genome.fa.s8097.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3094402

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759--1654	237	3.9	232	82	4	1051	27	33	14	24	1.94
5992--6162	30	5.7	30	94	0	279	38	12	20	29	1.89
13473--13502	14	2.1	14	100	0	60	6	16	30	46	1.73
13474--13524	24	2.1	24	85	0	66	11	13	21	52	1.72
14594--14633	10	4.4	10	76	23	52	7	12	22	57	1.60
14600--14632	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
18945--18996	3	17.3	3	76	7	52	30	3	3	61	1.32
21349--21392	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
22889--22950	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
23925--23969	22	2.0	23	83	12	58	37	28	13	20	1.90
24979--25033	24	2.5	21	85	8	65	74	10	10	3	1.19
25000--25046	12	3.9	12	86	8	60	72	12	10	4	1.25
24991--25047	23	2.3	25	73	11	64	70	12	14	3	1.30
26218--26281	4	16.2	4	80	3	76	53	20	0	26	1.46
26732--26971	105	2.3	102	82	7	286	30	18	12	38	1.87
26592--26877	156	1.9	154	82	9	368	29	16	12	41	1.85
26904--27036	36	3.7	35	79	6	117	33	19	12	33	1.90
27381--27449	28	2.5	27	80	13	86	30	10	14	44	1.78
27460--27564	52	2.0	53	90	3	167	34	12	16	37	1.86
27513--27706	67	3.0	67	84	6	254	31	11	12	44	1.78
27807--28027	120	1.9	117	80	11	263	30	14	11	43	1.81
28454--28533	35	2.2	37	82	8	94	41	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28812--29176	40	8.6	40	69	15	173	24	31	19	25	1.98
28936--29036	41	2.5	40	86	1	130	22	35	14	26	1.93
28812--29176	172	2.1	169	88	2	543	24	31	19	25	1.98
29027--29218	43	4.5	43	75	10	151	25	29	20	25	1.99
29070--29224	82	1.9	83	85	9	217	23	30	20	25	1.98
31769--31812	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
33324--33363	14	2.6	14	85	14	53	55	0	0	45	0.99
42921--42964	20	2.3	19	81	11	54	22	25	6	45	1.77
53417--53447	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
54312--54764	182	2.5	181	90	1	676	28	15	11	43	1.82
54785--54830	20	2.3	20	80	0	56	19	17	6	56	1.62
54638--55210	112	5.1	112	90	1	882	26	14	12	46	1.81
54638--55210	223	2.6	223	90	1	889	26	14	12	46	1.81
64727--64768	16	2.5	17	80	7	50	42	14	0	42	1.45
68337--68392	29	2.0	28	86	10	80	62	8	7	21	1.48
70544--70692	35	4.2	36	85	7	182	34	4	18	42	1.71
70544--70690	72	2.1	69	86	6	197	34	4	18	42	1.71
71099--71130	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
75203--75263	21	3.2	21	65	29	64	34	4	18	42	1.71
75201--75316	35	3.2	36	87	6	173	34	5	18	42	1.72
75722--75753	16	1.9	17	93	6	57	37	6	21	34	1.79
79810--79931	35	3.4	36	85	6	167	33	4	18	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88352--88443	36	2.6	36	96	0	166	28	28	8	34	1.87
90044--90082	17	2.3	17	95	0	69	58	7	5	28	1.47
100643--100687	21	2.0	25	83	16	62	51	6	6	35	1.55
105200--105230	16	1.9	16	93	0	53	32	0	9	58	1.31
106797--107171	191	2.0	191	94	1	662	38	9	10	41	1.73
107148--107187	18	2.1	20	86	9	57	60	5	2	32	1.32
107549--107610	28	2.1	30	82	11	76	43	6	1	48	1.38
107595--107833	59	4.1	58	74	13	168	53	3	4	38	1.40
107618--107833	89	2.4	88	80	8	217	53	2	5	38	1.38
107618--107833	29	7.3	29	73	12	165	53	2	5	38	1.38
110139--110177	16	2.4	16	78	0	51	56	10	10	23	1.63
110562--110615	21	2.6	21	93	0	99	18	37	24	20	1.94
110882--110936	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
110922--111020	33	3.0	33	91	1	146	46	14	6	33	1.69
111015--111056	21	2.0	21	90	0	66	50	7	11	30	1.66
118567--118668	50	2.0	50	98	0	195	26	1	14	56	1.49
