genome.fa.s8010.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008010.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110472_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  10  of  14  ( 1680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2044746--2044802	2	29.5	2	77	7	55	49	3	3	43	1.36
2044746--2044802	18	3.2	18	80	9	71	49	3	3	43	1.36
2045137--2045693	105	5.3	105	94	0	927	24	18	24	32	1.97
2046949--2047169	118	1.9	118	94	0	388	17	15	33	33	1.91
2053208--2053248	18	2.3	18	95	0	73	17	46	21	14	1.84
2053285--2053437	29	5.4	28	79	9	139	31	5	22	41	1.76
2053285--2053437	57	2.7	55	76	9	148	31	5	22	41	1.76
2053285--2053437	28	5.4	28	76	9	123	31	5	22	41	1.76
2054201--2054421	118	1.9	118	92	1	372	17	15	33	33	1.91
2054856--2055178	105	3.1	105	96	0	601	22	18	26	32	1.97
2056020--2056049	4	7.8	4	92	7	53	0	0	20	80	0.72
2066683--2066757	35	2.0	39	82	10	95	61	1	6	30	1.30
2066715--2066760	21	2.0	22	84	12	58	58	0	4	36	1.18
2068133--2068217	2	43.5	2	84	4	111	49	2	2	45	1.27
2069110--2069162	27	2.0	27	100	0	106	18	15	24	41	1.89
2069345--2069380	17	2.1	17	94	0	63	16	0	38	44	1.48
2069518--2069620	30	3.4	30	86	5	136	39	0	13	46	1.43
2069565--2069619	15	3.6	16	70	20	55	41	0	14	43	1.45
2069676--2069709	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
2076750--2076795	23	2.0	23	87	8	67	30	26	21	21	1.99
2076773--2077070	146	2.0	146	97	1	562	35	20	15	28	1.93
2077533--2077568	11	3.5	11	78	21	51	22	25	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077526--2077578	19	2.8	19	100	0	106	22	26	20	30	1.98
2077545--2077703	63	2.5	62	84	6	194	26	22	19	32	1.97
2077671--2077708	19	2.0	20	94	5	69	26	28	15	28	1.96
2083803--2083848	23	2.0	23	91	0	74	28	26	23	21	1.99
2083826--2084129	149	2.0	149	98	0	581	35	20	15	28	1.93
2084578--2084736	63	2.5	62	79	6	158	27	20	18	33	1.96
2084704--2084741	19	2.0	20	94	5	69	26	28	15	28	1.96
2090497--2090621	18	6.7	18	85	7	160	29	28	20	20	1.98
2090492--2090621	38	3.5	38	89	2	183	28	28	20	22	1.99
2090493--2090622	56	2.3	57	88	5	194	28	28	21	21	1.99
2090725--2090779	21	2.7	20	80	11	58	36	18	3	41	1.68
2092615--2092702	33	2.6	33	82	7	97	62	13	2	21	1.42
2092720--2092754	14	2.4	14	90	4	52	68	8	0	22	1.16
2092886--2092911	12	2.2	12	100	0	52	7	34	23	34	1.83
2096328--2096404	16	4.4	16	75	16	73	70	0	0	29	0.88
2096326--2096405	28	3.0	26	83	5	108	71	0	0	28	0.87
2096337--2096400	14	4.4	14	78	11	67	70	0	0	29	0.88
2097146--2097179	17	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
2107205--2107464	95	2.7	94	83	6	308	33	17	17	31	1.93
2108099--2109332	84	14.7	84	81	2	1276	33	23	19	24	1.97
2108131--2109328	421	2.8	420	88	1	1686	32	23	19	24	1.97
2109876--2109911	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111035--2111081	22	2.1	22	84	11	60	8	12	0	78	0.95
2111074--2111112	4	10.0	4	83	5	53	30	0	0	69	0.89
2113167--2113318	75	2.0	74	98	1	295	32	18	10	38	1.85
2114743--2114803	31	2.0	31	93	0	104	26	21	13	39	1.90
2116800--2116858	31	1.9	31	92	0	100	37	13	23	25	1.92
2122746--2122784	20	2.0	19	85	5	51	41	0	7	51	1.31
2129692--2129776	21	4.1	20	76	7	80	17	24	35	22	1.95
2133453--2133673	117	1.9	117	82	5	277	27	15	9	47	1.75
2133930--2133976	23	2.0	23	100	0	94	34	17	8	40	1.79
2136523--2136586	30	2.2	30	83	8	78	37	12	17	32	1.87
2137911--2138066	31	5.0	31	93	0	267	22	19	22	35	1.96
2138235--2138295	28	2.2	28	79	5	70	40	13	19	26	1.88
2138372--2138401	12	2.5	12	100	0	60	30	0	23	46	1.52
2142254--2142407	31	5.0	31	91	0	236	22	20	22	35	1.96
2152919--2153030	57	2.0	57	85	3	154	36	11	8	42	1.73
