genome.fa.s8091.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008091.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110602_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2471235

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188746--2188821	21	3.7	20	78	7	71	32	34	11	21	1.89
2188840--2188887	21	2.3	21	92	0	78	35	29	16	18	1.93
2190535--2190582	20	2.5	19	86	6	69	47	22	14	14	1.81
2190961--2191015	22	2.6	22	88	5	78	23	10	40	25	1.87
2191177--2191370	20	9.7	20	79	8	125	21	17	22	39	1.92
2191272--2191378	40	2.7	40	88	0	151	19	15	23	41	1.90
2191898--2191972	3	25.0	3	75	5	62	44	0	0	56	0.99
2191974--2192003	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2193478--2193701	126	1.8	125	89	2	317	36	8	11	44	1.70
2193599--2193817	116	1.9	116	85	2	307	37	8	10	42	1.70
2202070--2202227	54	2.9	54	92	0	271	36	14	24	24	1.93
2202599--2202675	22	3.5	22	90	0	127	33	11	11	42	1.78
2203191--2203515	165	2.0	167	91	2	539	34	14	13	37	1.85
2203518--2204610	76	14.4	76	96	0	2001	23	19	22	34	1.96
2204755--2204830	3	25.3	3	81	5	64	43	0	0	56	0.99
2204755--2204830	17	4.6	16	76	10	64	43	0	0	56	0.99
2204755--2204821	18	3.6	17	83	15	80	44	0	0	55	0.99
2204762--2204853	24	3.4	28	68	15	61	46	1	0	52	1.07
2206317--2206540	126	1.8	125	88	2	308	36	8	10	44	1.70
2206438--2206655	115	1.9	115	86	3	314	37	9	9	43	1.70
2212662--2212757	47	2.0	47	100	0	192	32	12	8	46	1.71
2220327--2220396	35	2.0	35	100	0	140	22	8	17	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220877--2220908	10	3.2	10	95	0	55	25	0	31	43	1.55
2222756--2222798	21	2.0	21	90	0	68	30	20	16	32	1.95
2223505--2223647	31	4.6	31	91	0	214	40	19	17	22	1.91
2226847--2227077	114	2.0	114	99	0	453	35	19	14	30	1.92
2234972--2235011	21	1.9	21	94	0	71	47	0	0	52	1.00
2237023--2237070	3	16.3	3	81	12	55	60	2	0	37	1.09
2237023--2237093	22	3.6	19	75	14	63	54	1	0	43	1.08
2237023--2237098	19	3.8	21	74	11	70	53	1	0	44	1.08
2237349--2237797	52	8.6	52	92	0	727	29	24	16	29	1.96
2237782--2238072	55	5.3	55	90	2	469	28	28	14	28	1.95
2237782--2238072	108	2.6	110	91	3	487	28	28	14	28	1.95
2239351--2239479	9	13.7	9	69	19	59	12	9	0	77	1.03
2239387--2239476	9	10.7	9	77	16	86	13	10	0	76	1.01
2239376--2239448	32	2.3	33	84	11	91	15	9	0	75	1.04
2239421--2239467	19	2.5	19	89	3	69	14	10	0	74	1.07
2239419--2239477	28	2.2	26	90	6	91	13	10	0	76	1.02
2247289--2247376	3	29.7	3	83	11	92	60	1	0	38	1.04
2247289--2247354	19	3.3	19	87	6	87	63	1	0	34	1.04
2249624--2249667	16	2.6	17	75	7	54	43	0	0	56	0.99
2258466--2258499	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2263750--2264057	102	3.2	93	83	8	375	38	26	11	23	1.89
2263750--2264070	93	3.3	93	83	9	383	38	26	11	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264963--2265020	20	2.9	20	92	0	98	22	27	24	25	2.00
2275010--2275077	29	2.3	30	80	7	77	39	7	7	45	1.60
2275034--2275090	29	2.0	29	86	6	80	42	7	10	40	1.66
2276884--2276977	20	4.7	20	81	2	116	14	21	22	41	1.89
2276969--2277040	22	3.4	22	73	11	87	18	19	25	37	1.94
2276990--2277055	19	3.3	19	72	12	69	18	19	21	40	1.91
2276969--2277062	41	2.3	41	98	0	179	19	18	23	39	1.92
2277128--2277184	6	9.5	6	100	0	114	33	50	15	0	1.44
2277788--2277840	22	2.4	22	93	0	97	37	24	16	20	1.93
2278781--2278832	23	2.2	24	86	3	70	46	13	28	11	1.78
2279137--2279161	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2280996--2281058	21	2.8	21	84	13	81	52	0	7	39	1.31
2281248--2281299	22	2.4	22	96	0	95	17	21	48	13	1.81
2282220--2282401	75	2.4	75	81	3	188	28	6	13	51	1.66
2284454--2284611	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
2284579--2284889	20	15.5	20	81	6	79	34	26	19	20	1.96
2284579--2284968	40	9.7	40	87	2	439	35	25	18	20	1.95
2284617--2284968	20	17.6	19	85	5	398	34	25	18	21	1.96
