genome.fa.s8025.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008025.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110500_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744542

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  4  of  12  ( 1393 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708826--709045	90	2.4	90	87	1	298	39	13	19	27	1.89
715023--715341	176	1.8	178	81	9	411	41	10	10	36	1.75
721052--721184	23	5.4	23	73	17	83	36	0	8	54	1.30
721068--721133	29	2.3	30	80	15	77	39	0	4	56	1.20
721115--721154	21	1.9	21	85	10	55	35	0	5	60	1.19
721039--721183	25	5.7	25	72	17	72	36	0	8	54	1.36
722216--722689	262	1.8	262	93	1	835	36	13	18	30	1.91
723363--723395	14	2.4	14	94	0	57	48	6	0	45	1.27
723902--724332	195	2.2	195	86	3	582	31	22	14	30	1.94
723904--724332	65	6.6	65	84	3	486	31	22	14	31	1.94
724228--724608	189	2.0	189	96	0	708	33	18	9	38	1.84
724649--724683	17	2.1	17	94	0	61	37	17	5	40	1.73
724874--725330	228	2.0	228	100	0	914	35	20	4	40	1.74
728010--728058	21	2.2	24	85	10	68	18	8	8	65	1.44
730508--730770	131	2.0	131	100	0	526	40	9	24	25	1.86
732062--732112	23	2.2	23	89	0	75	21	29	25	23	1.99
732071--732121	23	2.2	23	92	0	84	17	29	27	25	1.98
733212--733291	34	2.3	34	82	4	97	21	21	18	38	1.93
733449--733490	21	2.0	22	95	4	77	40	11	9	38	1.75
735322--735374	13	4.1	13	80	0	61	24	16	22	35	1.95
735322--735374	26	2.0	26	88	0	79	24	16	22	35	1.95
743689--743741	22	2.4	22	100	0	106	30	15	20	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752053--752093	17	2.4	17	88	8	57	43	0	0	56	0.99
754174--754251	36	2.4	33	82	16	99	39	15	29	15	1.88
754331--754415	35	2.4	36	88	4	127	50	0	0	49	1.00
754415--754445	12	2.6	12	94	0	53	19	45	22	12	1.84
756234--756321	24	3.7	24	87	6	124	37	21	18	22	1.94
758801--758830	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
758807--758865	18	3.3	18	90	0	91	13	20	47	18	1.82
760050--760359	159	1.9	159	99	0	611	25	20	17	36	1.94
760997--761032	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
761858--761933	40	1.9	39	83	2	98	0	25	9	65	1.21
762435--762499	3	21.7	3	93	0	112	63	0	3	33	1.10
762819--763361	113	4.8	113	95	1	939	30	19	15	35	1.92
762825--763361	225	2.4	226	94	1	943	29	19	15	35	1.92
764097--764893	84	9.5	84	92	1	1253	36	21	13	28	1.92
764097--764893	167	4.8	167	92	0	1292	36	21	13	28	1.92
764097--764893	251	3.2	250	92	0	1326	36	21	13	28	1.92
765826--765899	19	4.0	19	81	13	91	0	17	0	82	0.67
765834--765898	11	5.7	11	78	18	71	0	16	0	83	0.66
765836--765891	16	3.2	16	82	12	67	0	17	0	82	0.68
765825--765894	8	8.0	8	75	17	59	0	18	0	81	0.69
777075--777124	26	1.9	26	83	0	64	42	2	4	52	1.31
777230--777327	41	2.4	42	79	16	100	68	7	1	23	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777262--777327	19	3.3	20	76	19	66	68	6	1	24	1.21
778693--778805	3	37.7	3	92	0	190	62	0	1	35	1.05
781623--781651	4	7.2	4	100	0	58	72	0	27	0	0.85
789465--789500	18	2.0	18	100	0	72	44	11	5	38	1.63
804480--804660	95	1.9	95	86	0	254	38	16	17	28	1.91
804579--804719	76	1.9	75	89	1	219	43	14	16	25	1.86
804579--804738	76	2.1	75	85	1	212	41	14	16	28	1.87
804703--804760	21	2.6	23	75	13	66	31	13	17	37	1.89
805017--805047	16	1.9	16	93	0	53	22	29	25	22	1.99
820930--820969	21	2.0	20	85	5	53	17	20	15	47	1.83
822222--822290	26	2.7	26	73	13	70	73	4	20	1	1.07
822236--822290	16	3.5	15	87	5	74	76	3	18	1	1.02
822228--822321	36	2.6	34	75	15	91	75	4	18	2	1.06
824011--824109	40	2.5	40	86	4	139	21	35	17	26	1.95
