.7	19	77	14	54	22	24	28	24	2.00
2448355--2448426	36	2.0	36	94	5	128	18	30	31	19	1.95
2449033--2449067	15	2.3	15	95	0	61	17	22	31	28	1.96
2451452--2451965	55	9.4	54	80	5	532	27	20	19	32	1.97
2453064--2453106	5	8.4	5	80	14	52	2	20	0	76	0.89
2453047--2453106	18	3.3	18	79	15	61	5	18	0	76	0.96
2453056--2453097	21	2.0	22	90	4	68	4	19	0	76	0.96
2453048--2453109	21	3.0	20	80	13	63	6	17	0	75	1.00
2465758--2465787	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2466617--2466647	4	7.8	4	100	0	62	48	25	0	25	1.52
2469765--2469859	47	2.0	47	93	0	163	33	10	14	41	1.81
2474894--2474941	20	2.4	20	100	0	96	16	25	6	52	1.67
2478349--2478416	20	3.4	20	97	0	127	19	25	4	51	1.65
2482045--2482170	23	5.6	22	73	8	112	25	22	26	26	2.00
2482072--2482151	21	3.7	21	73	6	79	22	22	25	30	1.99
2482053--2482170	44	2.7	44	92	4	193	25	22	26	26	2.00
2482053--2482188	44	3.1	44	88	6	161	25	20	26	27	1.99
2487958--2488120	65	2.5	65	86	1	229	30	15	22	30	1.95
2488131--2488168	20	1.9	20	88	0	58	18	15	31	34	1.92
2490711--2491003	159	1.9	159	86	1	419	49	6	18	25	1.72
2491310--2491386	32	2.4	32	82	4	84	48	10	5	36	1.60
2494933--2494993	3	21.0	3	80	12	56	65	1	4	27	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494938--2495000	29	2.2	30	85	8	94	65	3	6	25	1.32
2495154--2495569	43	9.8	43	73	11	268	26	19	30	23	1.98
2495161--2495640	83	5.7	83	78	10	370	27	19	29	23	1.98
2495347--2495557	46	4.9	45	75	12	192	24	19	30	25	1.98
2495264--2495659	129	3.1	128	88	3	607	26	19	30	23	1.98
2495147--2495468	40	7.7	41	71	14	212	27	18	30	22	1.98
2495319--2495485	82	2.0	84	85	7	230	25	19	29	24	1.98
2495264--2495659	128	3.1	127	88	2	596	26	19	30	23	1.98
2495997--2496079	35	2.3	36	82	10	100	38	10	18	32	1.85
2496227--2496411	67	2.9	64	76	10	205	42	12	14	30	1.83
2496360--2496649	29	9.8	28	68	17	133	42	15	11	30	1.83
2496579--2496637	27	2.2	27	90	0	91	40	13	15	30	1.86
2496892--2497010	36	3.4	36	78	6	102	36	11	21	31	1.89
2496926--2497010	36	2.4	36	84	4	109	36	11	21	30	1.89
2496962--2497201	105	2.3	104	85	6	310	38	11	20	29	1.88
2497168--2497304	36	3.8	36	82	5	170	35	13	19	31	1.90
2497168--2497302	71	1.9	72	87	4	202	34	13	20	31	1.91
2497662--2497737	16	5.2	16	66	23	60	26	0	26	47	1.52
2497662--2497737	28	2.7	28	97	0	143	26	0	26	47	1.52
2497674--2497724	4	13.8	4	76	15	56	29	0	23	47	1.52
2498921--2498955	12	2.8	13	82	8	54	5	14	11	68	1.37
2498934--2498980	18	2.6	17	75	21	51	4	12	14	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499573--2499652	26	3.3	26	66	20	73	43	10	22	23	1.83
2499561--2499654	46	2.1	45	89	2	143	39	9	24	26	1.86
2505740--2505800	3	21.0	3	80	12	56	65	1	4	27	1.22
2505745--2505807	29	2.2	30	85	8	94	65	3	6	25	1.32
2509310--2509383	15	5.1	15	71	15	66	55	2	1	40	1.22
2509309--2509400	42	2.2	42	94	1	159	53	3	2	41	1.29
2509332--2509399	21	3.2	21	66	22	52	54	4	2	38	1.36
2511867--2511898	14	2.1	16	88	11	50	65	3	12	18	1.38
2512002--2512048	23	2.0	23	91	0	76	63	8	21	6	1.44
2521782--2521829	2	26.0	2	84	16	68	50	0	0	50	1.00
2526200--2526898	134	5.2	133	82	5	811	28	17	24	29	1.97
2526200--2526890	269	2.6	264	84	3	918	28	17	24	29	1.97
2528807--2528966	40	4.0	40	96	0	293	23	16	26	33	1.96
2537401--2538014	134	4.6	134	81	4	659	28	17	24	29	1.97
2537401--2538014	268	2.3	269	85	2	790	28	17	24	29	1.97
2539647--2539740	2	47.0	2	95	0	170	50	2	0	47	1.13
2545727--2545768	16	2.7	16	85	3	50	71	16	4	7	1.26
2547817--2547857	15	2.7	15	85	7	57	21	14	2	60	1.45
2548952--2549169	50	4.4	50	89	1	312	36	17	19	26	1.94
2549170--2549484	50	6.3	50	82	2	348	31	15	23	28	1.96
2548984--2549484	186	2.6	186	79	7	513	33	16	22	27	1.95
2548956--2549392	236	1.9	235	83	2	581	33	16	22	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557954--2557997	21	2.0	22	91	4	72	29	18	25	27	1.98
2558854--2559215	54	6.7	54	89	0	510	26	17	20	36	1.94
2560651--2561252	54	11.1	54	88	0	828	26	20	19	33	1.97
2564458--2564488	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2566579--2567026	54	8.3	54	87	0	581	26	19	20	33	1.97
2575427--2575792	54	6.8	54	91	0	536	26	13	19	39	1.90
2575569--2575654	27	3.2	27	61	12	68	29	15	17	38	1.90
2577658--2577709	20	2.5	20	84	3	59	30	25	15	28	1.96
2580073--2580112	13	3.0	13	89	7	62	60	0	0	40	0.97
2580640--2580690	24	2.1	24	85	0	66	19	9	19	50	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11