genome.fa.s8091.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008091.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110602_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2471235

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10--46	19	1.9	19	88	0	56	10	27	37	24	1.88
8133--8194	23	2.7	23	84	0	88	14	29	22	33	1.94
8133--8202	23	3.0	22	81	8	86	17	27	22	32	1.96
9135--9196	2	32.0	2	93	6	110	48	0	0	51	1.00
20854--20879	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
24851--24937	37	2.4	36	80	12	97	47	2	2	48	1.27
28833--28878	23	2.0	23	100	0	92	60	13	13	13	1.59
30218--30260	19	2.2	20	79	8	52	41	9	9	39	1.69
32025--32062	7	5.4	7	100	0	76	71	0	28	0	0.87
33310--33358	22	2.3	22	86	10	66	75	2	0	22	0.90
34639--34713	24	3.3	24	67	17	79	44	2	6	46	1.43
34620--34721	43	2.4	43	91	1	170	45	1	4	48	1.35
37367--37442	21	3.6	21	72	13	75	21	19	25	34	1.96
37436--37508	21	3.6	21	79	7	96	24	16	15	43	1.86
37863--38465	320	1.9	320	95	0	1091	41	13	13	31	1.84
41389--41464	29	2.6	29	100	0	152	19	44	25	10	1.82
41480--41512	14	2.4	14	94	0	57	24	42	27	6	1.78
41518--41574	10	5.4	10	74	12	51	26	26	40	7	1.81
41494--41578	33	2.6	33	92	0	134	24	29	37	8	1.84
41623--41717	10	8.9	10	70	13	64	10	34	29	25	1.89
41611--41702	33	2.8	32	87	6	123	8	35	28	27	1.86
41646--41730	20	4.1	20	80	8	89	10	31	30	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51500--51547	20	2.4	20	82	0	60	10	29	58	2	1.43
51517--51548	17	1.9	16	93	6	55	9	31	59	0	1.29
53894--53931	7	5.1	7	90	9	58	57	0	0	42	0.98
55528--55565	18	2.1	18	90	0	58	52	0	0	47	1.00
60110--60150	18	2.3	18	86	0	55	34	0	4	60	1.18
60763--60815	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
61370--61411	19	2.2	19	86	0	57	52	28	14	4	1.62
61407--61572	20	9.1	19	74	16	136	12	22	22	43	1.86
61412--61488	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
61460--61547	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
63620--63686	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
63568--63686	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
65044--65079	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
65196--65281	32	2.6	34	83	9	115	16	19	19	44	1.87
65225--65282	16	3.4	18	71	24	54	12	20	18	48	1.80
67574--67598	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
67773--67826	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
68883--68920	20	1.9	20	100	0	76	36	26	21	15	1.93
68943--69016	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
68939--69006	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
68920--69034	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
69124--69159	14	2.6	14	86	0	54	47	22	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71008--71060	20	2.7	20	88	5	72	43	26	15	15	1.85
71083--71140	14	3.9	14	79	16	62	48	24	17	10	1.78
71070--71145	32	2.3	33	93	2	127	47	22	19	10	1.80
71174--71231	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
71157--71243	32	2.7	33	94	3	158	11	18	21	48	1.79
71220--71286	20	3.4	19	75	6	62	14	20	23	40	1.90
71761--71805	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
73420--73463	22	2.0	22	86	0	61	22	15	40	20	1.90
73652--73765	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
73632--73767	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
73755--73847	20	4.5	21	75	4	91	17	23	18	40	1.90
73755--73847	41	2.3	41	98	0	177	17	23	18	40	1.90
80545--80918	205	1.8	205	94	0	667	36	6	3	53	1.43
80933--80997	27	2.6	25	81	11	71	36	4	3	55	1.36
86533--86925	131	3.0	130	94	1	680	33	23	18	24	1.97
