genome.fa.s8097.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3094402

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190995--2191101	51	2.1	50	86	5	144	28	18	23	28	1.98
2191113--2191236	51	2.5	49	81	5	140	19	31	32	16	1.94
2193001--2193074	7	10.7	7	72	8	62	41	37	1	18	1.59
2193001--2193070	21	3.4	21	76	2	79	44	35	1	18	1.59
2193001--2193079	14	5.8	13	73	16	70	41	36	1	20	1.60
2193001--2193074	28	2.7	27	80	14	87	41	37	1	18	1.59
2193169--2193263	35	2.7	35	85	3	120	44	32	2	21	1.64
2193170--2193265	42	2.3	42	90	3	149	43	33	2	20	1.64
2193145--2193265	7	17.3	7	81	0	98	43	32	1	22	1.63
2194864--2194907	23	1.9	23	90	0	70	34	20	15	29	1.94
2194900--2194930	12	2.6	12	94	0	53	35	12	12	38	1.82
2200992--2201020	12	2.3	13	94	5	51	82	0	17	0	0.66
2204696--2204729	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
2204692--2204730	17	2.4	17	95	4	71	61	5	0	33	1.18
2204765--2204814	10	5.0	10	82	0	55	44	0	30	26	1.55
2206896--2206967	36	2.0	35	83	5	90	48	1	4	45	1.30
2207113--2207150	20	1.9	20	89	10	60	26	21	5	47	1.71
2208121--2208205	44	1.9	44	85	4	118	35	4	2	57	1.32
2209535--2209591	29	2.0	29	96	0	105	14	33	31	21	1.92
2209650--2209733	29	2.9	29	91	1	125	13	35	28	22	1.92
2209749--2209854	33	3.3	33	84	6	130	10	32	28	29	1.90
2209817--2209873	10	5.7	10	91	8	82	12	29	29	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209783--2209873	30	3.0	29	82	14	87	12	29	29	28	1.93
2213128--2213299	60	2.9	60	80	10	192	32	20	4	42	1.73
2215142--2215186	6	7.5	6	100	0	90	48	0	51	0	1.00
2215138--2215203	12	5.8	12	85	10	75	54	0	45	0	0.99
2216584--2216626	20	2.3	19	84	11	61	23	27	9	39	1.85
2216589--2216626	20	1.9	20	94	0	67	23	26	10	39	1.87
2217130--2217178	26	2.0	25	84	15	66	14	12	10	63	1.53
2221165--2221208	20	2.3	19	81	11	54	34	4	0	61	1.16
2223050--2223099	19	2.6	19	81	6	57	44	8	4	44	1.52
2225993--2226035	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2226015--2226130	61	1.9	61	92	0	196	32	25	25	15	1.95
2226771--2226830	23	2.6	23	97	0	111	18	26	31	23	1.97
2232867--2232909	21	2.0	21	81	0	50	30	30	27	11	1.92
2232889--2233018	67	1.9	67	90	0	206	31	26	23	17	1.97
2233631--2233690	23	2.6	23	97	0	111	18	26	31	23	1.97
2235610--2235738	36	3.6	35	84	7	179	34	21	24	19	1.97
2235596--2235738	71	2.0	72	89	4	218	37	19	24	18	1.94
2236453--2236489	13	2.9	13	92	4	58	40	2	13	43	1.58
2238842--2238878	13	2.9	13	92	4	58	40	2	13	43	1.58
2239746--2239807	28	2.2	29	91	2	99	25	9	25	38	1.86
2239791--2239876	28	3.1	28	94	1	147	12	8	29	50	1.69
2240460--2240510	16	3.1	16	75	10	57	27	33	1	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244096--2244121	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2244576--2244640	3	21.7	3	83	0	76	36	1	4	56	1.29
2246565--2246608	22	2.0	22	81	4	52	29	6	0	63	1.20
2247843--2247873	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2248446--2248498	24	2.3	24	83	6	65	41	3	3	50	1.38
2249539--2249591	27	2.0	25	82	7	61	15	13	16	54	1.71
2249700--2249733	16	2.2	16	89	5	52	76	0	0	23	0.79
2251959--2252007	25	2.0	25	84	8	64	63	2	6	28	1.30
2253207--2253248	21	2.0	21	85	4	57	35	4	7	52	1.50
2253353--2253406	28	2.0	27	89	10	83	55	0	0	44	0.99
2256385--2256546	84	1.9	83	85	9	222	25	12	12	48	1.78
2256604--2256659	3	18.7	3	80	7	60	35	0	1	62	1.06
2256666--2256754	33	2.7	33	82	0	106	49	23	1	25	1.57
2261397--2261489	44	2.1	44	97	0	177	18	46	4	31	1.68
2265502--2265639	20	6.8	20	76	3	141	17	20	22	39	1.92
2265502--2265639	61	2.3	61	94	0	249	17	20	22	39	1.92
