genome.fa.s8025.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008025.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110500_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744542

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2058684--2058737	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2058684--2058751	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2059558--2059726	20	8.3	20	83	6	110	28	19	21	29	1.98
2059558--2059688	40	3.3	40	82	6	149	26	20	19	32	1.97
2060798--2060853	30	2.0	27	86	10	76	35	5	0	58	1.21
2060798--2060855	28	2.1	27	87	6	82	34	5	0	60	1.19
2073114--2074034	124	7.5	124	94	0	1512	41	15	18	24	1.89
2074264--2074303	3	13.7	3	85	15	57	32	0	0	67	0.91
2075693--2075726	4	8.8	4	93	6	61	23	0	0	76	0.79
2076516--2076675	77	2.1	78	80	1	187	36	10	16	36	1.83
2078631--2078659	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2080834--2080905	17	4.2	17	83	5	83	37	13	8	40	1.75
2086153--2086281	43	3.0	44	84	8	183	28	12	25	33	1.92
2086154--2086317	43	3.8	43	80	7	170	27	13	25	33	1.93
2086153--2086313	87	1.9	87	84	2	216	28	12	24	34	1.92
2086837--2086886	21	2.4	21	82	0	64	2	40	20	38	1.64
2086805--2086888	21	4.1	20	73	4	60	2	38	17	41	1.63
2094735--2094787	18	3.0	18	77	2	63	20	15	41	22	1.89
2095827--2096020	41	4.8	41	82	4	225	29	19	14	36	1.92
2096049--2096270	83	2.7	83	86	0	309	23	20	17	38	1.93
2096063--2096270	41	5.0	43	67	13	155	24	21	17	37	1.94
2103105--2103168	3	21.3	3	100	0	128	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116306--2116388	6	14.7	6	70	16	52	80	0	7	12	0.89
2116307--2116364	11	5.2	12	84	12	63	79	0	6	13	0.93
2116316--2116391	17	4.1	18	75	18	66	78	0	7	13	0.94
2116323--2116388	11	5.9	11	82	12	66	81	0	7	10	0.86
2116306--2116388	22	4.0	21	75	21	70	80	0	7	12	0.89
2116348--2116381	9	3.9	9	92	7	61	82	0	8	8	0.85
2117548--2118000	110	4.1	110	91	1	710	31	24	16	28	1.96
2117548--2118000	221	2.0	221	91	1	739	31	24	16	28	1.96
2118211--2118238	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2119312--2119390	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
2119882--2119956	2	39.5	2	74	15	70	45	2	2	49	1.30
2120265--2120314	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2122132--2122170	16	2.4	16	95	0	69	10	7	30	51	1.64
2124362--2124506	62	2.4	63	85	6	183	35	14	16	33	1.89
2126712--2126740	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2127270--2127298	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2127657--2127686	13	2.3	13	94	0	51	70	0	10	20	1.16
2128141--2128184	22	2.0	22	100	0	88	18	18	18	45	1.86
2129828--2129882	27	2.0	27	82	10	67	54	5	1	38	1.34
2129891--2129950	25	2.6	21	76	19	57	51	1	3	43	1.28
2129892--2129956	22	2.7	23	86	9	78	53	1	3	41	1.25
2130306--2130367	29	2.1	29	85	8	81	30	27	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130395--2130504	49	2.2	50	84	9	136	17	30	27	24	1.97
2130621--2130645	10	2.5	10	100	0	50	32	36	0	32	1.58
2130687--2130727	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
2137718--2138361	322	2.0	322	97	0	1216	33	17	18	30	1.94
2139498--2139548	20	2.6	20	90	3	77	33	13	7	45	1.73
2143448--2143498	20	2.6	20	87	3	77	33	13	7	45	1.73
2164918--2165010	45	2.0	46	95	4	170	37	8	8	45	1.66
2171228--2171262	13	2.7	13	83	16	54	85	2	0	11	0.69
2179392--2179421	15	2.1	14	93	6	51	90	3	0	6	0.56
2203559--2203590	15	2.1	15	94	0	55	21	6	0	71	1.07
2205881--2205988	4	28.8	4	72	22	51	22	2	1	73	1.06
2205896--2205992	14	7.2	13	72	14	72	20	3	2	74	1.06
2205918--2205988	18	3.9	17	74	18	56	19	1	2	76	0.99
2206711--2206758	21	2.3	21	78	7	53	60	6	25	8	1.49
