genome.fa.s8010.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008010.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110472_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240980--2241126	11	13.3	11	66	22	60	73	0	4	21	1.04
2240973--2241033	33	1.9	31	86	6	86	73	1	8	16	1.14
2241009--2241076	24	2.8	24	85	12	95	77	0	0	22	0.76
2240876--2241154	10	26.4	10	66	14	64	74	2	5	16	1.12
2242367--2242418	24	2.2	24	89	0	77	53	5	0	40	1.25
2242378--2242709	36	9.0	37	82	10	262	45	6	3	45	1.44
2242387--2242716	37	9.0	36	84	9	341	44	5	3	45	1.45
2242475--2242532	12	4.8	12	73	12	55	44	8	1	44	1.44
2242655--2242708	26	2.0	27	85	3	74	46	3	1	48	1.30
2246139--2246177	19	2.1	19	95	0	69	20	25	28	25	1.99
2246176--2246233	5	10.8	5	78	14	62	18	51	22	6	1.70
2246176--2246240	22	3.0	22	100	0	130	18	49	23	9	1.76
2246230--2246260	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2248126--2248170	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2249030--2249067	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2249700--2250014	149	2.1	149	94	2	544	26	18	21	33	1.96
2249982--2250026	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
2253187--2253230	21	2.1	21	91	0	70	31	29	22	15	1.95
2254089--2254117	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2254755--2255069	149	2.1	149	93	2	535	26	18	21	33	1.96
2255037--2255081	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
2261807--2261845	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261828--2261877	19	2.7	18	84	9	73	14	28	30	28	1.95
2261828--2261877	9	5.3	9	78	7	55	14	28	30	28	1.95
2261879--2261916	12	3.3	12	82	14	53	21	44	21	13	1.85
2261874--2261916	22	2.0	22	90	0	68	20	46	20	11	1.82
2263722--2263878	78	2.0	78	98	0	305	33	20	21	24	1.97
2271934--2272058	64	1.9	64	83	4	162	28	24	20	26	1.99
2271936--2272084	64	2.3	63	77	10	151	28	23	21	26	1.99
2273407--2273454	20	2.5	20	82	3	62	52	4	12	31	1.58
2274690--2274758	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
2274699--2274758	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2274838--2274894	21	2.7	21	94	0	105	21	38	19	21	1.93
2274838--2274937	21	4.8	19	80	11	74	23	34	19	24	1.97
2274957--2275030	20	3.7	20	85	3	103	18	28	24	28	1.98
2274957--2275039	41	2.0	41	90	4	132	19	27	26	26	1.99
2275387--2275456	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
2276202--2276282	24	3.6	23	73	17	80	22	23	23	30	1.99
2277794--2277837	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
2278839--2279043	65	3.2	64	79	11	204	30	23	19	26	1.98
2278887--2279066	65	2.8	63	81	9	168	28	23	19	27	1.98
2282693--2282787	31	3.1	31	83	10	99	66	4	3	26	1.25
2282697--2282791	29	3.2	30	85	7	122	66	4	2	27	1.21
2291738--2291767	16	1.9	15	93	6	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2291914--2291985	29	2.4	30	88	4	101	37	27	20	13	1.91
2292507--2292593	35	2.5	37	78	19	105	39	0	12	48	1.41
2292433--2292780	180	1.9	179	94	0	615	37	0	12	48	1.46
2292769--2292835	7	9.6	7	88	0	98	16	0	35	47	1.47
2292768--2292835	21	3.2	21	89	0	109	17	0	35	47	1.48
2292857--2292978	7	17.6	7	85	1	156	47	34	0	18	1.49
2293005--2293155	7	21.7	7	70	1	52	23	1	28	45	1.64
2293040--2293094	21	2.6	22	75	18	62	20	0	25	54	1.44
2293062--2293156	21	4.6	21	74	7	77	23	1	27	48	1.58
2293196--2293222	7	3.9	7	100	0	54	55	29	0	14	1.40
2293177--2293305	21	6.1	20	74	17	84	52	25	0	21	1.47
2293184--2293278	28	3.4	27	81	13	104	51	26	0	22	1.48
2293197--2293280	14	6.0	14	73	8	55	52	25	0	22	1.47
2293246--2293300	22	2.6	21	88	5	83	52	25	0	21	1.47
2293324--2293391	34	2.0	34	83	13	88	41	14	2	41	1.61