2265631--2265702	22	3.4	22	69	11	78	18	16	25	40	1.91
2265631--2265724	41	2.3	41	92	0	170	19	17	23	40	1.91
2265652--2265721	19	3.5	19	66	11	59	18	17	21	42	1.89
2266480--2266532	22	2.4	22	100	0	106	35	28	18	16	1.93
2266524--2266636	20	5.6	20	79	2	136	42	21	21	15	1.89
2266521--2266658	41	3.4	41	83	2	197	40	22	19	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267801--2267834	18	1.9	18	94	5	61	64	2	2	29	1.22
2270678--2270756	6	12.5	6	76	10	68	25	53	0	21	1.46
2270673--2270756	26	2.8	31	81	18	108	23	53	0	22	1.46
2270687--2270752	26	2.5	26	100	0	132	25	53	0	21	1.46
2316219--2316279	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
2322340--2322402	21	2.9	21	85	4	81	20	36	25	17	1.94
2322342--2322423	21	3.8	21	75	15	69	21	37	24	15	1.93
2324832--2324892	30	2.0	30	90	6	97	40	4	11	42	1.62
2340855--2340905	4	12.8	4	100	0	102	76	0	23	0	0.79
2341973--2342020	21	2.4	21	86	6	64	47	14	16	20	1.82
2342014--2342040	10	2.7	10	100	0	54	59	11	11	18	1.60
2342099--2342172	21	3.5	21	94	0	130	27	28	22	21	1.99
2345598--2345665	28	2.4	28	97	0	127	33	25	16	25	1.95
2347985--2348047	22	2.9	22	85	0	81	44	11	19	25	1.83
2348084--2348125	21	2.0	21	90	0	66	23	23	19	33	1.97
2348781--2348809	15	1.9	15	100	0	58	48	24	0	27	1.51
2348943--2349052	31	3.5	31	85	4	118	40	17	20	21	1.91
2348930--2349052	62	2.0	62	85	9	171	39	17	19	23	1.93
2351195--2351233	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2366695--2366722	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
2370153--2370183	14	2.2	14	94	0	53	64	0	0	35	0.94
2370409--2370454	24	1.9	24	95	0	83	52	10	4	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378131--2378176	7	6.4	7	95	5	83	41	43	0	15	1.46
2382095--2382327	118	2.0	117	93	0	403	53	13	7	25	1.66
2385859--2386011	37	4.4	36	71	17	128	37	13	22	27	1.91
2385890--2386042	64	2.3	65	88	3	218	37	13	20	28	1.91
2386075--2386143	36	1.9	36	90	0	111	43	15	18	21	1.88
2385828--2386211	198	1.9	201	82	5	476	36	13	20	28	1.91
2386030--2386226	101	1.9	102	89	3	308	39	14	18	27	1.90
2386351--2386919	106	5.4	106	93	0	942	22	18	25	33	1.96
2398303--2398360	29	2.0	29	86	0	80	15	36	25	22	1.94
2398443--2398487	23	2.0	23	95	0	81	26	26	37	8	1.86
2398457--2398540	33	2.5	33	86	3	125	26	23	40	9	1.85
2398544--2398600	29	2.0	29	89	0	87	19	29	35	15	1.93
2402051--2402129	26	3.0	26	100	0	158	31	15	11	41	1.82
2406419--2406488	36	2.0	35	83	13	90	24	12	12	50	1.76
2412439--2412525	35	2.5	34	78	12	88	55	10	6	27	1.59
2412763--2412815	3	17.7	3	76	0	52	9	30	24	35	1.87
2412758--2412815	12	4.8	12	80	0	71	12	31	22	34	1.91
2413653--2413711	27	2.2	27	84	0	82	25	16	40	16	1.90
2413159--2414144	522	1.9	522	91	0	1607	24	24	27	23	2.00
2415865--2415989	31	4.0	31	90	2	189	20	19	22	37	1.94
2416641--2416690	21	2.4	21	86	0	73	26	20	26	28	1.99
2416704--2416745	21	2.0	21	95	0	75	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418004--2418055	25	2.2	25	80	16	65	69	1	1	26	1.10
2418148--2418179	16	2.0	16	93	0	55	21	0	34	43	1.53
2419262--2419655	198	2.0	198	98	0	763	27	11	16	45	1.81
2420232--2420272	17	2.4	17	95	0	73	29	21	9	39	1.86
2420586--2421152	268	2.2	260	86	8	824	26	13	20	39	1.89
2421462--2421488	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
2428246--2428272	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2429649--2429735	40	2.2	40	91	0	138	17	16	21	44	1.86
2430700--2430791	33	2.8	33	94	0	166	26	15	20	38	1.92
2437701--2437740	16	2.6	16	88	4	55	37	7	20	35	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12