genome.fa.s8097.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3094402

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654514--2654543	7	4.3	7	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2663014--2663052	17	2.4	17	95	4	71	15	20	35	28	1.93
2664084--2664112	10	2.9	10	100	0	58	27	31	0	41	1.56
2665875--2665912	18	2.1	18	95	0	67	23	31	21	23	1.98
2666512--2666594	35	2.4	34	81	18	100	25	9	9	55	1.62
2673605--2673671	31	2.1	30	86	13	89	26	4	10	58	1.50
2673910--2674024	25	4.4	25	74	20	78	44	0	0	54	1.06
2673969--2674022	21	2.6	21	82	5	65	42	0	0	57	0.98
2674377--2674461	26	3.3	26	72	16	70	50	3	1	44	1.26
2676768--2676857	44	2.0	44	95	0	162	25	12	23	38	1.89
2681465--2681506	15	2.8	15	79	13	50	40	7	2	50	1.43
2693813--2693880	2	34.0	2	96	0	127	50	0	1	48	1.10
2697544--2697588	19	2.4	19	81	11	56	2	28	2	66	1.15
2697556--2697591	18	2.0	18	89	10	56	5	27	0	66	1.13
2701276--2701393	42	2.8	42	93	0	209	16	19	19	44	1.86
2701594--2701645	10	5.1	9	78	21	50	50	0	0	50	1.00
2701602--2701682	22	3.5	22	74	15	74	53	1	1	44	1.16
2702112--2702147	15	2.4	15	90	0	54	41	13	8	36	1.75
2716906--2717224	114	2.8	113	84	2	408	19	24	26	28	1.99
2717436--2717523	45	2.0	45	90	4	142	25	25	28	21	1.99
2719488--2719552	23	3.1	20	77	16	69	24	4	0	70	1.06
2719498--2719560	24	2.6	25	82	7	69	25	4	0	69	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2719552--2719595	2	22.5	2	84	13	56	43	4	0	52	1.22
2719699--2719728	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
2719612--2719711	39	2.5	42	76	12	111	31	6	2	61	1.32
2719723--2719760	18	2.1	18	85	9	51	18	5	0	76	0.97
2719741--2719765	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2719953--2719990	9	4.1	9	83	16	51	18	2	2	76	1.02
2723138--2723198	7	8.3	7	72	16	52	78	1	14	4	0.99
2723138--2723177	13	3.1	12	80	19	53	85	2	10	2	0.80
2723140--2723184	20	2.2	20	84	7	56	80	2	13	4	0.97
2723256--2723393	69	2.0	69	87	2	197	37	21	14	26	1.92
2724319--2724406	32	2.8	32	80	3	106	28	14	22	34	1.94
2724982--2725197	106	2.0	106	88	0	315	31	25	21	21	1.98
2725384--2725503	36	3.2	38	80	6	131	26	20	15	38	1.91
2725478--2725633	67	2.4	68	84	4	194	33	21	9	35	1.86
2728015--2728104	21	4.5	19	72	19	67	31	6	0	62	1.21
2728017--2728079	21	3.0	21	78	17	69	26	6	0	66	1.15
2728069--2728112	19	2.3	19	80	7	54	38	4	2	54	1.33
2728168--2728254	44	2.0	44	86	8	124	24	4	0	71	1.05
2728443--2728484	19	2.2	19	87	8	59	16	2	2	78	0.96
2728443--2728486	10	4.5	10	80	13	56	18	2	2	77	0.98
2732148--2732201	21	2.6	21	100	0	108	18	24	29	27	1.98
2732275--2732336	17	3.1	21	80	17	78	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732275--2732365	38	2.4	38	83	3	103	26	26	23	24	2.00
2732337--2732380	21	2.1	21	100	0	88	18	25	29	27	1.98
2732158--2732518	179	2.0	181	97	2	683	27	24	20	27	1.99
2732454--2732553	21	4.8	21	97	0	182	30	27	19	24	1.98
2732750--2732807	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
2732750--2732809	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
2733925--2733972	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
2734832--2734901	34	2.1	32	84	5	86	22	28	17	31	1.96
2735269--2735343	20	3.7	20	80	7	89	33	24	24	18	1.97
2735521--2735578	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
2735521--2735580	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
2742322--2742362	2	21.5	2	87	9	59	48	2	0	48	1.14
2742329--2742371	12	3.4	12	90	6	59	44	4	0	51	1.22
2746067--2746100	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2753773--2753818	21	2.1	22	84	4	58	47	2	4	45	1.34
2754153--2754181	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
