genome.fa.s7967.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007967.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2476418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
504--715	53	4.0	54	87	5	283	38	16	14	30	1.89
4862--4905	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
12326--12475	67	2.2	68	89	2	223	28	28	25	17	1.97
12777--12848	29	2.5	29	95	0	126	40	9	11	38	1.74
13017--13320	149	2.0	149	97	0	572	27	16	19	36	1.93
13299--13343	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
14071--14117	24	2.0	24	83	8	60	57	12	2	27	1.47
15855--15911	22	2.6	24	81	15	70	40	1	5	52	1.34
15873--15918	22	2.0	23	83	4	58	47	0	6	45	1.28
19646--19685	12	3.3	12	92	0	71	10	7	0	82	0.84
24499--24534	11	3.5	11	78	21	51	25	22	25	27	2.00
24491--24541	19	2.7	19	96	0	93	25	23	25	25	2.00
25164--25381	103	2.1	103	94	0	391	26	13	23	37	1.91
25397--25459	23	2.7	23	90	0	90	20	28	25	25	1.99
27384--27413	15	2.0	15	100	0	60	26	26	26	20	1.99
31001--31218	103	2.1	103	93	0	373	25	13	23	37	1.91
31235--31297	23	2.7	23	90	0	90	22	28	23	25	1.99
40303--40327	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
40936--40986	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
59522--59551	14	2.1	14	93	0	51	33	0	3	63	1.11
60106--60139	14	2.4	14	95	0	59	29	20	23	26	1.99
60176--60213	10	3.8	10	82	10	51	55	21	23	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60176--60215	20	2.0	20	90	9	64	55	20	25	0	1.44
61559--61598	21	1.9	21	84	0	53	77	15	0	7	0.98
75041--75431	198	2.0	198	83	3	500	33	11	16	38	1.84
75389--75448	19	3.0	20	70	20	52	43	1	1	53	1.20
75492--75546	27	2.0	28	82	3	67	20	7	32	40	1.80
76024--76063	20	2.0	20	85	4	55	52	7	20	20	1.70
76683--76722	20	2.0	20	85	4	55	52	7	20	20	1.70
77096--77134	13	2.9	14	84	7	53	35	0	12	51	1.40
76008--78653	661	4.0	663	91	2	3905	37	11	15	35	1.84
77342--77379	20	1.9	20	94	0	67	44	10	23	21	1.83
77524--77600	37	2.1	38	87	4	113	46	2	1	49	1.23
79174--79237	30	2.1	30	100	0	128	42	6	17	34	1.74
79636--79675	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
80531--80570	21	1.9	21	89	0	62	22	17	27	32	1.96
80616--80774	21	7.7	20	72	12	117	20	19	25	34	1.96
80610--80771	42	3.9	41	90	6	247	19	19	25	35	1.96
80864--80902	6	6.5	6	100	0	78	33	51	15	0	1.44
81496--81692	21	9.4	21	76	13	174	39	18	19	22	1.93
81496--81629	63	2.1	62	91	1	214	38	19	20	22	1.94
81516--81711	63	3.1	63	83	5	220	37	19	19	22	1.94
81492--81713	105	2.1	104	92	0	363	37	19	19	22	1.94
89492--89565	29	2.5	30	76	8	80	44	6	16	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94837--94873	10	3.7	10	92	0	65	35	32	21	10	1.88
94874--94958	33	2.6	33	90	0	125	25	29	36	8	1.85
95019--95070	23	2.3	23	89	0	77	9	38	26	25	1.86
95053--95085	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
95072--95108	10	3.7	10	86	13	58	10	27	37	24	1.88
95072--95120	20	2.5	20	96	0	89	10	26	36	26	1.88
95072--95118	10	4.7	10	82	15	53	10	25	36	27	1.89
96398--96569	76	2.3	74	89	6	274	36	20	16	26	1.94
98628--98700	28	2.6	27	78	8	74	49	5	10	34	1.61
100164--100197	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
101299--101347	3	16.7	3	82	4	64	32	4	2	61	1.26
108516--108546	15	2.1	15	94	5	55	35	6	32	25	1.82
109197--109436	105	2.3	103	83	5	288	31	19	12	37	1.88
109381--109466	36	2.4	36	84	2	109	31	20	11	36	1.89
109369--109501	36	3.7	35	78	6	108	33	19	13	33	1.91
109756--109819	28	2.3	28	91	0	101	29	12	14	43	1.81
109771--109831	28	2.2	28	84	0	77	31	14	8	45	1.74
