genome.fa.s8097.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3094402

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  8  of  12  ( 1389 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1906729--1907202	181	2.6	181	92	2	754	41	14	17	26	1.87
1909206--1909254	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
1909706--1909760	21	2.6	21	100	0	110	40	16	16	27	1.89
1909727--1910447	371	1.9	370	89	6	1097	35	14	18	31	1.91
1909484--1910216	197	3.6	199	85	12	1028	36	14	18	30	1.91
1910062--1910386	171	1.9	172	96	0	607	35	16	19	28	1.94
1911910--1911949	12	3.3	12	85	0	53	40	7	32	20	1.80
1911910--1911949	18	2.2	18	86	0	53	40	7	32	20	1.80
1913330--1914030	366	1.9	363	93	2	1208	37	13	15	33	1.86
1913330--1914039	182	3.9	184	93	2	1193	37	13	15	33	1.87
1916685--1916726	21	1.9	23	85	9	61	33	9	7	50	1.62
1917527--1917687	85	1.9	86	92	1	270	34	13	9	42	1.78
1922700--1922772	36	2.0	36	100	0	146	47	13	21	16	1.81
1925277--1925394	60	2.0	58	96	3	218	35	22	18	23	1.96
1928881--1928922	19	2.2	19	100	0	84	38	14	35	11	1.83
1933782--1933871	30	2.9	31	78	6	103	42	12	10	35	1.76
1937758--1937839	29	2.8	29	90	1	119	32	13	10	42	1.79
1941391--1941422	16	2.0	16	93	0	55	12	9	25	53	1.68
1952825--1952925	30	3.6	29	71	15	86	49	1	0	47	1.19
1952815--1952927	54	2.1	54	91	0	181	49	1	1	46	1.22
1952817--1952974	27	6.0	26	68	8	95	51	1	2	44	1.26
1954188--1954245	16	3.3	18	72	25	52	36	22	5	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955109--1955151	21	2.2	20	91	8	70	23	6	0	69	1.12
1959737--1959801	33	2.0	33	93	0	112	23	16	10	49	1.77
1968353--1968385	14	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
1972833--1972908	33	2.3	33	86	11	102	48	1	1	48	1.18
1977660--1978001	36	9.5	36	87	0	423	33	27	18	20	1.96
1977707--1977765	18	3.1	21	63	27	58	40	23	11	23	1.88
1977946--1978055	54	2.0	54	85	3	150	28	29	20	22	1.98
1978051--1978096	24	1.9	24	86	8	67	32	26	19	21	1.97
1981379--1981472	49	1.9	49	95	0	170	29	10	15	43	1.81
1982537--1982566	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
1990511--1990554	18	2.5	18	85	10	56	50	2	0	47	1.13
1994905--1994966	31	2.0	31	100	0	124	22	19	19	38	1.93
2001026--2001062	19	1.9	19	88	0	56	35	24	13	27	1.93
2001652--2001679	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2023927--2024072	69	2.2	62	80	8	148	41	7	8	41	1.64
2024214--2024387	81	2.1	81	87	3	251	40	8	14	36	1.77
2024301--2024526	95	2.4	95	88	0	337	35	8	14	41	1.76
2031234--2031310	31	2.5	30	79	6	82	28	18	22	31	1.97
2031294--2031365	30	2.4	30	95	0	126	27	20	20	30	1.98
2046489--2046580	48	1.9	48	90	0	148	42	7	14	35	1.74
2048669--2048700	16	1.9	17	93	6	57	46	6	0	46	1.27
2057695--2057738	22	2.1	21	87	8	63	56	11	0	31	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068264--2068302	17	2.3	17	86	8	53	58	0	2	38	1.12
2070650--2070714	31	2.1	31	85	0	85	50	15	9	24	1.73
2084030--2084070	3	13.7	3	100	0	82	34	0	65	0	0.93
2085829--2085869	21	2.0	21	90	0	64	34	2	2	60	1.23
2088215--2088307	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
2088215--2088307	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
2088234--2088368	41	3.3	41	82	6	132	37	20	22	19	1.94
2088296--2088390	20	4.7	20	80	2	91	33	24	18	23	1.97
2088578--2088621	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2088885--2088922	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
2090794--2090939	64	2.2	65	84	7	181	27	28	25	19	1.99
2091243--2091314	29	2.5	29	86	4	92	38	9	13	37	1.78
2091329--2091388	30	2.0	31	90	3	95	38	6	21	33	1.80
2091608--2091674	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2097712--2097754	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
