genome.fa.s8041.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008041.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110528_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4970990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173889--2173927	14	2.8	14	84	0	51	41	23	12	23	1.88
2174799--2174832	17	1.9	17	94	5	59	55	8	23	11	1.63
2180137--2180187	24	2.0	25	88	11	77	54	25	9	9	1.63
2180168--2180200	17	2.0	17	88	5	50	60	21	12	6	1.53
2185303--2185374	24	3.0	24	74	8	74	22	16	16	44	1.86
2198739--2198772	17	1.9	17	88	5	50	67	2	2	26	1.19
2201390--2201504	61	1.9	61	81	3	142	26	18	24	31	1.97
2201556--2201604	20	2.4	20	75	3	53	20	6	24	48	1.72
2201605--2201707	45	2.3	44	86	6	145	37	4	23	33	1.76
2212460--2212490	16	1.9	16	93	0	53	54	19	12	12	1.70
2212474--2214383	949	2.0	950	93	3	3274	34	17	14	32	1.90
2217329--2217788	234	2.0	226	95	4	832	35	13	19	30	1.91
2218156--2218228	24	3.0	24	71	0	65	26	9	13	50	1.72
2218272--2218641	139	2.6	140	85	5	465	19	13	31	35	1.91
2225696--2225764	23	3.2	21	84	9	79	21	37	21	18	1.94
2225696--2225746	23	2.3	23	93	3	86	21	39	19	19	1.93
2232253--2232290	12	2.9	14	76	15	53	21	7	2	68	1.28
2235558--2235676	35	3.4	35	78	6	141	28	15	20	35	1.94
2235537--2235641	35	3.0	35	77	6	113	31	18	18	32	1.94
2235537--2235677	71	2.0	71	90	0	219	29	17	19	32	1.95
2242977--2243114	35	3.9	35	72	9	109	31	20	16	31	1.95
2242979--2243117	71	2.0	71	82	2	172	30	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244306--2244358	19	2.7	19	79	2	61	33	9	28	28	1.88
2244791--2244948	54	2.9	55	83	5	212	34	15	19	29	1.93
2244908--2244988	40	2.0	40	95	0	144	32	12	22	33	1.91
2244854--2245029	94	1.9	94	90	2	282	34	13	18	34	1.90
2245246--2245563	68	4.7	68	92	1	505	30	14	25	29	1.95
2245246--2245563	135	2.4	136	91	1	505	30	14	25	29	1.95
2245522--2246088	81	7.1	81	83	6	714	34	10	24	29	1.89
2245514--2246088	160	3.6	161	84	5	767	34	10	24	29	1.90
2250493--2250522	14	2.2	14	94	5	53	70	0	3	26	1.03
2250980--2251004	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
2262139--2262253	45	2.6	45	82	0	158	43	5	8	42	1.58
2262860--2262901	20	2.1	20	86	0	57	38	28	14	19	1.90
2262843--2262913	23	3.2	22	74	11	65	36	26	16	19	1.94
2265330--2265358	15	1.9	15	100	0	58	55	6	13	24	1.63
2266329--2266397	30	2.3	30	87	0	93	18	26	18	36	1.94
2268085--2268171	17	5.1	17	94	0	138	39	5	18	36	1.75
2268181--2268222	18	2.4	17	77	18	50	42	14	14	28	1.84
2271149--2271201	11	4.7	11	79	4	61	13	0	13	73	1.10
2271149--2271196	23	2.1	23	92	0	78	12	0	12	75	1.06
2272720--2272796	35	2.2	35	88	0	118	36	1	20	41	1.61
2275383--2275426	22	2.0	23	86	4	63	45	0	4	50	1.22
2276776--2276864	27	3.2	28	74	13	71	15	7	2	74	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280753--2281015	95	2.7	95	86	4	332	33	18	17	30	1.94
2281864--2282004	55	2.5	55	83	4	165	34	24	14	26	1.94
2281974--2282190	119	1.8	120	87	1	328	31	26	17	23	1.97
2282155--2282274	43	2.9	41	80	4	141	31	30	14	24	1.94
2283153--2283209	22	2.5	22	70	16	53	45	0	1	52	1.11
2284254--2284342	4	21.2	4	73	15	65	21	3	2	73	1.09
2284488--2284539	18	2.9	18	86	8	54	17	1	1	78	0.93
2284485--2284549	12	5.3	12	78	12	62	16	3	1	78	0.96
2284496--2284549	18	3.0	18	82	15	67	16	1	0	81	0.78
2284485--2284549	23	2.7	24	86	9	89	16	3	1	78	0.96
2284512--2284632	27	4.7	26	73	18	76	12	10	1	75	1.13
2284587--2284650	28	2.3	27	79	12	67	18	7	1	71	1.18
2288441--2288525	35	2.4	35	78	3	91	41	15	9	34	1.79
2292606--2292657	23	2.3	23	96	0	95	44	23	19	13	1.86
2294008--2294047	21	1.9	21	94	0	71	27	5	37	30	1.78