119837--119891	24	2.2	26	83	6	69	45	7	9	38	1.64
119925--119961	17	2.3	17	86	9	51	64	5	0	29	1.15
120039--120092	25	2.2	25	83	6	65	35	3	3	57	1.34
125974--126029	16	3.6	16	81	18	73	26	0	0	73	0.84
125977--126034	29	2.0	28	83	12	73	29	0	1	68	0.99
143158--143184	14	1.9	14	100	0	54	77	0	7	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143373--143399	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
148371--148405	14	2.5	14	100	0	70	34	8	42	14	1.76
156608--156633	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
161457--161504	15	2.9	16	81	12	53	54	0	0	45	0.99
165020--165054	18	1.9	18	94	0	61	48	0	25	25	1.51
169926--169990	30	2.2	30	97	2	123	41	20	23	15	1.89
175603--175763	64	2.5	65	85	7	195	33	18	21	27	1.96
176080--176115	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
177186--177248	21	3.0	21	90	4	99	25	26	23	23	2.00
177185--177256	22	3.3	22	88	3	110	26	25	20	27	1.99
180652--180812	64	2.5	65	85	7	195	33	18	21	27	1.96
181130--181164	18	1.9	18	88	0	52	31	5	17	45	1.71
182220--182260	21	2.0	21	95	0	73	26	26	21	24	2.00
182219--182290	22	3.3	22	84	3	92	27	23	19	29	1.98
191853--191881	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
192767--192837	31	2.3	31	95	2	124	26	9	22	40	1.85
196346--196376	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
201678--201796	35	3.3	36	89	5	179	31	5	18	44	1.71
211969--212125	64	2.5	64	79	8	173	36	22	3	36	1.72
216093--216148	27	2.1	27	96	0	103	48	14	0	37	1.44
219655--219703	20	2.7	18	75	25	57	34	0	6	59	1.22
220297--220346	6	8.3	6	100	0	100	0	0	68	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221213--221247	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
221286--221355	24	2.9	24	76	0	68	45	17	10	27	1.80
221261--221355	48	2.0	47	87	2	136	46	16	11	25	1.81
222051--222207	57	2.7	57	83	13	205	40	21	6	32	1.78
222031--222207	58	3.1	56	83	8	221	41	19	6	32	1.77
222051--222207	29	5.5	28	85	6	199	40	21	6	32	1.78
222222--222250	13	2.3	13	94	5	51	13	24	44	17	1.85
224372--224411	14	2.9	14	81	3	55	5	10	25	60	1.49
225614--225691	20	3.8	20	79	3	93	28	26	16	28	1.97
225657--225795	71	2.0	70	85	1	188	29	22	18	29	1.97
227866--227928	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
230371--230426	2	28.5	2	80	10	53	51	1	0	46	1.11
230364--230426	18	3.6	17	77	10	65	49	3	1	46	1.27
239493--239577	33	2.6	34	82	12	90	28	12	18	40	1.88
239510--239577	31	2.1	32	91	5	111	26	10	19	44	1.82
239626--239679	20	2.8	20	80	8	58	68	0	0	31	0.90
240028--241125	84	13.3	83	79	5	970	25	19	24	30	1.98
240011--241127	249	4.5	248	83	5	1216	25	19	24	30	1.98
240030--241032	333	3.0	331	86	3	1326	25	19	24	30	1.98
241138--241231	34	2.8	34	74	13	88	25	21	23	29	1.99
241237--241888	110	6.0	110	91	1	983	24	18	23	34	1.96
244470--244500	15	2.0	16	93	6	55	70	0	9	19	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245429--245470	13	3.2	13	83	6	57	71	0	0	28	0.86
245430--245486	24	2.2	25	78	12	62	71	0	1	26	0.95
245431--245502	32	2.2	31	81	16	76	70	0	1	27	0.95
245439--245513	34	2.2	34	79	15	84	69	1	2	26	1.10
245864--245950	33	2.6	35	82	12	103	26	11	20	41	1.86
245880--245950	33	2.2	33	89	5	108	25	8	21	45	1.80
252191--252249	31	2.0	31	86	6	86	61	5	6	27	1.43
253806--253844	17	2.2	19	86	9	55	41	5	15	38	1.69
253909--254037	56	2.3	56	87	0	186	31	18	10	38	1.85
271060--271386	163	2.0	163	98	1	638	38	9	25	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12