genome.fa.s8010.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008010.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110472_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3152856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428098--2428257	60	2.7	60	78	4	155	38	6	25	28	1.82
2440709--2440765	2	28.5	2	96	0	105	49	1	0	49	1.11
2441947--2441989	16	2.6	17	85	7	54	76	0	6	16	0.99
2441975--2442055	37	2.2	39	80	11	105	60	2	6	30	1.34
2442085--2442115	8	3.9	8	91	0	53	51	12	0	35	1.40
2442068--2442148	14	6.2	13	76	12	69	53	7	1	38	1.37
2442125--2442184	20	3.0	19	75	17	59	68	0	5	26	1.10
2443537--2444018	106	4.6	106	84	4	575	21	17	24	36	1.95
2444665--2444863	67	3.0	67	85	5	244	37	9	21	31	1.85
2444767--2444990	123	1.8	123	87	0	331	40	11	19	29	1.86
2444942--2445220	36	8.1	36	70	16	205	36	11	20	30	1.89
2444863--2445220	102	3.5	101	86	2	396	38	12	19	29	1.88
2445047--2445220	37	4.9	37	73	13	152	37	13	20	28	1.91
2444946--2445220	102	2.7	102	91	0	435	36	12	20	30	1.89
2446681--2446818	69	2.0	69	92	0	231	23	15	24	36	1.93
2446891--2446951	12	4.8	13	79	15	65	1	21	3	73	1.06
2446890--2446951	26	2.4	27	86	7	85	3	20	3	72	1.13
2448543--2448607	17	3.8	16	75	20	60	61	0	3	35	1.12
2448520--2448606	36	2.3	38	82	15	117	63	0	2	34	1.07
2448541--2448607	35	1.9	35	93	6	118	61	0	2	35	1.12
2448631--2448709	2	40.0	2	88	2	115	49	3	1	45	1.28
2448705--2448733	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448709--2448777	22	3.2	20	75	16	66	71	0	4	24	1.05
2449218--2449270	23	2.3	23	96	0	97	5	9	35	49	1.59
2452941--2452970	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2454414--2454474	6	10.2	6	100	0	122	32	0	16	50	1.45
2460778--2460850	20	3.7	20	81	1	76	36	10	17	34	1.85
2465401--2465426	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2477189--2477239	26	2.0	26	84	7	68	37	3	23	35	1.74
2479635--2479691	26	2.2	26	80	0	69	56	1	0	42	1.10
2489823--2489875	7	7.6	7	97	0	79	18	22	0	58	1.39
2489823--2489879	21	2.7	21	91	0	87	21	21	0	57	1.40
2496166--2496213	20	2.4	20	82	6	62	37	25	18	18	1.94
2497073--2497126	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2499561--2499646	20	4.3	20	86	2	120	36	24	20	18	1.95
2499541--2499636	40	2.6	34	72	21	86	36	21	21	19	1.95
2499561--2499646	40	2.2	40	93	4	147	36	24	20	18	1.95
2499653--2499716	34	1.9	33	96	3	119	43	18	23	14	1.86
2499731--2499826	33	2.9	34	85	6	124	16	22	18	41	1.90
2499928--2499964	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2500794--2501127	42	8.0	42	80	10	368	27	20	18	32	1.96
2500794--2501127	83	4.0	83	89	1	465	27	20	18	32	1.96
2503040--2503086	22	2.1	22	96	0	85	17	19	10	53	1.72
2504857--2505110	43	6.0	42	79	6	190	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504901--2505065	85	1.9	85	85	2	224	33	26	20	20	1.97
2506460--2506613	20	8.4	20	73	18	111	40	22	18	18	1.91
2506457--2506593	34	3.9	33	75	12	112	43	21	18	16	1.87
2506500--2506580	33	2.4	33	83	2	90	43	22	19	14	1.88
2506660--2506783	20	6.5	20	80	10	98	20	18	20	40	1.92
2506639--2506760	34	3.4	34	73	12	118	18	19	19	41	1.90
2506639--2506783	74	2.0	74	87	0	209	18	19	20	41	1.91
2508664--2508733	20	3.5	20	90	0	86	41	25	17	15	1.89
2508775--2508823	20	2.5	20	93	0	80	18	20	26	34	1.95
2509411--2509484	20	3.7	20	88	0	112	20	17	22	39	1.92
2510807--2510849	23	1.9	22	90	4	68	23	0	4	72	1.04
2515849--2516011	87	1.9	87	93	0	281	42	10	13	33	1.78
2516147--2516806	363	1.8	364	94	1	1189	28	16	12	42	1.84
2516147--2516806	182	3.6	182	94	0	1144	28	16	12	42	1.84
2519426--2519468	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2519398--2519870	181	2.6	180	86	3	671	27	15	13	43	1.84