2160033--2160114	41	2.0	41	88	4	121	46	9	24	19	1.80
2163587--2163645	14	4.1	14	78	4	55	42	6	15	35	1.73
2163587--2163634	14	3.4	14	82	5	60	37	8	16	37	1.79
2163589--2163646	29	2.0	29	86	0	80	44	6	15	32	1.73
2163816--2163880	18	3.4	18	73	17	60	44	0	0	55	0.99
2163941--2164008	19	3.6	18	74	18	59	48	2	1	47	1.26
2164003--2164050	23	2.1	23	88	0	69	56	0	2	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164019--2164087	21	3.0	21	69	28	52	52	2	0	44	1.16
2164011--2164093	23	3.6	23	72	19	73	51	2	0	45	1.14
2164354--2164387	14	2.4	14	90	0	50	35	11	8	44	1.72
2167827--2167862	16	2.2	16	90	0	54	38	2	8	50	1.47
2168395--2169030	316	2.0	318	93	5	1110	27	13	7	51	1.68
2177375--2177405	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2178501--2178551	20	2.5	20	84	6	68	39	29	7	23	1.83
2178595--2178793	20	9.9	20	73	8	109	32	22	11	34	1.89
2178501--2178736	40	5.9	40	67	14	128	33	25	10	30	1.90
2178846--2178908	27	2.3	27	97	0	117	39	31	4	23	1.76
2179606--2179639	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2179765--2179818	24	2.2	24	90	0	81	20	20	18	40	1.91
2181041--2181257	85	2.5	87	77	6	210	33	20	16	29	1.95
2184548--2184582	18	2.0	17	94	5	61	57	22	2	17	1.53
2184786--2184847	20	3.1	20	83	0	79	43	22	16	17	1.87
2186409--2186484	21	3.6	21	92	0	125	21	19	36	22	1.95
2186890--2186942	21	2.5	21	81	6	63	33	30	13	22	1.92
2186802--2186942	63	2.2	63	82	2	167	31	32	12	23	1.91
2187057--2187155	42	2.4	42	94	0	171	16	19	37	27	1.92
2190341--2190390	2	25.5	2	95	4	93	48	0	0	52	1.00
2191256--2191306	20	2.5	20	80	0	57	49	17	13	19	1.80
2191336--2191374	20	2.0	20	84	0	51	17	10	17	53	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191857--2191894	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
2191905--2191942	20	1.9	20	94	0	67	18	10	23	47	1.79
2196689--2196721	15	2.2	15	89	10	50	48	12	18	21	1.80
2197493--2197634	29	5.0	29	88	5	161	38	22	5	33	1.78
2197465--2197640	29	6.1	29	81	7	132	40	21	5	33	1.75
2202656--2202688	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2208185--2208339	81	1.9	81	85	4	213	26	7	36	30	1.83
2210162--2210285	60	2.1	60	84	6	162	48	3	13	34	1.59
2210181--2210306	60	2.1	59	79	8	139	50	3	12	33	1.56
2225733--2225769	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2227228--2227272	16	2.9	16	80	12	58	15	2	4	77	1.02
2227305--2227358	2	27.0	2	82	14	67	46	3	0	50	1.19
2227314--2227370	25	2.2	26	90	3	80	43	10	0	45	1.38
2227468--2227520	27	2.0	27	88	7	81	13	11	0	75	1.05
2227579--2227618	12	3.2	12	86	6	53	20	2	2	75	1.04
2227584--2227629	12	3.8	12	86	11	58	17	0	4	78	0.91
2227595--2227629	17	2.0	18	94	5	63	14	0	5	80	0.89
2231398--2231658	95	2.7	92	85	7	333	33	17	18	31	1.94
2232899--2233261	84	4.4	83	87	2	489	30	26	20	22	1.98
2233405--2233530	43	2.9	43	87	0	180	34	29	14	21	1.93
2235687--2235752	2	32.5	2	85	11	82	45	4	1	48	1.32
2235855--2235903	22	2.3	21	82	10	55	14	6	0	79	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2235875--2235928	21	2.5	21	79	11	65	14	3	3	77	1.04
2235886--2235919	13	2.5	13	90	4	50	11	0	0	88	0.52
2235972--2236018	21	2.3	21	82	14	62	19	0	4	76	0.95
2240747--2240771	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2240837--2240944	41	2.5	44	73	18	109	75	3	5	14	1.12
2240862--2240959	42	2.5	40	80	14	105	77	5	7	10	1.11
2240862--2240923	22	2.9	22	71	22	60	77	6	4	11	1.11
2240893--2241080	6	31.2	6	67	21	58	75	2	5	17	1.10
2240916--2240997	25	3.3	25	68	26	66	78	2	7	12	1.06
2240839--2240975	38	3.5	37	75	17	100	75	4	5	14	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14