2754847--2754914	30	2.3	30	97	0	127	36	27	4	30	1.77
2758242--2758289	21	2.3	21	92	0	78	25	25	22	27	2.00
2770623--2770670	21	2.3	21	100	0	96	31	20	18	29	1.97
2772831--2772868	20	1.9	20	94	0	67	26	23	18	31	1.97
2773047--2773095	21	2.3	21	96	0	89	26	18	24	30	1.98
2776845--2776888	23	1.9	23	95	0	79	27	27	29	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2784431--2784486	28	2.0	29	85	3	78	44	3	5	46	1.43
2789158--2789206	13	3.3	15	75	21	50	44	0	10	44	1.37
2790656--2790680	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2793539--2793568	15	1.9	16	93	6	53	3	33	3	60	1.30
2799385--2799460	36	2.1	36	95	0	134	19	27	17	35	1.94
2802002--2802055	17	3.3	17	76	10	58	33	1	12	51	1.51
2806584--2806842	139	1.9	141	87	3	389	32	10	21	35	1.88
2823126--2823163	13	2.8	13	92	8	58	42	0	0	57	0.98
2830794--2830908	20	5.8	20	81	5	110	38	22	14	24	1.92
2830833--2830899	19	3.5	19	87	2	80	38	19	11	29	1.88
2830853--2830903	19	2.7	19	93	0	84	39	21	7	31	1.82
2831821--2831867	24	2.0	24	91	0	76	27	19	19	34	1.96
2831826--2831879	24	2.2	24	93	0	90	22	16	20	40	1.91
2834490--2834551	20	3.1	20	85	0	88	19	19	25	35	1.95
2834642--2834691	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
2835046--2835097	24	2.2	25	79	10	63	30	1	15	51	1.54
2835065--2835101	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2835057--2835109	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
2835403--2835491	39	2.3	39	94	0	151	46	19	14	20	1.84
2837204--2837301	21	4.7	21	71	8	74	23	19	32	24	1.97
2837204--2837305	42	2.4	42	77	6	107	23	18	33	24	1.97
2839108--2839247	69	2.0	69	100	0	280	42	14	15	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839672--2839744	22	3.3	22	86	0	110	23	12	41	23	1.88
2839872--2839932	20	3.0	20	81	9	88	16	16	24	42	1.88
2841035--2841109	25	3.0	25	83	12	93	29	9	2	58	1.43
2851117--2851173	28	2.0	29	86	3	80	54	8	10	26	1.63
2856416--2856441	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2858005--2858043	14	2.8	14	88	7	53	30	10	23	35	1.88
2858683--2858720	20	1.9	20	88	0	58	39	5	5	50	1.48
2860882--2860921	21	2.0	21	85	5	55	40	5	0	55	1.22
2860943--2860975	11	3.2	11	83	16	52	75	0	0	24	0.80
2867928--2868175	130	1.9	130	92	0	415	35	14	13	37	1.85
2867942--2868206	130	2.0	129	81	4	300	38	12	13	35	1.83
2868507--2868569	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
2868649--2868682	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2868805--2868847	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
2868816--2868901	35	2.5	35	82	3	93	38	1	19	40	1.60
2885976--2886028	27	2.0	27	96	0	97	54	18	11	15	1.70
2894280--2894319	12	3.6	12	80	12	50	45	2	0	52	1.14
2894306--2894362	22	2.6	22	94	5	98	42	0	7	50	1.29
2894386--2894445	31	1.9	31	86	0	84	46	6	6	40	1.56
2894328--2894577	127	2.0	124	89	2	383	41	3	8	46	1.50
2894453--2894858	224	1.8	225	87	2	611	37	5	9	46	1.61
2921379--2921417	19	2.0	20	90	5	62	12	33	0	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2925041--2925214	79	2.2	79	78	5	212	46	6	6	40	1.56
2925917--2926043	60	2.1	61	84	5	161	37	4	24	33	1.76
2926879--2926962	23	3.6	24	67	17	70	42	9	5	41	1.62
2926880--2926976	47	2.1	47	100	0	194	40	12	6	41	1.68
2928991--2929033	20	2.3	19	88	8	61	25	30	6	37	1.82
2929337--2929373	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2929399--2929522	20	6.2	20	75	10	101	30	24	18	26	1.98
2929399--2929510	40	2.7	42	82	5	149	32	23	18	25	1.97
2929399--2929511	41	2.8	42	83	4	151	31	23	18	26	1.97
2929689--2929746	22	2.6	23	86	5	84	22	46	13	17	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12