2097712--2097883	66	2.6	66	84	7	197	27	26	27	18	1.98
2098187--2098258	29	2.5	29	86	4	92	38	9	13	37	1.78
2098273--2098332	30	2.0	31	90	3	95	38	6	21	33	1.80
2098552--2098618	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2099390--2099434	18	2.5	18	85	0	72	28	42	13	15	1.85
2099921--2099965	20	2.3	20	80	3	56	40	20	22	17	1.92
2099965--2100022	14	3.9	14	77	16	62	48	22	17	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099949--2100039	32	2.8	33	93	3	157	47	20	18	13	1.82
2100070--2100173	19	5.4	19	83	4	111	14	21	24	40	1.90
2100081--2100154	39	1.9	38	88	2	112	14	24	22	37	1.92
2101999--2102034	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2102136--2102188	14	3.5	14	75	24	54	47	20	20	11	1.81
2102147--2102193	14	2.8	17	75	24	55	46	19	21	12	1.82
2102212--2102269	20	2.9	20	89	0	89	17	22	20	39	1.92
2103153--2103206	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
2103381--2103405	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2105684--2105815	19	7.8	18	64	24	72	41	19	22	15	1.90
2105684--2105810	33	3.8	33	83	4	175	41	19	22	15	1.89
2105685--2105817	66	2.0	66	92	2	223	40	19	22	17	1.91
2105991--2106025	14	2.6	14	95	4	63	42	25	0	31	1.55
2107380--2107446	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2107380--2107502	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
2109500--2109704	20	11.1	19	76	13	160	43	21	21	13	1.86
2109549--2109643	33	2.8	33	85	1	127	38	26	22	12	1.90
2109615--2109704	19	4.7	19	90	2	144	47	22	18	11	1.80
2109615--2109704	39	2.3	38	92	1	144	47	22	18	11	1.80
2109700--2109780	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
2110294--2110333	20	2.0	20	100	0	80	30	20	30	20	1.97
2110355--2110408	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110295--2110411	61	1.9	61	83	0	153	24	17	23	33	1.97
2110295--2110429	61	2.2	61	80	2	146	23	20	23	32	1.98
2117622--2117678	28	2.0	28	96	0	105	26	19	24	29	1.98
2117691--2117745	26	2.1	26	100	0	110	38	7	14	40	1.74
2117725--2117767	19	2.3	19	100	0	86	37	11	9	41	1.74
2117744--2118055	161	1.9	161	100	0	624	36	16	14	32	1.88
2120275--2121365	393	2.8	383	85	5	1412	24	26	21	27	1.99
2124702--2124734	11	3.1	11	91	8	59	0	18	0	81	0.68
2124705--2124734	5	5.8	5	92	7	51	0	16	0	83	0.65
2128863--2128995	60	2.2	60	74	4	135	45	11	9	34	1.72
2132413--2132479	26	2.5	26	78	2	71	56	0	8	34	1.31
2132485--2132535	24	2.0	24	81	7	57	56	0	5	37	1.23
2133291--2133345	23	2.4	23	100	0	110	14	27	27	30	1.95
2134983--2135048	21	3.1	21	95	0	114	54	18	4	22	1.61
2142995--2143067	33	2.2	33	95	0	128	53	12	5	28	1.60
2145925--2146012	45	1.9	46	93	2	151	28	19	25	27	1.99
2146412--2146443	15	2.1	15	100	0	64	21	43	0	34	1.53
2146457--2146497	16	2.6	16	96	0	73	39	21	0	39	1.54
2155687--2155720	16	2.1	17	94	5	61	47	17	0	35	1.48
2160045--2160377	166	2.0	166	99	0	657	26	18	17	37	1.93
2162486--2162534	17	2.8	17	81	3	53	53	0	4	42	1.20
2165187--2165234	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175297--2175357	31	2.0	31	83	6	79	40	1	3	54	1.27
2175318--2175385	19	3.5	20	71	15	54	39	2	2	54	1.31
2175327--2175376	20	2.5	20	78	12	59	38	2	4	56	1.30
2176100--2176167	31	2.2	31	84	7	84	54	4	1	39	1.30
2176099--2176162	19	3.2	20	75	14	53	53	3	1	42	1.26
2176100--2176183	31	2.7	31	81	3	80	54	4	1	39	1.29
2185041--2185167	51	2.5	51	84	6	177	17	35	30	16	1.92
2185279--2185317	20	2.0	19	90	5	60	33	23	0	43	1.54
2185339--2185367	14	2.1	14	93	6	51	20	6	6	65	1.40
2187420--2187450	3	10.3	3	92	0	53	32	29	35	3	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12