2299210--2299252	7	6.3	7	94	2	70	46	0	0	53	1.00
2299213--2299252	2	22.0	2	80	19	52	47	0	0	52	1.00
2302455--2302604	78	1.9	78	91	2	248	31	16	13	39	1.86
2303372--2303674	48	6.3	48	75	7	204	29	23	13	34	1.92
2303371--2303674	96	3.2	95	83	3	367	29	23	13	34	1.93
2307239--2307277	21	1.9	20	89	5	60	35	23	10	30	1.88
2314560--2314594	10	3.5	10	96	0	61	22	8	17	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322662--2322730	20	3.5	20	75	15	81	23	24	11	40	1.88
2322681--2322747	18	3.6	18	75	15	73	26	25	11	35	1.91
2322662--2322747	38	2.3	38	100	0	172	24	25	11	38	1.89
2325081--2325165	35	2.4	35	80	7	102	36	15	22	25	1.93
2330635--2330681	24	2.0	24	82	0	58	23	10	14	51	1.74
2340564--2340611	22	2.1	23	85	11	64	47	0	4	47	1.21
2341883--2341965	30	2.7	29	76	9	85	56	3	1	38	1.24
2343103--2343212	56	2.0	55	85	5	152	53	4	9	32	1.53
2345614--2345672	29	2.0	29	100	0	118	27	13	23	35	1.92
2346864--2346939	24	3.2	24	88	0	107	57	14	14	13	1.65
2347696--2347730	16	2.1	17	94	5	63	28	25	11	34	1.91
2353629--2353841	117	1.8	116	81	7	261	46	7	8	37	1.65
2353857--2353924	22	3.1	22	81	10	61	52	0	2	44	1.16
2353931--2353960	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
2355435--2355500	22	2.9	24	75	20	61	57	0	0	42	0.98
2355433--2355509	21	3.8	22	79	20	96	55	0	0	44	0.99
2355444--2355500	3	19.3	3	79	16	66	59	0	0	40	0.97
2355689--2356131	75	5.9	76	95	1	793	34	22	20	22	1.96
2355689--2356131	151	2.9	151	96	1	798	34	22	20	22	1.96
2355689--2356131	226	2.0	226	95	0	798	34	22	20	22	1.96
2356973--2357071	22	4.5	23	90	7	152	39	14	12	34	1.83
2359419--2359641	113	2.0	114	95	0	403	29	21	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2366192--2366245	23	2.3	23	78	6	65	62	1	5	29	1.28
2367012--2367056	23	1.9	24	81	4	56	53	0	2	44	1.13
2367076--2367108	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
2368587--2368652	11	5.4	12	76	18	57	56	0	0	43	0.99
2368598--2368666	3	23.3	3	73	14	54	55	0	1	43	1.08
2368598--2368652	22	2.5	23	80	17	71	58	0	0	41	0.98
2368589--2368666	19	4.0	18	80	15	77	53	0	1	44	1.08
2374024--2374064	20	2.0	21	86	13	59	31	19	14	34	1.92
2379761--2379820	20	2.9	20	82	5	75	26	23	15	35	1.94
2379886--2379912	14	1.9	14	100	0	54	29	18	22	29	1.97
2383207--2383562	174	2.1	174	96	3	657	24	22	11	41	1.86
2384386--2384471	41	2.1	41	91	2	138	31	19	15	33	1.93
2385526--2385585	6	10.3	6	84	8	72	1	43	0	55	1.10
2398681--2398727	18	2.7	17	84	15	69	19	34	17	29	1.94
2400359--2400411	21	2.4	23	93	6	92	41	9	3	45	1.54
2403522--2403566	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2404438--2404500	33	1.9	33	86	0	90	39	12	14	33	1.84
2409666--2409718	17	3.1	17	77	0	61	35	11	7	45	1.69
2410027--2410072	17	2.7	17	96	0	83	26	26	2	45	1.65
2417135--2417180	17	2.7	17	86	0	74	43	4	13	39	1.63
2417492--2417549	17	3.4	17	85	0	80	37	12	5	44	1.64
2418806--2418832	13	2.1	13	100	0	54	29	48	7	14	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427707--2427753	2	23.5	2	95	0	85	48	2	0	48	1.13
2429868--2429944	20	3.8	20	88	6	102	23	31	16	28	1.96
2429868--2429984	40	3.1	40	74	20	135	22	31	17	28	1.97
2429905--2429971	32	2.1	32	86	5	91	23	26	19	29	1.98
2429885--2429983	52	1.9	52	91	4	164	22	30	19	28	1.98
2429937--2429984	20	2.4	20	96	0	87	20	33	18	27	1.96
2431283--2431330	25	1.9	25	95	0	87	20	27	20	31	1.98
2433233--2433291	30	2.0	30	90	3	93	38	6	10	44	1.65
2433449--2433494	20	2.3	20	88	0	65	23	28	19	28	1.98
2433456--2433493	12	3.2	12	92	0	58	26	28	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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