2522813--2522849	16	2.2	17	86	13	51	48	0	0	51	1.00
2522911--2522950	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2522972--2523305	39	8.5	39	80	8	277	42	2	6	47	1.45
2523013--2523305	38	7.5	38	86	3	316	40	2	7	49	1.43
2523024--2523305	77	3.6	78	83	3	345	40	2	7	50	1.42
2523415--2523460	14	3.2	14	82	14	58	17	6	0	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2523403--2523451	22	2.2	22	92	7	82	16	8	0	75	1.03
2523412--2523465	14	3.9	15	74	16	55	18	5	0	75	0.98
2537404--2537436	16	2.2	16	89	10	52	57	9	15	18	1.63
2539503--2539553	25	2.0	25	96	0	93	47	3	15	33	1.64
2549274--2549317	21	2.2	20	83	4	52	52	2	4	40	1.34
2549254--2549640	185	2.1	182	89	3	598	42	3	8	45	1.51
2557740--2557787	20	2.8	16	82	17	53	43	0	10	45	1.38
2557741--2557806	24	3.0	22	87	10	84	40	0	9	50	1.34
2557879--2557921	22	2.0	22	95	0	77	37	11	11	39	1.78
2569983--2570016	17	2.1	16	88	5	50	58	5	20	14	1.57
2571472--2571518	18	2.6	18	96	0	85	36	36	10	17	1.84
2578166--2578218	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
2578208--2578354	20	7.3	20	86	3	206	37	20	19	22	1.94
2578208--2578375	60	2.8	60	83	11	211	36	20	19	23	1.95
2579216--2579269	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2581701--2581789	20	4.4	20	88	2	135	34	24	22	17	1.96
2581794--2581881	19	4.8	19	80	16	114	46	17	21	14	1.83
2581741--2581881	53	2.7	52	87	3	183	41	19	23	15	1.89
2581890--2581985	33	2.9	34	88	3	140	13	23	20	41	1.88
2582087--2582123	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2583403--2583451	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
2583490--2583538	20	2.5	20	80	6	55	36	24	20	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583583--2583722	20	7.3	20	84	9	193	20	20	21	38	1.94
2583545--2583722	40	4.8	40	78	13	193	19	20	20	39	1.93
2585592--2585641	20	2.5	20	93	0	82	50	24	14	12	1.76
2585687--2585733	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
2586322--2586362	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
2588202--2588241	21	1.9	21	89	0	62	30	25	12	32	1.92
2593651--2593700	24	2.0	26	84	7	68	58	6	8	28	1.51
2601096--2601139	23	1.9	23	90	0	70	27	20	9	43	1.82
2601154--2601195	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
2604277--2604393	42	2.8	42	98	0	225	16	18	19	45	1.86
2604565--2604625	23	2.6	23	84	2	77	52	0	0	47	1.00
2604590--2604736	28	5.4	26	69	20	81	46	0	2	51	1.12
2604634--2604678	23	2.0	23	90	0	72	53	0	2	44	1.13
2604582--2604740	25	6.0	26	69	24	77	46	0	1	51	1.11
2604893--2604932	20	2.0	20	85	9	55	60	0	0	40	0.97
2605084--2605128	14	3.1	14	75	6	54	35	17	6	40	1.76
2605070--2605108	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
2616483--2616523	20	2.0	20	85	0	55	17	4	4	73	1.19
2619295--2619348	24	2.3	23	78	9	56	25	3	1	68	1.16
2619322--2619401	14	5.3	14	73	18	63	31	1	2	65	1.14
2625327--2625397	20	3.5	20	81	7	81	32	22	21	23	1.98
2626219--2626272	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626469--2626498	14	2.1	14	100	0	60	53	26	13	6	1.64
2628535--2628569	18	1.9	18	88	0	52	54	22	2	20	1.58
2628629--2628898	140	1.9	140	96	0	495	28	12	15	43	1.83
2628869--2629147	20	14.9	20	75	15	256	34	23	17	24	1.96
2628877--2629196	54	5.8	54	75	14	271	35	23	17	23	1.96
2628931--2629127	74	2.7	73	86	4	270	34	24	18	22	1.96
2628989--2629196	94	2.2	94	87	2	294	33	22	18	25	1.97
2629186--2629243	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
2630832--2630908	21	3.7	22	76	11	56	23	16	37	22	1.94
2630801--2630911	42	2.6	41	75	10	100	24	18	36	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14