109779--109839	28	2.2	28	81	0	68	34	18	9	37	1.83
109847--110196	133	2.6	134	93	1	578	25	32	18	22	1.97
110396--110444	3	16.7	3	82	4	64	32	4	2	61	1.26
122550--122629	32	2.7	29	81	14	99	36	7	11	45	1.68
122516--122624	32	3.5	32	73	15	95	37	7	11	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122516--122629	61	1.9	60	83	5	149	36	7	10	45	1.66
122550--122640	32	3.1	28	79	13	92	38	6	12	42	1.68
122598--122655	28	2.1	28	83	0	71	39	3	12	44	1.58
122765--122846	31	2.7	30	76	9	96	42	10	8	37	1.71
123935--123993	27	2.2	28	85	8	79	49	1	0	49	1.11
123985--124331	184	1.9	190	85	6	496	42	3	8	45	1.53
125487--125533	24	2.0	24	100	0	94	40	21	0	38	1.53
125701--125752	16	3.2	17	72	22	58	42	0	21	36	1.53
126341--126382	21	2.0	21	86	4	59	28	26	28	16	1.97
131065--131111	21	2.2	22	80	7	60	29	27	27	14	1.96
131674--131708	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
142464--142509	22	2.0	24	91	8	78	32	4	6	56	1.45
145443--145498	21	2.8	21	75	5	62	48	3	0	48	1.19
147473--147524	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
147513--147626	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
147510--147626	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
148220--148307	33	2.6	33	92	1	140	11	27	22	38	1.88
148275--148332	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
148396--148452	25	2.3	26	79	14	66	17	7	21	54	1.66
150297--150459	42	3.9	42	80	0	182	22	37	17	23	1.94
150294--150469	84	2.1	84	96	0	325	21	36	17	24	1.94
150294--150499	84	2.5	84	90	1	270	22	35	17	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151857--151892	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
152017--152073	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
151999--152088	33	2.7	33	94	0	153	43	21	22	13	1.87
151999--152059	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
152084--152234	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
152088--152214	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
152081--152213	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
154702--154755	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
155540--155591	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
155576--155667	20	4.6	20	71	2	67	41	20	18	19	1.91
155880--155947	20	3.4	20	72	8	75	39	23	20	16	1.91
155979--156032	14	3.5	14	73	22	54	12	20	18	48	1.81
155961--156031	33	2.2	33	81	0	79	21	19	19	39	1.93
157638--157697	21	2.9	20	73	11	59	20	13	45	21	1.85
158066--158131	20	3.4	19	77	6	69	39	24	22	13	1.90
158120--158210	14	5.9	14	74	20	83	49	23	16	10	1.77
158134--158194	18	3.5	19	70	22	62	50	19	16	13	1.77
158108--158215	33	3.3	33	94	1	191	49	22	17	11	1.78
158222--158303	19	4.7	18	79	14	100	13	19	20	46	1.83
158288--158342	20	2.8	19	81	8	56	14	23	25	36	1.93
160188--160240	20	2.7	20	79	2	63	49	20	16	13	1.79
160475--160518	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160707--160758	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
160767--160820	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
160686--160823	61	2.3	61	84	0	186	23	16	23	35	1.95
160706--160841	61	2.2	61	81	2	157	22	19	24	33	1.97
166252--166289	16	2.3	17	90	4	60	5	26	2	65	1.27
166999--167024	11	2.4	11	100	0	52	80	19	0	0	0.71
167600--167681	37	2.2	36	79	10	94	50	3	1	45	1.27
170435--170464	15	2.1	15	93	6	53	36	6	13	43	1.70
171131--171185	10	5.4	10	84	4	74	65	3	7	23	1.34
172124--172179	10	5.4	10	79	8	58	19	5	3	71	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11