genome.fa.s8091.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008091.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110602_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2471235

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783142--783191	22	2.2	24	82	7	59	54	14	0	32	1.40
783325--783366	22	1.9	22	95	0	75	28	23	26	21	1.99
784852--784894	3	14.3	3	95	0	50	44	0	32	23	1.54
785935--785992	30	1.9	31	89	3	91	29	3	3	63	1.27
786249--786288	20	2.0	20	90	9	64	0	27	30	42	1.56
786883--786922	14	2.9	14	84	0	53	55	5	7	32	1.50
787070--787106	16	2.4	16	90	4	58	48	10	13	27	1.75
789859--789922	17	3.7	18	71	21	64	12	6	17	64	1.47
789853--789920	35	1.9	35	96	0	127	14	8	16	60	1.58
793974--794015	3	14.0	3	94	0	75	30	2	0	66	1.04
795132--795164	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
795345--795383	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
800306--800350	23	2.0	23	81	0	54	42	2	20	35	1.64
801739--801763	13	1.9	13	100	0	50	20	0	8	72	1.10
801884--801908	13	1.9	13	100	0	50	24	4	0	72	1.02
804177--804204	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
804895--804937	22	2.0	22	86	9	61	39	0	20	39	1.53
805949--805991	18	2.2	20	88	8	63	32	9	20	37	1.85
807958--807991	14	2.4	14	90	9	52	35	14	5	44	1.70
812777--812827	14	3.6	13	80	17	57	33	0	3	62	1.13
821404--821483	39	2.1	37	81	9	90	65	2	11	21	1.37
821402--821684	153	1.8	154	85	6	396	50	4	17	27	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825276--825321	19	2.4	19	82	10	58	30	6	2	60	1.34
825288--825331	20	2.3	19	81	11	54	34	4	0	61	1.16
827357--827429	23	3.3	22	87	12	89	30	27	19	23	1.98
829977--830020	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
831837--831889	25	2.0	27	82	7	65	22	24	43	9	1.83
831987--832088	25	4.1	25	96	0	186	28	14	19	37	1.91
832099--832139	22	2.0	21	85	9	57	4	21	43	29	1.73
832178--832228	3	17.0	3	80	8	59	64	0	1	33	1.05
832428--832972	43	12.5	41	71	10	283	25	19	29	25	1.98
832428--832936	129	3.9	129	97	0	939	24	19	30	25	1.98
832558--832988	89	4.9	89	77	10	413	25	19	29	25	1.98
833173--833293	60	2.0	62	84	9	160	42	16	13	27	1.85
833126--833343	65	3.4	62	77	12	194	42	14	13	28	1.84
833610--834081	29	15.8	29	69	17	209	46	13	11	27	1.78
833692--834081	29	13.3	28	72	14	216	47	14	11	26	1.78
833726--834046	123	2.6	123	93	4	553	45	14	11	28	1.79
834318--834421	36	3.0	36	80	4	115	35	12	20	31	1.90
834319--834437	36	3.4	36	78	6	111	36	13	21	29	1.91
834432--834621	105	1.8	105	88	2	292	38	12	17	31	1.87
835075--835137	4	16.2	4	93	6	112	25	0	25	49	1.51
836297--836331	18	1.9	18	88	11	54	2	14	11	71	1.25
840964--841007	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842823--842875	25	2.0	27	82	7	65	22	24	43	9	1.83
842973--843074	25	4.1	25	96	0	186	28	14	19	37	1.91
843085--843125	22	2.0	21	85	9	57	4	21	43	29	1.73
843164--843214	3	17.0	3	80	8	59	64	0	1	33	1.05
847912--847950	3	12.7	3	83	5	51	35	2	0	61	1.10
848202--848251	22	2.3	22	92	0	82	10	38	24	28	1.87
849571--849614	18	2.4	18	85	7	63	20	4	4	70	1.23
862383--862694	141	2.2	138	84	4	387	28	28	17	25	1.98
863131--863180	22	2.3	22	92	0	82	10	38	24	28	1.87
864501--864544	18	2.4	18	85	7	63	20	4	4	70	1.23
864583--864612	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
867699--867946	130	1.9	130	93	0	424	35	14	13	36	1.85
868415--868446	15	2.0	17	88	11	50	62	6	3	28	1.34
868569--868611	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
868580--868665	35	2.5	35	82	0	91	37	1	19	41	1.59
870739--871025	143	2.0	141	97	2	540	46	8	9	35	1.66
