genome.fa.s8041.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008041.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110528_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4970990

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625091--2625173	36	2.3	37	95	2	150	28	12	18	40	1.86
2627725--2627763	14	2.7	15	88	7	55	61	2	0	35	1.10
2627922--2628277	138	2.6	137	88	1	534	25	16	24	33	1.96
2628212--2628328	54	2.2	54	90	0	180	27	16	24	31	1.96
2628365--2628408	19	2.2	19	84	8	52	36	9	13	40	1.76
2638528--2638568	9	5.1	8	83	13	50	73	2	12	12	1.20
2641675--2641728	22	2.5	22	90	0	81	18	12	48	20	1.81
2641988--2642035	3	15.7	3	79	12	53	62	2	0	35	1.07
2641988--2642043	12	4.3	13	85	12	71	62	1	0	35	1.06
2642629--2642667	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2643822--2643895	22	3.5	22	74	20	86	25	27	24	22	2.00
2643844--2643913	18	3.7	18	74	20	70	27	30	24	18	1.98
2643822--2643914	40	2.3	40	100	0	186	26	27	23	21	1.99
2644527--2644596	36	1.9	37	94	2	124	20	34	27	18	1.96
2645459--2645497	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2645396--2645604	65	3.2	64	83	8	212	29	26	17	26	1.98
2645445--2645607	65	2.5	65	85	3	222	30	26	16	26	1.97
2651404--2651459	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
2652984--2653027	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
2653766--2653805	21	1.9	21	85	10	55	42	5	7	45	1.54
2654037--2654075	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2653974--2654179	65	3.2	64	83	8	206	29	25	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654023--2654185	65	2.5	65	84	3	213	30	26	16	26	1.97
2665673--2665733	28	2.2	28	79	5	70	36	1	3	59	1.24
2665705--2665776	31	2.3	32	83	7	85	52	0	0	47	1.00
2666858--2666958	30	3.3	30	77	9	107	10	9	23	55	1.64
2674955--2674996	21	2.0	22	90	4	68	28	23	23	23	2.00
2675844--2675897	22	2.5	22	78	0	63	38	22	9	29	1.85
2676172--2676214	6	7.2	6	94	0	77	32	48	16	2	1.58
2677371--2677461	6	15.2	6	95	0	119	27	48	16	7	1.73
2678614--2678704	6	15.2	6	97	0	128	27	49	16	6	1.70
2691591--2691742	65	2.4	60	83	7	196	28	14	16	40	1.88
2691816--2691922	42	2.6	40	79	5	117	20	36	21	21	1.95
2691800--2692285	133	3.6	133	85	1	652	24	35	18	22	1.96
2691949--2692055	40	2.6	41	72	12	96	28	36	14	21	1.92
2691798--2692285	267	1.8	266	89	1	762	23	35	18	22	1.96
2695164--2695215	25	2.0	28	85	11	74	21	5	19	53	1.65
2705694--2705724	5	6.2	5	92	0	53	80	3	0	16	0.83
2708769--2708835	26	2.6	27	80	7	84	52	22	8	16	1.71
2709998--2710051	24	2.2	24	83	0	63	16	11	18	53	1.72
2710214--2710311	2	49.0	2	100	0	196	50	50	0	0	1.00
2711950--2712055	39	2.6	40	82	10	117	23	16	33	26	1.95
2712304--2712450	66	2.2	66	85	1	206	42	17	13	25	1.86
2712308--2712488	66	2.8	66	81	4	179	42	18	13	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712874--2712924	25	2.1	23	86	13	68	52	0	13	33	1.41
2713874--2713911	15	2.8	13	82	17	51	0	21	7	71	1.11
2715833--2715869	16	2.3	16	100	0	74	32	24	13	29	1.93
2721987--2722038	3	18.3	3	77	18	58	28	1	1	67	1.12
2725177--2725252	32	2.4	31	82	8	91	11	21	31	35	1.89
2726749--2726774	9	2.9	9	100	0	52	23	30	0	46	1.53
2730792--2730840	13	3.8	13	84	10	55	24	44	28	2	1.65
2734345--2734376	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2734348--2734373	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2734346--2734375	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
2734376--2734414	2	20.0	2	94	5	71	0	0	51	48	1.00
2735056--2735161	53	2.0	53	98	0	203	24	12	11	51	1.72
2736009--2736373	132	2.8	130	76	4	340	33	10	15	40	1.81
2741388--2741554	84	2.0	83	95	1	298	31	20	19	28	1.97
2747165--2747207	13	3.3	13	86	0	68	74	2	13	9	1.16
2747175--2747246	35	2.1	34	87	7	101	68	1	18	12	1.28
