genome.fa.s8041.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008041.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110528_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4970990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2440317--2440342	11	2.4	11	100	0	52	42	38	11	7	1.70
2441472--2441496	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
2457167--2457213	19	2.6	18	93	6	85	78	4	6	10	1.06
2464076--2464188	45	2.5	45	84	2	129	33	17	10	38	1.84
2464120--2464257	45	3.1	46	83	4	174	30	19	10	39	1.86
2470937--2471133	45	4.4	45	78	5	132	31	19	10	38	1.85
2477055--2477243	45	4.2	45	81	4	211	30	20	10	39	1.86
2477055--2477221	90	1.9	90	87	2	246	30	20	10	38	1.86
2477056--2477246	90	2.1	90	81	7	237	30	20	10	38	1.87
2478724--2478787	24	2.7	24	80	0	65	26	14	14	45	1.82
2479962--2479987	10	2.6	10	100	0	52	53	7	0	38	1.30
2495114--2495170	29	2.0	29	86	6	80	52	3	17	26	1.60
2495278--2495314	19	1.9	19	88	0	56	45	16	0	37	1.47
2496321--2496367	24	2.0	24	91	0	76	17	12	40	29	1.86
2496685--2497355	89	7.5	89	89	0	959	29	18	18	34	1.94
2496688--2497355	267	2.5	267	93	1	1108	29	18	18	34	1.95
2497394--2497507	20	5.7	20	82	8	133	37	23	16	21	1.93
2497378--2497504	40	3.2	40	80	8	143	37	24	15	22	1.93
2504950--2505028	26	3.0	26	86	0	104	22	30	34	12	1.92
2507562--2507600	18	2.2	18	90	0	60	38	33	0	28	1.57
2509451--2509499	21	2.3	21	82	0	62	24	18	24	32	1.97
2511289--2511401	46	2.5	46	89	0	163	22	19	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511281--2511437	46	3.4	46	84	2	145	26	19	13	40	1.89
2511421--2511544	51	2.5	51	80	7	146	32	22	12	32	1.92
2512006--2512089	34	2.5	34	92	1	134	27	25	11	35	1.91
2515886--2515989	46	2.3	46	83	5	129	25	17	12	44	1.84
2515957--2516159	49	4.1	49	77	4	194	27	24	13	34	1.93
2515984--2516195	98	2.2	98	84	1	264	28	23	14	33	1.93
2516549--2516582	18	2.0	17	88	11	52	29	26	5	38	1.80
2525557--2525586	15	2.0	15	93	0	51	6	30	0	63	1.20
2533784--2533842	27	2.2	27	100	0	118	25	13	10	50	1.72
2540523--2540562	18	2.2	18	90	0	62	62	10	10	17	1.53
2548485--2548517	17	1.9	17	100	0	66	24	9	18	48	1.76
2548486--2548524	17	2.3	17	90	0	60	25	5	17	51	1.66
2548878--2548913	15	2.4	15	100	0	72	19	13	0	66	1.24
2552176--2552246	24	3.0	24	75	8	81	54	16	7	21	1.65
2552174--2552267	48	2.0	48	85	4	127	52	15	9	22	1.72
2552228--2552284	24	2.4	25	79	8	73	49	14	17	19	1.80
2556686--2556736	18	2.8	18	85	8	68	64	1	0	33	1.05
2557108--2557146	17	2.2	18	90	4	62	20	2	25	51	1.60
2557342--2557402	31	2.0	31	83	6	79	31	1	11	55	1.45
2560089--2560242	29	5.4	29	85	1	150	40	24	4	30	1.75
2560109--2560241	28	4.7	28	85	6	169	40	24	4	30	1.75
2560106--2560241	57	2.4	56	87	3	184	41	23	4	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560243--2560277	18	2.0	18	94	5	63	17	22	42	17	1.88
2561550--2561600	4	12.8	4	95	0	93	23	1	0	74	0.92
2561763--2561871	57	1.9	57	88	0	164	27	14	10	47	1.76
2562582--2562632	25	2.0	25	85	7	68	31	19	23	25	1.98
2562737--2562813	15	5.1	15	70	6	66	38	24	11	24	1.89
2564499--2564607	24	4.5	24	73	11	89	48	14	13	22	1.79
2569369--2569407	17	2.2	18	90	4	62	20	2	25	51	1.60
2569604--2569664	31	2.0	31	83	6	79	29	1	13	55	1.47
2572361--2572514	29	5.3	29	84	3	177	40	23	5	30	1.78
2573783--2573820	4	9.8	4	88	5	60	23	2	0	73	0.95
2573983--2574091	57	1.9	57	96	0	200	25	15	10	48	1.76
2574801--2574851	25	2.0	25	85	7	68	31	19	23	25	1.98
2574956--2575032	15	5.1	15	70	6	66	38	24	11	24	1.89
2576719--2576788	24	2.9	25	76	6	72	48	15	10	25	1.76
2576768--2576827	24	2.5	24	77	0	75	45	16	11	26	1.82
