genome.fa.s8010.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008010.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110472_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  2  of  14  ( 1680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127435--127478	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
127741--127799	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
127936--127990	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
129119--129163	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
129645--129690	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
129656--129711	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
129700--129756	14	3.7	14	75	20	60	50	22	15	10	1.74
129684--129775	33	2.8	33	98	0	175	46	20	19	13	1.83
129684--129780	19	5.6	19	71	22	97	45	20	20	13	1.85
129792--129849	14	3.9	14	75	16	62	10	17	24	48	1.78
129787--129865	32	2.4	33	93	2	133	11	18	22	46	1.81
129850--129905	20	2.8	20	86	7	71	16	23	23	37	1.93
131687--131725	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
131852--131905	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
131929--132004	20	3.8	20	72	6	73	17	19	21	42	1.90
131917--132020	40	2.9	34	75	15	100	15	21	22	41	1.90
134658--134781	33	3.8	33	86	4	178	43	18	22	15	1.87
134656--134788	66	2.0	66	94	0	230	42	18	21	17	1.90
134930--134966	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
136338--136418	21	3.9	21	66	6	65	23	20	33	22	1.97
136323--136441	42	2.8	41	81	7	114	22	17	36	23	1.95
136663--136847	91	2.0	90	90	6	291	47	18	11	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138558--138654	33	2.9	33	87	1	131	42	18	23	15	1.88
138655--138721	19	3.5	19	83	2	80	11	16	23	47	1.80
139241--139312	20	3.5	20	83	5	74	20	20	22	36	1.96
139302--139374	21	3.5	20	77	5	65	38	17	21	21	1.93
139384--139431	20	2.3	21	85	3	62	20	22	14	41	1.89
139425--139477	21	2.5	22	72	6	56	35	16	24	22	1.95
139717--139850	58	2.3	58	82	5	155	26	16	8	47	1.76
139746--139863	57	2.1	56	82	7	141	26	16	9	48	1.76
140155--140199	21	2.2	21	88	4	65	37	4	4	53	1.41
149991--150104	21	5.5	21	82	3	124	39	18	24	17	1.92
149988--150104	62	1.9	62	96	0	216	40	17	23	17	1.91
150031--150165	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
150093--150186	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
149988--150142	62	2.5	61	86	8	199	40	18	21	18	1.91
150709--150775	19	3.5	19	83	2	80	49	23	16	10	1.77
150771--150935	19	9.1	19	73	15	134	13	24	19	43	1.87
150776--150910	33	3.9	33	87	5	144	12	24	20	42	1.87
150889--150935	20	2.3	20	75	13	51	14	25	12	46	1.80
152934--153056	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
152990--153056	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
154415--154450	14	2.6	14	90	0	54	27	2	25	44	1.68
154629--154746	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154633--154726	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
157022--157046	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
158522--158558	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
159107--159143	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
159510--159566	20	2.8	20	94	0	96	38	17	22	21	1.93
159585--159671	19	4.8	19	90	9	139	13	21	17	47	1.82
159585--159700	33	3.4	33	84	11	151	13	22	19	43	1.86
159788--159825	14	2.7	15	84	12	53	50	18	0	31	1.47
161691--161757	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
161746--161803	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
161730--161808	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
161815--161910	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
161837--161894	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
161820--161910	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
161895--161949	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
163779--163817	20	2.0	20	89	0	60	48	17	15	17	1.81
164081--164124	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
164313--164406	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
164333--164468	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
164293--164407	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
164396--164488	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
164396--164491	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166178--166225	23	2.1	23	81	11	55	47	4	8	39	1.53
176053--176108	28	2.0	28	89	0	85	44	14	10	30	1.79
177749--177773	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
181227--181264	19	2.0	20	84	5	51	36	23	2	36	1.69
185282--185319	11	3.5	11	86	10	51	28	0	0	71	0.87
185309--185346	18	2.1	18	90	0	58	39	0	10	50	1.37
185300--185341	15	2.9	15	89	3	59	38	0	9	52	1.34
185337--185579	30	8.1	30	80	3	238	33	6	6	53	1.54
185337--185582	90	2.7	90	83	3	289	33	6	6	53	1.54
185476--185524	15	3.3	15	73	21	57	30	2	8	59	1.38
188463--188586	54	2.3	54	92	0	212	37	27	14	20	1.92
188463--188603	54	2.6	54	89	0	192	34	28	14	22	1.93
188645--188696	19	2.7	19	100	0	104	30	17	30	21	1.96
189804--189897	23	4.0	24	73	14	88	18	22	25	34	1.96
190270--190294	12	2.1	12	100	0	50	40	8	36	16	1.77
190323--190378	29	1.9	29	92	0	94	12	37	28	21	1.90
190394--190535	33	4.3	33	88	0	167	11	33	29	24	1.91
190425--190512	10	8.2	10	67	14	50	12	32	29	25	1.92
190395--190535	66	2.1	67	88	1	203	12	33	29	24	1.92
190453--190535	10	7.6	10	70	19	51	12	28	34	24	1.91
191254--191280	14	1.9	14	100	0	54	25	22	14	37	1.93
195724--195864	54	2.6	54	91	0	228	33	28	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196997--197090	23	4.0	24	80	14	115	18	25	25	30	1.98
197700--197731	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
198281--198362	27	3.0	27	94	0	146	23	8	21	46	1.79
201904--201949	17	2.7	17	100	0	92	21	13	21	43	1.86
210762--210808	23	2.3	19	85	14	58	21	29	25	23	1.99
216578--216632	21	2.7	20	88	5	92	16	23	43	16	1.87
218367--218519	60	2.6	60	86	5	222	28	18	18	34	1.94
219763--219830	3	22.0	3	87	3	91	39	0	0	60	0.97
221159--221212	23	2.3	25	75	18	62	29	1	1	66	1.12
221469--221532	25	2.7	24	83	11	78	46	1	0	51	1.10
228393--228440	24	2.0	25	83	4	62	43	12	8	35	1.73
232443--232475	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
235227--235295	34	2.0	35	94	2	122	21	30	30	17	1.96
235240--235297	19	3.3	18	68	26	52	18	36	27	17	1.94
240571--240620	15	3.3	15	97	0	91	30	34	22	14	1.93
241796--241835	11	3.2	12	83	16	55	62	0	37	0	0.95
241797--241831	14	2.5	14	100	0	70	65	0	34	0	0.93
242394--242491	29	3.3	29	68	20	85	28	14	5	52	1.63
242394--242532	60	2.3	60	93	0	233	28	16	6	48	1.70
249676--249711	19	1.9	19	88	5	56	52	11	0	36	1.37
256212--256258	25	1.9	24	82	4	58	65	4	6	23	1.33
269918--269959	15	2.9	15	85	3	59	50	4	0	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276519--276594	31	2.4	31	80	2	89	27	31	26	14	1.95
276471--276594	63	2.0	63	82	9	155	26	29	27	16	1.97
277477--277519	22	2.0	22	100	0	86	9	23	48	18	1.76
277516--277614	9	10.3	9	77	10	90	29	28	27	15	1.96
277518--277615	19	5.1	19	80	13	101	29	28	25	16	1.97
277541--277615	29	2.5	31	91	8	129	29	28	26	16	1.96
283824--283899	31	2.4	31	80	2	89	27	31	26	14	1.95
283776--283899	63	2.0	63	82	9	155	26	29	27	16	1.97
284796--284848	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
284789--284849	17	3.3	17	79	20	77	11	22	47	18	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14