genome.fa.s8025.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008025.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110500_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744542

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4017--4079	21	2.9	21	85	4	81	20	36	25	17	1.94
4019--4100	21	3.8	21	75	15	69	21	37	24	15	1.93
12584--12673	29	3.1	29	98	0	171	24	24	8	42	1.83
12642--12959	81	3.9	81	87	2	433	29	22	12	35	1.91
12910--13434	68	7.7	68	91	0	816	30	23	14	30	1.95
15169--15220	24	2.2	24	89	3	79	19	32	21	26	1.97
16846--16893	19	2.5	19	82	0	60	20	8	14	56	1.64
34525--34566	21	2.0	21	90	0	66	30	28	19	21	1.97
34576--34625	18	2.8	18	79	11	66	32	34	18	16	1.92
41889--41925	10	3.7	10	85	0	56	62	21	16	0	1.33
59205--59250	20	2.5	18	83	16	67	54	4	0	41	1.20
60740--60774	14	2.5	15	86	13	56	42	0	0	57	0.99
60791--60825	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
85490--85553	24	2.6	24	90	5	92	39	4	4	51	1.44
87406--87444	13	3.0	13	92	0	60	33	23	10	33	1.88
87416--87581	85	2.0	85	83	7	212	31	21	16	30	1.95
97037--97097	31	2.0	31	100	0	122	40	9	3	45	1.53
101314--101349	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
103672--103703	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
103718--103750	11	3.0	11	83	16	50	9	18	0	72	1.10
105567--105623	21	2.9	19	82	10	69	49	21	8	21	1.76
109366--109528	41	4.0	41	84	1	220	34	17	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109366--109528	81	2.0	82	86	1	229	34	17	20	28	1.95
109631--109741	41	2.7	41	88	1	152	37	12	20	28	1.90
109669--109778	41	2.7	41	80	5	116	39	15	18	27	1.90
110580--111032	43	10.4	42	78	6	275	30	13	20	35	1.91
110597--110955	177	2.0	174	80	3	389	31	13	18	36	1.90
111277--111396	42	2.9	41	83	2	159	33	24	17	25	1.96
114712--114841	23	5.8	23	74	8	99	17	25	23	33	1.96
118419--118548	23	5.8	23	75	5	106	17	26	23	33	1.96
122130--122184	21	2.5	22	76	8	58	18	20	25	36	1.94
124407--124436	3	9.7	3	92	7	51	0	33	0	66	0.92
125767--125805	14	2.7	15	80	11	55	38	12	20	28	1.89
125941--125989	23	2.1	23	88	0	71	18	22	22	36	1.95
126810--126884	29	2.6	31	78	18	81	2	24	1	72	1.06
126809--126875	15	4.5	15	74	9	66	1	23	1	73	1.00
126813--126867	20	2.7	21	78	13	62	1	23	1	72	1.04
126896--127218	167	1.9	167	78	5	348	27	20	11	40	1.87
145525--145562	19	2.0	19	94	0	67	26	21	7	44	1.79
147989--148081	38	2.4	38	89	0	132	44	5	37	12	1.66
148014--148092	38	2.1	38	86	4	117	53	5	32	8	1.54
162780--163608	262	3.2	258	80	7	865	34	15	16	34	1.90
167245--167279	15	2.4	15	90	4	54	20	0	2	77	0.90
172546--172661	39	3.0	39	77	5	126	18	25	22	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176833--176952	39	3.1	39	81	2	143	19	25	21	33	1.97
177278--177352	38	2.0	38	86	0	105	20	6	18	54	1.65
178013--178045	17	1.9	17	93	0	57	33	6	15	45	1.70
178688--178734	25	1.9	24	83	12	60	31	10	27	29	1.90
182742--182774	17	1.9	17	100	0	66	60	24	3	12	1.46
183731--183776	21	2.1	22	84	4	58	36	8	21	32	1.84
184323--184372	17	2.9	17	87	0	73	42	8	12	38	1.71
186585--186609	13	1.9	13	100	0	50	40	12	24	24	1.88
187868--187895	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
192280--192323	20	2.2	20	84	11	56	18	4	2	75	1.09
195324--195438	51	2.3	51	89	0	176	35	5	10	48	1.60
196214--196238	7	3.6	7	100	0	50	76	12	12	0	1.04
201705--202083	193	2.0	191	97	2	715	40	8	9	40	1.69
202299--202346	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
202719--202772	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
202734--202796	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