828937--829016	3	26.7	3	78	14	60	71	1	3	23	1.10
829040--829132	46	2.0	47	83	10	120	70	1	13	13	1.22
829142--829180	3	13.0	3	88	0	60	61	2	2	33	1.23
831955--832001	23	2.0	23	83	8	58	55	0	4	40	1.19
841697--841797	40	2.5	40	88	0	148	33	14	25	25	1.95
841302--841757	124	3.7	124	78	5	460	35	21	17	25	1.95
843624--843668	2	24.0	2	86	13	69	48	0	0	51	1.00
844663--844720	23	2.6	23	83	2	73	43	36	12	8	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846233--846335	44	2.3	45	93	6	174	25	10	15	48	1.77
852295--852345	19	2.7	19	85	14	70	23	15	0	60	1.35
852615--852671	19	2.9	19	76	23	64	77	3	17	1	1.00
852610--852673	16	4.2	16	66	26	50	78	3	17	1	0.96
860123--860183	21	2.9	21	90	0	95	26	21	24	27	1.99
863651--863699	20	2.5	20	100	0	98	26	0	14	59	1.36
879058--879766	133	5.3	134	83	2	890	32	22	14	30	1.94
879943--879989	15	3.1	15	82	14	53	29	2	0	68	1.02
880352--880384	17	1.9	17	93	0	57	45	39	0	15	1.46
882809--882857	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
884436--884507	23	3.3	23	84	5	96	25	20	22	31	1.98
889424--889484	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
896164--896537	55	6.9	55	90	4	589	36	18	9	35	1.84
896164--896537	109	3.4	110	91	4	607	36	18	9	35	1.84
896164--896536	164	2.3	164	91	1	606	36	17	9	35	1.84
898921--899608	134	5.1	134	87	0	953	31	22	15	30	1.95
902526--902596	34	2.1	34	97	0	133	42	8	11	38	1.71
903118--903264	60	2.5	60	83	5	165	43	5	17	34	1.71
903492--903640	79	1.9	79	98	0	289	33	14	14	38	1.86
918834--918881	25	2.0	24	84	12	62	77	0	8	14	0.99
918913--918954	22	2.0	22	90	4	68	45	4	4	45	1.45
918924--919087	37	4.4	38	78	15	159	43	7	5	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918921--919087	38	4.5	38	78	14	161	43	7	5	43	1.58
919805--919925	64	1.9	63	85	5	165	14	20	9	54	1.69
924149--924189	21	2.0	21	95	0	73	19	19	14	46	1.84
928178--928211	14	2.4	14	90	0	50	35	2	8	52	1.47
929548--929577	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
930797--930930	37	3.6	38	88	7	172	41	8	5	44	1.60
930864--930947	37	2.3	37	91	0	132	47	10	3	38	1.56
931708--931746	14	2.8	14	88	0	51	35	28	12	23	1.91
936537--936624	24	3.7	24	89	0	122	46	14	17	21	1.83
936728--936799	20	3.6	20	74	7	65	31	19	16	31	1.94
941404--941443	20	2.0	21	85	5	55	30	22	17	30	1.97
941789--941950	60	2.7	62	79	7	154	46	12	7	33	1.70
956190--956238	21	2.2	23	82	13	59	36	2	6	55	1.37
958520--958641	21	5.6	21	80	14	140	40	25	9	24	1.84
958514--958646	44	3.0	44	93	0	212	39	26	8	25	1.84
960293--960363	21	3.4	21	94	0	124	35	5	18	40	1.74
962409--962441	17	1.9	17	93	0	57	75	0	15	9	1.03
962407--962465	20	3.0	19	82	5	73	76	0	15	8	1.01
963725--963976	131	1.9	131	80	3	292	34	21	16	28	1.94
964650--964683	9	3.7	9	88	4	50	76	0	20	2	0.92
964627--964682	18	3.1	19	82	7	62	71	0	25	3	1.02
965384--965427	18	2.5	17	79	13	54	22	4	11	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
967218--967270	20	2.7	20	93	0	97	41	16	18	22	1.90
967280--967344	20	3.2	20	84	4	87	27	27	20	24	1.99
967516--967586	22	3.2	22	85	0	97	23	43	11	21	1.84
967924--968006	33	2.5	34	84	2	114	20	20	21	37	1.95
967978--968026	20	2.5	20	86	0	62	20	18	24	36	1.94
967994--968049	20	2.8	20	86	0	67	12	14	19	53	1.72
968013--968056	20	2.2	20	83	0	52	11	11	18	59	1.61
968193--968247	25	2.2	26	81	15	71	18	9	18	54	1.69
970090--970211	34	3.4	34	68	16	102	36	22	21	19	1.95
970056--970215	20	8.6	19	66	19	79	37	21	20	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12