genome.fa.s8010.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008010.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110472_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
669865--669907	19	2.3	19	84	8	52	72	20	4	2	1.14
687606--687630	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
688377--688418	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
688763--688795	5	6.6	5	89	10	50	54	0	0	45	0.99
688763--688790	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
688763--688800	19	2.1	18	85	14	51	55	0	0	44	0.99
696657--696733	31	2.5	31	78	2	82	28	31	25	14	1.95
706708--706878	55	3.1	54	83	6	202	32	14	9	43	1.77
706708--706878	53	3.1	54	83	6	184	32	14	9	43	1.77
714928--714974	22	2.1	23	84	11	62	17	14	6	61	1.53
715982--716020	17	2.3	17	86	0	60	12	10	35	41	1.77
733445--733479	17	2.0	18	88	5	54	82	17	0	0	0.66
742462--742524	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
748851--748920	19	3.7	19	100	0	140	22	25	20	31	1.98
752154--752220	19	3.5	19	87	2	89	43	2	10	43	1.54
754072--754983	149	6.1	149	94	2	1528	34	12	31	22	1.90
754072--754983	300	3.0	295	93	4	1440	34	12	31	22	1.90
754072--754983	457	2.0	445	92	4	1533	34	12	31	22	1.90
760468--760506	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
761896--761938	14	3.2	13	83	3	50	32	6	27	32	1.84
761920--761957	20	1.9	20	89	10	60	36	13	23	26	1.91
762097--762140	22	2.1	22	87	8	65	34	22	9	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762190--762272	20	4.0	20	82	4	94	34	19	22	22	1.96
766058--766112	28	2.0	28	89	7	85	49	10	16	23	1.77
766309--766366	26	2.2	26	87	3	80	13	8	29	48	1.73
769810--769854	19	2.4	19	84	0	63	46	17	0	35	1.49
781719--781767	22	2.3	22	79	10	57	46	0	4	48	1.20
785891--785921	13	2.4	13	100	0	62	48	29	0	22	1.51
792697--792801	45	2.3	46	85	6	142	31	16	22	29	1.96
792785--792835	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
792739--792886	65	2.3	65	80	12	178	27	17	25	29	1.98
799263--799312	21	2.4	21	100	0	100	30	14	4	52	1.59
801378--801447	19	3.7	19	90	5	108	25	15	35	22	1.94
801271--801413	64	2.2	64	86	3	189	28	16	25	28	1.97
801313--801498	84	2.2	84	80	10	218	26	17	27	28	1.98
811829--811876	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
812258--812309	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
812268--812330	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
812729--812815	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
813074--813110	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
813359--813409	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
813687--813749	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
814103--814154	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
814113--814175	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814855--814920	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
817231--817277	20	2.4	19	80	19	69	21	17	10	51	1.75
817399--817444	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
819799--819837	20	2.0	20	85	10	53	51	5	12	30	1.62
825788--826236	223	2.0	223	96	0	828	28	25	19	26	1.98
833702--833732	16	1.9	16	93	0	53	16	38	12	32	1.86
834203--834433	53	4.4	53	86	2	284	24	26	19	30	1.98
834966--834990	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
834886--835071	93	2.0	93	91	0	300	29	20	16	33	1.95
835036--835115	42	1.9	42	92	0	133	28	21	18	31	1.97
842235--842696	231	2.0	231	100	0	924	26	14	16	41	1.87
843504--843572	36	1.9	36	93	0	120	42	14	20	23	1.89
843627--843685	30	2.0	30	83	12	77	33	11	15	38	1.84
843671--843855	36	5.3	36	68	14	127	37	14	20	27	1.91
843769--844175	37	12.0	37	61	22	124	40	13	17	27	1.88
843648--844008	102	3.5	102	87	1	447	38	13	18	28	1.89
843925--844071	65	2.3	65	86	2	197	40	12	17	29	1.86
843982--844173	102	1.9	102	83	4	253	43	13	17	26	1.86
844113--844240	65	2.0	65	84	6	170	39	12	17	29	1.87
843798--844322	167	3.2	166	93	1	858	40	12	17	28	1.87
844470--844792	106	3.0	106	87	0	423	23	16	24	35	1.94
845370--845458	32	2.8	32	80	10	101	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846381--846518	69	2.0	69	98	0	267	26	14	21	37	1.92
856334--856423	21	4.3	21	84	0	108	42	1	20	36	1.59
856399--856487	32	2.8	32	94	0	151	41	6	17	33	1.76
856463--856509	21	2.2	21	92	0	76	42	4	19	34	1.70
862797--862848	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
862904--863094	20	9.6	20	79	7	201	34	26	19	19	1.96
862923--863094	58	2.9	59	82	3	220	33	26	19	19	1.96
862901--863095	78	2.5	78	80	6	214	34	26	19	19	1.96
863474--863544	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
863665--863719	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
863665--863735	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
863753--863841	14	5.7	14	76	21	88	8	25	23	41	1.83
863736--863849	33	3.5	33	92	2	203	9	24	21	44	1.82
865540--866195	93	7.1	93	98	1	1266	22	12	18	46	1.83
866237--866364	19	7.3	19	74	18	116	45	28	17	8	1.78
866273--866364	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
866360--866493	19	7.6	19	75	16	119	11	19	23	45	1.82
866382--866438	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
866365--866456	33	2.8	33	93	1	159	10	20	21	46	1.81
866382--866475	51	1.9	47	85	8	125	9	20	24	45	1.80
868405--868440	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
868547--868629	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868658--868909	19	14.4	19	80	17	307	13	21	18	46	1.83
868636--868909	33	7.9	38	81	16	307	14	21	18	46	1.84
868658--868881	50	4.2	52	90	9	275	14	21	16	46	1.83
868636--868909	139	2.0	138	91	6	448	14	21	18	46	1.84
872107--872455	20	17.5	20	86	4	427	19	18	26	34	1.95
877593--877636	14	3.1	14	76	0	52	61	2	0	36	1.09
877595--877644	21	2.3	22	86	6	66	60	4	2	34	1.27
879960--880169	20	10.5	20	80	6	201	37	25	17	20	1.94
880849--880895	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
881070--881094	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
883427--883524	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
883408--883524	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
883583--883744	33	4.7	33	75	16	159	45	17	22	14	1.85
883583--883750	19	9.6	19	76	18	177	44	17	23	14	1.86
883583--883750	52	3.2	52	97	0	309	44	17	23	14	1.86
883740--883819	34	2.4	33	91	4	133	13	26	17	42	1.86
883757--883837	19	4.5	19	80	16	109	14	23	17	44	1.86
883944--883980	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
885959--886015	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
885940--886032	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
885903--886037	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
886033--886161	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886033--886124	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
886205--886584	93	4.1	93	98	0	735	45	18	12	22	1.83
888286--888375	14	5.7	14	72	23	72	42	23	24	10	1.84
888278--888392	33	3.5	33	92	0	203	45	20	23	10	1.82
888281--888397	19	6.9	19	69	24	84	43	21	23	11	1.84
888409--888465	14	3.7	14	72	20	51	10	24	21	43	1.83
888393--888484	33	2.7	33	89	3	130	10	22	21	44	1.83
888449--888525	21	3.7	21	77	3	84	15	23	16	44	1.86
888449--888526	41	1.9	41	89	0	120	15	24	16	43	1.86
888605--888675	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14