genome.fa.s8025.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008025.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110500_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744542

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317817--2317878	26	2.4	26	94	0	106	35	32	16	16	1.91
2318067--2318105	17	2.3	17	95	0	69	48	0	7	43	1.31
2318075--2318171	51	1.9	51	93	0	167	43	4	4	48	1.41
2319022--2319057	18	2.0	18	94	0	63	52	5	8	33	1.55
2320241--2321085	205	4.2	197	88	6	1076	21	18	26	33	1.97
2320526--2321085	105	5.4	105	92	3	906	21	18	26	33	1.97
2321472--2321538	29	2.3	28	76	7	71	28	16	10	44	1.80
2321689--2322010	65	4.8	65	75	11	263	37	10	21	30	1.87
2321822--2322030	36	6.0	35	74	12	198	38	13	20	27	1.90
2321758--2322032	138	2.0	138	85	2	374	38	12	20	28	1.89
2321822--2322080	36	7.4	35	68	20	132	38	14	20	27	1.91
2322939--2322981	22	2.0	22	95	0	77	23	13	27	34	1.93
2323567--2323606	16	2.4	17	83	8	55	0	17	10	72	1.11
2323595--2323629	14	2.4	15	90	4	54	0	11	8	80	0.92
2326649--2326714	15	4.0	16	76	21	57	45	1	4	48	1.32
2326667--2326740	15	4.9	15	82	15	73	47	1	4	47	1.29
2326667--2326741	2	38.5	2	75	19	70	46	1	4	48	1.29
2326735--2326925	20	10.3	18	65	29	66	41	6	10	41	1.64
2326697--2326791	27	3.3	30	73	16	94	45	5	7	42	1.54
2326774--2326852	33	2.5	31	84	8	113	39	6	12	41	1.69
2326817--2326924	18	5.2	23	66	33	59	41	5	10	42	1.62
2326865--2326925	20	3.2	20	82	13	74	40	4	9	44	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326822--2326924	42	2.6	41	85	10	133	41	5	9	42	1.62
2326822--2326924	38	2.6	38	83	13	120	41	5	9	42	1.62
2326981--2327041	30	2.0	30	87	9	88	49	4	6	39	1.50
2327072--2329177	6	369.5	6	85	13	2881	66	0	0	33	0.96
2327072--2329177	11	190.8	11	84	13	2436	66	0	0	33	0.96
2329195--2329313	4	31.8	4	68	20	62	48	3	0	47	1.24
2329356--2329404	25	1.9	26	83	4	64	34	6	10	48	1.62
2329408--2329473	20	3.2	20	80	16	89	45	6	3	45	1.43
2329383--2329452	29	2.4	29	78	0	77	44	7	2	45	1.46
2329418--2329485	20	3.3	20	74	12	66	42	4	4	48	1.43
2329512--2330327	211	3.8	212	89	3	1171	31	11	7	50	1.65
2340004--2340071	19	3.6	19	77	0	73	25	13	14	47	1.80
2344850--2344895	18	2.6	18	96	0	83	41	15	15	28	1.87
2346825--2346849	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2347838--2347887	21	2.4	21	86	0	73	38	6	16	40	1.73
2347893--2347930	20	1.9	20	88	0	58	28	31	21	18	1.97
2348496--2348556	14	4.7	14	75	24	62	59	18	6	16	1.58
2354583--2354641	29	2.0	29	96	0	109	25	13	11	49	1.76
2359165--2359223	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2361284--2361358	38	2.0	38	94	0	132	36	17	12	34	1.87
2376273--2376419	73	2.0	72	94	1	258	22	21	25	31	1.98
2377314--2377353	12	3.2	12	82	6	53	40	5	7	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381385--2381421	14	2.6	15	87	12	60	21	5	0	72	1.04
2390793--2390855	30	2.0	32	85	11	87	41	6	0	52	1.27
2391960--2392057	23	4.3	23	79	5	92	30	24	17	27	1.97
2397045--2397078	13	2.5	14	95	4	61	32	17	17	32	1.94
2398866--2398939	23	3.2	24	92	3	116	31	22	18	27	1.98
2401538--2401638	51	2.0	51	92	0	166	34	7	13	43	1.74
2401644--2401718	30	2.6	29	79	10	82	37	6	8	48	1.59
2401780--2401903	31	4.2	29	74	13	94	39	9	10	40	1.72
2409707--2409766	30	2.0	30	100	0	120	40	13	10	36	1.78
2413513--2413558	24	2.0	23	91	4	74	15	28	26	30	1.96
2415799--2415906	48	2.2	48	79	9	121	21	10	15	52	1.72
2418040--2418073	17	2.0	17	94	0	59	11	32	23	32	1.91
2420280--2420391	48	2.3	48	82	0	143	20	15	15	49	1.80
2420282--2420391	24	4.6	24	77	8	116	20	15	15	49	1.80
2423115--2423285	85	2.0	85	87	2	245	21	21	25	31	1.98
2424707--2424813	41	2.7	41	87	5	150	69	1	8	20	1.24
