genome.fa.s8097.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3094402

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2442034--2442064	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2445888--2445931	16	2.8	16	96	0	79	38	13	15	31	1.87
2452096--2452126	10	3.1	10	90	0	53	61	12	9	16	1.56
2453213--2453263	24	2.1	24	85	0	66	54	17	11	15	1.70
2453236--2453262	14	1.9	14	100	0	54	51	22	14	11	1.73
2454180--2454212	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2454226--2454343	17	7.0	17	66	25	56	74	1	6	16	1.11
2454233--2454266	10	3.6	10	92	7	54	76	0	8	14	1.01
2454241--2454339	17	5.2	19	68	13	62	75	2	6	16	1.09
2454291--2454339	9	5.4	9	78	9	55	83	0	6	10	0.80
2455464--2455495	9	3.6	9	95	0	55	53	0	3	43	1.16
2456946--2457580	182	3.5	182	90	1	1006	28	16	13	42	1.85
2457451--2457914	112	4.1	112	94	0	757	25	15	14	45	1.83
2459208--2459283	31	2.4	31	76	6	73	40	3	11	43	1.60
2465764--2465816	23	2.3	23	96	0	97	58	11	0	30	1.33
2466269--2466299	14	2.2	14	94	0	53	38	0	19	41	1.51
2467341--2467401	30	2.0	30	100	0	122	40	22	19	16	1.90
2469000--2469121	64	1.9	64	81	9	151	35	18	19	27	1.95
2470360--2470524	63	2.6	63	92	0	260	32	17	16	33	1.93
2470362--2470549	31	6.0	31	75	10	159	30	17	18	33	1.94
2470536--2470607	30	2.4	30	92	0	117	23	19	23	33	1.97
2474212--2474236	7	3.6	7	100	0	50	40	0	32	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2475099--2475200	32	3.2	32	76	18	122	32	17	17	32	1.94
2475078--2475242	63	2.6	63	92	0	260	32	17	16	33	1.93
2475080--2475267	31	6.0	31	75	10	159	30	17	18	33	1.94
2475262--2475325	30	2.1	30	91	0	101	26	18	21	32	1.97
2479806--2479923	32	3.7	31	76	11	123	33	16	16	32	1.92
2479786--2479942	63	2.5	63	92	0	260	33	17	17	31	1.93
2479787--2479971	31	5.9	30	73	15	142	31	17	17	32	1.94
2479963--2480034	30	2.4	30	88	0	108	23	18	27	30	1.97
2480673--2480913	100	2.4	98	84	5	304	40	12	13	34	1.82
2480836--2480992	75	2.1	76	86	1	217	43	12	12	31	1.78
2481010--2481239	75	3.1	75	84	4	302	44	10	12	32	1.76
2480831--2481343	250	2.0	251	85	3	683	43	11	12	32	1.78
2480931--2481588	350	1.9	349	84	3	894	43	11	11	32	1.78
2481180--2481438	100	2.6	100	79	6	258	43	11	11	33	1.77
2481363--2481639	75	3.7	74	81	4	306	43	12	12	32	1.79
2480735--2481517	175	4.5	175	73	10	596	43	11	12	32	1.79
2481363--2481649	150	1.9	150	82	4	355	43	11	12	32	1.78
2487603--2487638	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2489289--2489325	14	2.5	15	87	12	51	5	13	5	75	1.15
2504210--2504247	20	2.0	19	90	10	60	18	21	10	50	1.76
2505663--2505693	2	15.5	2	100	0	62	0	0	51	48	1.00
2507448--2507475	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519782--2519819	10	3.7	10	86	13	51	65	2	0	31	1.06
2520817--2520843	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2523168--2523204	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2524224--2524260	17	2.2	17	95	0	65	18	43	24	13	1.86
2524251--2524282	7	4.6	7	92	0	55	18	28	28	25	1.98
2531388--2531444	19	3.0	20	84	5	66	15	26	29	28	1.96
2531442--2531480	17	2.3	17	90	0	60	23	43	20	12	1.86
2533674--2533704	9	3.4	9	95	0	53	87	0	0	12	0.55
2535263--2535307	21	2.1	21	87	0	63	17	26	17	37	1.93
2535309--2535398	20	4.4	20	80	2	117	38	17	21	22	1.93
2535599--2535660	22	2.8	22	80	7	81	25	37	16	20	1.93
2536012--2536085	20	3.7	20	85	0	85	14	16	24	44	1.85
2535998--2536087	20	4.6	20	83	1	83	14	15	23	46	1.82
2536052--2536095	20	2.2	20	83	0	52	13	11	20	54	1.69
2537959--2538094	20	7.5	20	71	20	86	39	21	19	19	1.92
2537962--2538126	86	1.9	87	89	1	260	41	20	20	17	1.91
