genome.fa.s7967.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007967.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110402_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2476418

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040410--2040583	74	2.4	74	78	9	180	19	21	17	40	1.91
2041500--2041531	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2049851--2049903	13	4.3	12	80	4	54	62	0	16	20	1.33
2053906--2053957	20	2.6	20	87	0	77	21	5	38	34	1.77
2056213--2056278	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2059045--2059089	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2062287--2062352	20	3.3	20	91	0	105	45	24	12	18	1.83
2062481--2062538	22	2.6	22	81	5	73	20	39	18	20	1.92
2062891--2062932	20	2.1	20	100	0	84	47	21	21	9	1.79
2065114--2065229	21	5.6	21	75	10	94	22	35	18	23	1.96
2065108--2065229	41	3.0	40	84	3	145	21	36	18	23	1.95
2066590--2066747	64	2.5	64	92	3	255	30	2	15	51	1.57
2066839--2066887	20	2.5	20	86	0	71	40	16	18	24	1.90
2066911--2066992	29	2.8	29	94	0	146	32	21	14	30	1.94
2068095--2068131	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2068517--2068566	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
2068714--2068760	20	2.3	20	74	0	58	31	19	25	23	1.98
2071482--2071515	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2072307--2072451	20	7.3	20	73	9	75	26	13	26	34	1.93
2073124--2073281	80	2.0	80	94	2	282	46	8	11	33	1.69
2074131--2074213	31	2.7	31	86	0	103	33	19	10	36	1.86
2078862--2078942	42	1.9	42	82	5	101	44	3	3	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079073--2079122	23	2.3	20	83	10	64	48	4	0	48	1.20
2079060--2079122	26	2.4	26	76	7	65	49	3	0	47	1.17
2079125--2079170	23	2.0	24	83	12	60	56	4	0	39	1.19
2079704--2079748	22	2.1	22	83	4	56	62	2	11	24	1.40
2080504--2080550	21	2.2	21	100	0	94	4	19	29	46	1.68
2083144--2083170	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2090933--2090979	20	2.4	19	82	10	58	76	4	4	14	1.09
2090932--2090979	10	4.8	10	76	0	51	77	4	4	14	1.08
2093049--2093158	35	3.1	35	88	2	159	42	20	18	19	1.89
2104554--2104591	18	2.1	18	85	9	51	34	0	2	63	1.09
2112091--2112221	70	1.9	70	91	0	217	32	11	25	30	1.91
2117291--2117334	20	2.2	20	84	8	54	59	20	2	18	1.49
2119247--2119349	44	2.3	44	84	0	134	32	18	20	29	1.96
2123078--2123303	117	1.9	117	84	7	298	27	14	9	48	1.74
2127927--2128013	23	3.7	24	81	3	97	20	20	24	34	1.97
2145318--2145662	44	7.9	43	85	1	348	33	20	25	20	1.97
2147991--2148057	30	2.2	30	89	0	107	28	20	28	22	1.99
2150077--2150434	44	8.2	42	84	6	353	34	20	24	19	1.96
2150077--2150434	88	4.1	86	84	4	423	34	20	24	19	1.96
2150123--2150434	132	2.4	131	86	5	400	34	21	25	18	1.96
2152838--2152909	30	2.4	30	90	4	110	33	22	23	20	1.97
2154930--2155276	44	8.0	43	84	3	365	32	20	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160830--2160881	24	2.2	24	82	0	59	48	21	9	21	1.78
2160846--2160935	24	3.8	24	83	5	119	38	20	14	26	1.91
2165232--2165423	32	6.0	32	77	2	188	33	18	16	31	1.93
2167628--2167721	10	9.3	10	70	15	59	4	14	2	78	0.99
2167639--2167699	27	2.2	27	85	8	79	4	14	3	77	1.07
2167624--2167731	30	3.7	30	77	14	102	3	16	1	77	1.00
2167679--2167742	30	2.2	29	91	2	101	3	20	0	76	0.92
2167664--2167742	10	7.6	11	75	17	64	3	21	0	74	0.97
2168956--2169008	26	2.0	26	85	0	70	35	15	13	35	1.86
2169018--2169182	64	2.6	64	81	3	181	34	14	17	33	1.90
2168956--2169168	32	6.8	32	76	5	161	34	14	16	34	1.90
2171463--2171627	32	5.2	32	77	5	138	36	16	16	30	1.91
2171459--2171627	64	2.6	64	76	3	180	36	15	16	31	1.91
2172226--2172267	17	2.5	17	92	0	66	33	2	4	59	1.31