2301360--2301403	22	2.0	22	100	0	88	22	27	18	31	1.97
2302748--2302837	20	4.5	20	83	4	101	30	21	18	30	1.97
2304475--2304740	140	1.9	140	96	0	487	29	13	14	42	1.84
2304722--2304933	20	11.5	20	72	18	156	34	24	17	23	1.96
2304722--2304859	54	2.6	54	86	0	204	34	25	16	23	1.95
2304757--2304934	74	2.4	74	88	3	261	34	24	17	23	1.96
2304831--2304973	54	2.7	55	90	2	202	35	23	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304972--2305029	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
2307192--2307258	20	3.5	18	80	11	71	37	25	17	19	1.94
2307203--2307258	20	2.8	20	88	0	76	37	23	17	21	1.94
2307306--2307348	20	2.2	20	86	0	59	23	18	25	32	1.97
2307496--2307545	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
2309174--2309280	20	5.4	20	85	7	139	49	23	15	11	1.77
2309805--2309918	20	5.7	20	89	0	165	24	22	26	26	2.00
2309805--2310000	20	9.6	20	77	7	153	28	20	25	26	1.99
2317269--2317310	14	3.0	14	82	0	57	57	11	14	16	1.66
2329433--2329463	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2334261--2334292	14	2.3	14	94	0	55	37	9	0	53	1.34
2337923--2338002	36	2.2	36	91	2	126	35	2	15	47	1.58
2342482--2342542	21	3.2	21	65	26	62	31	4	16	47	1.68
2342481--2342551	36	2.0	35	97	2	133	30	5	16	46	1.70
2343679--2343784	24	4.4	24	71	0	86	47	16	13	22	1.82
2346350--2346385	18	2.0	18	94	0	63	13	16	47	22	1.82
2348272--2348316	20	2.3	19	81	7	54	68	2	0	28	1.01
2348292--2348334	16	2.6	16	85	3	50	67	0	0	32	0.91
2349100--2349141	20	2.1	20	100	0	84	30	23	9	35	1.87
2352193--2352235	16	2.7	16	77	0	50	18	18	18	44	1.87
2353379--2353489	29	3.8	29	85	2	132	54	3	12	28	1.54
2357617--2357641	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357848--2357888	21	2.0	21	85	0	55	36	17	19	26	1.94
2362747--2362865	37	3.3	37	85	5	163	44	19	4	31	1.70
2362746--2362864	35	3.3	36	88	5	170	44	20	3	31	1.68
2363300--2363381	25	3.3	25	96	0	146	24	15	26	32	1.95
2367447--2367529	35	2.3	37	85	6	125	44	15	6	33	1.71
2373627--2373655	8	3.8	8	90	9	51	27	0	0	72	0.85
2379702--2379753	15	3.5	15	70	15	54	26	5	9	57	1.53
2380006--2380046	20	2.1	19	86	4	55	29	26	0	43	1.55
2380170--2380371	100	2.0	102	89	5	313	36	8	10	44	1.71
2381765--2381884	51	2.5	46	85	11	161	25	22	25	26	2.00
2381895--2382024	51	2.5	51	81	2	136	21	29	30	18	1.97
2382841--2382918	11	7.4	11	70	13	56	53	3	1	41	1.27
2382841--2382943	31	3.3	31	83	4	118	51	4	1	41	1.34
2382942--2382986	22	2.0	22	87	8	65	44	0	2	53	1.13
2382962--2383024	19	3.4	19	74	10	58	44	0	1	53	1.10
2384205--2384259	26	2.1	26	100	0	110	23	10	16	49	1.77
2389351--2389398	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
2391359--2391398	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2395283--2395322	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2397704--2397748	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2398330--2398364	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2398601--2398634	2	17.0	2	93	0	59	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399403--2399483	22	3.6	22	94	1	144	18	27	28	25	1.98
2402651--2402695	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2403280--2403314	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2403814--2403843	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2404361--2404441	22	3.6	22	98	1	153	17	27	29	25	1.97
2406293--2406376	23	3.7	23	88	0	105	29	20	25	25	1.99
2409225--2409419	60	3.2	60	77	7	157	33	17	3	45	1.64
2409538--2409701	60	2.8	60	83	6	199	40	3	22	32	1.71
2411491--2411558	34	2.0	35	88	2	102	41	5	11	41	1.66
2427837--2427976	60	2.3	60	79	4	149	36	16	2	44	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14