2538122--2538208	40	2.4	36	81	14	106	16	21	21	40	1.91
2538141--2538207	20	3.3	20	97	0	125	17	19	22	40	1.92
2538122--2538221	40	2.8	33	75	19	92	15	20	23	42	1.89
2538767--2538842	21	3.6	21	74	0	62	26	31	17	25	1.97
2538767--2538862	42	2.3	42	83	3	113	26	33	15	25	1.95
2540230--2540264	14	2.5	14	90	0	52	31	0	22	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540371--2540466	33	2.8	33	90	3	138	41	20	23	13	1.88
2540404--2540471	19	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
2540476--2540569	20	4.7	20	84	5	127	17	20	24	38	1.93
2542999--2543052	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2543876--2543919	20	2.2	20	91	0	70	20	20	27	31	1.97
2543909--2544005	20	4.8	20	75	3	95	23	20	17	38	1.93
2543931--2544017	41	2.1	41	86	0	120	26	20	19	33	1.97
2548368--2548424	11	5.4	11	77	8	55	56	0	0	43	0.99
2548381--2548430	14	3.4	14	79	15	55	54	0	0	46	1.00
2555162--2555202	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2556944--2557017	29	2.5	30	80	2	87	31	21	25	21	1.98
2556944--2557018	9	7.8	9	73	14	51	30	21	25	22	1.99
2564189--2564219	7	4.4	7	91	0	53	25	25	29	19	1.99
2564209--2564251	22	2.0	22	90	0	68	11	25	44	18	1.84
2564248--2564327	9	8.3	9	76	13	70	30	26	26	17	1.97
2564250--2564328	19	4.1	19	85	4	95	30	26	24	18	1.98
2564280--2564328	10	4.9	10	79	16	57	32	22	26	18	1.97
2564376--2564435	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2564525--2564567	22	2.0	22	95	0	77	20	39	27	11	1.88
2564553--2564582	15	2.0	15	93	0	51	26	30	26	16	1.97
2564616--2564657	21	2.0	21	100	0	84	14	38	28	19	1.90
2564765--2564804	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565018--2565087	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
2566576--2566613	19	2.0	20	94	5	69	47	5	13	34	1.65
2567902--2567961	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2568051--2568114	21	3.0	21	95	0	110	21	37	28	12	1.90
2568148--2568190	21	2.0	21	100	0	86	13	44	27	13	1.83
2568296--2568335	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
2568549--2568618	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
2571846--2571961	44	2.7	43	82	1	142	29	26	18	25	1.98
2576552--2576592	17	2.5	17	84	11	50	26	29	17	26	1.97
2576569--2576667	44	2.3	44	82	1	128	30	24	18	27	1.98
2581159--2581190	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2588787--2588817	11	2.8	11	95	0	53	51	16	3	29	1.59
2592604--2592650	25	1.9	24	91	4	76	44	0	2	53	1.12
2604766--2604834	21	3.3	21	93	0	111	17	28	30	23	1.97
2605354--2605444	33	2.8	32	79	12	105	56	4	5	34	1.43
2605352--2605454	32	3.2	32	76	12	102	55	4	4	34	1.43
2606120--2606610	128	3.9	128	95	1	864	33	18	23	23	1.97
2606685--2606722	8	4.9	8	80	6	51	36	28	0	34	1.58
2609725--2609771	23	2.0	23	84	12	60	31	2	8	57	1.41
2611184--2611225	22	1.9	22	85	9	59	59	4	7	28	1.44
2611184--2611231	22	2.2	22	81	7	53	60	4	6	29	1.40
2616127--2616201	35	2.2	34	81	13	91	62	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616211--2616258	24	2.0	24	84	8	62	66	4	0	29	1.10
2616224--2616267	22	2.0	21	87	12	63	68	0	0	31	0.90
2622066--2622102	17	2.2	17	100	0	74	72	0	0	27	0.84
2622066--2622108	17	2.6	17	92	3	61	72	0	2	25	0.97
2626282--2626341	32	2.0	31	83	9	79	25	21	10	43	1.83
2627338--2627368	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2632062--2632104	21	2.1	21	86	4	61	39	0	2	58	1.11
2645766--2645824	26	2.3	26	93	0	100	27	37	13	22	1.91
2650169--2650213	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2650248--2650319	30	2.4	30	95	2	126	34	5	13	45	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12