2285645--2285691	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2285866--2285890	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2288172--2288445	19	15.4	19	81	15	354	46	17	21	13	1.83
2288200--2288467	52	5.0	52	93	4	446	46	16	22	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288200--2288467	109	2.5	104	90	7	439	46	16	22	14	1.83
2288474--2288556	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
2288663--2288699	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2290653--2290709	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2290634--2290726	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2290597--2290731	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
2290727--2290855	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2290727--2290818	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2290899--2291277	92	4.1	93	98	0	735	46	18	12	22	1.83
2290899--2291277	185	2.0	185	98	1	733	46	18	12	22	1.83
2292981--2293070	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
2292973--2293087	33	3.5	33	92	0	203	46	20	23	9	1.80
2292995--2293092	19	5.7	19	70	22	81	43	22	23	10	1.83
2293104--2293158	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2293088--2293158	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
2293099--2293180	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2293111--2293199	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2293279--2293349	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2293531--2293585	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2293731--2293923	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2293731--2293923	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2294387--2294441	29	1.9	28	88	3	83	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298059--2298145	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
2300445--2300485	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
2300527--2300557	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
2316818--2316984	83	2.0	83	98	0	325	28	23	28	19	1.98
2317125--2317170	21	2.2	20	81	11	56	58	4	0	36	1.18
2317136--2317179	21	2.1	21	95	0	79	52	11	0	36	1.38
2317236--2317678	32	15.8	31	71	25	323	53	12	0	34	1.41
2317301--2317343	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2317128--2317536	54	7.5	53	73	16	313	53	12	0	34	1.38
2317303--2317351	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2317355--2317397	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2317549--2317592	21	2.1	21	100	0	88	52	13	0	34	1.41
2317518--2317677	53	3.0	53	96	0	286	52	11	0	35	1.43
2317602--2317641	21	1.9	21	94	0	71	50	12	0	37	1.41
2317726--2317842	15	7.5	15	79	15	130	52	2	0	45	1.14
2317726--2317842	29	3.7	30	78	17	130	52	2	0	45	1.14
2317725--2317891	81	2.0	82	82	7	198	49	2	0	47	1.16
2323618--2323761	3	46.7	3	68	22	54	55	4	1	38	1.28
2323593--2323829	17	13.8	16	69	18	97	54	5	1	39	1.31
2323593--2323909	5	59.2	5	68	23	118	52	5	1	40	1.36
2323593--2323912	12	26.6	12	70	19	172	52	5	1	40	1.36
2323594--2323905	9	34.2	9	69	22	149	52	5	1	40	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323603--2323911	37	8.5	35	72	17	197	52	5	1	40	1.37
2323623--2323898	112	2.5	112	79	12	270	52	6	1	39	1.37
2325904--2325945	23	2.0	21	86	13	59	76	4	0	19	0.96
2329802--2329921	3	40.7	3	81	6	111	41	0	0	57	1.04
2329871--2329928	19	3.0	19	76	14	57	39	0	0	60	0.97
2335864--2335941	40	1.9	41	89	5	122	15	11	33	39	1.83
2337448--2337489	19	2.2	19	95	0	75	54	16	19	9	1.69
2337455--2337493	19	2.1	19	95	0	69	51	17	23	7	1.71
2340970--2341026	28	2.0	28	83	12	73	35	15	17	31	1.92
2341315--2341421	56	1.9	56	94	0	187	43	6	9	40	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11