2424855--2424897	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
2425472--2425523	24	2.2	24	100	0	104	48	15	0	36	1.45
2425616--2425664	21	2.3	21	89	0	71	48	4	2	44	1.33
2425622--2425759	19	7.2	19	66	16	79	48	5	4	41	1.47
2425657--2425759	19	5.2	19	73	10	89	48	6	4	39	1.51
2427353--2427491	75	1.9	75	80	8	167	41	11	5	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436653--2436807	74	2.1	74	90	0	238	29	16	14	40	1.88
2437323--2437360	6	6.3	6	93	0	58	47	0	15	36	1.46
2438387--2438439	23	2.4	22	72	22	56	33	0	15	50	1.44
2442278--2442313	18	2.0	18	100	0	72	38	16	16	27	1.90
2444151--2444268	21	5.7	21	75	4	114	22	15	24	37	1.93
2444172--2444268	41	2.4	41	91	0	158	20	15	24	39	1.91
2444257--2444347	41	2.2	41	92	0	146	20	17	20	40	1.91
2444278--2444350	19	3.7	19	75	10	74	20	16	17	45	1.86
2445567--2445838	45	6.1	45	89	0	393	24	20	13	41	1.89
2446568--2446645	31	2.5	31	77	10	86	29	30	25	14	1.94
2447522--2447596	30	2.6	29	89	4	114	37	25	6	30	1.82
2447624--2447664	10	4.1	10	90	0	64	19	24	31	24	1.98
2450757--2450800	21	2.1	21	83	8	54	34	15	0	50	1.45
2451012--2451457	147	3.0	147	94	1	745	36	21	15	26	1.94
2452793--2452949	64	2.5	62	81	10	165	28	17	20	33	1.96
2455962--2456000	18	2.2	18	86	9	53	33	17	0	48	1.48
2456212--2456661	149	3.0	149	94	0	758	36	21	15	26	1.93
2458010--2458151	64	2.2	63	81	9	155	28	16	20	33	1.95
2463489--2463520	11	2.9	11	95	0	55	18	12	28	40	1.87
2463568--2463643	30	2.6	29	83	6	100	39	23	5	31	1.77
2464445--2464569	54	2.3	54	81	2	144	36	19	12	31	1.89
2465254--2465300	20	2.3	20	96	0	85	46	23	4	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467736--2467762	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2478252--2478294	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2478952--2478995	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2479641--2479926	145	2.0	145	92	6	481	26	16	22	33	1.95
2480337--2480741	199	2.0	198	95	4	731	35	11	20	32	1.89
2483366--2483410	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2483986--2484020	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2484077--2484120	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2484768--2485069	147	2.0	149	98	1	590	27	17	20	34	1.95
2485048--2485092	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2489613--2489821	89	2.3	89	92	0	328	24	20	15	39	1.91
2489596--2489821	45	5.1	45	88	3	314	24	20	15	40	1.90
2489998--2490101	54	1.9	54	80	3	120	36	18	13	31	1.89
2490442--2490503	22	2.8	22	95	0	106	29	19	14	37	1.91
2495172--2495354	45	4.1	45	88	0	267	24	21	13	40	1.89
2500617--2500666	27	2.0	25	85	14	68	58	18	8	16	1.62
2501507--2501577	26	2.7	26	88	0	106	43	19	15	21	1.87
2501651--2501725	26	2.9	26	89	0	114	48	18	13	20	1.81
2501477--2501764	144	2.0	144	97	0	549	39	16	15	28	1.89
2503791--2504184	197	2.0	197	98	1	763	44	15	15	25	1.85
2508640--2508717	39	2.0	39	97	0	147	24	17	21	35	1.95
2512475--2512517	19	2.3	19	95	0	77	25	9	13	51	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513636--2513851	111	2.0	111	85	2	247	36	15	10	37	1.82
2516948--2516978	16	1.9	16	100	0	62	22	6	6	64	1.40
2518899--2518936	14	2.5	15	83	12	51	39	0	0	60	0.97
2518888--2518974	35	2.5	35	81	14	99	39	0	2	58	1.11
2519115--2519168	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
2520701--2520748	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2520752--2520845	21	4.5	21	89	5	136	18	32	27	21	1.96
2521365--2521471	34	3.1	34	89	0	160	55	4	3	36	1.39
2522887--2523387	128	3.9	128	95	0	903	33	19	23	23	1.97
2523458--2523498	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12