101513--101587	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
102195--102241	24	2.0	24	86	0	67	51	0	2	46	1.13
106609--106676	24	3.0	23	68	19	54	60	0	1	38	1.06
106642--106686	18	2.4	19	81	11	56	62	2	0	35	1.08
106641--106685	19	2.4	18	81	7	54	62	2	0	35	1.08
113938--113972	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
113969--114083	6	18.3	6	83	10	97	40	1	3	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113938--113990	12	4.4	13	90	9	62	47	0	0	52	1.00
115112--115149	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
115413--115507	34	2.6	37	81	14	124	50	2	14	32	1.55
115417--115490	34	2.2	34	100	0	148	45	2	17	33	1.63
122026--122101	38	2.0	38	84	0	98	32	34	13	19	1.90
145849--145983	19	6.9	20	89	4	99	17	25	28	28	1.97
145870--145994	19	6.5	19	90	6	191	16	26	30	27	1.96
145993--146062	5	12.8	5	74	16	59	18	50	22	8	1.74
145890--146007	57	2.1	57	87	3	166	16	29	30	23	1.96
145992--146069	17	4.3	17	84	15	111	17	47	23	11	1.80
145993--146076	22	4.0	22	80	17	106	17	46	23	11	1.82
153244--153308	9	6.8	9	78	13	58	16	26	27	29	1.97
153244--153282	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
153265--153314	19	2.7	18	90	9	82	14	30	30	26	1.94
153265--153314	9	5.3	9	83	7	64	14	30	30	26	1.94
153328--153385	5	10.8	5	78	14	62	18	51	22	6	1.70
153328--153392	22	3.0	22	100	0	130	18	49	23	9	1.76
153310--153358	17	2.9	17	96	0	89	18	46	22	12	1.82
154905--154965	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
158292--158355	27	2.4	27	94	0	110	23	10	53	12	1.70
158292--158365	27	2.8	27	80	10	82	22	13	51	12	1.74
162300--162359	21	2.8	20	76	11	57	33	3	5	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162754--162786	14	2.4	14	85	14	50	81	6	6	6	0.97
163469--163957	184	2.7	182	77	6	475	37	9	6	47	1.61
164534--164575	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
171560--171623	21	3.0	21	93	0	101	29	23	23	23	1.99
171698--171747	19	2.6	19	93	0	82	32	20	10	38	1.85
174309--174342	13	2.5	14	95	4	61	52	32	14	0	1.42
174309--174342	14	2.5	14	90	4	52	52	32	14	0	1.42
186814--186992	36	4.9	36	71	15	136	33	10	8	48	1.67
186733--187070	111	3.0	111	88	6	454	34	9	7	47	1.65
187037--187089	25	2.1	25	85	0	70	24	13	13	49	1.77
186958--187172	107	2.0	104	84	8	274	30	12	7	48	1.69
187062--187254	84	2.3	79	83	11	244	32	11	6	50	1.63
187092--187254	84	1.9	85	90	6	258	33	11	6	49	1.63
189256--189331	36	2.1	35	92	2	125	44	23	0	31	1.54
202698--202729	12	2.7	12	100	0	64	9	18	21	50	1.75
203051--203090	19	2.2	19	86	4	55	32	0	0	67	0.91
203751--203780	15	2.0	15	93	0	51	30	13	20	36	1.90
214425--214515	45	2.0	45	97	0	173	38	17	21	21	1.93
215890--215916	9	3.0	9	100	0	54	33	22	33	11	1.89
226453--226483	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
236496--236569	20	3.7	20	80	3	94	39	18	22	18	1.93
236493--236585	41	2.3	41	98	0	177	39	17	23	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236496--236583	20	4.3	20	78	4	86	39	18	23	18	1.92
236619--236672	28	1.9	28	92	0	90	27	27	16	27	1.97
237197--237277	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
237273--237438	20	9.1	19	73	16	127	12	22	21	43	1.86
237278--237354	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
237326--237413	33	2.6	33	90	1	131	12	25	23	38	1.90
239479--239545	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
239423--239545	42	2.9	42	80	4	106	22	36	17	23	1.94
240905--240940	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
241047--241100	20	2.8	19	91	5	90	46	20	20	12	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11