2747165--2747254	31	3.0	31	79	12	107	71	1	16	11	1.20
2747246--2747286	21	2.0	20	85	4	55	75	2	17	4	1.08
2748838--2748882	3	15.7	3	82	17	60	37	0	0	62	0.96
2748838--2748883	8	5.8	8	85	10	67	39	0	0	60	0.97
2750033--2750092	30	2.0	30	90	6	95	35	6	15	43	1.72
2750215--2750304	20	4.9	18	72	14	60	28	30	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750415--2750454	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
2751566--2751590	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2755531--2755569	18	2.2	18	90	9	62	23	2	0	74	0.94
2757230--2757287	31	1.9	31	85	3	82	36	25	8	29	1.86
2763178--2763221	14	2.9	16	80	13	56	2	34	0	63	1.07
2765996--2766060	21	3.1	21	86	0	94	23	3	20	53	1.59
2766723--2766757	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2767350--2767414	30	2.2	30	83	5	78	35	16	6	41	1.74
2771741--2772113	187	2.0	187	99	0	737	35	17	17	28	1.94
2780248--2780300	20	2.7	20	88	5	72	43	24	18	13	1.86
2780267--2780499	20	11.6	20	79	6	211	38	24	18	18	1.93
2780309--2780499	40	4.7	40	89	1	258	38	24	18	18	1.93
2781359--2781412	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2783988--2784071	19	4.6	19	70	15	61	46	17	20	15	1.84
2784013--2784075	33	1.9	33	96	0	117	46	19	22	12	1.83
2784389--2784535	33	4.3	33	85	10	204	44	19	22	12	1.85
2784535--2784597	19	3.3	19	93	0	99	15	15	23	44	1.86
2784545--2784629	19	4.7	19	77	16	83	12	20	21	45	1.84
2784736--2784772	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2786164--2786248	42	2.0	42	81	4	100	24	17	36	21	1.94
2788189--2788270	20	4.2	20	78	9	87	46	15	23	14	1.83
2788187--2788332	19	8.1	19	68	17	96	45	17	22	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788236--2788329	33	2.8	33	91	0	161	45	20	21	12	1.84
2788328--2788449	20	6.5	19	77	11	83	10	18	20	50	1.77
2788378--2788449	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
2789015--2789183	20	8.4	20	77	5	178	20	18	23	37	1.94
2789015--2789183	40	4.2	41	89	3	252	20	18	23	37	1.94
2789015--2789224	81	2.6	80	84	4	235	20	18	24	37	1.94
2801618--2801693	23	3.1	23	73	17	73	10	19	1	68	1.26
2808928--2808966	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
2810982--2811060	29	2.7	29	80	0	77	46	21	5	26	1.72
2818202--2818271	30	2.3	29	80	7	86	40	24	7	28	1.81
2819278--2819323	23	2.0	23	100	0	92	43	26	4	26	1.73
2821367--2821420	5	11.8	5	77	15	55	0	18	0	81	0.69
2821367--2821423	13	4.2	13	76	14	62	0	17	0	82	0.67
2821367--2821423	9	5.8	9	78	17	51	0	17	0	82	0.67
2821367--2821423	29	2.0	29	90	6	91	0	17	0	82	0.67
2826149--2826191	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
2826730--2826948	104	2.1	103	93	0	375	24	12	24	37	1.91
2833061--2833103	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
2833131--2833168	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
2833649--2833866	103	2.1	103	96	0	400	24	13	24	37	1.91
2836635--2837117	44	11.0	44	83	1	567	41	11	20	26	1.86
2836635--2837115	174	2.7	176	83	4	596	41	11	20	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836635--2837046	218	1.9	219	84	4	564	42	10	19	26	1.84
2837973--2838002	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
2843959--2844017	23	2.7	21	84	10	73	18	32	20	28	1.96
2843975--2844027	23	2.5	23	80	20	62	20	24	24	30	1.99
2844301--2844338	20	1.9	20	100	0	76	21	10	13	55	1.67
2846443--2846472	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
2846462--2846493	16	2.0	16	100	0	64	25	12	12	50	1.75
2851016--2851054	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
2851205--2851284	21	3.8	21	79	11	67	16	25	36	22	1.94
2851227--2851286	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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