871288--871334	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
871460--871515	20	2.8	19	76	7	58	55	8	14	21	1.66
873743--873786	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
873820--873884	32	2.0	33	87	3	96	29	0	47	23	1.52
875674--875722	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
875841--876807	199	4.9	199	96	1	1750	36	14	17	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878275--878357	12	6.7	12	81	8	94	37	8	33	20	1.83
878272--878363	6	15.3	6	79	0	67	39	7	33	19	1.80
878287--878367	3	27.0	3	76	0	72	38	6	33	22	1.79
878275--878356	39	2.2	39	91	6	134	36	8	34	20	1.83
879560--879593	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
879886--879930	22	2.0	21	83	8	54	37	8	11	42	1.72
879948--880011	23	2.8	23	90	0	101	39	4	18	37	1.72
880400--880891	182	2.7	183	97	0	914	33	15	17	33	1.91
883348--883412	25	2.6	25	77	0	76	35	7	13	43	1.73
883611--883661	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
884051--884087	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
884043--884089	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
884343--884429	39	2.2	39	91	0	147	47	21	13	17	1.82
884831--884888	23	2.5	24	83	10	77	34	5	24	36	1.78
885033--885068	13	2.8	13	91	0	54	61	0	0	38	0.96
894111--894186	25	3.0	25	98	1	143	31	15	7	44	1.75
894552--894631	33	2.3	35	87	6	110	13	41	15	30	1.85
899686--900199	256	2.0	257	98	0	994	40	14	14	30	1.86
908561--908668	50	2.2	50	98	0	207	45	12	16	25	1.83
908564--908642	25	3.2	25	62	13	63	43	13	15	27	1.85
919414--919438	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
920191--920224	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923903--924102	99	2.0	99	100	0	400	40	12	9	39	1.74
924533--924558	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
930886--930941	21	2.8	20	78	10	69	23	21	19	35	1.96
930916--931114	99	2.0	99	100	0	398	29	17	16	37	1.91
938012--938043	4	7.8	4	93	6	55	50	25	0	25	1.50
938412--938508	20	5.1	20	80	8	121	26	29	20	22	1.99
938412--938514	38	2.7	38	87	3	143	27	31	19	22	1.98
938413--938508	18	5.1	19	80	8	115	27	30	20	21	1.98
942344--942446	4	25.5	4	70	14	52	32	2	2	62	1.25
942339--942442	19	5.2	19	79	10	109	32	2	2	61	1.25
942343--942457	6	17.8	6	69	24	58	32	3	2	61	1.26
942824--942950	43	3.0	41	77	17	136	49	14	6	29	1.68
942798--942950	82	1.9	82	87	2	227	50	13	5	30	1.64
942798--942926	39	3.2	36	77	20	123	51	13	4	29	1.61
956759--956792	11	3.1	11	91	8	52	88	0	2	8	0.62
956759--956783	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
956730--956805	38	2.1	35	83	9	91	80	0	10	9	0.91
956729--956805	21	3.9	19	71	19	61	79	0	11	9	0.94
957697--958285	55	11.0	55	82	9	559	31	17	25	26	1.97
958046--958204	52	3.1	50	82	11	198	31	20	24	23	1.98
960325--960370	24	2.0	23	86	4	65	26	4	17	52	1.63
969875--970155	137	2.1	136	83	4	350	30	12	15	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973959--973987	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
975037--975921	443	2.0	443	99	0	1752	27	15	24	32	1.95
984176--984285	55	2.0	55	100	0	220	38	20	12	29	1.89
988490--988537	23	2.1	23	88	3	71	58	0	4	37	1.18
988695--988751	20	2.8	20	86	0	78	28	19	7	45	1.76
997147--997172	7	3.7	7	100	0	52	30	0	38	30	1.58
998220--998244	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1001852--1001895	16	2.7	17	79	10	56	36	25	4	34	1.76
1004018--1004413	197	2.0	198	99	0	785	44	21	13	21	1.86
1007092--1007232	64	2.2	63	82	7	169	25	24	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11