2172550--2172704	60	2.6	60	91	2	240	21	16	22	38	1.93
2177852--2177909	3	19.7	3	85	3	73	62	1	0	36	1.06
2177850--2177926	23	3.4	23	79	12	79	61	2	0	36	1.10
2178079--2179543	258	5.7	258	84	3	1806	35	15	15	33	1.90
2178079--2179543	516	2.8	513	86	2	1992	35	15	15	33	1.90
2180385--2180432	20	2.4	20	100	0	96	25	14	10	50	1.74
2187478--2187538	31	2.0	31	83	6	79	39	21	18	21	1.93
2188204--2188372	64	2.6	64	88	1	241	27	17	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188196--2188416	64	3.5	64	85	3	232	27	17	20	34	1.95
2191610--2191672	31	2.0	31	84	6	83	38	25	17	19	1.93
2192277--2192497	64	3.5	64	85	3	259	28	17	19	34	1.94
2196730--2196785	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
2198135--2198183	22	2.3	22	82	10	57	34	14	26	24	1.94
2201212--2201273	30	2.1	30	93	0	106	25	11	22	40	1.87
2203661--2203768	3	36.7	3	92	3	175	33	0	1	64	1.04
2205985--2206024	19	2.1	19	86	9	55	57	2	5	35	1.34
2217096--2217145	7	7.4	7	78	17	52	78	0	14	8	0.97
2217087--2217179	13	7.2	12	74	21	64	73	1	18	7	1.13
2218405--2218653	105	2.4	105	84	2	311	40	17	17	25	1.91
2218820--2218916	3	32.7	3	93	2	160	32	0	2	64	1.05
2221137--2221176	19	2.1	19	86	9	55	57	2	5	35	1.34
2221892--2221940	23	2.1	23	88	7	73	53	4	8	34	1.50
2222510--2222881	182	2.0	188	95	4	684	33	16	15	34	1.90
2224401--2224426	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
2224644--2224669	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2231383--2231447	27	2.5	26	85	7	78	41	15	16	26	1.88
2231537--2231623	25	3.4	25	73	9	77	42	20	6	29	1.78
2231409--2231705	50	5.9	51	79	4	271	40	19	11	28	1.86
2231461--2231705	101	2.4	101	82	2	278	40	19	10	29	1.85
2231562--2231644	25	3.3	25	70	16	73	44	20	7	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243436--2243468	14	2.4	14	90	10	50	63	12	3	21	1.41
2244651--2244708	22	2.6	22	97	0	107	20	22	39	17	1.92
2245345--2245391	18	2.6	17	83	6	58	55	21	2	21	1.54
2247327--2247366	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2247348--2247396	22	2.2	24	75	17	61	20	22	38	18	1.93
2250114--2250166	15	3.6	15	89	5	72	11	67	15	5	1.38
2250125--2250167	14	3.0	14	86	6	59	13	65	13	6	1.46
2257123--2257196	28	2.5	29	86	6	96	31	16	9	43	1.79
2258474--2258512	21	1.9	21	84	5	53	38	15	15	30	1.88
2259319--2259833	146	3.5	146	91	0	816	33	19	26	21	1.97
2265240--2265287	14	3.4	14	80	8	53	77	0	10	12	1.00
2265227--2265305	15	5.3	15	76	11	56	75	0	13	10	1.03
2266535--2266843	125	2.5	126	84	2	399	33	17	26	22	1.96
2266535--2266912	125	3.0	123	77	7	388	32	16	26	23	1.96
2268017--2268210	36	5.4	36	75	4	140	37	21	18	23	1.94
2268579--2269422	54	15.5	54	89	4	1108	31	20	25	22	1.98
2268634--2269512	108	8.1	109	83	7	479	31	19	25	22	1.98
2269174--2269522	55	6.3	54	78	13	286	30	18	23	27	1.98
2270103--2270616	146	3.5	146	91	0	816	32	19	26	21	1.97
2273426--2273712	150	1.9	149	83	5	371	31	14	18	35	1.90
2277207--2277244	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2279387--2279671	111	2.6	111	89	1	446	28	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279669--2279772	48	2.2	48	91	0	163	32	16	21	29	1.95
2279687--2279908	113	2.0	113	94	0	390	30	17	22	29	1.97
2290681--2290745	2	32.5	2	96	0	121	50	0	0	49	1.00
2292698--2292745	3	16.3	3	91	4	80	68	2	0	29	1.01
2292707--2292751	9	5.2	8	94	2	54	68	0	0	31	0.89
2299633--2299663	14	2.2	14	100	0	62	12	41	29	16	1.85
2303031--2303098	34	2.0	34	100	0	136	44	11	20	23	1.84
2307650--2307717	34	2.0	34	97	0	127	44	11	19	25	1.84
2309514--2309539	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2310771--2310800	15	2.0	15	93	0	51	36	3	6	53	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11