2576719--2576827	48	2.3	48	79	6	114	46	15	11	25	1.80
2581218--2581268	18	2.8	18	85	8	68	64	1	0	33	1.05
2581639--2581677	17	2.2	18	90	4	62	20	2	25	51	1.60
2581869--2581929	31	2.0	31	83	6	79	29	1	11	57	1.44
2584613--2584767	29	5.4	29	88	1	186	39	25	5	29	1.79
2584613--2584766	57	2.7	58	86	1	211	39	24	5	29	1.79
2586262--2586370	57	1.9	57	94	0	191	25	14	10	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2587080--2587130	25	2.0	25	85	7	68	33	17	23	25	1.96
2587235--2587311	15	5.1	15	70	6	66	38	24	11	24	1.89
2589001--2589069	24	2.9	24	74	8	68	50	14	11	23	1.75
2589001--2589106	48	2.2	48	80	6	117	48	14	12	25	1.78
2591378--2591462	27	3.2	28	83	11	99	24	18	36	20	1.95
2591390--2591441	14	3.9	14	87	7	81	21	15	42	21	1.89
2593872--2593910	17	2.2	18	90	4	62	20	2	25	51	1.60
2594108--2594168	31	2.0	31	83	6	79	31	1	11	55	1.45
2595712--2595766	26	2.1	26	93	6	94	54	3	0	41	1.18
2595712--2595759	17	2.8	18	82	17	66	56	2	0	41	1.11
2595762--2595808	20	2.3	20	88	3	67	40	4	10	44	1.59
2595851--2595976	13	10.0	13	65	17	52	50	5	4	39	1.47
2595941--2596024	22	3.7	22	69	20	57	55	7	0	36	1.27
2595879--2595989	35	3.1	35	78	12	95	51	5	2	40	1.39
2595921--2596029	57	1.9	58	85	9	152	54	6	0	38	1.33
2596058--2596144	9	9.7	9	67	14	54	49	10	3	36	1.54
2596075--2596141	18	3.7	18	91	0	89	47	10	2	38	1.53
2596120--2596231	33	3.4	33	74	11	95	44	3	7	44	1.48
2596206--2596978	2	389.5	2	63	22	129	46	4	4	43	1.45
2596183--2596315	22	6.3	21	76	13	96	45	0	4	49	1.27
2596206--2596446	11	21.8	11	65	21	89	44	4	3	47	1.40
2596311--2596442	31	4.1	32	75	15	112	44	6	3	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596426--2596535	13	8.3	13	67	18	57	51	5	3	39	1.42
2596509--2596587	21	3.5	23	76	17	76	46	2	2	48	1.29
2596506--2596650	56	2.6	55	80	11	154	46	4	3	44	1.41
2596530--2596591	25	2.5	25	86	5	81	45	1	3	50	1.27
2596601--2596645	11	4.3	11	77	11	58	51	11	2	35	1.50
2596681--2596737	7	8.6	7	83	11	59	42	1	3	52	1.28
2596873--2597031	8	21.3	7	68	19	51	52	3	6	38	1.43
2596923--2597017	19	4.9	19	77	18	81	50	3	6	40	1.44
2596970--2597016	25	1.9	24	86	4	67	48	4	8	38	1.53
2597054--2597095	18	2.3	18	88	11	68	59	0	4	35	1.19
2597134--2597236	2	51.5	2	100	0	206	0	0	49	50	1.00
2597827--2598212	185	2.1	182	90	3	607	41	3	8	46	1.51
2598383--2598546	50	3.3	51	86	6	228	38	21	6	33	1.80
2598851--2598915	26	2.6	25	83	11	87	15	7	1	75	1.10
2598929--2598967	21	1.9	20	89	5	60	20	0	10	69	1.17
2598910--2598961	26	2.0	25	82	10	61	17	0	11	71	1.15
2599013--2599125	20	5.1	21	68	25	65	18	2	11	67	1.33
2599010--2599151	21	6.3	21	71	27	73	19	2	10	68	1.29
2599015--2599190	93	1.9	92	85	12	245	18	2	11	67	1.33
2599050--2599187	48	2.9	46	74	15	138	17	3	10	68	1.32
2599011--2599188	23	7.8	24	72	20	107	17	2	11	68	1.31
2599182--2599211	15	2.0	15	93	0	51	20	0	16	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600078--2600104	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2600558--2600596	4	9.8	4	100	0	78	23	0	0	76	0.78
2600759--2600867	57	1.9	57	96	0	200	25	15	10	48	1.76
2608499--2608572	24	3.0	24	80	3	76	31	20	22	25	1.98
2608475--2608572	25	4.0	25	75	6	69	31	20	22	25	1.98
2610200--2610264	28	2.3	28	100	0	130	24	9	21	44	1.81
2611599--2611668	29	2.4	30	82	2	97	32	17	4	45	1.67
2613725--2613759	15	2.3	15	95	0	61	45	5	8	40	1.58
2614347--2614387	19	2.1	20	95	4	75	41	9	9	39	1.71
2621468--2621829	181	2.0	181	95	3	658	30	14	21	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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