202458--203326	431	2.0	427	99	0	1702	38	13	8	39	1.74
203150--203203	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
203165--203227	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
205775--206626	184	4.7	184	95	3	1528	34	15	15	35	1.89
207983--208033	3	17.0	3	83	0	66	25	33	3	37	1.74
207983--208045	12	5.2	12	90	0	81	23	33	6	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207987--208048	18	3.4	18	88	0	88	20	33	6	38	1.79
207987--208048	6	10.3	6	83	0	61	20	33	6	38	1.79
209508--210915	200	7.1	200	97	0	2580	32	15	14	37	1.88
209508--210915	399	3.5	398	97	0	2633	32	15	14	37	1.88
209508--210915	599	2.4	598	96	0	2653	32	15	14	37	1.88
211012--211069	19	3.1	19	97	0	107	53	10	3	32	1.52
212621--212674	18	3.2	17	70	21	51	3	42	0	53	1.18
212621--212671	15	3.3	15	75	17	50	3	43	0	52	1.19
212857--212922	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
215237--215283	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
215401--215450	20	2.5	20	81	12	75	22	16	10	52	1.73
215516--215964	229	2.0	227	93	1	774	39	7	8	45	1.61
217013--217040	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
219650--219727	30	2.6	30	79	0	84	41	2	12	43	1.56
221974--222058	39	2.2	39	84	0	107	45	12	27	14	1.81
228614--228663	23	2.2	23	85	0	64	32	22	24	22	1.98
242212--243327	261	4.3	261	81	5	1160	38	12	15	33	1.84
244724--244878	39	4.0	38	78	5	159	27	20	23	29	1.98
244731--244878	78	1.9	78	84	2	199	27	20	22	29	1.98
247395--247455	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
247995--248030	12	2.9	12	91	4	54	75	2	13	8	1.15
248844--248885	18	2.4	17	81	14	50	42	2	2	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249102--249163	2	32.5	2	81	15	78	50	1	0	48	1.10
253777--253996	47	4.8	46	85	6	268	34	22	6	35	1.81
254101--254258	40	4.0	40	95	0	289	33	27	15	22	1.95
256183--256250	34	2.0	34	100	0	136	41	11	8	38	1.73
260730--260770	16	2.8	15	82	13	50	80	0	19	0	0.71
260732--260775	22	2.0	23	90	4	72	79	0	18	2	0.83
262803--262854	7	7.4	7	85	8	61	84	0	9	5	0.77
262800--262868	9	8.1	8	80	16	52	82	0	10	7	0.84
262802--262859	14	4.2	13	78	12	62	84	0	8	6	0.78
262802--262873	22	3.1	23	76	13	67	81	0	8	9	0.86
262804--262868	32	2.1	32	83	13	84	83	0	9	7	0.82
264969--265001	16	2.0	17	88	5	50	48	3	9	39	1.50
266965--267292	4	82.0	4	98	0	638	49	24	0	25	1.53
267347--267371	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
282501--282542	21	2.0	22	90	4	68	21	33	28	16	1.95
292858--292959	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
296773--296841	20	3.2	20	80	10	66	79	5	11	2	1.01
297479--297527	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
297943--297978	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
298406--298739	36	9.5	35	74	11	200	26	19	14	40	1.89
298459--298739	72	4.0	71	75	10	290	26	19	13	40	1.89
298514--298702	102	1.9	102	87	2	281	26	18	13	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298478--298802	138	2.4	137	83	4	431	27	20	12	39	1.89
298688--298871	65	2.8	65	82	7	201	30	21	9	38	1.85
298688--298870	68	2.7	67	81	7	203	30	21	9	38	1.85
299395--300542	105	11.0	105	92	2	1797	33	26	17	22	1.96
299395--300542	313	3.7	315	93	2	1819	33	26	17	22	1.96
301090--301191	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
301634--301663	13	2.3	13	94	0	51	40	0	0	60	0.97
303687--303823	66	2.1	66	84	2	177	38	26	8	26	1.85
305441--305465	12	2.1	12	100	0	50	8	32	44	16	1.76
317559--317603	15	2.9	15	86	6	54	84	0	11	4	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12