2209721--2210469	85	8.8	85	84	2	851	34	20	18	25	1.96
2209729--2210400	171	3.9	169	85	2	842	34	20	18	25	1.96
2209729--2210412	256	2.7	255	85	2	897	34	21	18	25	1.96
2210816--2210892	3	26.3	3	75	10	70	40	3	0	55	1.18
2210816--2210890	36	2.1	34	87	4	105	40	4	0	56	1.18
2214547--2214910	178	2.0	178	88	2	552	39	15	22	21	1.91
2219394--2219444	9	5.5	10	80	19	58	74	0	15	9	1.06
2219407--2219453	16	2.9	16	96	3	85	76	0	12	10	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219407--2219459	16	3.1	17	89	8	81	75	0	13	11	1.05
2219395--2219464	11	6.3	11	72	20	56	75	0	12	11	1.04
2219404--2219453	7	5.9	9	78	21	63	76	0	14	10	1.03
2220505--2221082	55	10.7	55	81	4	642	29	14	25	31	1.94
2220515--2221082	161	3.5	158	82	4	638	29	14	25	30	1.95
2220505--2221082	106	5.4	106	82	5	608	29	14	25	31	1.94
2225479--2225522	19	2.4	18	92	7	72	6	9	4	79	1.04
2225479--2225523	18	2.5	17	86	10	63	6	11	4	77	1.09
2225759--2225825	28	2.4	29	80	12	77	20	7	0	71	1.10
2226067--2226136	13	5.4	12	75	16	61	18	1	1	78	0.90
2226096--2226136	6	6.5	6	83	10	55	17	0	0	82	0.66
2226073--2226136	25	2.5	25	82	12	69	18	1	1	78	0.92
2226066--2226139	17	4.4	18	76	21	65	20	1	1	77	0.92
2227425--2227473	19	2.7	17	84	12	62	26	8	2	63	1.34
2227611--2227644	16	2.0	18	88	11	54	58	0	2	38	1.13
2228747--2229399	137	4.8	137	86	3	881	26	15	24	33	1.95
2228747--2229399	268	2.4	269	86	2	898	26	15	24	33	1.95
2229445--2229681	124	1.9	124	91	0	384	25	18	24	31	1.97
2229583--2230050	108	4.3	108	92	2	780	23	17	24	33	1.96
2230172--2230322	55	3.0	48	71	12	149	24	13	21	40	1.89
2230117--2230322	103	2.0	103	91	0	331	24	12	21	41	1.88
2230276--2230435	58	2.7	57	81	10	162	29	13	20	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230304--2230426	58	2.1	58	93	0	210	30	13	20	35	1.91
2230838--2230876	17	2.3	17	95	0	69	30	12	12	43	1.81
2231830--2231977	52	2.9	50	85	8	181	21	18	20	38	1.93
2233367--2233468	10	10.6	10	76	18	56	5	9	0	84	0.78
2233359--2233456	30	3.2	30	87	7	110	5	9	0	85	0.73
2233357--2233466	16	7.5	14	80	11	98	5	9	0	85	0.74
2233357--2233457	1	101.0	1	72	0	76	4	8	0	86	0.71
2235884--2235971	20	4.5	20	75	11	76	53	6	18	21	1.67
2237792--2237838	22	2.2	21	88	11	69	27	6	2	63	1.30
2239400--2239435	18	2.0	18	94	0	63	33	13	16	36	1.89
2241493--2241898	203	2.0	203	99	0	794	23	19	22	34	1.97
2244668--2244702	16	2.2	16	94	0	61	17	25	17	40	1.90
2246280--2246332	26	2.0	25	85	7	70	56	5	0	37	1.23
2256623--2256677	24	2.3	24	81	6	67	52	0	1	45	1.11
2260588--2260821	125	1.8	126	83	2	308	39	14	19	26	1.90
2262723--2262774	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
2262955--2263043	31	2.9	31	84	0	115	51	10	19	19	1.74
2263148--2263208	27	2.2	29	88	11	92	49	21	9	19	1.77
2264012--2264158	52	2.8	52	82	0	177	39	12	12	36	1.80
2264490--2264591	39	2.5	43	82	12	158	41	22	7	28	1.82
2264520--2264604	22	4.1	21	66	15	52	40	23	9	27	1.85
2271263--2271473	60	3.5	60	77	10	189	17	19	27	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271976--2272015	16	2.5	16	100	0	80	37	27	17	17	1.92
2272564--2272647	43	1.9	44	90	2	134	44	3	0	52	1.18
2303236--2303468	77	3.0	77	92	2	378	32	8	23	35	1.85
2303236--2303467	78	3.0	78	93	1	378	32	8	23	35	1.85
2303735--2303805	35	2.0	35	97	0	133	23	4	36	35	1.75
2305390--2305516	3	43.0	3	90	6	206	65	0	0	33	0.99
2309100--2309134	17	2.1	17	88	0	52	40	5	5	48	1.51
2309275--2309326	22	2.4	22	96	0	95	28	32	25	13	1.93
2309284--2309325	12	3.7	12	75	12	52	30	30	23	14	1.94
2317806--2317880	26	2.5	31	73	24	88	34	33	14	17	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12